Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
613,755 |
G→T |
7.5% |
D16Y (GAT→TAT) |
fepE → |
regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 613,755 | 0 | G | T | 7.5%
| 1033.3
/ 37.5
| 279 | D16Y (GAT→TAT) | fepE | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (148/110); new base T (14/7); total (162/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
GGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATG > CP009273/613608‑613903
|
ggaaggaaTTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGa > 1:2632092/1‑149 (MQ=255)
aggaaTTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTa < 1:4409176/149‑1 (MQ=255)
aaTTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATcc < 1:537906/149‑1 (MQ=255)
aaTTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATcc > 1:348261/1‑149 (MQ=255)
aaTTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATcc > 1:2739425/1‑149 (MQ=255)
aaTTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGAGTATcc > 1:2506667/1‑149 (MQ=255)
aTTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCct > 2:3186113/1‑149 (MQ=255)
aTTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCct > 1:2849145/1‑149 (MQ=255)
aCAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTgg > 1:4074037/1‑149 (MQ=255)
aaaCTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCg > 1:3113451/1‑149 (MQ=255)
aaCTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGACTATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGt > 2:4712518/1‑149 (MQ=255)
aaCTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGt > 1:1465198/1‑149 (MQ=255)
aaCTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGt < 2:4500742/149‑1 (MQ=255)
tCAGCTTCGGATAATTCTCACCTACTGGTATAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTCTTGGACTCATTTTCAGGTTATTCCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGCCGCTCATTTTCGCGATTATCCTCTGGCGTCGcc < 1:973876/149‑1 (MQ=255)
aGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCa < 2:1881016/149‑1 (MQ=255)
gCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAg > 2:2498977/1‑149 (MQ=255)
gCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAg > 2:2499109/1‑149 (MQ=255)
gCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAg > 1:360478/1‑149 (MQ=255)
gCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAg > 2:2498854/1‑149 (MQ=255)
ggATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGtaata > 1:3419777/1‑149 (MQ=255)
gATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGtaataa > 2:1796891/1‑149 (MQ=255)
gATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGtaataa > 1:1049854/1‑149 (MQ=255)
gATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGtaataa > 2:2248927/1‑149 (MQ=255)
aTAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTaataat < 1:3639092/149‑1 (MQ=255)
tAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATg > 2:728399/1‑149 (MQ=255)
aaTTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGa < 2:1255316/149‑1 (MQ=255)
ttATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGaaa > 1:369166/1‑149 (MQ=255)
ttATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGaaa < 2:2231792/149‑1 (MQ=255)
aTCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAAtt > 2:3467066/1‑149 (MQ=255)
tCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTCTCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTg > 2:4502769/1‑149 (MQ=255)
tCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTg > 1:2946682/1‑149 (MQ=255)
tCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTg > 1:2946544/1‑149 (MQ=255)
ccAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGAtt > 2:2398552/1‑149 (MQ=255)
cAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGAttt > 2:4019049/1‑149 (MQ=255)
cAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGAttt < 2:2935933/149‑1 (MQ=255)
aaCTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTa > 1:626366/1‑149 (MQ=255)
aaCTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTa > 2:3022241/1‑149 (MQ=255)
tGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACtt < 2:1316453/149‑1 (MQ=255)
aaGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTtaatct < 2:2775176/149‑1 (MQ=255)
gAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTtaatctaatc < 2:1236982/149‑1 (MQ=255)
gcCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCCGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAg > 2:4259114/1‑149 (MQ=255)
gcCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAg > 2:3170368/1‑149 (MQ=255)
ccGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGt < 2:591151/149‑1 (MQ=255)
gTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGttt < 1:186962/149‑1 (MQ=255)
gTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGttt < 2:3747169/149‑1 (MQ=255)
tGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGtttt > 1:3720482/1‑149 (MQ=255)
tGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGAGTTACTTAATCTAATCTCAGtttt > 1:32386/1‑149 (MQ=255)
gagaTTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTAt < 2:1014188/149‑1 (MQ=255)
gaTTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATgg > 2:3504492/1‑149 (MQ=255)
gaTTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATgg > 2:3484314/1‑149 (MQ=255)
aTTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTATTCTCAGTTTTATGGCGGGCCaaaaa > 2:792657/1‑149 (MQ=255)
atGGACTCATTTTCAGGATATACACCATGTCATCACTGAATAATAAACAGTGCAGTGGCGCACATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATAGATTTACTTAATATAATATCAGTTTTATGGCTGGCCaaaaaa > 2:3627594/2‑149 (MQ=255)
tGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCaaaaaaa > 1:3834493/1‑149 (MQ=255)
cTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGt < 2:4209072/149‑1 (MQ=255)
cATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCa < 1:3454159/149‑1 (MQ=255)
aTTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCAt < 2:3829140/149‑1 (MQ=255)
ttttCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATg < 1:4686171/149‑1 (MQ=255)
aGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGt < 1:4083679/149‑1 (MQ=255)
aGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGt < 1:2715377/149‑1 (MQ=255)
aGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCACAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGt > 2:1019851/1‑149 (MQ=255)
gTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCg > 2:1703664/1‑149 (MQ=255)
ataCCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGttt > 2:502414/1‑149 (MQ=255)
ataCCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGttt < 2:2849145/149‑1 (MQ=255)
ataCCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGttt > 2:4447984/1‑149 (MQ=255)
ataCCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGttt < 1:1857048/149‑1 (MQ=255)
taCCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGtttt > 2:3336464/1‑149 (MQ=255)
ccccATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTGTTTg > 2:4095330/1‑149 (MQ=255)
cccATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGc < 2:2860929/149‑1 (MQ=255)
aTGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGtt < 2:2638823/149‑1 (MQ=255)
aTGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGtt < 2:658316/149‑1 (MQ=255)
tGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTGTTTGGGttt > 1:831837/1‑149 (MQ=255)
gTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTg < 2:4061546/149‑1 (MQ=255)
atcaCTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGGGttttgct > 1:4270948/1‑145 (MQ=255)
atcaCTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCt > 2:1574243/1‑149 (MQ=255)
atcaCTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAAAGTTCATGGCGGTCGTTTTTGAGGTTGACt > 2:2066020/1‑149 (MQ=255)
cTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTgcgc > 2:1100181/1‑149 (MQ=255)
cTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCAATTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTgcgc < 2:1031627/149‑1 (MQ=255)
tatTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCt > 2:944713/1‑149 (MQ=255)
aaCAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGGTTGCCTGCGCAGGCTTGCTg > 2:1854122/1‑149 (MQ=255)
aaCAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTGTTGCGGTTGCCTGCGCAGGCTTGCTg > 2:3437847/1‑149 (MQ=255)
aGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTTCCTGCGCAGGCTTGCTGAtc > 2:2520571/1‑149 (MQ=255)
gggAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTTCGTTTTCCTTCGCAGGCTTTCTGAtct > 1:1311844/1‑149 (MQ=255)
gggAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTGTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCGTGCTGAtct > 1:2274224/1‑149 (MQ=255)
ggAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGAtctc < 1:1752443/149‑1 (MQ=255)
aGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCttt < 1:4216305/149‑1 (MQ=255)
aGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCttt < 1:2498995/149‑1 (MQ=255)
aGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCttt < 1:2498877/149‑1 (MQ=255)
gTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTc < 2:868255/149‑1 (MQ=255)
gTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTGGTTGCGTTTGCCTGCGCCGGCATGCTGATCTCTTTc > 2:3786138/1‑149 (MQ=255)
gACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTTCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTAAt > 1:2701856/1‑149 (MQ=255)
aCGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGGGTTTGCCTGCGCAGGCTTTCTTATATATTTAATc > 2:192008/1‑149 (MQ=255)
aCGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTTCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATc > 2:1173082/1‑149 (MQ=255)
aCGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTGTTTGCGGTTGCCTGCGCAGGCGTGCTGATCTCTTTCATc > 2:4340578/1‑149 (MQ=255)
gCTCATTTTCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCt < 1:4019062/149‑1 (MQ=255)
gCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGGTTGCCTGCGCAGGGGTGCTGATCTATTTCATcca > 1:159050/1‑148 (MQ=255)
cTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTTGGTTTTCCTGCGCAGGCTTTCTGATCTCTTTAATACtt > 1:81043/1‑148 (MQ=255)
ttttCCCTATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGGTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGc > 2:198421/1‑149 (MQ=255)
ttCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCaa < 2:297759/149‑1 (MQ=255)
tCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCaaa < 1:899557/149‑1 (MQ=255)
ccGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCaaaaa < 2:2506667/149‑1 (MQ=255)
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GGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATG > CP009273/613608‑613903
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
