Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,922,164 |
C→A |
30.2% |
P311P (CCG→CCT) |
ptrB ← |
protease II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,922,164 | 0 | C | A | 30.2%
| 432.5
/ 169.0
| 225 | P311P (CCG→CCT) | ptrB | protease II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (88/69); new base A (29/39); total (117/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.11e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
CATAGGCCGGATCATCAAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTGTATTCGTGATCTTTGCGGCGCGGCAGAAAAACAA > CP009273/1922016‑1922312
|
caTAGGCCGGATCATCAAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGc < 2:867679/149‑1 (MQ=255)
aGGCCGGATCATCAAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGa > 1:1471133/1‑149 (MQ=255)
ggCCGGATCATCAAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGaa < 1:1405877/149‑1 (MQ=255)
ccGGATCATCAAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAAtt < 1:2834957/149‑1 (MQ=255)
ccGGATCATCAAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAAtt < 2:2755285/149‑1 (MQ=255)
cGGATCATCAAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTa > 2:1410879/1‑149 (MQ=255)
ggATCATCAAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTaa > 1:1048440/1‑149 (MQ=255)
ggATCATCAAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTaa > 2:1700085/1‑149 (MQ=255)
gATCATCAAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAAc > 1:3583376/1‑149 (MQ=255)
atcatcAAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAAct > 2:3440112/1‑149 (MQ=255)
tcaAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTc > 1:1213268/1‑149 (MQ=255)
tcaAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTc > 1:1854609/1‑149 (MQ=255)
caAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTcc > 2:3642769/1‑149 (MQ=255)
aaGGCAATACCAATTACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCa > 1:2413101/1‑149 (MQ=255)
aaGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCa > 1:3312047/1‑149 (MQ=255)
aGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCAc < 2:2650921/149‑1 (MQ=255)
ggCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACt > 1:2160991/1‑149 (MQ=255)
aaTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGtt < 2:4018451/149‑1 (MQ=255)
aaTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGtt > 1:172577/1‑149 (MQ=255)
aaTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGtt > 1:174148/1‑149 (MQ=255)
aTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTg > 2:1234737/1‑149 (MQ=255)
tACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGc > 2:1318878/1‑149 (MQ=255)
aCCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCt > 2:1312832/1‑149 (MQ=255)
cAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCtca > 2:2007108/1‑149 (MQ=255)
cAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCtca > 2:3171845/1‑149 (MQ=255)
aTGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCtcatc < 1:170554/149‑1 (MQ=255)
aCTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACg < 1:1366065/149‑1 (MQ=255)
ttCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCa > 1:1922684/1‑149 (MQ=255)
tCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCAt < 1:3440112/149‑1 (MQ=255)
cccGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATa < 2:297062/149‑1 (MQ=255)
cccGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATa < 2:297164/149‑1 (MQ=255)
ggTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACggg < 1:2885801/149‑1 (MQ=255)
ttGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACg > 1:3501659/1‑149 (MQ=255)
cGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGATCATCACGCATACGGGTACGGta > 2:1529886/1‑149 (MQ=255)
gTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGtata > 2:1025087/1‑149 (MQ=255)
gTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGtata > 2:2292323/1‑149 (MQ=255)
ttAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATaa < 1:3647641/149‑1 (MQ=255)
tAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAg < 2:2708355/149‑1 (MQ=255)
tGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCaaa < 1:529353/149‑1 (MQ=255)
cAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCTACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGtttt < 1:2764875/149‑1 (MQ=255)
aaaCTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGttttt < 1:629935/149‑1 (MQ=255)
aCTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGc < 1:3028381/149‑1 (MQ=255)
aCTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGc > 1:209939/1‑149 (MQ=255)
cTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGcc < 2:2445618/149‑1 (MQ=255)
ggTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGt < 1:3023871/149‑1 (MQ=255)
gTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTg > 2:1612103/1‑149 (MQ=255)
gTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTg > 1:148855/1‑149 (MQ=255)
gTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTg > 2:2962473/1‑149 (MQ=255)
ttAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTgg > 2:4108346/1‑149 (MQ=255)
tAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGc < 2:1854609/149‑1 (MQ=255)
aaCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCg > 1:1992000/1‑149 (MQ=255)
aCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCgg > 2:2541167/1‑149 (MQ=255)
gcgcTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTgg > 2:1730868/1‑149 (MQ=255)
gcgcTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTgg < 2:2058259/149‑1 (MQ=255)
gcgcTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGAGGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTgg > 2:3090272/1‑149 (MQ=255)
cTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAAc > 1:2655877/1‑149 (MQ=255)
cTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAAc > 1:3128796/1‑149 (MQ=255)
tGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACg > 2:648864/1‑149 (MQ=255)
gACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGc > 1:3047246/1‑149 (MQ=255)
gACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGc > 1:713579/1‑149 (MQ=255)
aCGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCa < 2:2160991/149‑1 (MQ=255)
cGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAg < 1:3087083/149‑1 (MQ=255)
cGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAg < 2:3723712/149‑1 (MQ=255)
gCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGa < 2:1214613/149‑1 (MQ=255)
ccagccagTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGTAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAATTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGc < 1:2549590/149‑1 (MQ=255)
agccagTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTg > 2:890467/1‑149 (MQ=255)
gccagTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTGCCCACTGTTGCTCATCACGCAGACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTgg < 2:1472953/149‑1 (MQ=255)
agTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAg < 2:2393048/149‑1 (MQ=255)
agTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAg < 1:1617739/149‑1 (MQ=255)
gTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGt > 2:2362449/1‑149 (MQ=255)
tCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCCCGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTg < 2:2223656/149‑1 (MQ=255)
gTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATc > 1:1192610/1‑149 (MQ=255)
aaaCAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCaa < 2:3287444/149‑1 (MQ=255)
aaCAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAg > 2:210610/1‑149 (MQ=255)
aCAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAgg > 2:508392/1‑149 (MQ=255)
gCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTg > 1:3905954/1‑149 (MQ=255)
gCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTg > 1:4044366/1‑149 (MQ=255)
tAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTGTAt < 1:4045899/149‑1 (MQ=255)
tAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTGTAt < 1:772305/149‑1 (MQ=255)
aCCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTGTATTCg > 1:342065/1‑149 (MQ=255)
cccTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTGTATTCGt < 1:3642769/149‑1 (MQ=255)
cTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTGTATTCGTGa < 2:1474920/149‑1 (MQ=255)
ttCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTGTATTCGTGAt < 1:1318878/149‑1 (MQ=255)
tCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTGTATTCGTGATc > 1:905269/1‑149 (MQ=255)
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atgTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTGTATTCGTGATCTTTgcggcg > 1:1245156/1‑149 (MQ=255)
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cGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTGTATTCGTGATCTTTGCGGCGCGGCAGAAaaacaa < 2:2091201/149‑1 (MQ=255)
cGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTGTATTCGTGATCTTTGCGGCGCGGCAGAAaaacaa < 2:9213/149‑1 (MQ=255)
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CATAGGCCGGATCATCAAAGGCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGTTGCTCATCACGCATACGGGTACGGTATAAGCCAAAGTTTTTGCCGTGGCGGTTGGAACGCAGATAAAAACGATGCTGGTAGTGATCAAGGCTGTATTCGTGATCTTTGCGGCGCGGCAGAAAAACAA > CP009273/1922016‑1922312
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
