Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,504,065 |
C→T |
38.7% |
G319G (GGC→GGT) |
yfeO → |
putative ion channel protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,504,065 | 0 | C | T | 38.7%
| 287.9
/ inf
| 290 | G319G (GGC→GGT) | yfeO | putative ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (80/97); new base T (60/52); total (141/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
TTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGT > CP009273/2503917‑2504213
|
tGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTc > 2:251669/1‑150 (MQ=255)
gggggTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTcg < 1:1092403/150‑1 (MQ=255)
gggggTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTcg > 2:349744/1‑150 (MQ=255)
gTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGt < 2:3054371/150‑1 (MQ=255)
gTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGt < 2:3934939/150‑1 (MQ=255)
ttATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTg > 2:1034817/1‑150 (MQ=255)
tATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTgg > 1:787429/1‑150 (MQ=255)
aTTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTggg < 2:1852719/150‑1 (MQ=255)
ttGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCTTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGc < 1:2139056/150‑1 (MQ=255)
gACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCt < 2:4050513/150‑1 (MQ=255)
ccAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTc > 1:4035749/1‑150 (MQ=255)
ccAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTc > 1:2701153/1‑150 (MQ=255)
gTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCg > 2:3014394/1‑150 (MQ=255)
gTTTCGCTGTTTAAAGGGATGGATGAGATGCAGCAGAAGGTGGAAAATCAGGCTATCAGCACCAGCGATTACATTTTGCAGGCGGTAATTAAACTTGCCGCACTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTAGCGGAGGGCGAATCTTCCCg > 2:2663276/1‑150 (MQ=255)
tttCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCgg < 1:2676985/150‑1 (MQ=255)
tAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGt > 2:2589218/1‑150 (MQ=255)
gggCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGc < 1:2854182/150‑1 (MQ=255)
ggCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCg < 1:3617556/150‑1 (MQ=255)
gCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGt > 2:677809/1‑150 (MQ=255)
tGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTgg > 2:3343806/1‑150 (MQ=255)
tGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTgg < 1:3980626/150‑1 (MQ=255)
tGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTgg < 1:1374858/150‑1 (MQ=255)
ggATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGc > 1:32995/1‑150 (MQ=255)
ggATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGc < 2:3857071/150‑1 (MQ=255)
ggATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGc > 1:307578/1‑150 (MQ=255)
aTGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCAt > 2:75766/1‑150 (MQ=255)
gagaTGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTa > 2:3524552/1‑150 (MQ=255)
aTGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAggg < 1:423051/150‑1 (MQ=255)
gcagcaGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGtt < 2:2120701/150‑1 (MQ=255)
cagcagATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTg < 1:2804910/150‑1 (MQ=255)
cagcagATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTg < 2:3715446/150‑1 (MQ=255)
agcagATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGa < 1:3387365/150‑1 (MQ=255)
gcagATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGAt < 2:4015999/150‑1 (MQ=255)
agATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGAtgc > 1:946441/1‑150 (MQ=255)
agATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGAtgc > 2:1951617/1‑150 (MQ=255)
gATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGAtgct < 1:1635337/150‑1 (MQ=255)
gATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGAtgct < 1:3586415/150‑1 (MQ=255)
tggCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATg < 2:224095/150‑1 (MQ=255)
ggCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGa > 1:3989696/1‑150 (MQ=255)
cAAATTAGGCTTTCTGCACTAGCGATTACTTTTTGCTGGCGTTTATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTGGCTGCCGCCAGTGGCTTTCTCGGTGTGAGAATCTTCCCGTCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGTTTCTGCATGAGc < 2:3369079/150‑1 (MQ=255)
cAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGc > 2:3757948/1‑150 (MQ=255)
aaaTCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCa > 2:1188715/1‑150 (MQ=255)
aaaTCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCa > 1:3305678/1‑150 (MQ=255)
aTCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACg < 1:1001130/150‑1 (MQ=255)
aGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTc < 2:135914/150‑1 (MQ=255)
aGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTc > 2:3272624/1‑150 (MQ=255)
gCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTccc < 2:2819194/150‑1 (MQ=255)
tCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCccgccg > 1:3916923/1‑150 (MQ=255)
cACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTAcc < 1:1861707/150‑1 (MQ=255)
aCCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGGGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCGTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCa < 2:2140671/150‑1 (MQ=255)
gCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCgg < 1:3745400/150‑1 (MQ=255)
aTTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCaa > 1:2049063/1‑150 (MQ=255)
tACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATa < 2:3109880/150‑1 (MQ=255)
cTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAAc < 1:2159192/150‑1 (MQ=255)
cTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAAc > 1:2472873/1‑150 (MQ=255)
cTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAAc > 1:3026279/1‑150 (MQ=255)
tGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGttt > 1:3782058/1‑150 (MQ=255)
tGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGttt > 2:3134281/1‑150 (MQ=255)
ggCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCATACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTg < 2:1497144/150‑1 (MQ=255)
cGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTgcg < 2:1305721/150‑1 (MQ=255)
cGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTgcg > 2:3570232/1‑150 (MQ=255)
cGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGGTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTgcg > 2:1474363/1‑150 (MQ=255)
ggTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTgcgc < 1:3214424/150‑1 (MQ=255)
tAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTa < 1:3694254/150‑1 (MQ=255)
tAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTa > 1:1689942/1‑150 (MQ=255)
aaTTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTAt > 1:1498975/1‑150 (MQ=255)
aaTTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTAt > 2:855450/1‑150 (MQ=255)
aTTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTAtt > 1:3873081/1‑150 (MQ=255)
aTTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTAtt > 1:1076123/1‑150 (MQ=255)
aaCTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCg > 1:2451582/1‑150 (MQ=255)
aaCTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCg > 1:3186687/1‑150 (MQ=255)
aaCTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCg < 2:2077285/150‑1 (MQ=255)
aCTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCgg > 2:1091472/1‑150 (MQ=255)
cTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGc > 1:651487/1‑150 (MQ=255)
ttGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTCTTCTCGGCa > 1:85205/1‑150 (MQ=255)
gccgccCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATc > 1:2767322/1‑150 (MQ=255)
gccgccCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATc < 1:978766/150‑1 (MQ=255)
cgccCTGGTCGGTGCTGCCGCCAGTGGCTATCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGCTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCAGGAGCACGTTCCCGCAGTACCTGCGGCAATAACCGGTTCTTGGGCTATTCTCGGCATCGt > 1:3792078/1‑150 (MQ=255)
ccTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCt < 1:27957/150‑1 (MQ=255)
ccTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCt < 2:1270842/150‑1 (MQ=255)
ccTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCt < 1:19630/150‑1 (MQ=255)
cTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCtg > 1:100473/1‑150 (MQ=255)
cTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCtg > 1:2911650/1‑150 (MQ=255)
cTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCtg > 1:1547686/1‑150 (MQ=255)
ggTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCtggt > 1:2232704/1‑150 (MQ=255)
gTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCtggtg < 1:234798/150‑1 (MQ=255)
gTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTa < 1:522776/150‑1 (MQ=255)
ttGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGAGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTaa < 1:1969645/150‑1 (MQ=255)
ttGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTaa < 2:2278975/150‑1 (MQ=255)
tgctgcCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAac < 2:533222/150‑1 (MQ=255)
gctgcCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAaca < 2:2550196/150‑1 (MQ=255)
tgcCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACAcg > 2:94822/1‑150 (MQ=255)
cgccAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGa > 1:131271/1‑150 (MQ=255)
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aGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGc < 2:2767885/150‑1 (MQ=255)
tGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTg < 1:1769755/150‑1 (MQ=255)
ggCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTgg < 1:1237652/150‑1 (MQ=255)
|
TTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGT > CP009273/2503917‑2504213
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
