Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F98 I0 R1
|
799 |
294.1 |
9752082 |
92.2% |
8991419 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,056,837 |
C→A |
30.9% |
V164V (GTC→GTA) |
argK → |
membrane ATPase/protein kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,056,837 | 0 | C | A | 30.9%
| 557.0
/ 271.2
| 296 | V164V (GTC→GTA) | argK | membrane ATPase/protein kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/130); new base A (37/55); total (111/185) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
GAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCATTGCCC > CP009273/3056688‑3056985
|
gcggcgTTTATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGcc < 2:694036/150‑1 (MQ=255)
cggcgTTTATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGccc < 2:3261838/150‑1 (MQ=255)
cggcgTTTATTAGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGccc < 2:4679993/150‑1 (MQ=255)
tttATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCAtg < 1:4467492/150‑1 (MQ=255)
tttATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCAtg < 1:3247088/150‑1 (MQ=255)
tttATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCAtg > 1:4640122/1‑150 (MQ=255)
tttATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCAtg < 2:4245327/150‑1 (MQ=255)
ttATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCAtgg < 2:675839/150‑1 (MQ=255)
aTTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCAtggtg > 2:1332841/1‑150 (MQ=255)
tCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGa > 1:2384344/1‑150 (MQ=255)
cGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGtt < 2:187575/150‑1 (MQ=255)
cGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGtt < 2:4399973/150‑1 (MQ=255)
ggTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGttt > 2:3966841/1‑150 (MQ=255)
ccATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTAtc < 1:1348392/150‑1 (MQ=255)
ctccGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGtt < 1:1554056/150‑1 (MQ=255)
ccGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGc > 1:2173662/1‑150 (MQ=255)
cGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCa > 1:4076328/1‑150 (MQ=255)
aTCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTTATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTg < 1:2227301/150‑1 (MQ=255)
aTCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTg < 1:4348743/150‑1 (MQ=255)
tGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCg < 2:583926/150‑1 (MQ=255)
ggTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTggc < 2:2226750/150‑1 (MQ=255)
gCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTggcggc < 2:279672/150‑1 (MQ=255)
gCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTggcggc < 2:1925632/150‑1 (MQ=255)
ccAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGgcggcg < 2:2732140/150‑1 (MQ=255)
cAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCga < 1:2306879/150‑1 (MQ=255)
aGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCgat > 2:483511/1‑150 (MQ=255)
aGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCgat < 2:1963835/150‑1 (MQ=255)
gTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCgatg > 1:698456/1‑150 (MQ=255)
agcgagcgCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATc < 2:3727096/150‑1 (MQ=255)
agcgagcgCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATc < 1:3987523/150‑1 (MQ=255)
agcgagcgCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATc < 1:1659378/150‑1 (MQ=255)
cgagcgCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTg < 2:4535888/150‑1 (MQ=255)
agcgCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCa > 2:3585670/1‑150 (MQ=255)
gcgcGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAg < 1:1099960/150‑1 (MQ=255)
cgGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGc > 1:1513005/1‑150 (MQ=255)
cgGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGC‑GGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCa > 1:1774736/1‑150 (MQ=255)
gAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCAtt < 2:3000004/150‑1 (MQ=255)
gAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCAtt < 2:2509190/150‑1 (MQ=255)
aaTTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTa > 1:1488994/1‑150 (MQ=255)
aTTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTaa > 2:3171563/1‑150 (MQ=255)
aTTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTaa < 1:380464/150‑1 (MQ=255)
ttAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTaaa < 1:3454751/150‑1 (MQ=255)
tAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGACACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTaaaa > 2:2890635/1‑150 (MQ=255)
tAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTaaaa < 1:2632860/150‑1 (MQ=255)
cTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAggg < 1:618072/150‑1 (MQ=255)
gTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCt > 2:1522987/1‑150 (MQ=255)
tATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGa < 1:2444407/150‑1 (MQ=255)
tATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGa < 1:16468/150‑1 (MQ=255)
tATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGa < 1:4750694/150‑1 (MQ=255)
gCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATgg > 2:2019544/1‑150 (MQ=255)
gAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGaa < 1:4320102/150‑1 (MQ=255)
gAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGaa > 2:760064/1‑150 (MQ=255)
aaGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAg < 2:3990640/150‑1 (MQ=255)
agcGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGc < 1:4104015/150‑1 (MQ=255)
cGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGctg < 2:1601752/150‑1 (MQ=255)
gggTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACTTTTGTCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCTCCCGCATTGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGctga < 1:4557030/150‑1 (MQ=255)
ggTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGctgat < 1:1828018/150‑1 (MQ=255)
gTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGctgatc < 2:225260/150‑1 (MQ=255)
gTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGctgatc < 1:2154095/150‑1 (MQ=255)
ttATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGctgatct < 2:2671996/150‑1 (MQ=255)
ttATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGctgatct < 2:1700667/150‑1 (MQ=255)
tGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGctgatctgat < 1:1019406/150‑1 (MQ=255)
gACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCtgatctgatc < 2:4566492/150‑1 (MQ=255)
gACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCtgatctgatc < 2:427616/150‑1 (MQ=255)
gTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGtt > 2:808068/1‑150 (MQ=255)
gTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGtt > 2:2975513/1‑150 (MQ=255)
aGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTAt < 2:1828196/150‑1 (MQ=255)
gTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATc > 2:1122342/1‑150 (MQ=255)
tGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATca > 1:4808484/1‑150 (MQ=255)
tGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATca > 2:2075455/1‑150 (MQ=255)
gATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATcaa > 1:2113899/1‑150 (MQ=255)
gATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATcaa > 2:462560/1‑150 (MQ=255)
gTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACaaa < 1:753086/150‑1 (MQ=255)
tCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAg < 2:3418772/150‑1 (MQ=255)
gAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGAc < 1:3093959/150‑1 (MQ=255)
aCGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGAt < 1:274678/150‑1 (MQ=255)
gTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGc < 2:553826/150‑1 (MQ=255)
ttGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCg < 1:1286672/150‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGa > 2:4732788/1‑150 (MQ=255)
tGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGa < 1:4374019/150‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGa < 2:2346257/150‑1 (MQ=255)
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gCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATAc < 1:3030998/150‑1 (MQ=255)
aGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCa > 1:2945374/1‑150 (MQ=255)
tCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAAt > 1:281319/1‑150 (MQ=255)
cGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATg < 1:3899651/150‑1 (MQ=255)
ggAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGt > 2:2582995/1‑150 (MQ=255)
aaaCAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCg < 2:850247/150‑1 (MQ=255)
aaaCAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCg > 2:4269636/1‑150 (MQ=255)
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gAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCAtt < 1:853067/150‑1 (MQ=255)
aaGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCATTg < 2:4175497/150‑1 (MQ=255)
tCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCATTGccc > 2:1486963/1‑150 (MQ=255)
|
GAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCATTGCCC > CP009273/3056688‑3056985
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
