Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F9 I0 R1
|
113 |
83.2 |
1840812 |
91.6% |
1686183 |
224.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,991,593 |
A→C |
13.7% |
S9R (AGT→AGG) |
yecA ← |
UPF0149 family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,991,593 | 0 | A | C | 13.7%
| 185.2
/ 2.6
| 73 | S9R (AGT→AGG) | yecA | UPF0149 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/18); new base C (3/9); total (46/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
TCTGCGGTATCGGCCATATGTTGAAAAG‑CCAGATTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTATTCTTATCTTTCCCATGGT > NC_000913/1991357‑1991818
|
tctGCGGTATCGGCCATATGTTGAAAAG‑CCAGATTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGAGGTCAGTGGTCTATTTGGTCCGAACATCGTCCAGCCTTTCCACCCCACt > 1:446518/1‑239 (MQ=255)
cGGTATCGGCCATATGTTGAAACG‑CCAGATTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGCATGCCGTGGTCAACGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCCTTACAACTCACTTTCg > 1:463797/1‑239 (MQ=255)
tCGGCCATATGTTGAAAAG‑CCAGATTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCAATTCCAAACAACTTTCGTTTaa > 1:673885/1‑239 (MQ=255)
aaaaGCCCAGTTTCATAAAGCCGGTCA‑CTCTTTTCCAGGCCCCCCGGGCCGGCACATAG‑CAGCCCCACCCCCACACGC‑CACCCAG‑CACCTGTCCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAAACCCCACCACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTc < 1:264226/239‑1 (MQ=255)
aaaaG‑CCAGATTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAAccttcctcttatac > 1:87862/1‑226 (MQ=255)
aTTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCttt > 1:129036/1‑238 (MQ=255)
aaacgccccttgcccttctctcTGACCCCCCGCG‑CGTCACATAG‑CCGCCCCC‑CCCCCCCCCG‑CAACCCGCCCTCGGTCCCGT‑TACAACGCCGC‑GGGGAGAACTCAACACGGCCGTCAATAACCCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTtg < 2:129036/221‑1 (MQ=255)
cgTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGCAGAACTCAACACCGCCGTCAATAACCCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGCCAGGGTTGTCTTTGTTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCCATTTCGTTTTACGGTCCCGTTTTCATCAGATTTTCCTtgtgtcacc > 2:785089/1‑234 (MQ=255)
tctcTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGGCAGAATATCGTTCAGCCCTTCCCACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGGGGATCTCAACTCTCCac > 2:126758/1‑238 (MQ=255)
tGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑GAACCAG‑CAACTGTTCCGG‑TTCAATCTCGT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACAGTCC‑AGCTCAGCAACACCAAGGAAGACGTGGTCAGTTTTGCAATTGTTCAGAATACCGTCAATCCATTCAACCGCACTTTCGTTTAACGGTCCCGCTTCATTAACCTTTTCATTATGGATCTaaaatgaccacaccc > 2:741643/1‑227 (MQ=255)
tGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCCTTCCCACTCCCTTTCGTTTACCGGTGCCGTTTTCATACGCATTTCCTTGTGGAACTCAACCCCCCAGCAcc > 2:357009/1‑239 (MQ=255)
cccgcgcagcccatctccccccccc‑cccccccCGG‑C‑ACCCG‑CCCCTTGTCCGGCTTCAATCCCGT‑GGGGAAAAACCACCCCCGCCTGAAATAACCCGCCC‑GCCCCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCtt < 2:446518/219‑1 (MQ=255)
cg‑cgGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTCCAt > 1:147176/1‑239 (MQ=255)
aGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGt > 1:272226/1‑239 (MQ=255)
gCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCCCTTTCGTTTAACGGTCCCGGTTTCATACCCTTTTCCTTATGGATCCCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCag > 1:666686/1‑239 (MQ=255)
gCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCag > 1:222751/1‑239 (MQ=255)
gCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGGGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCGTTTCCTTGTGGATCTCAATTCCCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCAGTCCGTATCac > 2:587059/1‑238 (MQ=255)
cccccccacCCGG‑CAACCAG‑CCACTTTTCGGG‑TTCAATCGTGT‑GGGGAAAACTAAACCCCGCCGTAAATAAACCGGCC‑GGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCCCTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAgaga < 1:412022/236‑1 (MQ=255)
ccccccacACGGCCACCCCG‑CCCTTTTTCCGT‑TTAAAT‑TCTTGGGGGAAACCTAAACCCCGCCGTCAATAACCCGTCC‑AGCCCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAgaga < 1:73832/237‑1 (MQ=255)
cacGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑GGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACAAGCCGGTCCGAATCAAAGAAACttttt > 2:351423/1‑239 (MQ=255)
cacGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGCGATACttttt > 1:537838/1‑239 (MQ=255)
cacGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCCAAACTCCCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGGCCCTACAAAAGAAACttttg > 2:412022/1‑238 (MQ=255)
g‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTT‑‑TCTTACATCCCGGTCCGTATCAGACATCCTTTTTGatt > 1:843705/1‑237 (MQ=255)
ccGT‑TTCAATCTCTG‑GCGGAAAACTCAACGCCGCCGTCAATAAACCTTCC‑AGCCCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCTAGCCATTCCAACTCCCTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGAtt < 1:250688/239‑1 (MQ=255)
ggttttCAACCTCTG‑GCAGAAACCCCAACCCCGCCGTCAATAACCCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGAtt < 1:537572/235‑1 (MQ=255)
cggttcaactcttggggggtgaACTCACCACCG‑CGTGAAATAACCGGCCGACCCCCCCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTTTTTTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCCCTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGAtt < 2:105150/219‑1 (MQ=255)
g‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGACTGGCTTTCATGGCGATTaaa > 1:105150/1‑239 (MQ=255)
ttgggggaaactccacgcccgcggTAATTAATCCGTCC‑GGCCCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAagga < 2:222751/221‑1 (MQ=255)
ctggggagaagctaaccccgtccgTAATTAACCCGGCC‑AGCTCCGCCACAGCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTAAGAATATGGTCCAGCCATTCCAACTCCCTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAagga < 1:587059/218‑1 (MQ=255)
ctggggaagaaccaaccacCCCCGTCAATAACCCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAagga < 1:81801/223‑1 (MQ=255)
t‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTAAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGAACTCAACTAGCCAGACCCTA‑‑TCTTCCATGCCGGTCGGTATCAGCGATACTTTTTGAGTGGATTTGTTGGTGTTTAACCATAAaggagg > 1:829880/1‑239 (MQ=255)
cTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCtt > 1:202119/1‑166 (MQ=255)
ccgTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATTCCGGCCCGTATCAAGGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGTTTAAAAATTATGGGGGGGGTAAAGCAAAATTGCAg > 2:792654/1‑239 (MQ=255)
ccgTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGGGTGGCTTTGCTGGGGATTAAAAATTAAGAAGGGGGGAAAGAAAAATTGCAg > 2:59468/1‑239 (MQ=255)
ccgTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGAAAAGTTGCAg > 1:629337/1‑239 (MQ=255)
tCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAACATTAAGGGGGGGTGAACGACAAGTTGCAGGca > 1:795496/1‑239 (MQ=255)
gTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTT‑ACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGAc > 2:582253/1‑216 (MQ=255)
gTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTT‑ACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGAc < 1:582253/216‑1 (MQ=255)
tCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGGGTAACGCCAAGTTGCAGGCACAAAAAAacc > 1:669075/1‑238 (MQ=255)
tCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGGGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAacc > 1:719974/1‑238 (MQ=255)
gccaactaaagtgtGGGGTGGTCAGTGTTGTTTTTGGTCAAAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTAATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCTGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAggt < 2:147176/226‑1 (MQ=255)
aagtttttttaaggtgaatGGTTAGTTTTTTTTTTTGGCCGAATTTCCTCCGTCCATTCCCACCCCCTTTCGTTTACCCGTCCCGTTTTCATCCCCTTTTCCTGTTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAggt < 2:51690/221‑1 (MQ=255)
ccACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTTCCTGGGATTAAAAATTAAGGAGGGGGTCACGCCAAGTTGCAGGCCCAAAAAAACCAcccacagggg > 2:630638/1‑232 (MQ=255)
ccACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGTTTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACg > 2:582089/1‑204 (MQ=255)
ccACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACg < 1:582089/204‑1 (MQ=255)
cAAGGTTGGCGTTGTTGTTTTGGTTTTGGGTCAGAATTTCGTCCAGCCATCCCAACTCCCTTTCGTTTACCGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAAGTGGCCAGCGCCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCa < 2:843705/239‑1 (MQ=255)
cAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCa < 1:351423/239‑1 (MQ=255)
aGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGCTTAAAAATTAAGGAGGGTGTACAGCCAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCAAAGGGGGTTTAAca > 2:239248/1‑238 (MQ=255)
tgtgttGGTCTGTGTTTTTTTTGTGCAGAATATCGGCAAGCCTGTCCAACCTCTTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATTTCACCTCGCCAGCCCCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGaca < 2:795496/233‑1 (MQ=255)
tggtgtgttccttgttttTTTTGGTCAAATTTTCGGCCAGCCATTCCAATCCCATTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTGCCTTGTGGAGCTCAACTCGCCAGCCCCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGAGGCTTTGCTGGTGAATAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGTCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGaca < 2:402533/226‑1 (MQ=255)
tGGCGTGGTCAGTTTTTTTTTTGGTCAAAATACCGTCCAGCCATTCCATCTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTGGCCTGGGGGAACTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGaca < 2:272226/238‑1 (MQ=255)
tGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATTGCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTGTCCATGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGaca < 1:126758/238‑1 (MQ=255)
cGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGCTTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACt > 1:83006/1‑237 (MQ=255)
ggTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTATCTCTTACATGCCGGTCCGTATCAgaga < 1:483434/138‑1 (MQ=255)
ggTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTATCTCTTACATGCCGGTCCGTATCAgaga > 2:483434/1‑138 (MQ=255)
tCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAaggag > 1:616145/1‑175 (MQ=255)
tCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAaggag < 2:616145/175‑1 (MQ=255)
tgttgtATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGGGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGCCAAGTTGCCGGCCCAAAAAAACCACCCGAAggggggtcaacgatatgcattcttgttt > 2:888480/1‑216 (MQ=255)
tttttttttGGTCAGAATTTCGGCCAGCTATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACCGTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCtt < 2:669075/232‑1 (MQ=255)
tATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGAGGGTTTCACGa > 1:51690/1‑219 (MQ=255)
ggTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTtg > 2:275487/1‑70 (MQ=255)
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ggTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTC‑‑TCTTCCATGCCGGTCCGTATCAGCGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGCAAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGAAATTGCTTCTTGCTTTGATTTTAtt > 1:436889/1‑239 (MQ=255)
ggTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCaga > 2:554163/1‑118 (MQ=255)
ggTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCaga < 1:554163/118‑1 (MQ=255)
ggTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGGGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGCCAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCCAAGGGGGTTTCACGAACATGCTTATTGCTTTACTTTTAtt > 2:461882/1‑239 (MQ=255)
tCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCCCTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGAtt < 2:801538/146‑1 (MQ=255)
tCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGAtt > 1:801538/1‑146 (MQ=255)
gAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACCAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGaca > 1:174690/1‑211 (MQ=255)
gTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTTTTGCTTTGATTTTATTCTTATTTTTccc > 2:665157/1‑239 (MQ=255)
aGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAGAAATTAAGTAGGGCGTAACGACACGTTGCATGCACAACAAAACCACCCCAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGGTTTTATCTTTATCTTTCCCTTgg > 1:572817/1‑239 (MQ=255)
aGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTCTTTGAGTGGCTTTGCTCGTGATTAGAACTTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAACAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACCGCTTATGGCTTTGATTTTATTCTTATCTTTCCCATgg > 1:460632/1‑239 (MQ=255)
ccATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGGTTTTATTCTTATCTTTCCCATGGt > 1:122846/1‑238 (MQ=255)
|
TCTGCGGTATCGGCCATATGTTGAAAAG‑CCAGATTCATAAAGCGCGTCATCTCTTTCTCTGACGCCCAGCG‑CGGCACATAGTCAGCCCCA‑CCCCACACGG‑CAACCAG‑CCACTGTTCCGG‑TTCAATCTCTT‑GCGGAGAACTCAACACCGCCGTCAATAAACCGTCC‑AGCTCCGCCACATCAAGGATGGCGTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTA‑‑TCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTATTCTTATCTTTCCCATGGT > NC_000913/1991357‑1991818
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
