Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,744,088 |
A→T |
12.6% |
Y211F (TAC→TTC) |
mdtK → |
multidrug efflux system transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,744,088 | 0 | A | T | 12.6%
| 175.6
/ 2.1
| 64 | Y211F (TAC→TTC) | mdtK | multidrug efflux system transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/32); new base T (7/2); total (30/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGT > NC_000913/1743851‑1744324
|
gtgcgtTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGGTATG‑TTCCTTGCCCCGGTTTTTTAc > 2:1236789/1‑239 (MQ=255)
tgcgtTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGGTTTTGGTCATT‑TTCCTTTCCCTTGGTTCTTTCa > 2:985173/1‑239 (MQ=255)
gttgtGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaaa < 2:84973/238‑1 (MQ=255)
gttgtGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGGTTTTGGGCATGTTTCCTTCCCTTGGTTTTTTCCTTTaa > 2:345029/1‑238 (MQ=255)
tggtgtgctccGGGTTTTTTGTTCTTCCTGGTTGCCTGTAACCAGTGTGAAGGTGTGGCAAAAATTAAGCCGGGTATGGTAATGGGGTTTATCGGCCTGGTGGTGAACATCCCGGTTGACTATATCTTTATTTATGGTCATTCCGGTATGCCTTAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACgcgc < 1:128377/230‑1 (MQ=255)
gggggCG‑GCCGGGATATCGGGTTGTCGAGGTTGCCCGGAACCTGTGGGAAGGTCTGGCAAAAGCCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTGATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGcc < 1:799642/238‑1 (MQ=255)
gcgcCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCt < 2:584183/238‑1 (MQ=255)
cgcCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTTCGGCGGGGGTTTGGGGTGTG‑TTCCTTGCCCTGGGTTTTTTCATTTAAAGCGCCCGccc > 2:789528/1‑236 (MQ=255)
cgcCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGTATTGGGGCATG‑TTTCTTTCCCTGGGTTTTTTCATTTAACCGGccccgtc > 2:920167/1‑234 (MQ=255)
cgcCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGGTTTGGGGTAAG‑TTCCTTGCCATGGGTTTTTCAATTAAACGCCCCCGCTc > 2:723947/1‑238 (MQ=255)
cTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGatat < 2:103883/239‑1 (MQ=255)
ttcttcCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGcc < 2:1130408/219‑1 (MQ=255)
tcccTTAACCATTGTGAAGGTTTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGTTTTATCGGCCTGCGGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAgg < 1:399674/238‑1 (MQ=255)
tgtgAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTTCGGCGGGGTATTTGGGCCTG‑TTTCCTGCCATGGGTTCTTAAATTTAACGCGCCCCCCCCCTGCGCCAAATTCGTAACGAAAAAGGGACCCCCAAAc > 2:904375/1‑238 (MQ=255)
aaGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGAGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTTGGTGCTG‑TTCCTTGCCCTGGGTTCTTTCCTTTAACGCGCCCCCTCCATGCGCGGTATTCGTAACGAAAAAAGCACCGCCAAACCCGa > 2:166449/1‑238 (MQ=255)
gTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGGATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATTGTTTCTTACATTTAACGCGCCCGCTCCATTCGCGATATTCGGAACGAAAAAGGCAACGCAAAACCCCATcc > 2:735057/1‑238 (MQ=255)
ttagaaaaaaCCACGCGGGGTAGGTTAAGGGGTTTTTTGGGGCTGCGGGGTAACATCCTGGTGAATTATATCTTTATTTATGGGCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGGGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTg < 1:1236789/233‑1 (MQ=255)
cGGGTTTTGTAATGGGCTTTATCGGCCTGTGGGGGAACCTCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGGCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGa < 1:904375/236‑1 (MQ=255)
tATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGTATTGTGGCATG‑TTCCTTTGCCTGGGTTCTTTCAATTAACGCGCCCGCCCCATTCGCCATATTCGGTAGCAAAAAGTCACCCCCAAACCCCCTCCCGCGGTCTTGTAAAAACCGATTCAAccccgtgttac > 1:922402/1‑227 (MQ=255)
tATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCAGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGGATTGGGTCCAG‑TTTCTTGCCCAGGTTTCTTACAATAAAAGAGCCCGCTCCATTCGCGCTATTCCTAACGGAAAAAGTAACCCCAAACCCGAACCCGCGGTTAGTAAACGACAGATTaaaaaccatatgccgg > 1:491532/1‑226 (MQ=255)
gtCGGTCTGCTTGTGAACTTCCCGGTGAACTTTATCTGTATTTATGGTCCTTGCGGTAGGTCTGAGTTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGAt < 1:789528/238‑1 (MQ=255)
ctgGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGGTTCTTTCATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGGGATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGGTTTGAAACGACTGATTTACATCGGGTTTCCCGTTTCG‑CTggg > 2:1030586/1‑238 (MQ=255)
tGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGGCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGGGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACt < 2:922402/238‑1 (MQ=255)
aTCCCGGTTAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCtt < 2:1014461/239‑1 (MQ=255)
tcagatatCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGa < 2:1113648/234‑1 (MQ=255)
ttatGGTCATTTCGGTATGCCCGAGCGCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTTCTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCcgtcg < 2:311810/239‑1 (MQ=255)
tatGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTTGGGCATG‑GTCCTTGCCATGGGTTCTTTAATTAAATGCGCCCGCTCCATGCGCCATTTTCGTAACGGAAAAGGCACCGCAAAAACCGCTCCTTCGGCTATGAAATGAACTATTCACACCGGTTTTCCCAGTTCG‑CGGGGCCTGTGTCTTTGAAG‑TAAACCTGTTTGcccg > 1:1113648/1‑235 (MQ=255)
tatGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCcgtcgt < 2:693458/239‑1 (MQ=255)
cTGGGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCg < 2:208414/239‑1 (MQ=255)
tGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGc < 2:856931/239‑1 (MQ=255)
ggtcccGGTGGTTTTGGTTGTGGGGTGGCTTCTGGGGCGGTGTTTTGGGGACTG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCACCCGCGCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGTTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCt < 1:985173/234‑1 (MQ=255)
gAGCTTGGTGGGTTTGGTTGGGGGGTGGCTTCTGGGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCt < 1:166449/239‑1 (MQ=255)
gAGCTCGGTGGCGTTGGTTTGGGCTTGGCTACTGCGGCTGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTTCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCt < 2:326739/239‑1 (MQ=255)
cTCGGGGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCcgtcgt < 2:602735/215‑1 (MQ=255)
ttggttggGGCGTGGCTACTGGGGCGGTGTTTTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGGTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGGTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGGGTCTCCGCTCGGTATTGTTGa < 2:621739/238‑1 (MQ=255)
ttggttggGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGa < 2:557060/238‑1 (MQ=255)
ttggttgTGGCGTGGCTACTGGGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGa < 2:526364/238‑1 (MQ=255)
tggcTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGaca < 2:491532/238‑1 (MQ=255)
tACTGTGGCGGTTTTTTGGGTCATT‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGGTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCCCCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGa < 1:735057/239‑1 (MQ=255)
gatggtgataagggacaggTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGa < 2:576904/221‑1 (MQ=255)
tGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTAttgtt < 1:921825/217‑1 (MQ=255)
tGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGGAttgtt > 2:921825/1‑217 (MQ=255)
cggTGTCTTGGGGCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAAGCAACGCAAAACCCGATCCTGCCGGTATGAAACGACCGAATTAAATCGGTTTGCCGATTTCGCCGGGCACTGT‑AC‑TTGAAGATGA‑ACTCGTTTCCGTCGTGGCGCTGGTAGGGTCTCCGCCCGGGGCTGGTGATGT‑TCAGGAGACCCAGATTGccccg > 1:398763/1‑237 (MQ=255)
gTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGAt < 2:595642/221‑1 (MQ=255)
gtctgtttCCTTGCCCTGGTTTCTTTATTTAAACGCGCCCGTTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGTAAAACCCGTGCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGtt < 1:924304/232‑1 (MQ=255)
cATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCt < 2:1318548/189‑1 (MQ=255)
cATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCt > 1:1318548/1‑189 (MQ=255)
cATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACC‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTc > 2:82226/1‑237 (MQ=255)
aTG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTcc > 1:867721/1‑204 (MQ=255)
aTG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCg < 2:867721/205‑1 (MQ=255)
tG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTATTGTATCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGCCC‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCCCTa > 2:99792/1‑239 (MQ=255)
tG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTa > 2:1123043/1‑239 (MQ=255)
tG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTa > 2:601605/1‑239 (MQ=255)
tG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACGGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTa > 2:309595/1‑239 (MQ=255)
cTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGGGTGCCCGCTCGGTATTGTTGATTTCGCAGGGCA‑CCAGATTTCCCTGAACTTTCGTTCATAAATGtt > 1:92129/1‑239 (MQ=255)
ttGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCCCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCCCTTTTAAGGTCTCCGCTCGGGATTGTTGATTTCCCCGGACA‑CCAGATTGCCCTGaaacctggtccttaaaacac > 1:595642/1‑220 (MQ=255)
ctgcgtgtgTTTTTTTCATTAAGCGGAGCCTCTCCGTGCGCGCTAGTCGTAACGAAAAAGGGCCGCCAAAACCCGTTCCTGCGGGTATGAAGCGGCTGATTCATGTCTGTTTGCAGATTGCG‑CTGTCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTTTCTCCTCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCATGAACTCTAGTTCACTatcgtta < 1:798951/231‑7 (MQ=255)
tGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCCCTAATGt > 2:1231058/1‑236 (MQ=255)
tGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑GGCAACTGTTTGCCGCTGTGGCGCTGTTAGTGTCTCCGCCCGGTATTGTTGATGTCGCAGGCAA‑ACAATTTGCCCCGAAcctgtcctttatacaac > 1:576904/1‑220 (MQ=255)
cATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGc < 1:32166/123‑1 (MQ=255)
cATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGc > 2:32166/1‑123 (MQ=255)
aTGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGc > 2:124499/1‑238 (MQ=255)
tGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAACACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCACTGTTAGTGTCCCCTCTCGGTATTGTTGGTGCCGCAGGACC‑CCACATTGCCCCGAAATTTTGTTCACTAATATTCGTGCt > 1:381827/1‑238 (MQ=255)
tACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTGGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGt > 2:732013/1‑238 (MQ=255)
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GTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATG‑TTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCG‑CTGGCACTGT‑TCTTTGAAG‑TGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACA‑CCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGT > NC_000913/1743851‑1744324
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
