Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F98 I0 R1
|
799 |
294.1 |
9752082 |
92.2% |
8991419 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
565,475 |
C→T |
25.5% |
A373V (GCT→GTT) |
ybcK → |
DLP12 prophage; putative recombinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 565,475 | 0 | C | T | 25.5%
| 180.0
/ 67.7
| 98 | A373V (GCT→GTT) | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/42); new base T (11/14); total (42/56) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.30e-01 |
GTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAGGAATTACGAAGGGCTTCGGTATCAT > CP009273/565328‑565621
|
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gTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTa > 1:3248634/1‑150 (MQ=255)
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tttGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTaa < 2:2676643/150‑1 (MQ=255)
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tttGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTaa < 2:2676651/150‑1 (MQ=255)
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cATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGaa > 2:3039214/1‑150 (MQ=255)
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ttatGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTaga < 1:1502935/150‑1 (MQ=255)
ttatGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTaga < 1:1502923/150‑1 (MQ=255)
tatGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTagag > 1:2885063/1‑150 (MQ=255)
atGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGt < 1:1615820/150‑1 (MQ=255)
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tGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTAAGAGtt > 2:1135291/1‑150 (MQ=255)
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tCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAat < 2:2712404/150‑1 (MQ=255)
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aTTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCa < 2:2311816/150‑1 (MQ=255)
aTTACATCGATGTGACAGGCCATAAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCa < 2:2852208/150‑1 (MQ=255)
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tgtgACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAAtt < 1:1299945/150‑1 (MQ=255)
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gaTTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGTTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATtgtct < 1:1314696/150‑1 (MQ=255)
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tataATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGaa < 1:72199/150‑1 (MQ=255)
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taataTCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGTTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGt > 2:662105/1‑150 (MQ=255)
tCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCg < 1:4088109/150‑1 (MQ=255)
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tAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCtat > 2:2067045/1‑150 (MQ=255)
tAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCtat > 2:403806/1‑150 (MQ=255)
tAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCtat < 2:3880167/150‑1 (MQ=255)
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cTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGaaa < 1:2647350/150‑1 (MQ=255)
ttttAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAAt > 1:1939398/1‑150 (MQ=255)
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tttAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATa < 1:40887/150‑1 (MQ=255)
ttAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGTTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATaa < 1:4579423/150‑1 (MQ=255)
ttAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATaa < 2:1391500/150‑1 (MQ=255)
ttAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATaa < 1:4748330/150‑1 (MQ=255)
ttCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTAAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAgg < 1:1135291/150‑1 (MQ=255)
atcaaaaCAAGAAATATTCTAATTAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAGGAATTACGaa < 2:4165108/147‑1 (MQ=255)
tGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAGGAATTACGAAg > 2:632917/1‑150 (MQ=255)
gAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAGGAATTACGAAgt > 2:2579359/1‑149 (MQ=255)
aaaCAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAGGAATTACGAAGGGc > 2:3609775/1‑150 (MQ=255)
aaaCAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAGGAATTACGAAGGGc < 2:517711/150‑1 (MQ=255)
aaaCAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAGGAATTACGAAGGGc > 2:3149278/1‑150 (MQ=255)
aaaCAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAGGAATTACGAAGGGc < 2:517693/150‑1 (MQ=255)
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aTGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAGGAATTACGAAGGGCTTCGGTATCAt > 2:2300580/1‑150 (MQ=255)
aTGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAGGAATTACGAAGGGCTTCGGTATCAt > 2:2299918/1‑150 (MQ=255)
|
GTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAGGAATTACGAAGGGCTTCGGTATCAT > CP009273/565328‑565621
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
