Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F9 I0 R1
|
113 |
83.2 |
1840812 |
91.6% |
1686183 |
224.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,126,490 |
T→C |
16.7% |
E234G (GAG→GGG) |
wcaG ← |
bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase/ GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,126,490 | 0 | T | C | 16.7%
| 135.5
/ 2.1
| 63 | E234G (GAG→GGG) | wcaG | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase/ GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/18); new base C (3/9); total (35/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GAACCACTGGTAAGTGCTGGCAAGCCCCGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCG > NC_000913/2126255‑2126723
|
gacccACTGGTAAGTGCGGGCAAGCCCCGCTTCCAGGGAATTTTC‑GTGAAACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTAACATCCAGCAGTTGGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTtct < 2:131241/233‑1 (MQ=255)
aCCACTGTTAAGTGCTGGCAAGCCCCCGTTCCAGTGAGATTTCGGTGA‑CCCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGGGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTccagc < 2:531784/239‑1 (MQ=255)
aCCACTGGTAAGTGCTGGCAAGCCCCGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGCCGTTAATGGGCGACAAAACCGGCTGGGGGTTCCccagc > 2:448390/1‑239 (MQ=255)
cccgtggaaGTGCTGGGCAGCCCCGTTTTCAGTGAGATTTG‑GTGTGACCCACCAAGGTGATGCAGGCGCGTAACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACGTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTccagcca < 2:44452/232‑1 (MQ=255)
aggggcgggCCAGCCCCGTTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATCCCCGCCAAGCGGATGCAGGCGCGGCACAGCCAGCAGTTTGCGGGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCCCTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCa < 2:181954/232‑1 (MQ=255)
aaGTGCTGGCAAGCCCCGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCCAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGACAGGTCCGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACCTCGGCCGGGGGTTCTCCAGCCAGACtt > 1:693861/1‑237 (MQ=255)
aaGGGCGGGCAAGCCCCGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATCCCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCCCCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCa < 1:149860/239‑1 (MQ=255)
aGTGCTGGCAAGCCCCGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGGGTTCTCCAGCCAGACTTCa > 1:331206/1‑238 (MQ=255)
cTGGCAAGCCCCGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCCTGCCGACGTTAATGTGCGCCAACACAGCCTGGGGGTTCCCCCGCCAAACTCCAAgccc > 2:823369/1‑237 (MQ=255)
gggCACGCCCCGCTCCCTTGGAGATTTC‑TGGAAACCACCCAAGCTGATGCAGGGCCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATgcgc < 2:577672/237‑1 (MQ=255)
gggCAAGCCCCGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGAGGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGTCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAACCCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGcc < 1:448390/238‑1 (MQ=255)
ccccGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGCTAGTGCAGGCAACCCCCGTGCCGACGTTAATTGGCGACAACAACGGCTGGGGGGTCTcccgcccagcctaatggcccagcccca > 2:804231/1‑218 (MQ=255)
ccccGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGGTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCca > 1:305080/1‑239 (MQ=255)
ccccGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGGGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAACCCca > 2:221430/1‑239 (MQ=255)
ccccGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTAAAAGCCCGGGCCGACGGTAATGTGGGACAAAATGGGGTGGGGGTTTTCCAGCCAGCCttacttccccagcccac > 2:415258/1‑224 (MQ=255)
ccccGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTCCAGGCAACGCCCGTGCCGCCGTTAATGTGCGCCACCACCGGCGGGGGGTTCTCCGGCCAGACTTCAGGCGCCCCCTCca > 2:732466/1‑239 (MQ=255)
ccccGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGCCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCTTGCCGCCGTTAATGTGCGCCACCACCGGCTGGGGGTTGTCCAGCCAAACTCAATGCGCCAGCCCca > 2:222238/1‑239 (MQ=255)
ccccGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCAGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGC‑AACCCACCACTTTGGCGATGGCTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAACGTGCGAACACATCGGCCGGGGGGTCCCCAACCAAAATTCAAACGCCaacccac > 2:368126/1‑233 (MQ=255)
cTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCactcccaggaca > 1:509512/1‑228 (MQ=255)
ttCCAGGGGGATTTC‑GTGTGACCAGCCAGGTTGATGGAGGGGCGCCACAACCCGCAGTTGGGGCGGGGTGCCCCCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCGCCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCcatgacat < 2:305080/239‑1 (MQ=255)
aGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCCCGGATAGAGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGCCAACATCGGCCGGGGGTTTTCCCGCACGACCTCATACGCCAGCCCCATGCCAGGaag > 2:400931/1‑238 (MQ=255)
aTTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTACTGTGCGACAAACTCGGCTGGGGGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAACCCCAAGAAATAAATGCCcgc > 2:354087/1‑239 (MQ=255)
aTTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTcg > 1:79053/1‑238 (MQ=255)
gCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACACCGGCCGGGTGTTCTCCAGCCCGACTTCATGCGCCACACCCAACACATGAAAGCCTGCCGCCCCCAAaccat > 2:296028/1‑239 (MQ=255)
cTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTCTGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAAAGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCCCCCTGACATGGACGGTCGCGCCCGCCCTATCATCgccc > 2:53121/1‑235 (MQ=255)
cAGGCGCGTCACACCCGGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCCCCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCCCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGa < 1:732466/238‑1 (MQ=255)
ggCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCACCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGCCGTGCAGAAAt > 1:386631/1‑239 (MQ=255)
gTCCCACCCAGCCGTTTGGGCGGGCGGCCCTCCGGTTTGCTGGAACCAAAACCCCCCCGGCTTTTGA‑ACCCCCCCACTTGGGCGTGGGTTTGCCCCGCGCCGCGGTTGGGGCAGTCACCGCCCGGGCCGACGTTAATGGGCGACACCATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTcgcg < 2:161532/239‑1 (MQ=255)
ctcccctCCAGCTGTTTGCGGGGTCGCCCACCCTGTTTGGTGCCAACAAACCCCCCCGGTCCTTTGT‑AACCCCCCCCTTGGGGGTGGGTTTGGGCCGGCGGGAGGATAGGGACTTCAACGCCCGTGCAGACGTTAATGGGCGACAACATCGGCTGGGTTTTCCCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCAATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTcgcg < 2:651507/233‑1 (MQ=255)
aaccccacgtttttggcgggggggCCATCGGTTTGGCTGGCA‑AAAAAACCCCCCCGCTTTTTTAAACCCCCCCTTTTGGGGATGGTTTGCGCCAGCCGGTGGATAGGGCAGTCAACGCCCGGCCCGAGGTAAAGGTGCGACAACATCGGCTGGTTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCCCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCAt < 2:755435/216‑1 (MQ=255)
ccggtgtttggcggtgggcccccccGTTTTGTGGGCACAAAAAACCCCCCGGCCTTGGA‑ACCCCCCCACTTTGGGGAGGGTTGGCGCCGCCTCGCGGATAGTGAAGTCAACGCCCGTGCGGGCGTAAATGTGCAACAACATCGGCGGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGGGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCGGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGgtg < 2:777796/216‑1 (MQ=255)
cagcagTTGGGGGGGGGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGgtg < 1:90824/239‑1 (MQ=255)
cATCCGGTTTGCGGGCATCAAAACCCCCCCGGCCTTTGT‑ACCCCACCACTTGGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATaccacc < 1:222238/239‑1 (MQ=255)
tgttttgcggccacaaaaacCCCCCCGGCCTTTTG‑ACCCCACCTCTTTGGCTAGTTTTGGCGCCAGCGCAGGGATAGCGCGGCTAACGCCCGTGCCGGCGTTATGGGGCGACACAACCGGCGGGGGGTTCCCCGCACGGCCTTCATGGGCCAGCCCCATGACAGGAATGCCCCCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGt < 2:644515/224‑1 (MQ=255)
cGGTTTGGGTGCATCAAAAACCCCCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGt < 1:221430/239‑1 (MQ=255)
tttGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACCTGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGCCGTGCAGAAATTCCCCCATCGGTGTACCGCTGcccccaacacccccgcccg > 2:78510/1‑224 (MQ=255)
tgcggccctCAAAACCCCCCCGGCCTTTGT‑ACCCCACCTCTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCCCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGgc < 1:354087/231‑1 (MQ=255)
aTCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCCGCTCCATGAAATGAATGCCCGCCGCCCCCATATCCCCCACGTGCAGAAATTCGCCCAACGGGGGACCGCTCCCCCATACCCCCACCTCCGgcgccg > 2:835303/1‑234 (MQ=255)
ccccGGCCTTTGT‑AACCCCCCTCTTTGGCGATGGTTTGCGCCGGCCCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGGGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGc < 1:415258/238‑1 (MQ=255)
ttGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGaa > 1:355572/1‑239 (MQ=255)
aaCCCCCCCTTTTGGGGATGGTTTGCGCCAGCCCGGGGATAGGCCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCCCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGa < 1:78510/239‑1 (MQ=255)
ccccccccTTTGGCGAGGGTTTGCCCCAGCCCGCGGATAGGGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAAGGGCCGACAACACCGGCTGGGTTTTCTCCAGCCAGCCTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACg < 1:823369/239‑1 (MQ=255)
ccaccaCTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGCGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCGGAAATTCGCGCATCGGGGTACCCCTGCCCCCTACCCCCCCGTCCGGCGCATTCTGTGCCCTCCCCCCCTGGaaagcaccc > 2:43525/1‑232 (MQ=255)
accacTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCCCGTGGAGTCGACgca > 1:137469/1‑238 (MQ=255)
accacTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATACCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCCCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCCCATACTGTGCCGTCGCCCCGTGGaacgaaccca > 1:809235/1‑230 (MQ=255)
ctcTTTGGCGATGGTTTGCCCCAGCTCGGGGATAGTGCAGCCAACGCCCGGGCCGACGTTAATGTGCAACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGCCTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACgcagca < 1:835303/237‑1 (MQ=255)
cacTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGCCGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGGATTCTCCCGCCAGACTTCATGCGCCCGCTCCATGACATGAATGCTCGCCCCCGCCATGTCATCGCCGGTCACAACTTCTTGCATCTGTGGAACCCTCACCCCTACCACCCCGTCCGACGTCCTCCGTCCCGTCCCCCCGCGCAAGcgccgcgccc > 2:185630/1‑235 (MQ=255)
cacTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCg > 1:609878/1‑215 (MQ=255)
cTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACCCAGCAAt > 1:691891/1‑239 (MQ=255)
cGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGCAATTCGCGCATCGGGGTACCGCTGCCCCATACCACCCCGTCCGGCGCCTTCTGTGCCGGCGCCTCGGGGAGACGACGCGGCAATGCTggg > 2:630608/1‑239 (MQ=255)
ccAGCTCGCGTGTAGTGTTCTCAGCCCCCGTGCCGGCGTTAATGTGCGACCAACTCGGGGGGGTGTTCCCCAGACAGACTTCATGCACCCGTTCAAGGACATGACGGCTCGCCGCCGCCATAGCAGCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTTCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGaa < 2:593402/239‑1 (MQ=255)
gCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACGTGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCCCGGGGAAGCGGCCCCGCAAGGCTGGGATccaaagggaaat > 2:549685/1‑227 (MQ=255)
tGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGGGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTACCCGGGGGGAAg > 1:386047/1‑239 (MQ=255)
agccagcGCCCGTGCCGACGTTAAGGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCCCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCCACATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGtt < 1:53121/232‑1 (MQ=255)
cAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGCCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCCCGTGGAAGCGACCCAGCAATGCTGGGATCACATCCGAATTACTCGGGTGGAAGGTGTCg > 2:293061/1‑239 (MQ=255)
accgcccggcgcGACGTAAATGCGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCCCCGGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCgt < 1:296028/228‑1 (MQ=255)
cccGGGCCGGCGTTAATGTGCGACAACATCGGGTGGGGTTTCCCCAGCCAGAATTCATGCGCCAGCTCCAGGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTgg < 1:804231/239‑1 (MQ=255)
aggtgCGACAACATGCGTTGGGTGTTCGCCAGCCAGCCTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGt < 1:368126/237‑1 (MQ=255)
cGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGCGGCAGTTGTCCTTGGGCCAGTACAGGTTGGCCGCCa > 1:380173/1‑239 (MQ=255)
acccaactcgtggggggTGTTCCCCCGCCGGCCTTTATGCGCGAGCCCCAACGAAGGAATCCCCCCCGCAGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATCCCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCa < 2:526139/225‑1 (MQ=255)
acaacaTCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTAATCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCag > 1:526139/1‑237 (MQ=255)
ccccccggtggggTTTTCTCCCCCCATAATTCCTGCCCCACCTCCAGGACACGAGTGCGCCGCGCCGCCTTATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTCCCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGTCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGAc < 2:331206/229‑1 (MQ=255)
tgtTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGTCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACCGGTTGTTCGGCATGACTGAGCGGTAATc > 1:301216/1‑238 (MQ=255)
tgtTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCCTGACTGGGCGGTAATcg > 1:572057/1‑239 (MQ=255)
|
GAACCACTGGTAAGTGCTGGCAAGCCCCGCTTCCAGTGAGATTTC‑GTGATACCAGCCAAGCTGATGCAGGCGCGTCACATCCAGCAGTTTGCGCGGCGTGCCATCCGGTTTGCTGGCATCAAAAACCACCCGGCCTTTGT‑AACCCACCACTTTGGCGATGGTTTGCGCCAGCTCGCGGATAGTGCAGTCAACGCCCGTGCCGACGTTAATGTGCGACAACATCGGCTGGGTGTTCTCCAGCCAGACTTCATGCGCCAGCTCCATGACATGAATGCTCGCCGCCGCCATATCATCGACGTGCAGAAATTCGCGCATCGGTGTACCGCTGCCCCATACCACCACGTCCGGCGCATTCTGTGCCGTCGCCTCGTGGAAGCGACGCAGCAATGCTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCG > NC_000913/2126255‑2126723
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
