Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F42 I0 R1
|
87 |
324.4 |
10965648 |
95.0% |
10417365 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,080,865 |
T→A |
25.9% |
D267E (GAT→GAA) |
metK → |
S‑adenosylmethionine synthetase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,080,865 | 0 | T | A | 25.9%
| 646.1
/ 266.6
| 305 | D267E (GAT→GAA) | metK | S‑adenosylmethionine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (106/119); new base A (44/35); total (150/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
CTTCTGCCACCAAATTCTTCATCAACCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCAATCGGCGTGGCTGAACCGACCTCCATCATGGTAGAAACTTTCG > CP009273/3080717‑3081013
|
cTTCTGCCACCAAATTCTTCATCAACCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATc < 1:1644131/150‑1 (MQ=255)
tGCCACCAAATTCTTCATCAACCCGACCGGGAGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATc < 2:1137485/150‑1 (MQ=255)
gCCACCAAATTCTTCATCAACCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCa < 2:4049730/150‑1 (MQ=255)
ttcttcATCAACCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGAc < 1:5171542/150‑1 (MQ=255)
ttcttcATCAACCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGAc < 1:5420361/150‑1 (MQ=255)
tcatcaACCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGtt < 1:4910937/150‑1 (MQ=255)
tcatcaACCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGtt > 2:3931595/1‑150 (MQ=255)
tcatcaACCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGtt > 1:906099/1‑150 (MQ=255)
catcaACCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTc > 1:4513819/1‑150 (MQ=255)
atcaACCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCAGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTcc > 2:1663481/1‑150 (MQ=255)
tcaACCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAAAGGGTGACTTCGGTCTTACAGGTCGTAAAATTATCGTTGATAACTAAGGCGGCATGGCGCGTAAAGGTTGCGGTGCATTCTCTGGTAAATAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCg > 1:4026135/1‑150 (MQ=255)
aaCCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTATGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGAACGTTCCGCa > 2:1798045/1‑150 (MQ=255)
cGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCACTGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCt < 2:5209961/150‑1 (MQ=255)
cGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCt < 2:3143623/150‑1 (MQ=255)
cGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCt < 2:2497858/150‑1 (MQ=255)
gACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAATAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTa > 2:5239519/1‑150 (MQ=255)
gACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTa < 2:4535010/150‑1 (MQ=255)
gACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTa > 2:2167876/1‑150 (MQ=255)
ggTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACgca > 2:2626160/1‑150 (MQ=255)
ggTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACgca > 2:2965477/1‑150 (MQ=255)
gTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACgcag < 1:1620562/150‑1 (MQ=255)
gtttcgttATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCAc > 1:3082087/1‑150 (MQ=255)
tcgttATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGtt < 1:827307/150‑1 (MQ=255)
gttATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTAt < 1:3032824/150‑1 (MQ=255)
aTCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTc < 1:2739944/150‑1 (MQ=255)
tGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTGATGTCGCGaa > 2:1173781/1‑150 (MQ=255)
cAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACa < 2:288445/150‑1 (MQ=255)
aaTGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACAt < 1:37187/150‑1 (MQ=255)
aaTGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACAt < 1:2066303/150‑1 (MQ=255)
aTGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATc < 2:2075091/150‑1 (MQ=255)
ggTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGtt < 1:2847159/150‑1 (MQ=255)
ggTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGtt > 1:4219914/1‑150 (MQ=255)
ggTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGtt > 1:80775/1‑150 (MQ=255)
tGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTgctgct < 1:2164639/150‑1 (MQ=255)
tGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTgctgct < 1:2318880/150‑1 (MQ=255)
ggTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGctggc > 1:5339579/1‑150 (MQ=255)
ggTCTGACTGGTAGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGctggc > 2:5351802/1‑150 (MQ=255)
gTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGctggcc < 2:3362413/150‑1 (MQ=255)
tCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGctggcct < 2:533337/150‑1 (MQ=255)
cTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGctggcctg < 1:104008/150‑1 (MQ=255)
cTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGctggcctg > 1:1933047/1‑150 (MQ=255)
gACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGctggcctggc < 1:4927255/150‑1 (MQ=255)
aCTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCtggcctggcc > 2:3210458/1‑150 (MQ=255)
cTGTTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAACAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCg < 2:1276314/150‑1 (MQ=255)
cTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCg < 2:4436710/150‑1 (MQ=255)
ggTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTGCCGCAGCCTACGCAGCAGGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGAt > 1:366921/1‑150 (MQ=255)
gTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGtt < 1:2992719/150‑1 (MQ=255)
gTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGtt > 2:2109332/1‑150 (MQ=255)
aaaaTTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTtgt < 2:244738/150‑1 (MQ=255)
aaaTTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGATGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTtgtg > 1:4298645/1‑150 (MQ=255)
aaaTTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTtgtg > 1:5322171/1‑150 (MQ=255)
aaTTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGa > 1:4363293/1‑150 (MQ=255)
atgaTCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGaa < 1:4385632/147‑1 (MQ=255)
aTTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGaa > 2:1015518/1‑150 (MQ=255)
tATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAAt > 1:2387699/1‑150 (MQ=255)
tATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAAt > 1:1356039/1‑150 (MQ=255)
aTCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAAtt > 2:2987954/1‑150 (MQ=255)
aTCGTTGATACCTACGGCGCCATGGCGCGTCACGTGGGCGGTGCATTCTCAGGTAAACAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGGTATGTCGCGAAAAACAGCGTGGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGacctt > 2:432381/1‑146 (MQ=255)
tCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTc < 2:905766/150‑1 (MQ=255)
tCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTc < 1:4800715/150‑1 (MQ=255)
cGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCa < 1:2231660/150‑1 (MQ=255)
gTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAg < 1:1793226/150‑1 (MQ=255)
ttGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAgg < 1:1214372/150‑1 (MQ=255)
ttGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAgg > 2:3417080/1‑150 (MQ=255)
ttGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTGGTGAAATTCAgg > 2:3483879/1‑150 (MQ=255)
ttGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAgg < 2:4982010/150‑1 (MQ=255)
gATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAggat < 1:3641162/150‑3 (MQ=255)
gATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGtt > 1:5423992/1‑150 (MQ=255)
gATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGtt > 1:19740/1‑150 (MQ=255)
aTACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGttt < 1:2469916/150‑1 (MQ=255)
aTACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGttt < 1:2588086/150‑1 (MQ=255)
aTACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGttt > 2:1607821/1‑150 (MQ=255)
tACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTc < 1:5398534/150‑1 (MQ=255)
aCCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTcc > 2:5155156/1‑150 (MQ=255)
cggcggCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGATTCCTACGc < 1:768113/150‑1 (MQ=255)
ggcggcATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCa < 1:1536382/150‑1 (MQ=255)
ggcggcATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCa > 2:3856843/1‑150 (MQ=255)
ggcggcATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCa > 2:669645/1‑150 (MQ=255)
cggcATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCAAt < 2:4929733/150‑1 (MQ=255)
aTGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCAATCGGc < 2:4561180/150‑1 (MQ=255)
tGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTCTGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCAATCGGCg > 2:5474636/1‑150 (MQ=255)
tGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGAACCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCAATCGGCg > 1:5113905/1‑150 (MQ=255)
ggCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGGTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCAATCGGCGt > 2:4693472/1‑150 (MQ=255)
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tAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCAATCGGCGTGGCTGAACCGACCTCCATCATGGTAGAAAc < 2:1242901/150‑1 (MQ=255)
aaaGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCAATCGGCGTGGCTGAACCGACCTCCATCATGGTAGAAACt > 2:1932851/1‑150 (MQ=255)
aaGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCAATCGGCGTGGCTGAACCGACCTCCATCATGGTAGAAACtt < 1:3132283/150‑1 (MQ=255)
gATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCAATCAGCGTGGCTGAACCGACCTCCATCATGGTAGAAACTTTc > 1:3220225/1‑150 (MQ=255)
gATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGACGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGACATTCAGGTTTCCTACGCAATCAGCGTGGCTGAACCGACCTCCATCATGGTAGAAACATTc > 1:467263/1‑150 (MQ=255)
|
CTTCTGCCACCAAATTCTTCATCAACCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAAAGTGGACCGTTCCGCAGCCTACGCAGCACGTTATGTCGCGAAAAACATCGTTGCTGCTGGCCTGGCCGATCGTTGTGAAATTCAGGTTTCCTACGCAATCGGCGTGGCTGAACCGACCTCCATCATGGTAGAAACTTTCG > CP009273/3080717‑3081013
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
