Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,014,888 |
C→A |
22.7% |
R72S (CGT→AGT) |
xdhD → |
putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,014,888 | 0 | C | A | 22.7%
| 763.6
/ 163.9
| 299 | R72S (CGT→AGT) | xdhD | putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (129/102); new base A (31/37); total (160/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
GCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGATCGCATCGCCGCACCTAC > CP009273/3014740‑3015033
|
cAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCg < 1:4447965/149‑1 (MQ=255)
aaaGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTa > 1:1341013/1‑149 (MQ=255)
aaGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTAc > 2:3154531/1‑149 (MQ=255)
aaGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTAc < 2:3533579/149‑1 (MQ=255)
gCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCg > 1:3362262/1‑149 (MQ=255)
tgttTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGaa > 2:599383/1‑149 (MQ=255)
tgttTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGaa < 1:729479/149‑1 (MQ=255)
tgttTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGaa < 2:926644/149‑1 (MQ=255)
tAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAAtctc < 2:1210382/149‑1 (MQ=255)
tAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAAtctc < 2:4425989/149‑1 (MQ=255)
tAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAAtctc < 2:1027462/149‑1 (MQ=255)
aaCATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATctct < 1:3136273/149‑1 (MQ=255)
aaCATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATctct > 1:3734148/1‑149 (MQ=255)
aTGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTggg > 1:1530773/1‑149 (MQ=255)
tGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGc < 2:3637807/149‑1 (MQ=255)
aTGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATg < 1:1057855/149‑1 (MQ=255)
tGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATgg > 2:1474013/1‑149 (MQ=255)
tGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATgg < 1:1829948/149‑1 (MQ=255)
tGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATgg < 1:1588815/149‑1 (MQ=255)
gCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGa < 1:1762549/149‑1 (MQ=255)
cACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGaa > 2:3871163/1‑149 (MQ=255)
cACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGaa < 2:2686422/149‑1 (MQ=255)
cACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGaa < 2:407841/149‑1 (MQ=255)
cACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGaa < 2:50861/149‑1 (MQ=255)
ctctGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACg > 1:4286166/1‑149 (MQ=255)
tctGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGa > 2:2167954/1‑149 (MQ=255)
ctGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAg < 2:2852612/149‑1 (MQ=255)
ctGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAg < 2:1194174/149‑1 (MQ=255)
gTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGtt < 2:1989683/149‑1 (MQ=255)
aCGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTaa > 2:1510396/1‑149 (MQ=255)
gCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGt < 2:1774051/149‑1 (MQ=255)
gCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGt < 1:735222/149‑1 (MQ=255)
gCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGt > 1:116626/1‑149 (MQ=255)
cAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTgg > 1:3105149/1‑149 (MQ=255)
gTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGtt > 1:2854445/1‑149 (MQ=255)
tgatgaTGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTc > 1:2392260/1‑149 (MQ=255)
tgatgaTGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTc < 1:543553/149‑1 (MQ=255)
atgatgGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCaa > 1:451073/1‑149 (MQ=255)
atgatgGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCaa > 2:3483916/1‑149 (MQ=255)
tgatgGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAAc > 1:852661/1‑149 (MQ=255)
gatgGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACa > 2:81069/1‑149 (MQ=255)
gatgGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACa < 2:464940/149‑1 (MQ=255)
gatgGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACa < 2:464997/149‑1 (MQ=255)
tgGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAgg < 2:92955/149‑1 (MQ=255)
ggTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGc < 2:696154/149‑1 (MQ=255)
tCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATg < 2:3300068/149‑1 (MQ=255)
gggTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGt > 1:2456447/1‑149 (MQ=255)
gggTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGt < 1:2104458/149‑1 (MQ=255)
ggTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGtt < 2:431923/149‑1 (MQ=255)
tttGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGa < 2:4001463/149‑1 (MQ=255)
tttGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGa > 2:3368385/1‑149 (MQ=255)
ggTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTgg < 2:1580535/149‑1 (MQ=255)
tGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCgtgg < 1:2886012/149‑1 (MQ=255)
gACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCgtggt < 2:4207755/149‑1 (MQ=255)
gCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCa > 2:4534232/1‑149 (MQ=255)
gCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCa < 1:3272705/149‑1 (MQ=255)
cAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAg < 2:3574215/149‑1 (MQ=255)
aataatCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGt > 2:4491812/1‑149 (MQ=255)
aataatCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGt > 2:2496399/1‑149 (MQ=255)
ataatCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTc < 2:3098104/149‑1 (MQ=255)
taatCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCt > 1:3836222/1‑149 (MQ=255)
aatCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTg > 1:1965087/1‑149 (MQ=255)
atCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTgg > 1:3772089/1‑149 (MQ=255)
atCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTgg > 1:1112980/1‑149 (MQ=255)
tCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGt > 1:3034668/1‑149 (MQ=255)
tttAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTta > 2:4768121/1‑149 (MQ=255)
ggTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGa < 1:4251031/149‑1 (MQ=255)
ggTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGa > 1:3572510/1‑149 (MQ=255)
gTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGAt > 1:1310253/1‑149 (MQ=255)
aaTATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATcc > 2:1135007/1‑149 (MQ=255)
atatCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCa > 1:3503978/1‑149 (MQ=255)
tatCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAg > 1:1256015/1‑149 (MQ=255)
gTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGc < 2:155614/149‑1 (MQ=255)
ttAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCa > 1:844901/1‑149 (MQ=255)
aaCGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGc > 1:1954327/1‑149 (MQ=255)
aCGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGct < 2:1818219/149‑1 (MQ=255)
aCGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGct < 1:4677999/149‑1 (MQ=255)
aCGCGTCCTTGCTTATTGCCACACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGct > 1:1689772/1‑149 (MQ=255)
cgTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTg < 2:2659380/149‑1 (MQ=255)
gTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGa < 2:451073/149‑1 (MQ=255)
tCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGAt > 1:1101133/1‑149 (MQ=255)
cTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTa < 1:3801415/149‑1 (MQ=255)
ttGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAACGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAGCGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTAt > 1:4347884/1‑149 (MQ=255)
tGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATc < 1:2730440/149‑1 (MQ=255)
aTTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGa > 2:3022706/1‑149 (MQ=255)
ttGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGAt < 1:4120456/149‑1 (MQ=255)
gCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGAtcttct > 1:3455284/1‑149 (MQ=255)
aGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGat > 1:4020818/1‑149 (MQ=255)
aGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGat > 1:214849/1‑149 (MQ=255)
aGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGat > 1:2606853/1‑149 (MQ=255)
gTTAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGatc > 1:641512/1‑149 (MQ=255)
ttAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGatcg > 2:1399702/1‑149 (MQ=255)
ttAGAGAAGGCAGATATTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGatcg > 1:2577292/1‑149 (MQ=255)
agagAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGatcgca > 2:2244977/1‑149 (MQ=255)
gaAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGatcgcatcg > 1:2294965/1‑149 (MQ=255)
aaGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGatcgcatcgc < 2:3230930/149‑1 (MQ=255)
gATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGATCGCATCGCCGCAcc < 2:2316676/149‑1 (MQ=255)
tatTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGATCGCATCGCCGCACCTa > 1:3624917/1‑149 (MQ=255)
tatTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGATCGCATCGCCGCACCTa > 1:3193404/1‑149 (MQ=255)
tatTAGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGATCGCATCGCCGCACCTa > 2:3914540/1‑149 (MQ=255)
|
GCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAACAGGCAATGGTTGATGTTGGCGTGGTGCAGTCTGGTTATAACGATCCAGCTGCAGCTCTGATTATCACCGATCTTCTCGATCGCATCGCCGCACCTAC > CP009273/3014740‑3015033
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
