Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,036,546 |
C→A |
5.1% |
intergenic (+167/+403) |
yodB → / ← serU |
cytochrome b561 homolog/tRNA‑Ser |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,036,546 | 0 | C | A | 5.1%
| 959.0
/ 17.8
| 255 | intergenic (+167/+403) | yodB/serU | cytochrome b561 homolog/tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (123/119); new base A (10/3); total (133/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.80e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
AATGTGAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCAACT > CP009273/2036399‑2036694
|
aaTGTGAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAAcc > 2:4701723/1‑149 (MQ=255)
gtgAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCttt < 1:3503610/149‑1 (MQ=255)
gtgAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCttt < 2:407662/149‑1 (MQ=255)
tgAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCtttt < 2:2603242/149‑1 (MQ=255)
tgAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCtttt < 1:4026662/149‑1 (MQ=255)
aaCCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCtttttt > 2:322662/1‑149 (MQ=255)
aaCCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCtttttt < 1:2273800/149‑1 (MQ=255)
aaCCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCtttttt < 1:2274120/149‑1 (MQ=255)
aCCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTa < 1:150801/149‑1 (MQ=255)
aCCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTa > 1:173622/1‑149 (MQ=255)
aCCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTa > 1:2565588/1‑149 (MQ=255)
ccATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTAc < 2:1234207/149‑1 (MQ=255)
ccATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTAc > 1:615869/1‑149 (MQ=255)
cATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACt > 1:353607/1‑149 (MQ=255)
aTGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACtt < 2:781242/149‑1 (MQ=255)
tGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTg < 2:2973437/149‑1 (MQ=255)
gACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGtt < 2:388456/149‑1 (MQ=255)
gACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGtt < 2:3500703/149‑1 (MQ=255)
tCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTa < 2:3037844/149‑1 (MQ=255)
tCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTa < 1:3551826/149‑1 (MQ=255)
aaCGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATg > 2:2258030/1‑149 (MQ=255)
aCGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGa < 2:3200588/149‑1 (MQ=255)
gcgTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATa > 2:2142272/1‑149 (MQ=255)
gcgTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGGAAGACTTATCAAAAAGACAGGTTAATTTTGGTCTGTACACCTTTTTTACTTGTTAGTCTGATa > 2:4117511/1‑149 (MQ=255)
aTGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCtt > 2:3272713/1‑149 (MQ=255)
tGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCttt < 1:3785214/149‑1 (MQ=255)
tGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCttt < 2:4183535/149‑1 (MQ=255)
tttACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCa < 1:1748577/149‑1 (MQ=255)
aCGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCaaaa > 2:1609220/1‑149 (MQ=255)
gCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAAACTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCaaaaaa > 2:1039193/1‑149 (MQ=255)
aaGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGc > 2:1938988/1‑149 (MQ=255)
aaGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGc > 2:1939114/1‑149 (MQ=255)
tGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAAACTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGc > 2:1502815/1‑149 (MQ=255)
caATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGaaa < 1:361480/149‑1 (MQ=255)
aaTGCACCCTTTCCACTATCAACAATGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATAGTACAATGTTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAAt < 1:3087029/149‑1 (MQ=255)
aaTGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAAt > 2:1037382/1‑149 (MQ=255)
aaTGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAAt < 2:704488/149‑1 (MQ=255)
tCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAActct > 1:2674541/1‑149 (MQ=255)
cTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGa > 2:607853/1‑149 (MQ=255)
aTCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGaaa < 2:2329286/149‑1 (MQ=255)
tCAACAAGGAGTAGCAGAAACTGTGTAAATCTTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTTGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATTATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAAt < 1:1353933/149‑1 (MQ=255)
tCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAAt > 1:3903584/1‑149 (MQ=255)
tCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAAt > 1:3267479/1‑149 (MQ=255)
agtaggatCAGAAAATTTTTAAATCGTACAATGTTAATACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGTTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGa < 1:3729516/146‑1 (MQ=255)
ggaggaGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGAc > 2:1537878/1‑149 (MQ=255)
ggaggaGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGAc > 2:1537670/1‑149 (MQ=255)
gaggagCAGAAACTGTGTAAATCTTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACt < 2:2855025/149‑1 (MQ=255)
aggagCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACtt < 1:2715370/149‑1 (MQ=255)
aggagCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACtt < 2:2749033/149‑1 (MQ=255)
aggagCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACtt < 1:322662/149‑1 (MQ=255)
agCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGt > 1:686172/1‑149 (MQ=255)
gCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTTGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTATTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTc < 1:464766/149‑1 (MQ=255)
aGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTccc > 1:3379304/1‑149 (MQ=255)
gAAACTGTTTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCcg < 1:4078272/149‑1 (MQ=255)
aaaCTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCcgc < 1:2128171/149‑1 (MQ=255)
aaaCTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCcgc < 1:2128217/149‑1 (MQ=255)
aaCTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAAACTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCcgcg > 1:498456/1‑149 (MQ=255)
cTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGc < 2:346229/149‑1 (MQ=255)
tgtgTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCt > 2:1467278/1‑149 (MQ=255)
tAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTaa > 1:966130/1‑149 (MQ=255)
aaTCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAACCCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATc < 2:1164500/149‑1 (MQ=255)
aTCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCt > 1:3342123/1‑149 (MQ=255)
aTCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCt < 1:3376419/149‑1 (MQ=255)
tCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTg > 2:1816703/1‑149 (MQ=255)
cGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGa < 1:1343088/149‑1 (MQ=255)
gTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGACATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGAc > 1:2887546/1‑149 (MQ=255)
aCAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAAACTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACgg > 2:2734590/1‑149 (MQ=255)
cAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGc > 1:1033440/1‑149 (MQ=255)
ggTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCcgcg > 1:2010869/1‑149 (MQ=255)
tAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGtt < 2:803339/149‑1 (MQ=255)
gACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCt < 2:2104591/149‑1 (MQ=255)
cTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCttt < 1:3131281/149‑1 (MQ=255)
ttATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCtttt > 2:3936047/1‑149 (MQ=255)
ttATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCtttt < 1:4477781/149‑1 (MQ=255)
aTCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCtttttt < 1:395598/149‑1 (MQ=255)
aaaaaTACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGAc < 1:2960536/149‑1 (MQ=255)
aaaaaTACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGAc < 1:4620504/149‑1 (MQ=255)
aaaTACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTc < 2:17254/149‑1 (MQ=255)
aaTACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCa > 1:1661152/1‑149 (MQ=255)
aaTACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCa < 2:4315714/149‑1 (MQ=255)
tACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAACTTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTGTTGACTCAat > 2:452508/1‑149 (MQ=255)
tACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAat < 2:3427067/149‑1 (MQ=255)
aCAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAatt > 2:4453044/1‑149 (MQ=255)
aGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAattat > 2:2951845/1‑149 (MQ=255)
ggTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAattatt > 2:1340217/1‑149 (MQ=255)
ttAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGa < 1:3051169/149‑1 (MQ=255)
ttAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGa < 1:3835342/149‑1 (MQ=255)
aaTTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATTTACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCTATTATTGAAc > 2:3608924/1‑149 (MQ=255)
tGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCTAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTtc < 1:1609216/149‑1 (MQ=255)
aTTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTa > 1:1123861/1‑149 (MQ=255)
tttAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTAc > 2:862930/1‑149 (MQ=255)
tttAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTAc < 2:2553489/149‑1 (MQ=255)
tttAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTAc > 1:4259678/1‑149 (MQ=255)
ttAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACg > 2:2808887/1‑149 (MQ=255)
aaaCCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCa > 1:1154850/1‑149 (MQ=255)
aaCCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCaa > 2:3620966/1‑149 (MQ=255)
aaCCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCaa > 1:268908/1‑149 (MQ=255)
aCCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCAAc > 1:1037021/1‑149 (MQ=255)
ccTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCAACt < 2:1916889/149‑1 (MQ=255)
ccTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCAACt > 1:1451466/1‑149 (MQ=255)
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AATGTGAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCAACT > CP009273/2036399‑2036694
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
