Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F17 I0 R1
|
115 |
121.7 |
2441348 |
96.4% |
2353459 |
231.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
628,652 |
T→G |
19.1% |
G34G (GGT→GGG) |
entA → |
2,3‑dihydro‑2,3‑dihydroxybenzoate dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 628,652 | 0 | T | G | 19.1%
| 132.7
/ 4.1
| 63 | G34G (GGT→GGG) | entA | 2,3‑dihydro‑2,3‑dihydroxybenzoate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/37); new base G (11/3); total (23/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGACTGGCAGCAGACTTTTGCGGTTAACGTCGGCGGTGCGTTTAAC > NC_000913/628415‑628877
|
aCGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGtt < 1:887228/239‑1 (MQ=255)
gTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGCCGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGTGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGGTTGGTGAGGCGGGGGGG‑AAAGTTACACGGTTTg > 2:799058/1‑239 (MQ=255)
gTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGGGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGGG‑GAACGTACAGGTTTTg > 2:3979/1‑239 (MQ=255)
tGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATc > 1:1101102/1‑239 (MQ=255)
gATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCAACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGGGGGCAAAGTTAAGGGTTTTggccc > 2:854424/1‑235 (MQ=255)
ttCGGTGCTCATTATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGc < 1:473703/239‑1 (MQ=255)
cGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGt < 1:771101/239‑1 (MQ=255)
gtagcattgcgtTGGCGGCGCGCTGGCGCGAAGTGTATGGTGGTATCGACTTTTGCATGCTGGAGAAAGACCCGACATTCGACGCCTGGTCGAAACTACTCTCCCGCGAGGAGAAATAATAGATTTCAGCGGCAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGAGTTGCCGTTTGTTTAGGCGGGAGCG‑AAAGTTGCAAGTTTTGAACAAGCGTTCACt < 2:995511/230‑1 (MQ=255)
gcATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACt < 1:707056/238‑1 (MQ=255)
tgatgGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAgg < 1:416931/239‑1 (MQ=255)
tgGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAg < 1:932606/238‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGGAAAGGGATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGGGCG‑AAAGTTACAGGGTTTGATCAATCGTTCACTCAggggac > 1:1137336/1‑235 (MQ=255)
ggCGATGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGGTATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGAACATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGAATTCAGCGGTGAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCAACGGCGCTGGCGCTTGGTGAGGGGGGCACG‑AGAGGTAAAGGGTGTGagtctgatggcactttggaggg > 2:886757/1‑218 (MQ=255)
gcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGa < 1:347662/239‑1 (MQ=255)
gctcAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCg < 2:157796/235‑1 (MQ=255)
aTGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAGCCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTgatggat < 2:586128/238‑1 (MQ=255)
aTGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTgatggat < 1:142473/238‑1 (MQ=255)
atatCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTc < 1:422215/197‑1 (MQ=255)
tatCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGGGGGTGGG‑TAAGGTAAAGGATTTGTTGAAGCGTTCCCTCACGAGCAATTACCCCTTGCGatacatgtgagatgtgatgcgc > 2:512312/1‑217 (MQ=255)
tatCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGGGCG‑AAAGGTTCAGGTTTTGCTCAAGCGTTCACTCAGGGGCAATATCCCTTTGCGACCGGGAGGATCGGTGTTGCCg > 2:755757/1‑238 (MQ=255)
tatCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGGC‑AAAGTGACAGGGGTTGATCTAGCGGTCCCTAAGGGGGCATCACCCCTTTTGATCGCAGGGTTGTATGTTGCCg > 2:828647/1‑238 (MQ=255)
tatCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGGTCAAGCGTTCACTCAGGTGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGGGATGGGAGTTGCCgg > 1:1157594/1‑238 (MQ=255)
tatCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGa < 1:830578/239‑1 (MQ=255)
tcggatttGGCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCGCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAACAATGTCTGGGTAACCGGCGCTGGTATAGGTATCGGCAACGTCACGGGGCTATAGTTTGCTGAGGATGGAGCG‑ACAGTTGCATGTTTTGATTAAGCGTATGCTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTgactaag < 2:228645/234‑7 (MQ=255)
tGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGGTTAAGGGTTTGATCAAGCGTTCGTTCAGGAGCaaga > 2:422215/1‑195 (MQ=255)
tGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGGGATAGGTTTTGATCAAGCGTTCCTTCCGGAGCAATATTACCTTTCGACCGAAGGGGTGGAGGTTGCCGACGCTGCCCa > 2:559779/1‑239 (MQ=255)
gTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGCGCG‑GAAGGTACAGGGTTTGGTCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGGGAACGAAGGGATGGATGTTGACGGCGCTgcgcgc > 1:799799/1‑237 (MQ=255)
cATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAgg < 1:1029147/238‑1 (MQ=255)
tGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTc > 2:93074/1‑238 (MQ=255)
tGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCgcgc < 2:1101102/239‑1 (MQ=255)
ctctCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATTCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCCGCGCAGGGCGCGCCAGTGTGGCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGAccg > 1:203105/1‑237 (MQ=255)
tctcCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTgg < 1:269567/239‑1 (MQ=255)
cgcgAGGTGGAATGATGGATTGCAGCGGTAAAAACGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTGTCGTGTACGCCACGGCGCGGGCGTGTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCGCTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGAcgcg < 2:844216/239‑1 (MQ=255)
cgcgAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGAcgcg < 1:92425/239‑1 (MQ=255)
cgcgAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGAcgcg < 1:743098/239‑1 (MQ=255)
cgAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATAAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGTGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGAGACTGTTAGCTGAAACGGGGCGCATGGAcgc > 1:1197203/1‑236 (MQ=255)
tGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATgc‑ggcg < 1:1119591/239‑1 (MQ=255)
ggATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGACAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGc‑ggcgg < 1:3979/239‑1 (MQ=255)
gATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGGG‑AAAGTTAAAGGGTTTGATCAAGCGGTTACTCCGGAGCAATATCCCTTTGCTGCCGAAGGGATGGATGTTGCCGACGCGGCGCAGGCCGCGAAAGTGTGCCAGCGCCCGTTTGCTGGAACGGCGCAACTGGGCGCCCTGGTCAACGC‑GGCggg > 2:924807/1‑239 (MQ=255)
tttCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGGTAAAGGGTTTGATCAAGCGGTCACTTAGGGGGAATATCCCTTTGCGACCGCAGTGATGGAGGGTGCCGCCGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGGGTCCGCGGCTGTTAGCTGAAACGGGGCGACCGGGCGCGCCGGGCGATGC‑GGGGGGac > 2:634714/1‑238 (MQ=255)
tAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCTGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGc < 2:1072289/238‑1 (MQ=255)
tAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCg < 1:1117607/131‑1 (MQ=255)
cTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGa < 1:272091/239‑1 (MQ=255)
tGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGGG‑AAAGGTACAGGGTTTGATCACGCGGTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGAGATGGAGGTTTGCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGGCTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACAGGCTGGGCTATGC‑GGCgggggaatttaccgcgggggcgcc > 2:739204/1‑218 (MQ=255)
tGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGGG‑AAAGGTACAGGGTTTGATCAAGCGTTTACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGGCGCGCAAGCGTGTCAGCGGCTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGGCGCGCTGGTCAACGC‑GGCggggcgtttttgcctgggcggcg > 2:1065478/1‑218 (MQ=255)
tGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGGTAACGGCTTTTATCCAGCGGTCACTCAGGGGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGAAGCGGCGCAAGTCGCGCCAGGCGGGCAGCGGCTGTTAGCTGAAAACGGGCGACCCGGAGCGCCGGGCAATGCGGGCGGGGAtttttagatgggggcgg > 2:463591/1‑225 (MQ=255)
aaCCGTCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGAt < 1:1148010/238‑1 (MQ=255)
aaCCGGTGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTGTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGAt < 1:393851/238‑1 (MQ=255)
aaCCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGAt < 1:799058/238‑1 (MQ=255)
aaCCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTGTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACGGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGAt < 2:788410/238‑1 (MQ=255)
ggCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCt < 1:93074/239‑1 (MQ=255)
ggCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCt < 2:194881/239‑1 (MQ=255)
ggCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCt < 1:634714/239‑1 (MQ=255)
ggatgtcaaGGTAACGGGTTCGCCGGGGCACTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAGTCGTGCACTCAGTAGCAATATCCCTTTGCGTCCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCGAGTGTGTCAGCGACTGGTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCGGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCa < 2:47427/231‑1 (MQ=255)
gcAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCGGGCTTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCa < 2:810303/238‑1 (MQ=255)
tagcgggtgcGCCAGGGCTGTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGAGCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGAc < 2:1137336/229‑1 (MQ=255)
aTCGGCTACGCCACGGGGCTGCGTTTTGTTGAGGCGTGAGCG‑AAAGTTACAGGGTTTGATCAAGTGTTCACTCAGGAGCAATATCCCCTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCGGCGCAGGTCGCGCTAGTGTGTCAGCGACTGTAATCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGTTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCACTGGCGCGACCTGTCAGCTCATTAAAGAGGACt < 2:93562/238‑1 (MQ=255)
aTCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCg > 1:23924/1‑97 (MQ=255)
aTCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCg < 2:23924/97‑1 (MQ=255)
tACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGGTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGGCGCTGCGCAAGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTTAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGACTGgcagca < 1:390511/239‑1 (MQ=255)
tgttgAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGGTTTGGTCCAGCGGTCCCTCAGGGGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGGGGGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGCGCGACTGGACGCCGTGGGCAATGC‑GGCGGGGGTTTTAAGACAGGGGGCGACCGATCCGGCCAGGAAAGAGGGCTGCcaggaggtctttgccggtgcagtcc > 2:346919/1‑220 (MQ=255)
aGGCGGGATCG‑AAAGTTACAGGGTTTGATCAAGAGTTTGCTCAGGAGCAATATCGCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCGGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGACTGGCAGCAGACTTTTGCGGTTAACGTcggcgg < 2:719174/238‑1 (MQ=255)
ggAGCG‑AAAGTTACAGGTTGTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGACTGGCAGCAGACTTTTGCGGTTAACGTCGGCGGTGCGt < 2:1157594/238‑1 (MQ=255)
g‑AAGGTGACAGGTTTTGAGCGAGCGTTCACGCAGGCGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGGAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATGTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGACTGGCAGCAGACTTTTGCGGTTAACGTCGGCGGTGCGTTTAAc < 2:430106/238‑1 (MQ=255)
|
ACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGACTGGCAGCAGACTTTTGCGGTTAACGTCGGCGGTGCGTTTAAC > NC_000913/628415‑628877
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
