Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F9 I0 R1
|
131 |
136.1 |
2723430 |
98.1% |
2671684 |
229.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,040,088 |
A→T |
15.5% |
Y204F (TAT→TTT) |
yedY → |
membrane‑anchored, periplasmic TMAO, DMSO reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,040,088 | 0 | A | T | 15.5%
| 133.8
/ 2.8
| 61 | Y204F (TAT→TTT) | yedY | membrane‑anchored, periplasmic TMAO, DMSO reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/38); new base T (8/2); total (21/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
CCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGCAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTA‑TTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCG > NC_000913/2039851‑2040326
|
ccttCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTa < 2:450392/235‑1 (MQ=255)
cGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTTGGCGGATAA‑ATCCTTTTGttg > 1:1086829/1‑237 (MQ=255)
cGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGGAAT‑ATCCTTATGTCg > 1:737885/1‑239 (MQ=255)
cGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCg < 2:396987/239‑1 (MQ=255)
tgatgaCTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGACGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGAt < 1:275636/239‑1 (MQ=255)
gatgaCTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTTGGGTGGAAT‑ATTCTTATGTTGAAGGAtg > 2:215140/1‑238 (MQ=255)
gatgaCTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCGGGAAT‑ATCCTTATATCgcgagatt > 2:761375/1‑232 (MQ=255)
cTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGt < 2:274756/238‑1 (MQ=255)
aCCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTcga < 2:323413/239‑1 (MQ=255)
aCCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTcga < 1:570618/239‑1 (MQ=255)
aCCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTcga < 1:538320/239‑1 (MQ=255)
gCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGGGGGGCGAAATAATCTTTATTTCGAGGGagtaggctctcacgaaca > 2:1138521/1‑222 (MQ=255)
tCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGGGGGGTGAAAA‑ATCCTTATGTTGAAGGGGGGCGTCGCGACGAAGAAATg > 2:1017900/1‑239 (MQ=255)
ccGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCa < 2:753300/239‑1 (MQ=255)
acGCTGGGAGAGCGTATTTAGCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTTGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCa < 2:9269/238‑1 (MQ=255)
ggAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGc < 1:792976/239‑1 (MQ=255)
ggAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGc < 1:1019841/239‑1 (MQ=255)
tATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGGGGAAT‑ATCCTTATTTCGAAGGGTTGCGTCTCGACGAAACAATGCATCCGCCCACACtca > 1:11839/1‑237 (MQ=255)
aTTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACtgat < 1:703671/239‑1 (MQ=255)
tATCGTATGCGCTTCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGTCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGAc < 1:1001118/239‑1 (MQ=255)
tCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGGCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑AGCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCg < 1:580274/239‑1 (MQ=255)
cGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGGGGGGTGGAAA‑ATTCTTTTTGTGAAGGAGTGCGGCTCGGCGGAGGAAAGGAACCGCTCACCACGATGACCgg > 1:784036/1‑238 (MQ=255)
tATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAg < 2:1324302/239‑1 (MQ=255)
gaTGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAg < 1:1145028/238‑1 (MQ=255)
aTGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAg < 2:892395/238‑1 (MQ=255)
tGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGAAAT‑ATCCTTATTTCGAAGGAATGGGTTTCGCCGCAGCAATGCATCCCCCCACCCTGATGAcctggggg > 1:1184182/1‑233 (MQ=255)
tGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGGGAAAT‑ATCCTTATTTCGAGGGATTGCGGGTCGACGAGACAATGCATCCGCCCACACTGCTGAccttgggg > 2:90177/1‑233 (MQ=255)
tGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGATTTATCGGCGGTGGGCGGAAAA‑ATCCGTATGTATAAGAGTGTGGTGTCGACGGCACAAGGCGTCCGCTACCACTAGTGACCGTCggg > 2:547229/1‑238 (MQ=255)
ggaatccggttCGCTGGTTGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAACTGCTGTCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACGATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGTCCAGCGGGACCGCTTTATCGGCGAGGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGATCACACTGATGACCGTAGTT‑GTTTATGGc < 2:786202/228‑1 (MQ=255)
tgCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGGAAT‑ATACTTATTTTGAAGGATTTCGTTCCGCCGCAGCAATGCATCCCCTCACACTGATGACCGTAGGG‑GTTTATGGGAAgggggtatcccccccaaaa > 1:844572/1‑222 (MQ=255)
tgCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGGGAAAA‑ATACTTATGTGGACGGAGTGCGGCTCGGCGGAGCAATGTAATCCCCCCCCCTGGTGACCCGAGGTGGTTTTTGACAAGGC‑‑TTA‑CACCCACaaaag > 2:1211226/1‑238 (MQ=255)
tgCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGGAAT‑ATCCTTTTTTCGAAGGATTGCGTCTCGACGCAGCAATGCATCTCCCCCCACCGCTTACCGTGGGG‑GTTTTTTGCAAGGC‑GTTT‑CCCCCCCAAAAt > 1:345328/1‑239 (MQ=255)
gCACAAATTGCTGGCCCTTGCCAACCCTACCAGAAATGCAAAGTATGTCGTTTTCGAAACAATTTATGCCCCGAAACAGATGCCAGGCCACCAGGACCGTTTTATCGGCGGTGGGTTGAAAT‑ACCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCACCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTAGGGAAGGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATtg < 2:784036/239‑1 (MQ=255)
acaATTTGGGGGCGCTTGCCGACCCCAACAGCAATGCGAGGTGTGTCGCTTACGAAACAATTTATGCACGGGAACAGAGGCCGGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGGCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGAAATGCATCCCCTCACACGGATGACCGGAGGT‑GTTTATGGAAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATtgtg < 2:1095411/239‑1 (MQ=255)
atggCTGGCGTTTCCCGAACCCACAAAAAATGCGAAGTATGTCGCTTTAGAAACAATTTATGCACGGAAACAGATGCCGGGCCAGCAGGCCCGTTTTATGGGCGGTGGGCTGAAAT‑TTCTTTTTGTCGAAGGATTGCGTCTCGAGGAAGCAATGCACCCGCTCAAACGGAGGACCGTAGGT‑TTTTAGGGCAGGGC‑TTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑Gt < 2:844572/236‑1 (MQ=255)
tGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGAAAT‑ATCCTTTTGTCGAAGGGTTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGG‑GTTTTTGGCAAAGG‑GTTA‑CCGCCACAAAATAGGGCGCCGGGGCGACTGATTGTGGC‑GGGGgaa > 1:450949/1‑239 (MQ=255)
cgtttGCCGAACTTCCACGCAAGGCGAATTTTGTCGCTTTCGAAACAATTTAGGCAACGGAACAGATGCCTGGCCAGCAGGACCGGTTTACCGGGGGGGGGTTGAAAT‑ATCTTTTTGTGGAGGGGTTGCGTCGCGAGGAAGCAATCCCCCCGCACTCTCGGATTGCTGTAGGG‑TTTTTTGGGAAGTC‑TTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAata < 2:315636/235‑1 (MQ=255)
cccAGCAAGGGGAGGTGTGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCCCCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGTTTTACCGGGGGGGGGCTGAAAT‑TTCCTTATGGCGAAGGATTGCGTCTCGACAAAGCAATGCACCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑TTTTATGGCAAGGC‑TTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGAt < 2:1184182/238‑1 (MQ=255)
aggcgaatgtggTCGCTTTGGAAACAATTTAGGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGGGGGACCGTTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAGGGTTTGCGTCACGCCGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGTTGACCTTAGGT‑TTTTATGGTAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCg < 2:1086829/228‑1 (MQ=255)
aggCGATGTAGGTCGCTTTCGAAAAAATTTATGCACGGGAGAAGATGCGAGGCCGGGAGGACCGGTTTACGGGGGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAGGGGTTGCGTCGGGACGAAGCAAGGCATCCGCTCACACTGATGACGGTAGGT‑GTTTATGGCAGGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCg < 2:132743/237‑1 (MQ=255)
cGAGGTATGCCGCTTTCGAAAAAATTTATGCACGGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATGGGCGGTGGGCAGAAAT‑TTCCTTAGGGCGAAGGATGGCGTCCCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGCAGGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGa < 2:639617/237‑1 (MQ=255)
aagttggTCGTTTTCAAAACAATTTATCACCCGAAAAAGAGGCCGGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGTTGGGATAAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGTTGCCCGTGGGT‑GTTTATGGAAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGt < 1:547229/233‑1 (MQ=255)
aaGTATGTCGCTTTGAAAAAAATTGTGGCACAGGAACAGAGGCCGGGCGAGCGGGACCGCTTTACGGGGGGGGGGGTAAAAT‑CTCCTTATGGAAAGGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGTACCCGCCCACAGTGGGGACGGTAGTT‑GTTTATGGAAAGGG‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGt < 2:737885/239‑1 (MQ=255)
aaGTATGTCGCTTTAGAACAAATTTATGCCCCGGAACAGATGCCAGGCCAGAGGGCCCGCTTTACCGGCGGTGGGTGAAAAT‑ATCCTTATGTGGAAGGTTTGCGTCTCGACGAAGAAATCCACCCGCCCACACTGATGACCGTGGGT‑GTTTATGGCAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGt < 2:450949/239‑1 (MQ=255)
agttagTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATCCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAGGGTTTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGAGGACCGTAGGT‑GTTTATGGCAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGt < 1:927976/233‑1 (MQ=255)
agtagttCGCTTTCGAAAAAATTTATGCCCCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGTTTTGGCGGCGGGGGGCAGAAAT‑ATCCTTATGTCGAGGGATTGCGTCTCGAGGAGGGAATGCACCCGCTCACACTGATGACGGTGGGT‑TTTTAGGGCAAGGG‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGt < 2:345328/232‑1 (MQ=255)
agtagtgcggtttCGAAACATTTTATGCCCCGGAACAGATGCCAGCCCAACAGGACCTCTTTATCGGGGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCCCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGAAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGt < 2:711693/228‑1 (MQ=255)
aGTATGTCTTTTACGAAATAATTTGTGCCCCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTAGCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGAGGAAGCAATCCTTCCGCTCACTCTGATGCCCGTAGGT‑GTTTTGGGCAAGGC‑TTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGt < 1:1011715/238‑1 (MQ=255)
aGTAGGTCGCTTTCAAAACAATTTATGCACCGAAACAGATGCCAGGCCAGCGGGCCCGCTTTAGCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCCCGACGAAACAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGCAGGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGt < 1:1016017/238‑1 (MQ=255)
tttGTCGCTTTCGAACCAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGCCCGCTTTATCGGCGGTGGGTTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGTTTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGCAGGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTaa < 1:636790/216‑1 (MQ=255)
cGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGGAAA‑ATCCTTTTTTCGAAGGATTGGGGTTCCGCGAAGCAAAGGATCCGCCCCCACTGGTGACCCGAGGG‑GTTTATGGGCAGGCGGTTC‑CCCCCCCAAAAAGGGGCGCC‑GTGGGGCGGTTTGTGGC‑GGGGGAGAATGGCTTTAAAGGGGTGAAAAAGATaattaggatag > 2:936054/1‑229 (MQ=255)
tttCGAAACAATGTATGCACAGGAACAGAGGCCAGGCCAGAAGGACCGTGTTATCGGGGGTGGGCTAAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTACGTCTCGACGAAGCAAGACATCCGCTAACACTGATGACCGAAGTT‑GTTTATGGAAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTA‑TTAAGc < 1:311437/239‑1 (MQ=255)
tCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGGTGGAAT‑ATCCTTTTGTTTAAGGGGTGCGTCTCGGCGCAACAAAGCATCCGCTCACCCTGCTGTACGGAGGG‑GTTTTTTGCCAGGC‑GGTACCCGCCCCAAAA‑AGCGCGCCGGGGCGGCGGCTTTTGCG‑GCGGGAATAAGGCTTTTAAAGGGTTAAAtttttcttttttacacaaaca > 2:636790/1‑219 (MQ=255)
tttCTGCACCGGAACAGACGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAGGGATTGCGTCTCGACGAACAAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGCAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTA‑TTAAGCTGACCCGCGAg < 1:1211226/239‑1 (MQ=255)
cccGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGCAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTA‑TTAAGCTGACCcg < 1:397845/227‑1 (MQ=255)
aCCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGGGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGAAATGCATCCGCTCACCATGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGAAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGt < 1:1121032/210‑1 (MQ=255)
aaCAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGTTTTATCGGCGGGGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGAGGCCCGTGGGT‑GTTTATGGCAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTA‑TTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAac < 1:1221113/238‑1 (MQ=255)
aTGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTTTTTTGGAGGATTTAGGCTCGCCGAAGAAATACAACCACTCACCCCGTTGACCGCAGGG‑GGTTTTGGCAAAGG‑GGTT‑CCCCCACAAAAAAGGGCGCCCGGGGGGGTGCGTGTGCCGGGGGAAAATTTGTTTTTAAGGGTTTAAAAC‑ATAATCAGGATTTAACCTGACCcccgggggccgccccaccaacg > 2:771862/1‑221 (MQ=255)
aTGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGGGGGGGGGAAA‑ATTCTTTTGTTGAAGGGATGCGGCTCGACGAAGGAATGCATCCCCCCCCCCTTATGACCCGAGGG‑GGTTTTTGCAAGGG‑GTTA‑ACCCCCCAAAAAAGGGGGGCGGGGGGGCTGATTGTGCC‑GGGGAAAAAAGGCTTTTAAGGGGGTAAAACGAAAAGCCATA‑TTTAGCTGAccccccgggggccgcccgcttcttt > 2:397845/1‑217 (MQ=255)
taaatt‑atCCTTAGGTGGAGGGTTTGGTTCTGGAGGAAGCATTGCTCCCGCCCCACCGGATGACGGTGGGG‑TTTTAGGGCAGGGC‑TTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTA‑TTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGc < 2:11839/233‑1 (MQ=255)
at‑atCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGCAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTA‑TTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGACTACGGTTTTTACGCCAACg > 1:841227/1‑239 (MQ=255)
tCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGCAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTA‑TTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTa > 2:1132457/1‑239 (MQ=255)
aTGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGCAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTA‑TTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCg > 2:711159/1‑239 (MQ=255)
aTGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGCAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTA‑TTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCg > 1:391960/1‑239 (MQ=255)
|
CCCTCGATCATGATGACTTAACCCGTCGCTTCCCGCTGGAAGAGCGTATTTATCGTATGCGCTGCGTGGAAGCGTGGTCGATGGTGGTGCCGTGGATTGGTTTTCCGCTGCACAAATTGCTGGCGCTTGCCGAACCTACCAGCAATGCGAAGTATGTCGCTTTCGAAACAATTTATGCACCGGAACAGATGCCAGGCCAGCAGGACCGCTTTATCGGCGGTGGGCTGAAAT‑ATCCTTATGTCGAAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGGT‑GTTTATGGCAAGGC‑GTTA‑CCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCC‑GTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTA‑TTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCG > NC_000913/2039851‑2040326
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
