Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R2
|
44 |
314.5 |
5848508 |
99.3% |
5807568 |
128.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AssemblyC74_contig_12 |
59,224 |
2 bp→TG |
coding (113‑114/672 nt) |
rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 ← |
Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,224 | 0 | C | T | 75.1%
| 1356.9
/ inf
| 826 | V38A (GTG→GCA) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (131/74); new base T (368/249); total (501/325) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,225 | 0 | A | G | 75.2%
| 1440.6
/ inf
| 826 | V38A (GTG→GCA) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (129/74); new base G (367/248); total (501/325) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.62e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 |
Only 100 of 857 total aligned reads displayed.
GACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑C > AssemblyC74_contig_12/59092‑59337
||
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATacac < 1:1693696/135‑1 (MQ=255)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATacac < 2:764074/135‑1 (MQ=255)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATacac < 1:920493/135‑1 (MQ=255)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATaca > 2:511682/1‑134 (MQ=255)
ccTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGt < 2:530605/135‑1 (MQ=25)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 1:365855/1‑135 (MQ=25)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCt > 2:848271/1‑135 (MQ=37)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 1:2000220/1‑135 (MQ=25)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 2:124482/1‑135 (MQ=25)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 1:2371101/1‑135 (MQ=25)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 1:2274819/1‑135 (MQ=25)
ggTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCt > 2:2584030/1‑135 (MQ=255)
aaGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAAcc > 1:2568786/1‑135 (MQ=25)
tCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTc > 1:888703/1‑135 (MQ=21)
cggttttCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGATCCTGGTGCTAAACCGTCa > 1:774012/4‑135 (MQ=21)
ggttttctTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAa < 1:1095135‑M2/133‑2 (MQ=255)
ggttttctTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAa < 1:1560128‑M2/133‑2 (MQ=255)
gATTGTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTc < 1:1044427/133‑1 (MQ=255)
tttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatc > 1:1189805‑M2/1‑131 (MQ=255)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgc < 2:1149237‑M2/135‑6 (MQ=255)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgc < 1:85800‑M2/135‑6 (MQ=255)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgc < 2:2686662‑M2/135‑6 (MQ=255)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgc < 1:485002‑M2/135‑6 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 2:2348667‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 1:2619476‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 1:1743303‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 1:403308‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 1:45197‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 2:1957344‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgct < 2:1327452‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgct < 1:1523506‑M2/135‑7 (MQ=255)
ttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagt > 2:1743303‑M2/1‑126 (MQ=255)
ttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagt > 1:1320829‑M2/1‑126 (MQ=255)
ttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACCCGATTTGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCAAAACCGTCAattgccagt > 1:1010311‑M2/1‑126 (MQ=255)
aaTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttcc > 2:2081066‑M2/1‑120 (MQ=255)
aaTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttcc > 1:191644‑M2/1‑120 (MQ=255)
aaTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttcc > 2:2014601‑M2/1‑120 (MQ=255)
aaTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttcc > 2:713549‑M2/1‑120 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCATCCTCGATCGGTGTCGCATATTATTCATCACTTTTCGGCTGTTGAGGTTGTACAAGCTGTAATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCAt < 2:2262742/135‑1 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccat > 1:2822819‑M2/1‑119 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccat > 1:1807525‑M2/1‑119 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccat > 2:140073‑M2/1‑119 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccat > 2:1549570‑M2/1‑119 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccat > 1:241796‑M2/1‑119 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccat > 1:1607385‑M2/1‑119 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttcc < 2:1464108‑M2/133‑15 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttcc < 1:2072798‑M2/133‑15 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccat > 1:1227020‑M2/1‑119 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTAAAACTCGATTGGTGTCGCATCTTATTCATAGGCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGGTGATATGCTCCTGGTGATTAAGCGTCAATTGCCTGTTTTCCAt < 1:6324/135‑1 (MQ=18)
cTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatctt > 2:289068‑M2/1‑116 (MQ=255)
cTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatc < 1:578897‑M2/133‑18 (MQ=255)
tACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTCTTGGCTCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttc > 2:2752583‑M2/1‑115 (MQ=255)
tACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttc > 1:1645203‑M2/1‑115 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttct > 1:304879‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgct > 2:2283815‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgct > 2:802537‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgct > 1:982338‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgctagttttccatcttct > 2:1034458‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgctagttttccatcttct > 2:1614698‑M2/1‑114 (MQ=255)
ccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctg > 2:2510919‑M2/1‑110 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGTGTTTCTACAAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtt > 1:1127298‑M2/1‑105 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtt > 1:2493904‑M2/1‑105 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtt < 2:2398603‑M2/135‑31 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtt > 2:1515124‑M2/1‑105 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtt > 1:536953‑M2/1‑105 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 1:742199/135‑1 (MQ=17)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:486030/135‑1 (MQ=17)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtta > 2:888703‑M2/1‑104 (MQ=255)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtta < 2:443966‑M2/135‑32 (MQ=255)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtt < 1:221303‑M2/134‑31 (MQ=255)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccat < 1:1402855‑M2/120‑17 (MQ=255)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATacac > 1:231407/1‑85 (MQ=255)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagttag < 2:638145‑M2/134‑33 (MQ=255)
tGACTGCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAa > 1:2157109‑M1/1‑133 (MQ=255)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaac > 1:267772‑M1/1‑132 (MQ=255)
aCTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttag < 2:2440252‑M2/132‑33 (MQ=255)
tcttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAatt < 2:2634476‑M2/100‑4 (MQ=255)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAAccggtt < 1:814796/135‑5 (MQ=14)
cGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgca < 1:705286‑M2/135‑44 (MQ=255)
gATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATacac < 1:2104167/72‑1 (MQ=255)
tcAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATacac > 1:1955177/1‑68 (MQ=255)
tCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatct > 1:2038452‑M2/1‑71 (MQ=255)
tCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttaga > 2:213755‑M2/1‑66 (MQ=255)
tACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaaaaca > 2:1929881‑M2/1‑57 (MQ=255)
ccctattggcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaa > 1:1867372‑M1/6‑86 (MQ=255)
cccGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAATCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgttgttagacctgactgaagaacggttccattggcatattgtaactcaaaaacagc < 1:286414‑M2/134‑81 (MQ=255)
attgGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctcct < 2:1887458‑M1/134‑54 (MQ=255)
tGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg < 2:390949‑M1/135‑56 (MQ=255)
tGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttatccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttg < 2:1667821‑M1/135‑56 (MQ=255)
ggCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaaaacagctccttg > 2:953487‑M2/1‑48 (MQ=255)
ggCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttga > 1:1352676‑M1/1‑79 (MQ=255)
gcgcTTGTGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaaaacagctcc > 2:1090933‑M2/1‑47 (MQ=255)
gcgcTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttatccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaa > 1:2718948‑M1/1‑78 (MQ=255)
cTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaagga < 2:1203326‑M1/135‑61 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttc > 2:2822404‑M1/1‑70 (MQ=255)
gTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttc > 2:318124‑M1/1‑70 (MQ=255)
aCCAGCTGATATGATCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgaaggacttcaccact > 2:592525‑M1/1‑64 (MQ=255)
ccAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaaaacagctccttgcaggacttccccgcttt < 2:2192052‑M2/135‑104 (MQ=255)
gATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaaaacagctccttgcaggacttccccgctttggt > 2:1845433‑M2/1‑26 (MQ=255)
acTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaaaacagctccttgcaggacttccccgctttggtcatcgatc > 2:1819250‑M2/1‑21 (MQ=255)
||
GACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑C > AssemblyC74_contig_12/59092‑59337
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
