Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
454,195 |
T→G |
12.0% |
intergenic (‑28/‑277) |
yajG ← / → bolA |
putative lipoprotein/stationary‑phase morphogene, transcriptional repressor for mreB, also regulator for dacA, dacC, and ampC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 454,195 | 0 | T | G | 12.0%
| 232.0
/ 2.5
| 117 | intergenic (‑28/‑277) | yajG/bolA | putative lipoprotein/stationary‑phase morphogene, transcriptional repressor for mreB, also regulator for dacA, dacC, and ampC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/56); new base G (19/5); total (55/62) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GTAACGATTTGATTATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGAAACACTGATGCGAGGCCTGTGTTTCAATCTTTAAATCAGTAAACTTCATACGCTTGACGGAAAAACCAGGACGAAACCTAAATATTTGTTGTTAAGCTGCAATGGAAACGGTAAAAGCGGCTAGTATTTA > NC_000913/453962‑454429
|
gttatgatttgatttTCGGGGGTGATTTTTGCCAGCGGCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACATCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGttt < 1:261779/233‑1 (MQ=255)
tGATTATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTT‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGGAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTT‑AGAAACTCCTAA‑GCGGGTTTGGGAAAAAt > 2:492528/1‑238 (MQ=255)
tGATTATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGGAAAAAt > 2:1014835/1‑238 (MQ=255)
tGATTATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCAACCTGCAAGCATAAACAGAGCACCTAACGGGCAGAGGATTTTTTTGGACATGTTCGGGCCCTC‑CAAGACCCTTAA‑GCGGGTTTGGTAAAAAt > 2:259072/1‑238 (MQ=255)
aTTATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGGTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTTAACATGTTCGGGGTCTC‑AAGGAACTTTTA‑GCGGGGTTTGGAAAAATTc > 2:1201432/1‑238 (MQ=255)
tATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCTGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGAAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCg < 2:127550/239‑1 (MQ=255)
aTCGGGGGTTCCTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCATCATTAAGGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGc < 2:160650/239‑1 (MQ=255)
tCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGCAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTT‑TGCATCCTGCAAGCATAAAAAGAGCAAATAAACGGGAGAGGGTTTTTTTGAAAATGTTCCGGCTCTC‑AAAGACCCCTTA‑ACGGGTTTGGGAAAAAATcccccc > 1:1066659/1‑239 (MQ=255)
tCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCG‑CGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCCTCCTGCAAGCATAAACCGAGCAACTAACCGGAAGAGGGTTTTTTTGAAAATGTTCAGGCCCTC‑AGAGACTCTTAA‑GAGCGTTTGGTaaaaaatttcccg > 1:1211597/1‑230 (MQ=255)
cgcgGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTTCCGCca > 2:656749/1‑239 (MQ=255)
gTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGCGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑tata > 2:722203/1‑239 (MQ=255)
tttttGCCCGCGCCTGGTCGGTTCGCGTATCGGCACCATTAATTCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTTAAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGGT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACAt < 1:1014835/238‑1 (MQ=255)
ttttGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGGGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAACCTTCAATAGGTGTT‑GGCGGTTTTT‑GAGATCCCGGCACCATAAACAGAGCAACTTACAGGTAGGGGATTTTTTTGTCCAAGTTCAGGTGTTC‑AAAGACCTTTAC‑GAGGCTTTTGGAAAAATTCCCCCCAT‑CATaaactt > 1:1309649/1‑235 (MQ=255)
cgcCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCCAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGGGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑Gc > 2:296792/1‑239 (MQ=255)
cgcCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAAAATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGGGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑Gc > 2:439824/1‑239 (MQ=255)
cGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGaa < 2:1299831/239‑1 (MQ=255)
cGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGAAGTGTAATCGTCGGGGAATCTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGaa < 2:612879/239‑1 (MQ=255)
cGGTACCGTGATCGGCCCCATTAATGCTTACGGTGGCCCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAACCGTCGGGGAAATTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATTTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGaa < 2:181532/239‑1 (MQ=255)
ggttgtCGGCACCATTAATGCTTAGGGTAACGCCCATCGGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTATAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGt < 2:4172/234‑1 (MQ=255)
tGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTaa < 2:628579/239‑1 (MQ=255)
aTCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGCAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGGTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAACAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑CGAAACCCTTAA‑GGCGGGTTGGGAAAAAATCCCGCCCT‑CATAAAACTGCCAACG‑GGGAGGGGAAATGGGGaaag > 1:256983/1‑237 (MQ=255)
aTCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGGAGAGGATTTTTTTTAACATGTTCGGGGTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCCT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGGAGGGGGTAAgg > 2:660268/1‑239 (MQ=255)
ttAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑ACGGGTTTGGTTAAAATTCCCGCCAA‑CCTAAAATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGGGGGGAAGGCATGTAAAtt > 2:1236451/1‑239 (MQ=255)
ttAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTAGGGCTTTC‑AGGGACTCTTAA‑GGGGGTTTGGTAAAAATTACCCCCAT‑CATAACCTTGCCAACGCGCG‑GGGGAAGTGGGTAAGGCCTTGAAAtt > 2:113731/1‑239 (MQ=255)
ttAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑AGCATCCTGCAAGCATAAACCGGGCACCTAAACGGCAGGGGGTTTTTTTTACCATGTTCGGGCCCTC‑ACGGACTTTTCA‑GCGCGTTTGGTTAAAATTCCCCCCCT‑CAATACATTGCCACAC‑GCGCGGGGGAGTGGGTAAAGCATGaaaaat > 1:713222/1‑237 (MQ=255)
ttAATGCTTACGGTGACGCCCATAAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGGAAGCAAAAAAAGGACAACTAACGGGAAGGAGACTTTTTTTGACATGTTTGGGCGATC‑AAGGACGCGTAA‑GCGGGTTTTGGTAAAATTACACCCATCCAAAAAATATCAAACA‑GCGAGGGGagaggggaaaacaaagaaaaa > 1:459391/1‑219 (MQ=255)
tACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACCAGTTCGGGGTCTC‑AGAGACTCTTAA‑ACGGGTTTGGTAAAAATTCCCGCCCT‑CATAACATTGTCAACG‑GCGGGGGGGAGGGGGTAAAGCATGAAAAATtatcattt > 1:258122/1‑237 (MQ=255)
tACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGCGGGGAAGTGGGAAAGGCATGTAAATTCATCATGt > 2:449716/1‑239 (MQ=255)
tACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATtcatccttg > 2:196808/1‑235 (MQ=255)
tACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGGTTTG‑CGCATCCTGCAAGGATAAACAGAGCAACTAACGGGGAGAGGGTTTTTTTTAAAATGTTCGGGCTCTC‑AGAAAACCTTAA‑AGGGGTTTGGTAAAAAATCCCCCCAC‑CAAAAACTTTCCAACG‑GGGGGGGGGAAGGGGGAAAGCAAGTAAAtaaaaaaaat > 1:1001658/1‑230 (MQ=255)
agggTAACGCCCATAGGGCTTGGATCCTGCTTGGGCAGTGTAAGCGTCGGGGAAACTTCAATATGTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACGGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTTTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGtt < 2:474489/237‑1 (MQ=255)
aCGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATCAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAAAATGTTCGGGATCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGCGTTTGGTCAAAATTCCCGCCCT‑CATAAAATTTCCAACC‑GCAAGGGGAAGTGGGGAAGGCATCTAAATTCCTCATGtt > 2:843419/1‑239 (MQ=255)
gACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCGGTGGCAGGGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑g < 2:616551/238‑1 (MQ=255)
cATCGGGGTTGGCTCCTGGTGGGGCAGGTAAATCGGGGGGGAAACTTAAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGTTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAaataat < 2:713222/239‑1 (MQ=255)
tGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGGAGAGGATTTTTTTGGACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACCCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCACT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGCGGGGGAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCAAGTTGAC‑GAAAAAATCGCCCCTgg > 2:368360/1‑239 (MQ=255)
ggATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑CAAATAATTGCCCCTGGt > 2:245970/1‑239 (MQ=255)
gATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACCGAGCAACTAAAGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGGAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGGGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTAATCATGTTTAC‑GCAATAAACGCCCCTGGtc > 2:1243119/1‑238 (MQ=255)
tcctgtttgtgaggtttAATCGTGGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGGGGTTTTG‑CCGATCCGGAAATCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTCCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTaaa < 1:196808/223‑1 (MQ=255)
ctgcgttggcatgttAATGGTCGGGGAAACTT‑AATATTTTTTGGGCGGTTTTG‑CGAAATCGGGAAGCATAAACGGGGAAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGCCTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAg < 1:1205406/225‑1 (MQ=255)
tgctgTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATTAACACAGAAAATAAAGGGGGAAGGATTTTTTTTAACACGTTCGGGATCCC‑AAGGACTCTTAA‑GCGGGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑CCAGCGGGAGGAGGGGAAGGCATGTCAATTCACCATGTTGAA‑GCAAAAAGCCCCCCCGGGAAAAGa > 1:81003/1‑239 (MQ=255)
tgctgTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGGAGGGGGTTTTTTTGAAAAAGTTCGGGCTCTC‑AGAAACTCTTAA‑GCGGGTTTGGTAAAAATTACCCGCAT‑CCTAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGGAAGGGACGTAAAATCATATTTTTTAC‑GAAAAAATACCCCCTGGTaaaaaa > 1:1219365/1‑237 (MQ=255)
tgctgTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CCTAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAAATCAACAATTTGAC‑CAAAAAAATGCCCCTGGGaaaaaa > 1:206596/1‑237 (MQ=255)
ggggtgggggtgtAAGTGTCGGGGAAACTTCAATAGTTTTT‑GGGCGTTTTG‑CGTATCCCGCAAGACTAAACAGGGCAAATAACGGAAAGGGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCCC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGa < 1:1236451/229‑1 (MQ=255)
tggagttgtattggtggggAAATTTAAATGGTTGTT‑GGGGGTTTTG‑CTCATCCTGCAAGCATAACCAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGAAACACt < 1:656749/224‑1 (MQ=255)
ggCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTTGT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAATTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGCCTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGAAACACt < 2:256983/239‑1 (MQ=255)
gtAATGTTCGGGAAAAATTCAATGTTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCCGCAAGCAAAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATCCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGAAACACTGATGCg < 1:193787/239‑1 (MQ=255)
gtAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCCTTTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGAAAAACTgtttcg > 2:1157996/1‑234 (MQ=255)
gtcgtcgGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGGTTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGGGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAAAATTGCCAACG‑GCGAGGGGGAGTGGGTAAGGCCTGTAAATTCCACCTGTTGAC‑CAAAAAATTGCCCCCGGGAAAAGAAAAACAGAAGGGAg > 1:900952/2‑238 (MQ=255)
aTCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGAGAAGAGGATTTTTTTTAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGAATCCTAA‑GGGGGTTTGGGAAAAATTTCCGCCCT‑CATAACATTGCCCACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGGAAATTACTCATTTTGACACAAAAAAACGCCCCGGGAaaaaaaaaaaaaaagagggg > 1:500981/1‑227 (MQ=255)
gtcgGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑GGCATCCTGAAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGAAACACTGATGCGAGGCCt < 2:500981/239‑1 (MQ=255)
ggggAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCACGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGGTTTTTTTGAACAGGTTAGGGCTCTC‑AGAGACTCGTAA‑GCGGGGTTTGTAAAAAATCTCGACATCCTTAACA‑TGCCAACG‑GCGAGGGGGAGTGGGTAAGGCACGTAAATTCATCACTTTAAA‑GAAAGAATAGCCCCGGAGAAAAGAAAAACCGAtatgagagccggg > 1:663611/1‑227 (MQ=255)
ggAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTTGGAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGGAAATTCATCATTTTGAC‑GAAATAATAGCCCCTGGTAAAAGAAACACTGATGCGAGGCCtggggt > 2:526900/1‑235 (MQ=255)
ggAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGAAACACTGATGCGAGGCCtgtggt > 2:932920/1‑237 (MQ=255)
aactttaaaTTGTTTTT‑GGGGTTTTTG‑CTCATCCTGAAAGCAAAAATAGGACAACTAATGGGAAGAGGATTTTTTTGAAAATGTTCGGGCTCTA‑AGAGCCTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGAAACACTGATGCGAGGCCTGTGttt < 1:439824/231‑1 (MQ=255)
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a‑GCGAGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAA‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGAAACACTGATGCGAGGCCTGTGTTTCAATCTTTAAATCAGTAAACTTCATACGCTTGACGGAAAAACCAGGACGAAACCTAAATATTTGTTGTTAAGCTGCAATGGAAACGGTAAAAGCGGCTAGTATTTa < 2:33598/239‑1 (MQ=255)
|
GTAACGATTTGATTATCGCGGGTGACTTTTGCCAGCGCCTGATCGGTACGCTGATCGGCACCATTAATGCTTACGGTGACGCCCATCAGGCTTGGATCCTGCTGTGGCAGTGTAATCGTCGGGGAAACTTCAATAGTTGTT‑GGCGGTTTTG‑CGCATCCTGCAAGCATAAACAGAGCAACTAACGGGAAGAGGATTTTTTTGAACATGTTCGGGCTCTC‑AGAGACTCTTAA‑GCGTGTTTGGTAAAAATTCCCGCCAT‑CATAACATTGCCAACG‑GCGAGGGGAAGTGGGTAAGGCATGTAAATTCATCATGTTGAC‑GAAATAATCGCCCCTGGTAAAAGAAACACTGATGCGAGGCCTGTGTTTCAATCTTTAAATCAGTAAACTTCATACGCTTGACGGAAAAACCAGGACGAAACCTAAATATTTGTTGTTAAGCTGCAATGGAAACGGTAAAAGCGGCTAGTATTTA > NC_000913/453962‑454429
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
