Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F17 I0 R1
|
115 |
121.7 |
2441348 |
96.4% |
2353459 |
231.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
981,253 |
T→G |
21.0% |
G69G (GGT→GGG) |
ldtD → |
murein L,D‑transpeptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 981,253 | 0 | T | G | 21.0%
| 244.0
/ 12.0
| 117 | G69G (GGT→GGG) | ldtD | murein L,D‑transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/76); new base G (26/2); total (38/79) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.23e-16 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GTATGATAAAAACAGGGGGCAAGGGATGTTGCTTAATATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑ACGCGATATGCAA‑CCCATGTGGGAAAACCGTGATG‑CTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCAC > NC_000913/981022‑981491
|
gATAAAAACAGGGGGCAAGGGATGTTGCTTAATATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGTTCAGCCCTTGCC‑CGAA‑GGGGCGG‑CAG‑aaaa > 1:359639/1‑239 (MQ=255)
gATAAAAACAGGGGGCAAGGGATGTTGCTTAATATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGAGCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑caaa > 1:478004/1‑239 (MQ=255)
tAAAAACAGGGGGCAAGGGATGTTGCTTAATATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑aaaaa < 1:87252/238‑1 (MQ=255)
ggggCAAGGGATGTTGCTTAATATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCCGCCATTTGC‑TGAA‑GGGGCGG‑GCG‑AAAAAAACcgcccg > 1:1154023/1‑238 (MQ=255)
ggggCAAGGGATGTTGCTTAATATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCACACATTTCC‑CTAC‑AGGGGGG‑CCG‑AAAAAACCcccacc > 1:296569/1‑237 (MQ=255)
ggCAAGGGATGTTGCTTAATATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGAAGCCGCCACTCCC‑CCAA‑AGGGTGG‑CAG‑GAAGAACCcgcacg‑cca > 2:1105192/1‑237 (MQ=255)
gATGTTGCTTAATATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGaa < 1:1070511/238‑1 (MQ=255)
tGTTGCTTAATATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAAtc < 1:79548/238‑1 (MQ=255)
gTTGCTTAATATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGTTCAGACCATGCC‑TGAA‑AGGGCGG‑CAG‑GAAAAACCCGCACG‑Ca‑aacaccaact > 1:1053318/1‑230 (MQ=255)
gTTGCTTAATATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGGCCCACCATTGTC‑TGAA‑GGGGCGG‑GCG‑AAAAAACCCCCCCC‑CA‑AATTCAAtct > 1:1002162/1‑238 (MQ=255)
aaTATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCCGCCATTGCC‑TGGC‑GGGGCCG‑CAG‑GAAAAACCCGCACC‑CC‑AAATGAATCTCAATTaa > 1:463319/1‑237 (MQ=255)
tatGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGTCCAGCCCTTGCC‑TGAAGGGGGGGG‑CGG‑AAAAAG‑CCGCACGCCA‑AACCGAGTC‑CAATTAcca > 1:896306/1‑237 (MQ=255)
tgtgtgGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCCGCCATTGCCTTGAA‑GG‑GCGG‑CCG‑AAAAAACCCCCCCG‑CC‑AAACGAAACTCAATTAccccccgga > 1:657996/1‑233 (MQ=255)
tgtgtgGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGGGCGG‑GAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AACCGAATCTCAATTACCCCCAggg > 1:885042/1‑238 (MQ=255)
tgGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGTCCAGCCATTGCC‑TGAG‑GGGGCGG‑CGG‑GAAAAGACCGCCCG‑CA‑ACACGAATCTCCATTACCCGCCGGGTACa > 2:865558/1‑239 (MQ=255)
tgGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGACCAGCCCTTTCC‑CGGA‑AGGGCGG‑CGG‑AAAAAACCCCCCCG‑CC‑AAACGCAACTCAATTAACCCCAGGGTACa > 2:860809/1‑239 (MQ=255)
ggTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGAGCAGCCCTTTCC‑CGGA‑AGTGCGGCCGG‑AAAAAACCGCCACG‑‑A‑AAACCAAACTCACTTAACCCCCGGGTACaa > 2:833408/1‑239 (MQ=255)
cAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGt < 1:396178/239‑1 (MQ=255)
aaGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATGCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGt < 1:439735/238‑1 (MQ=255)
cTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGAGGTACAGCCATTGCC‑TGAC‑GGGGCGG‑CCG‑AAAAAAACCCCGCG‑CC‑AATCGAACATCCATAAACCGCCGGGGACAAGCCGGtttt > 2:774056/1‑238 (MQ=255)
tCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGGCCAGCCAGTTGC‑GGCA‑GGGGCGG‑CAG‑AAAAAACACCCACG‑CACAAGAGAA‑CCCACTTACGCGCAGGGTAGAAACCGGGTTATCt > 2:435051/1‑239 (MQ=255)
ggCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGACCAGCCACTGCC‑TGAA‑AGGGCGG‑CAG‑AAAAAACCCGCACG‑CC‑AAACGAAACTCCAATACCCCCacgctcacaaccggactatcttt > 2:936211/1‑217 (MQ=255)
cAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTaa < 1:804971/238‑1 (MQ=255)
cAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTaa < 1:96037/238‑1 (MQ=255)
cAATCAGTTTGTGCCAGGCCGTAACATGCGCTCCACTGTGCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACGGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTaa < 2:1053318/238‑1 (MQ=255)
aaTCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAAcc < 2:335059/239‑1 (MQ=255)
cAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGc < 2:1212963/239‑1 (MQ=255)
ttGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTc < 1:307713/238‑1 (MQ=255)
tgtgTCGGGCCTTAACATTCGCTCCACGGTGCAATGCGAAGGCGGATGAGCCGGAAGTAATCCCTGGCGCCATCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCaa < 2:101966/239‑1 (MQ=255)
tgtgCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCaa < 1:1004143/239‑1 (MQ=255)
tgggCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCaa < 1:1105192/236‑1 (MQ=255)
gtggCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAGTGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCGGGCGACAGCCCGGTGGCGGTCAGTGAGGAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGAAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AAGCGAATCTCAATTGCCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCaa < 2:636350/236‑1 (MQ=255)
ccTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAGCAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACtg < 2:941561/238‑1 (MQ=255)
tAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGAGGGCCCCCCCTCGCC‑CGAG‑AGGGCGC‑CAG‑CAAAAAACCGCCCG‑CA‑CATACAAACTCCATTTCCCGCGGGTGACCAGGCCCTTTTTCTTAACCAACTTCAAcatttacatgg > 2:1063095/1‑228 (MQ=255)
cATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑a < 1:865558/239‑1 (MQ=255)
tCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑Acgc < 1:915070/239‑1 (MQ=255)
gCTCCGCCGTTCAATGCGCAGGCCGGGGAGCCTGAATTAAACCCTGGCGACAGGCCGGTGGCTGCCAGTGAACCGGGCGAGGTGCTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCAATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCCTCAACTGTTGTATGCCGG‑ACACGa < 2:814489/239‑1 (MQ=255)
tCCACTGTCCAATGCGGAGGCCGATGAGCCGGAAGTAATCCCTGGCGGCAGCCCGGTGGCGGTCAGTGAACAGGGCTAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAACGGCGGGGAACCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGGGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAACTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑ACGCGata < 2:1002162/239‑1 (MQ=255)
ttCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGCTCCAGCCACTGCC‑TGCA‑GGTGCGG‑GAG‑AAAAAAACCGCACG‑CC‑AAAAGAAACTACATTACCCGCCGGGGACAAACCGGTTTGACATAAACACACTCCACCGCTGTATGCCGC‑ACGCCACATgacac > 2:1197281/1‑234 (MQ=255)
ttCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGc < 1:456805/205‑1 (MQ=255)
tGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCCGCCATTTCC‑TGAA‑GGGGCGG‑CAG‑AAAAAACCCGCACG‑CA‑AAACGAATCTCAATTACCCGCCGGTTACAAGCCGGGTTATCTTACACACCTTCAAACGTTGTATGCCGC‑ACGCGACAAGATA‑CCCAtgt > 2:1041875/1‑239 (MQ=255)
aGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGATCAGCCCATTCC‑TGCA‑GGGGGCG‑CCG‑GAAAAACCCGCCCG‑CC‑AAACGGAACTCCATTACCCCCCGGGTTCAAAACGGTTTTTCTTAACCAACTTCCACTCTTGTATTCCGC‑Acgccctcttccaccccacatggag > 2:123586/1‑218 (MQ=255)
aGGCCGATGAGCCTGAAGGAACCCCCGGCGACCGCCCGCTGCCTGTCAGTGAACAGGGCCAGGCACTGCCGCAGGGGCAAGCAACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑ACGCGATATGCAA‑CCCATGTGGGaa < 2:624154/239‑1 (MQ=255)
ggCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑ACGCGATATGCAA‑CCCATGTGGGaa < 2:531471/238‑1 (MQ=255)
ccGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑ACGCGATATGCAA‑CCCATGTGGGaa < 1:337547/236‑1 (MQ=255)
gATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGTGCCGCCATTGCC‑CGAA‑AGGGCGG‑CAG‑AAAAAACCCGCACG‑CC‑AATCGAAACTCAATTACCCGCCGGTTACAAGCCGGGTTATCTTAACCAGACTCAACTGGTTTCTGTCGC‑ACGCGAGATGCAACCCCAGGGGGGAAAAcg > 2:882548/1‑238 (MQ=255)
gCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑ACGCGATATGCAA‑CCCATGTGGGAAAACCGTGAt < 1:166023/238‑1 (MQ=255)
gCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGGCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑ACGCGATATGCAA‑CCCATGTGGGAAAACCGTGAt < 1:964078/238‑1 (MQ=255)
gCCGGAAGTAACGCCGGGCCACAGCCCGGGGGCGGTAAGTGAACAGGGGGGAGAACTGCCGCAGGCGAAAGCCGCGGCAATAATGGCGGGGATCGAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAACCCGTACG‑CA‑AAGCGAATCTCAATTGCCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGA‑ACGCGATATGCAA‑CCCATGTGGGAAAACCGTGAt < 2:634637/238‑1 (MQ=255)
cTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTGCAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑ACGCGATATGCAA‑CCCATGTGGGAAAACCGTGATg < 1:1103479/237‑1 (MQ=255)
tGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGTCGAGCCATTGCC‑TGAA‑GGGGCGG‑CGG‑AAAAAACCACCCCG‑CC‑AATCGAAACTCCATTAAACGCCGGGTACAAGAAGGGTTTACTTAACCAGCTTCAACTATTGTATGCCGCTACAC‑ATAAGCTA‑CCCATTTGGGagaaacaggaggatgttatcaactga > 2:233860/1‑216 (MQ=255)
tGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGTCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGGGCGG‑CAG‑AAAAAACCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCCGGGTACAAGCCGGGTTATCTTAACCAGCTTCAACTTTTGTATGCCGC‑ACGCGATATGCAA‑CCCATGTGGGGAAACCGTGATG‑CTGTTAAAGCCTTc > 1:650259/1‑238 (MQ=255)
gCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGTCCCGCCCTTGCC‑TGAC‑GGGGCGG‑CCG‑AAAAAGGCCCCACG‑CA‑AAACACACCTCAATTAACCCCCGGGTCCAAGACGCGTTATTTTAACCAACTTCAACATATTTACTCCGC‑ACGCGGTAGTCAC‑CCCCTATGCGCAAAACACGTAG‑CTGTTAAAGCCATccca > 2:756069/1‑237 (MQ=255)
cggcAGCCCGGTGGCGGCCAGTGACCAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑ACGCGATATGCAA‑CCCATGTGGGAAAACCGTGATG‑CTGTTAAAGCCTTCCAg < 2:259787/235‑1 (MQ=255)
gACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑ACGCGATATGCAA‑CCCATGTGGGAAAACCGTGATG‑CTGTTAAAGCCTTCCAGCa < 1:843634/239‑1 (MQ=255)
aGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGGTCCAACCAATGCC‑TGAA‑GGGGCGG‑CGG‑GAAAAAACCCCACG‑CA‑AATCGCATCTCAAATAAACCCCGGTTACAAACAGGGGTATCTTAACCAACTTCAACTGTTGTTTGCCGC‑ACCCCCAGTGCAC‑ACCAAATGGGGAAACCCTGATGTTTGTTAAA‑CCTTGCCGCaaa > 2:420415/1‑237 (MQ=255)
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|
GTATGATAAAAACAGGGGGCAAGGGATGTTGCTTAATATGATGTGTGGTCGTCAGCTGTCGGCAATCAGTTTGTGCCTGGCCGTAACATTCGCTCCACTGTTCAATGCGCAGGCCGATGAGCCTGAAGTAATCCCTGGCGACAGCCCGGTGGCTGTCAGTGAACAGGGCGAGGCACTGCCGCAGGCGCAAGCCACGGCAATAATGGCGGGGATCCAGCCATTGCC‑TGAA‑GGTGCGG‑CAG‑AAAAAGCCCGCACG‑CA‑AATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGC‑ACGCGATATGCAA‑CCCATGTGGGAAAACCGTGATG‑CTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCAC > NC_000913/981022‑981491
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
