| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000730 | 68659 = | 131 (0.690) | 11 (0.070) | 11/260 | 12.4 | 8.7% | coding (775/852 nt) | USA300HOU_0065 | transposase |
| ? | CP000730 | = 68655 | 115 (0.690) | coding (771/852 nt) | USA300HOU_0065 | transposase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TGTCCCGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAA‑ACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCAGTGCCCTAGGATTATAGGCTCTTTTGTTTATA > CP000730/68513‑68807 | tGTCCCGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATAAGGTCGAAAAGTACATTAAAAACaataaa > 2:1818293/1‑148 (MQ=255)agTCCCGAAAGGGAACACATGCCGATAACGCCAAGATAAAAAATTACCATTCCTAAATAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAACaataat < 2:458083/148‑1 (MQ=11) gTCCCGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAGAAGTACATTAAAAACaataata < 2:1881577/149‑1 (MQ=255) gTCCCGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACaataata < 1:318742/149‑1 (MQ=255) gAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGTTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAAAaataataataaa > 1:1563566/1‑148 (MQ=255) aaCACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACaataataataataataata > 2:641608/1‑149 (MQ=255) acacCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACaataataataataataataa < 1:1282132/149‑1 (MQ=255) ccccTGCCGATAGCGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACaataataataataataataat < 2:1587505/147‑1 (MQ=255) cacCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAAGAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACaataataataataataataat < 1:389717/149‑1 (MQ=255) ccTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCg > 1:150375/1‑149 (MQ=255) cTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGa < 1:962848/149‑1 (MQ=255) gCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAAt > 1:85498/1‑149 (MQ=255) tAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCGATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTcaac > 2:1296242/1‑149 (MQ=255) ccccGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACaaaa‑a < 2:1351979/149‑1 (MQ=255) 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aaaGTCCGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAA‑ACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACa < 1:423984/149‑1 (MQ=255) aGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAA‑ACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACaga > 1:832419/1‑149 (MQ=255) aGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATAAGCTTAAACACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAAAAAAAAAAAAAAAAA‑ACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACaga < 2:1129352/149‑1 (MQ=21) cTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAA‑ACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGaa < 2:1462238/149‑1 (MQ=255) aaaCTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAA‑ACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTa > 1:583831/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |