Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F9 I0 R1
|
131 |
136.1 |
2723430 |
98.1% |
2671684 |
229.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,304,796 |
T→C |
16.5% |
intergenic (+405/+310) |
eco → / ← mqo |
ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,304,796 | 0 | T | C | 16.5%
| 90.3
/ 3.3
| 53 | intergenic (+405/+310) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/30); new base C (6/4); total (18/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
CGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGG > NC_000913/2304572‑2305031
|
cGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑cc < 1:496293/239‑1 (MQ=33)
cGAGCCGGGTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACAGCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑cc < 1:728623/239‑1 (MQ=18)
gggtGCCTGCTGCGCGGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTCCACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑g < 2:830870/235‑1 (MQ=255)
tGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGGGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGgc < 1:996833/238‑1 (MQ=18)
gACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGcgcg < 1:885517/238‑1 (MQ=33)
gcGCTGGCGCGTCTTAACAGGCCTACACCGCGGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGt < 2:1032321/237‑1 (MQ=18)
cgTCTGCTCAGGCCGACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCGGGAGGTAGGATAAGGCGGTAACGCGACATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGc < 2:344248/239‑1 (MQ=11)
taccAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTGACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑aca < 2:883158/236‑1 (MQ=21)
gtgcAGGCCCACACCGCGGTTAGTTGCGCCACCCCGTAGGTCGGAGAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAGATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑aca < 2:630006/236‑1 (MQ=11)
ggtCATGCCTAAACGCCTGTGAAGTGCGCCACCCCGGAGGTCGGATAATGCGGTTACGCCGCATCCGACATCAAACGCCCAAGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑aca < 2:676507/237‑1 (MQ=11)
gagcAGGCCGACACGGCGTGGAAGTGCGCCACCCCGGAGGTCGGATAAGGCGGTTCCGCCGCATCCGACATCAAACGCCCAAGCCGGTTGCCGGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑aca < 2:768590/236‑1 (MQ=11)
cAGGCCTACACCGCTGGGAAGTGCGCCGCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCACCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGGCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCg < 2:670911/239‑1 (MQ=11)
ccccgccgTGAAGTGCGCCCCCCCGTGGGTCGGACAAGGCGGGTACGCCGCAGCCGACATCCAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGaa < 2:479902/236‑1 (MQ=11)
cacCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGCCCTCTAACCCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGGCGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCCCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGCAGGTTGGATATGGCGGGTACCCCGCAACCGCCCACCCACCGCCCAGCCGGGTG‑CCTGATCGCGCCCCTGGGGCGTCTAATCAgccatcaacccgtgtggg > 2:23814/1‑222 (MQ=11)
ccGGTGGGAAGTGCGCCACCCCGGAGGGCGGAGAAGGGGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTg < 2:1148080/239‑1 (MQ=255)
cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCt > 1:1167310/1‑238 (MQ=255)
cACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCCGTGGAGTGCTCCAACCCGTAGGTTGGATAAAGCGGTTACGCCGCCTCCCACCTCCAAACCCCCAGCCCGCTGCCCTGAT‑‑CGGCGCTTGCGCGGCGTATCAGGCCC‑ACCCCGCtcgtaacgtccccacccccgaggg > 2:655802/1‑215 (MQ=11)
cGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCCCCCCCCACATCCACCCCCCCAGCCCGTTT‑CCTGGT‑GCGACGCCGGCGCCGCTTATCCGGCCT‑CCCCCCCTGCGGCATGCCCCACCCCCTTGGCTGGGTAAgggcgc > 2:60455/1‑235 (MQ=11)
cGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGGTACCCCCCCTCCCACATCCAACGCCCGCCCCTGTTG‑CCTTAT‑GCCGCTCCCGCCCGGCTTATCCAGCCTCCCACCCTTGTGACATGCCCCAcccccaggacagctaaaggcgt > 2:955076/1‑221 (MQ=0)
gATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 2:270839/186‑1 (MQ=14)
cGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccg < 1:30652/237‑1 (MQ=255)
gtcaCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCAt < 1:819227/235‑1 (MQ=17)
ttACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑aca > 1:270839/1‑186 (MQ=25)
cATCTAACGCCCAGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCtgtg < 1:892598/179‑1 (MQ=255)
cATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCtgtg > 2:892598/1‑179 (MQ=255)
agacagcGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCaa < 1:124727/233‑1 (MQ=255)
aaCGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCg < 2:1167310/239‑1 (MQ=255)
aCGCCCAGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCgg < 1:784264/239‑1 (MQ=255)
cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATg < 1:892760/239‑1 (MQ=40)
gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGCCGCTGGCGCGTCTTATCCGGCCT‑ACAACGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGGTACGCCGCATCCGACAT‑ACAACACCCAAGcccggcgccatcggc > 2:124727/1‑225 (MQ=11)
ccTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACg < 1:401007/238‑1 (MQ=255)
ggtcggggtaggtccggCCTACCCCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTGGGATAGGGCGGTTACGCCGCATCCGGCATCCAACGTCCGAGCCGGTGG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 2:799659/224‑1 (MQ=11)
taacAGGCCTACACCGCTGTGAAGTTCTCCGCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTGACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca < 2:247789/236‑1 (MQ=255)
acacCGCTGTGATGTGCACCACCCCGTAGGTAGGAAAAGGCGATGACGCCGCCGCCGACATCAAACGCCCGAGGCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGaa < 2:562138/239‑1 (MQ=11)
cacCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACCCCCCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGCCGGCTAAGGCGGTTACCCCCCCTACCACCA‑CTAACCCCCCAGCCCGGTCCCTTATTGCACGCCGGCGCGGCtttaccgtcccacccccccctgaac > 2:817035/1‑216 (MQ=11)
cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGCAGTGCTCCCCCCCGTAGGTCGGTTCAGGCGGTTTCCCCTCCACCAACCT‑CCAACGCCCCCGCCCGGTGCCGGATGCGACCCCGGCGCGCCCTATCCGGCCtcaacccctctgcaatcct > 2:243113/1‑220 (MQ=11)
cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCGACAT‑CCAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCCCGTCTTATCAGGCCTCCACCGCTGGGGAGTGCt > 1:434366/1‑238 (MQ=255)
gtgAAGTGCGCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAGCGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCATCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCGCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCa < 1:205208/239‑1 (MQ=255)
aggccTCCCCCCCGAAGGTGGGATAGGGGTGTCACGCCGCACCCGACATCCAGCGCCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACCCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAcccc < 2:239090/235‑1 (MQ=11)
aGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAcccc < 1:23814/239‑1 (MQ=40)
cTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAAGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGGTGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGGGAAGTGCTCCACCCCGCAg > 1:498460/1‑239 (MQ=255)
cTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGGCGGATAAGGCCGTTACACCCCCTCCGCCATCCAAACCCCCAGGCCGG‑TGCCTGATGTGCCGCTTGCGCGTCCTTTCAGCGCTCCACCCCTCTGACGTGCTCCAcccccgag > 2:164559/1‑235 (MQ=11)
cTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGGGAAGTGCCCCACCCCGTAGGGCGGATCAGGCTGTTTCGCCGCCTACCACCT‑CTAACCCCCCAGCCCGGTGCCTGCTGCGCCCCTGGCGCCGCCTCTCCGCCCTCCACCGCttcgtgctgctccccccctcc > 2:1065321/1‑218 (MQ=11)
cACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 1:1239977/87‑1 (MQ=255)
cACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTAt > 2:1239977/1‑87 (MQ=255)
tGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCCAAAT‑CTAACCCCCAAGCCGGGTGCCTTGTGCGGCGCCGGGGCCGCCTTTCCGGCCCCCACCCCTGTGCAGTGCTCCACCCCCCTGGTTGGGTacaggggg > 2:851356/1‑232 (MQ=11)
ggATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGGTGCCTGATGCGACGCCGGCGCGTCTTTTCAGGCCCACCCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTTGGGTGGATTAGGCgggt > 1:952895/1‑237 (MQ=11)
tACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc < 1:955076/238‑1 (MQ=31)
caCGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGgc < 2:79720/52‑1 (MQ=18)
ccgccgcACCCGACATCCAACGGCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCaa < 2:1213826/238‑1 (MQ=11)
tCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTaa > 1:127307/1‑238 (MQ=14)
aCATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 1:1172956/162‑1 (MQ=31)
aCGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAG‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCgg < 1:615900/239‑1 (MQ=25)
|
CGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGG > NC_000913/2304572‑2305031
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
