Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,078,536 |
T→A |
6.4% |
H216L (CAC→CTC) |
fdoG ← |
formate dehydrogenase‑O, large subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,078,536 | 0 | T | A | 6.4%
| 929.7
/ 41.2
| 308 | H216L (CAC→CTC) | fdoG | formate dehydrogenase‑O, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (150/136); new base A (12/8); total (164/144) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
CGTACGCGTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTACTCGACGCGGA > CP009273/4078388‑4078684
|
cgTACGCGTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGt > 2:2375101/1‑149 (MQ=255)
tACGCGTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGtgg > 1:3023052/1‑149 (MQ=255)
aCGCGTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGtggt < 1:3874323/149‑1 (MQ=255)
cgcgTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGaggtt < 1:214927/149‑1 (MQ=255)
gcgTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGtggttg > 1:2975116/1‑149 (MQ=255)
cgTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGtggttgg < 2:4437253/149‑1 (MQ=255)
tAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTc < 2:3570573/149‑1 (MQ=255)
aaGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCAt < 1:2201272/149‑1 (MQ=255)
aGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATc < 2:3349289/149‑1 (MQ=255)
cGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGc < 1:3350818/149‑1 (MQ=255)
gAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCa > 2:1037825/1‑149 (MQ=255)
aGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCAc < 1:59191/149‑1 (MQ=255)
ggATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCAcc < 1:4109896/149‑1 (MQ=255)
ggATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTGGGTCATCGCAcc > 1:847187/1‑149 (MQ=255)
gatcgatcACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACcg > 2:1399114/1‑149 (MQ=255)
gatcgatcACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACcg > 2:118/1‑149 (MQ=255)
tcgatcACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACcgcg > 2:3759445/1‑149 (MQ=255)
tcgatcACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACcgcg > 2:2928568/1‑149 (MQ=255)
tcACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCa < 2:1837837/149‑1 (MQ=255)
cacaATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCaa > 2:3178276/1‑149 (MQ=255)
aaTCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATg > 1:4499159/1‑149 (MQ=255)
aTCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGt > 2:432605/1‑149 (MQ=255)
aTCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGt > 1:3648422/1‑149 (MQ=255)
tCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGtt < 2:3866079/149‑1 (MQ=255)
cAGCTTCGCGCCGGTGTGAATTTTGGCGTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGGTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAAGGTTg > 2:3441315/1‑149 (MQ=255)
aGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTgg < 1:4650081/149‑1 (MQ=255)
aGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTgg > 2:2704045/1‑149 (MQ=255)
gCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATAGCACCGCGACCAAATGTTGGa < 1:1058937/149‑1 (MQ=255)
gCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGAGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGa < 2:930192/149‑1 (MQ=255)
ttCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGc < 1:2867030/149‑1 (MQ=255)
tCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCa > 1:2635662/1‑149 (MQ=255)
gcCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGAc < 1:1160834/149‑1 (MQ=255)
cGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACtt < 2:2053609/149‑1 (MQ=255)
ttGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGAGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGc > 2:943258/1‑149 (MQ=255)
ttGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGAGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGc < 2:2527317/149‑1 (MQ=255)
aaTTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCg < 2:3019500/149‑1 (MQ=255)
aTTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGt < 1:1626932/149‑1 (MQ=255)
aTTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGt > 1:4778240/1‑149 (MQ=255)
ttttGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGtt > 2:744225/1‑149 (MQ=255)
ttGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTgg < 2:1886821/149‑1 (MQ=255)
tGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGt < 2:159621/149‑1 (MQ=255)
tGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGt < 2:1445752/149‑1 (MQ=255)
tGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGt < 1:2385830/149‑1 (MQ=255)
ggCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTc > 1:1430350/1‑149 (MQ=255)
ggCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTc > 1:707948/1‑149 (MQ=255)
ggCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTc > 1:3579718/1‑149 (MQ=255)
ggCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTc < 1:260326/149‑1 (MQ=255)
ggCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGAGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTc > 1:3235895/1‑149 (MQ=255)
gCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGAGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTcc < 2:562614/149‑1 (MQ=255)
aTCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCa > 1:2911875/1‑149 (MQ=255)
tCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAg > 1:1733646/1‑149 (MQ=255)
tCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAg > 1:4737748/1‑149 (MQ=255)
ccAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGacac < 2:3247340/149‑1 (MQ=255)
aGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACAcgc < 1:3415590/149‑1 (MQ=255)
gCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACAcgcg > 1:1839738/1‑149 (MQ=255)
ggAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGcc < 2:4231056/149‑1 (MQ=255)
gAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCt > 1:1136728/1‑149 (MQ=255)
ccGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGtt > 1:1341943/1‑149 (MQ=255)
ccGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGtt < 2:3286505/149‑1 (MQ=255)
gACCGGGTTAGCTTCAGCGGCGTTACAGCCCTTCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCTGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCTAATGTTGGAGCAAGACTTGCTTCCGTTGGTCCGTGTCAGAAACGCGCCTGGTTGt < 1:3113167/149‑1 (MQ=17)
ccGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCg < 2:4768904/149‑1 (MQ=255)
ccGGGTGAGCGTCCGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCATATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCg < 1:3860058/149‑1 (MQ=255)
cGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGa < 1:946241/149‑1 (MQ=255)
cGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGa < 1:2040979/149‑1 (MQ=255)
cTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGc > 2:2144706/1‑149 (MQ=255)
aGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATAc > 2:895360/1‑149 (MQ=255)
acgTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAg > 2:2131895/2‑149 (MQ=255)
ttACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCCgcgc > 1:2497139/1‑149 (MQ=255)
ttACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAgcgc < 1:3318279/149‑1 (MQ=255)
ttACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAgcgc > 2:2739906/1‑149 (MQ=255)
ttACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAgcgc > 1:4341352/1‑149 (MQ=255)
ccGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGcgcgcg < 1:759235/149‑1 (MQ=255)
cccATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGga < 1:4216221/149‑1 (MQ=255)
cATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGgaga < 1:2766272/149‑1 (MQ=255)
tCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAAt > 2:4142378/1‑149 (MQ=255)
cacGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAAttttt > 2:765644/1‑149 (MQ=255)
cgacgaGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGc < 1:3269518/149‑1 (MQ=255)
gaGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTa > 1:1569962/1‑149 (MQ=255)
gaGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTa < 2:3896865/149‑1 (MQ=255)
ggTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTaaa > 1:3144560/1‑149 (MQ=255)
ggTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTaaa > 2:2270262/1‑149 (MQ=255)
ggTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGAGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCACGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTaaa > 2:3497331/1‑149 (MQ=255)
gTTGGCTTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAAt < 2:2437130/149‑1 (MQ=255)
ttGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCCGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATa > 2:4184567/1‑149 (MQ=255)
ggCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGc < 1:2844297/149‑1 (MQ=255)
ttCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGt > 2:3093947/1‑149 (MQ=255)
ttGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTc < 2:1684790/149‑1 (MQ=255)
gATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCCGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGt > 1:1406607/1‑149 (MQ=255)
gATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGt < 2:4655201/149‑1 (MQ=255)
tGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTa > 1:3682527/1‑149 (MQ=255)
tCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTACt > 2:3249516/1‑149 (MQ=255)
gACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTACTCg < 2:3958613/149‑1 (MQ=255)
aCCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTACTCGa < 2:1607246/149‑1 (MQ=255)
aCCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTACTCGa < 2:3674692/149‑1 (MQ=255)
cccAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTACTCGAc < 1:1026777/149‑1 (MQ=255)
cccAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTACTCGAc > 2:573463/1‑149 (MQ=255)
cccAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTACTCGAc < 1:3961746/149‑1 (MQ=255)
cccAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGGTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGTGCTTACCCAGCGCGCGGGAGAAGTTGTGCGTTAACTCGCCGGTTTCGTTGCTCgcg > 2:2964537/1‑147 (MQ=18)
ccAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTACTCGAcg > 2:700584/1‑149 (MQ=255)
tggttggtCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTACTCGACGCGGa < 1:2117460/149‑1 (MQ=255)
|
CGTACGCGTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTACTCGACGCGGA > CP009273/4078388‑4078684
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
