Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,272,059 |
T→A |
19.5% |
T315T (ACA→ACT) |
yjcF ← |
pentapeptide repeats protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,272,059 | 0 | T | A | 19.5%
| 938.5
/ 196.2
| 381 | T315T (ACA→ACT) | yjcF | pentapeptide repeats protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (164/142); new base A (45/29); total (210/171) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 393 total aligned reads displayed.
GAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATA > CP009273/4271912‑4272206
|
aaaTTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTg > 1:28882/1‑148 (MQ=255)
aaTTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGt > 1:2149041/1‑148 (MQ=255)
aTTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGtt > 2:2419319/1‑148 (MQ=255)
aTTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGtt > 1:1496351/1‑148 (MQ=255)
ttAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTa > 1:3302788/1‑148 (MQ=255)
tAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTaa < 2:480708/148‑1 (MQ=255)
acacGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAAcc > 2:1326271/1‑148 (MQ=255)
agaCGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTaaaaa > 1:1487272/1‑148 (MQ=255)
agaCGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTaaaaa > 1:1972723/1‑148 (MQ=255)
aCGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAag < 2:2511829/148‑1 (MQ=255)
aCGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAag > 1:2078158/1‑148 (MQ=255)
aCGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAag > 2:3566657/1‑148 (MQ=255)
aCGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATGAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGAGTAAAAAag > 2:2715929/1‑148 (MQ=255)
cGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAaga > 1:1541808/1‑148 (MQ=255)
ggATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTCGTTAACCGCGTAAAAAagag > 2:37446/1‑148 (MQ=255)
ttAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGc < 1:943808/148‑1 (MQ=255)
aaaCATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTa < 2:2071445/148‑1 (MQ=255)
aaCATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTAt < 1:464985/148‑1 (MQ=255)
aCATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATc > 2:3649908/1‑148 (MQ=255)
cATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCa < 1:3262733/148‑1 (MQ=255)
ccAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAAtt > 2:515351/1‑148 (MQ=255)
cAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTa > 1:134195/1‑148 (MQ=255)
ggCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAg > 2:3261617/1‑148 (MQ=255)
gCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGt > 1:690346/1‑148 (MQ=255)
gCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGt < 1:3440907/148‑1 (MQ=255)
gCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGt > 2:3394686/1‑148 (MQ=255)
gCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGt < 2:226128/148‑1 (MQ=255)
gCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGt > 2:1771714/1‑148 (MQ=255)
cTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGtt > 1:3187327/1‑148 (MQ=255)
ttttGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGttt < 2:3026036/148‑1 (MQ=255)
ttttGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGAATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGttt < 1:3771936/148‑1 (MQ=255)
aaaaCAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCt < 1:2561900/148‑1 (MQ=255)
aacagaacagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTgg < 1:1755415/148‑1 (MQ=255)
acagaacagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGa < 1:3406251/148‑1 (MQ=255)
agaacagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAgg > 1:260327/1‑148 (MQ=255)
gaacagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAggg > 2:2893228/1‑148 (MQ=255)
aacagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGt > 1:3060417/1‑148 (MQ=255)
acagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGtt > 2:2655794/1‑148 (MQ=255)
cagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTg < 1:745503/148‑1 (MQ=255)
agTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGc < 2:615326/148‑1 (MQ=255)
agTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGc < 2:1318132/148‑1 (MQ=255)
ttGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCtt < 1:1564281/148‑1 (MQ=255)
tGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCttt > 1:2266611/1‑148 (MQ=255)
tGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCttt > 2:1020557/1‑148 (MQ=255)
tGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCttt > 1:2491880/1‑148 (MQ=255)
gAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTTTTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTa < 1:1103389/148‑1 (MQ=255)
aaaTGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTAt < 1:1674113/148‑1 (MQ=255)
aTGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTc > 1:3810464/1‑148 (MQ=255)
aTGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTc > 1:3464532/1‑148 (MQ=255)
aTTGCTTAACTTGGAATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACAGATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTg < 2:1940842/148‑1 (MQ=255)
tGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGac < 2:1074185/148‑1 (MQ=255)
tAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGTCACga > 1:984302/1‑148 (MQ=255)
tAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACga > 2:2322506/1‑148 (MQ=255)
tAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCGTTATTCAGGTTGACACga > 2:1249100/1‑148 (MQ=255)
aTTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGAc < 2:841538/148‑1 (MQ=255)
tGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACCCGCGACAg > 1:3554923/1‑148 (MQ=255)
tGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAg > 2:3097075/1‑148 (MQ=255)
tGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAg > 2:1513839/1‑148 (MQ=255)
gCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGAt > 1:303644/1‑148 (MQ=255)
cATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATc < 2:210658/148‑1 (MQ=255)
cATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACAAGACAGATc > 1:559555/1‑148 (MQ=255)
tattaAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGc < 1:802017/148‑1 (MQ=255)
taAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATg < 2:1420550/148‑1 (MQ=255)
taAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATg > 2:1715031/1‑148 (MQ=255)
tAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCATTTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCaaa < 1:772955/148‑1 (MQ=255)
tAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCaaa > 2:3389691/1‑148 (MQ=255)
cATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGtt > 1:1009634/1‑148 (MQ=255)
aTTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGtta > 2:893289/1‑148 (MQ=255)
aTTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGtta < 2:729228/148‑1 (MQ=255)
aTTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGtta < 1:2364450/148‑1 (MQ=255)
ttAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTTGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGAATGTTCAATGttaa > 2:3497379/1‑148 (MQ=255)
ttAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGttaa < 2:682093/148‑1 (MQ=255)
aGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGttaatt < 1:3614587/148‑1 (MQ=255)
ccATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGttaattaa > 1:1746438/1‑148 (MQ=255)
tatTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATc > 2:361503/1‑148 (MQ=255)
tatTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATc > 2:2853778/1‑148 (MQ=255)
atTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCa > 1:1841061/1‑148 (MQ=255)
tAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAg > 1:2523753/1‑148 (MQ=255)
agagTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGt < 2:1808102/148‑1 (MQ=255)
agagTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGt < 1:3162856/148‑1 (MQ=255)
gagTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGtt < 2:3141191/148‑1 (MQ=255)
gagTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGGATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGtt > 1:2993951/1‑148 (MQ=255)
agTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGttt > 2:1882499/1‑148 (MQ=255)
agTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGttt > 2:1204717/1‑148 (MQ=255)
agTCGGTACATATAACCAATTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAATTTTATATTATGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTTACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGttt > 1:2701316/1‑148 (MQ=255)
tCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTag < 2:3268664/148‑1 (MQ=255)
tCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTag > 1:2285313/1‑148 (MQ=255)
ataACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTaa < 1:2015316/148‑1 (MQ=255)
aCCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGt > 1:3680588/1‑148 (MQ=255)
ccATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTc > 2:428655/1‑148 (MQ=255)
ttCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGct > 1:3129159/1‑148 (MQ=255)
gAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCta < 2:2923222/148‑1 (MQ=255)
gAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCta < 1:1325506/148‑1 (MQ=255)
aGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCtaa < 1:863291/148‑1 (MQ=255)
ggAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCtaaa < 2:1443774/148‑1 (MQ=255)
ggAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCtaaa < 2:800679/148‑1 (MQ=255)
ggAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCtaaa < 2:1694948/148‑1 (MQ=255)
ttGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAat < 1:3116000/148‑1 (MQ=255)
tGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAata > 1:2441463/1‑148 (MQ=255)
tGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAata < 1:1244316/148‑1 (MQ=255)
|
GAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATA > CP009273/4271912‑4272206
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
