Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F98 I0 R1
|
799 |
294.1 |
9752082 |
92.2% |
8991419 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
579,565 |
A→G |
23.6% |
G143G (GGA→GGG) |
appY → |
global transcriptional activator; DLP12 prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 579,565 | 0 | A | G | 23.6%
| 249.8
/ 78.7
| 123 | G143G (GGA→GGG) | appY | global transcriptional activator; DLP12 prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/61); new base G (6/23); total (39/84) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TGTTTGAAGGGATTAAAATAGCAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGTCATTTACTGAAATATTGAGAGATACTAGGATGAGGTATGCAAA > CP009273/579417‑579714
|
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gTTTGAAGGGATTAAAATAGCAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGaat < 1:1317736/150‑1 (MQ=255)
tGAAGGGATTAAAATAGCAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGaataat < 1:4690405/150‑1 (MQ=255)
aGGGATTAAAATAGCAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAg > 1:362968/1‑150 (MQ=255)
gggATTAAAATAGCAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGt > 2:4206823/1‑150 (MQ=255)
ggATTAAAATAGCAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGtt < 1:4233521/150‑1 (MQ=255)
ggATTAAAATAGCAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGtt < 1:1776372/150‑1 (MQ=255)
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aaaaTAGCAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAat < 2:34345/150‑1 (MQ=255)
aaaTAGCAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAata < 2:2835101/150‑1 (MQ=255)
aaTAGCAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAatat < 1:934703/150‑1 (MQ=255)
aaTAGCAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAatat < 1:3378246/150‑1 (MQ=255)
cAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGc > 1:1211007/1‑150 (MQ=255)
cAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTCTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATAAATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTTAGc > 1:3702191/1‑150 (MQ=255)
aCTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGc > 2:534269/1‑150 (MQ=255)
aCTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGc > 2:180355/1‑150 (MQ=255)
aCTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGc > 2:180185/1‑150 (MQ=255)
tCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCaa < 2:324376/150‑1 (MQ=255)
acacTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATg < 2:1873800/150‑1 (MQ=255)
cTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCa > 2:527473/1‑150 (MQ=255)
cccTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCAtt < 2:1063261/150‑1 (MQ=255)
ccTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCAttt < 1:4798579/150‑1 (MQ=255)
cTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTa > 1:1042454/1‑150 (MQ=255)
tttGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTaa > 1:3900710/1‑150 (MQ=255)
tttGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTaa > 1:3900813/1‑150 (MQ=255)
ttGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTaaa > 1:2473529/1‑150 (MQ=255)
ttGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTaaa > 1:2473506/1‑150 (MQ=255)
ttGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTaaa > 1:2473443/1‑150 (MQ=255)
ttGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTaaa < 1:244317/150‑1 (MQ=255)
ggTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAg > 2:4730319/1‑150 (MQ=255)
ggTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAg < 1:4582272/150‑1 (MQ=255)
ttAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGat < 1:4318505/150‑1 (MQ=255)
aagaaagaCTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTg < 1:2006744/150‑1 (MQ=255)
agaaagaCTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGc < 1:3849579/150‑1 (MQ=255)
agaaagaCTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGc < 1:1390530/150‑1 (MQ=255)
agaaagaCTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGc < 1:3579538/150‑1 (MQ=255)
aaagaCTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCgg < 1:1064003/150‑1 (MQ=255)
aaagaCTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCgg > 2:2696643/1‑150 (MQ=255)
aaagaCTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCgg > 2:2697738/1‑150 (MQ=255)
aaagaCTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCgg > 2:1212662/1‑150 (MQ=255)
gaCTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAAt < 2:4451358/150‑1 (MQ=255)
aCTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAAtt > 2:643012/1‑150 (MQ=255)
cTATGTATATCCTTACTTGCCATTTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTg < 2:620298/150‑1 (MQ=255)
atatCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTtat < 2:2196689/150‑1 (MQ=255)
atatCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTtat < 2:2987250/150‑1 (MQ=255)
atatCCTTACTTGCCATGTACAAAAAACGAGAAAGTGTAAATTAATTTATAATAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTtat < 2:4239104/150‑1 (MQ=255)
atatCCTTACTTGCAATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTtat < 2:2987255/150‑1 (MQ=255)
tCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACg > 2:2408393/1‑150 (MQ=255)
tCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACg > 2:2407884/1‑150 (MQ=255)
ttACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGt < 2:406030/150‑1 (MQ=255)
ttACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGt < 2:782051/150‑1 (MQ=255)
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tGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAg < 1:1418839/150‑1 (MQ=255)
tGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAg > 1:2489178/1‑150 (MQ=255)
tGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTCATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAg < 1:293965/150‑1 (MQ=255)
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cATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGttt < 2:14674/150‑1 (MQ=255)
aTGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTta < 2:2770316/150‑1 (MQ=255)
aTGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTta < 2:31729/150‑1 (MQ=255)
ttCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTtaata < 2:3777081/150‑1 (MQ=255)
tCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTtaataa < 2:1330166/150‑1 (MQ=255)
cAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATaaa < 1:1874237/150‑1 (MQ=255)
cAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATaaa < 1:4326864/150‑1 (MQ=255)
aaaaaaCGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATaaaa < 1:1072316/150‑1 (MQ=255)
aaaaCGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATaaaaaa > 1:1056424/1‑150 (MQ=255)
cgcgAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGa > 2:1939733/1‑150 (MQ=255)
cgcgAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGa < 2:1366203/150‑1 (MQ=255)
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tAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAAT‑AAAAAAAGATTAAGGGATGa > 1:1448349/1‑150 (MQ=255)
aaaTTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGa < 1:582528/150‑1 (MQ=255)
aaaTTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGa < 1:582338/150‑1 (MQ=255)
tCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGa > 1:4137184/1‑150 (MQ=255)
ttATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGt < 2:1230305/150‑1 (MQ=255)
tataCTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGTc < 2:504181/150‑1 (MQ=255)
ataCTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGTCa < 2:4568018/150‑1 (MQ=255)
ataCTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGTCa < 2:2115366/150‑1 (MQ=255)
tAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGTCATTTa < 1:4307432/150‑1 (MQ=255)
atatAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGTCATTTACTGaaa < 1:4559380/150‑1 (MQ=255)
taAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGTCATTTACTGAAatat < 2:3288864/150‑1 (MQ=255)
taAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGTCATTTACTGAAatat < 2:3290803/150‑1 (MQ=255)
aaaTACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGTCATTTACTGAAATAtt < 2:3900813/150‑1 (MQ=255)
aaaTACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGTCATTTACTGAAATAtt < 2:3900710/150‑1 (MQ=255)
aCATTTACCTGTAAAATTACTGGGATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGTCATTTACTGAAATATTgaga < 2:2354158/150‑1 (MQ=255)
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TGTTTGAAGGGATTAAAATAGCAGACTCACACTCCCTTTGGTTAAAAGAAAGACTATGTATATCCTTACTTGCCATGTTCAAAAAACGCGAAAGTGTAAATTCATTTATACTAACAAATATAAATACATTTACCTGTAAAATTACTGGAATAATCAGTTTTAATATTGAGCGGCAATGGCATTTAAAAGATATTGCGGAATTGATTTATACGAGTGAAAGTTTAATAAAAAAAAGATTAAGGGATGAAGGAACGTCATTTACTGAAATATTGAGAGATACTAGGATGAGGTATGCAAA > CP009273/579417‑579714
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
