Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F98 I0 R1
|
799 |
294.1 |
9752082 |
92.2% |
8991419 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
560,727 |
C→A |
21.2% |
V236V (GTG→GTT) |
intD ← |
DLP12 prophage; putative phage integrase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 560,727 | 0 | C | A | 21.2%
| 809.9
/ 174.6
| 300 | V236V (GTG→GTT) | intD | DLP12 prophage; putative phage integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (118/118); new base A (25/39); total (143/157) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GCGTTGATGTTCCATCTGCTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCGGGGCACTCATCAATAAGGCGTTTTGCTTCCTCCTTTTC > CP009273/560579‑560876
|
gCGTTGATGTTCCATCTGCTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCa > 2:1535567/1‑150 (MQ=255)
gTTGATGTTCCATCTGCTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCAcc > 2:1994652/1‑150 (MQ=255)
gTTGATGTTCCATCTGCTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCAcc < 2:470788/150‑1 (MQ=255)
gTTGATGTTCCATCTGCTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAAcc > 2:1029727/1‑150 (MQ=255)
gTTGATGTTCCATCTGCTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAAcc > 2:2681110/1‑150 (MQ=255)
tGATGTTCCATCTGCTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCa > 1:4323528/1‑150 (MQ=255)
cTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCt > 2:710210/1‑150 (MQ=255)
cTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCt > 2:640664/1‑150 (MQ=255)
cTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCAt > 2:2907653/1‑150 (MQ=255)
ttAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATg < 2:4643080/150‑1 (MQ=255)
tAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGt > 2:3594220/1‑150 (MQ=255)
aGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTc < 2:2127407/150‑1 (MQ=255)
aGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTc > 2:825790/1‑150 (MQ=255)
aGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTc < 2:4356596/150‑1 (MQ=255)
aGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTAGTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCACTGGCGCGGGTTGATTTGCTCGCTTCTGGCTAAACCCAGGCACCTCGTCGCTGCATGTc > 2:4768124/1‑150 (MQ=255)
gccgccTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCg < 2:890189/150‑1 (MQ=255)
gccgccTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCg < 2:3325938/150‑1 (MQ=255)
ccgccTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGa > 1:3497961/1‑150 (MQ=255)
ttGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATttgt < 2:3826566/150‑1 (MQ=255)
ttGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATttgt < 2:4855361/150‑1 (MQ=255)
tGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATttgtt > 2:4174133/1‑150 (MQ=255)
tGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATttgtt < 1:3845012/150‑1 (MQ=255)
gTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGc > 1:2290883/1‑150 (MQ=255)
tATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGcc > 2:1862677/1‑150 (MQ=255)
aTGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCa > 1:4633400/1‑150 (MQ=255)
tGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCAt > 1:4707201/1‑150 (MQ=255)
tGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCAt > 1:3325526/1‑150 (MQ=255)
aCAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTcc > 2:3963809/1‑150 (MQ=255)
cAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCa > 2:2216112/1‑150 (MQ=255)
aaaCACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAg > 1:2314975/1‑150 (MQ=255)
acacCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGAt < 1:3012622/150‑1 (MQ=255)
cacCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGAtt < 1:182819/150‑1 (MQ=255)
cacCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGAtt > 1:2168910/1‑150 (MQ=255)
cacCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGAtt < 1:2074199/150‑1 (MQ=255)
acCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGAttt > 1:2800144/1‑150 (MQ=255)
acCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGAttt > 2:3301071/1‑150 (MQ=255)
cccATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTa > 2:1395510/1‑150 (MQ=255)
cATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTatg < 2:1706339/150‑1 (MQ=255)
ttGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTatgatg < 1:1888094/150‑1 (MQ=255)
gtgATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGtt < 2:2633412/150‑1 (MQ=255)
tGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGAc < 2:3254361/150‑1 (MQ=255)
gCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACt < 1:855966/150‑1 (MQ=255)
gCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACt < 1:1302808/150‑1 (MQ=255)
gCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACt < 1:3764401/150‑1 (MQ=255)
cTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACtt < 2:3278180/150‑1 (MQ=255)
ccTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTtctc > 2:3560013/1‑150 (MQ=255)
cTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCa < 1:2419247/150‑1 (MQ=255)
cTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCa < 1:2641083/150‑1 (MQ=255)
cTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCa > 1:4787187/1‑150 (MQ=255)
tATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCat > 1:1202770/1‑149 (MQ=255)
gATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAg < 1:810092/150‑1 (MQ=255)
gATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAg > 1:2752293/1‑150 (MQ=255)
gATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAg < 2:2270519/150‑1 (MQ=255)
gATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAg > 2:1885141/1‑150 (MQ=255)
cGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGcc > 2:3426581/1‑150 (MQ=255)
cGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGcc < 2:4747433/150‑1 (MQ=255)
aaCACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTACAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAgc > 1:2899503/1‑150 (MQ=255)
acacTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCAATCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAgcg > 2:624258/1‑150 (MQ=255)
cAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTg < 2:1466458/150‑1 (MQ=255)
aGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTga > 1:707610/1‑150 (MQ=255)
aGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGAGTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGGTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTga > 1:1391253/1‑150 (MQ=255)
gCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTgacg > 1:4230592/1‑150 (MQ=255)
gTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACa < 2:4218817/150‑1 (MQ=255)
gTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACa < 2:1762814/150‑1 (MQ=255)
tATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAg > 1:1518054/1‑150 (MQ=255)
tATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGAGTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAg > 1:3615763/1‑150 (MQ=255)
tCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGAt > 2:3869146/1‑150 (MQ=255)
cgcCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTgg > 1:337895/1‑150 (MQ=255)
cgcCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTgg < 1:4065200/150‑1 (MQ=255)
cgcCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCGGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTATCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACATGACGACAGATTTCAGTgg > 1:4101512/1‑150 (MQ=255)
ccACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGtt > 2:3064596/1‑150 (MQ=255)
acacCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCg > 2:4057747/1‑150 (MQ=255)
acacCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCg < 2:2366456/150‑1 (MQ=255)
acacCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCg < 1:2056812/150‑1 (MQ=255)
cacCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTATCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCgg > 1:1319124/1‑150 (MQ=255)
ccAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTTCATGTAGATTTTTTTCCCTTCCAGATTTATGATGTTAGACGTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACATGTCGACAGATTTAAGTGGTTCgggg > 1:1223439/1‑150 (MQ=255)
taTGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCGGGGCa > 1:1966490/2‑150 (MQ=255)
cgcgGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTAACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCGGGGCACtcat < 2:2471145/150‑1 (MQ=255)
gcgGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCGGGGCACtcatc > 2:3170432/1‑150 (MQ=255)
ggTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCGGGGCACTCATCaa > 2:2761153/1‑150 (MQ=255)
ggTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCGGGGCACTCATCaa < 2:2291437/150‑1 (MQ=255)
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cACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCGGGGCACTCATCAATAAGGCGTTTTGCTTCCTCCTTTTc < 1:1817004/150‑1 (MQ=255)
|
GCGTTGATGTTCCATCTGCTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCGGGGCACTCATCAATAAGGCGTTTTGCTTCCTCCTTTTC > CP009273/560579‑560876
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
