Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,143,497 |
A→G |
14.8% |
G323G (GGA→GGG) |
frwC → |
putative enzyme IIC component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,143,497 | 0 | A | G | 14.8%
| 291.9
/ 5.9
| 122 | G323G (GGA→GGG) | frwC | putative enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/62); new base G (18/4); total (56/66) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATACCTATATGGCAGCAGAGGCGCTGGAAAGTGCCGCGAAAGCGAAAGGCTGGGAAGTGA > NC_000913/4143261‑4143728
|
gggcggtaaaCCGGCAAGGGGGCACTGGTGATGGGCTGGGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGATGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAg < 2:637547/231‑1 (MQ=255)
gccggAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCa < 2:1162368/234‑1 (MQ=255)
aCCGGCAAAGCGGCCGTGGTTATGGGGTGTGTTGGCTTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGAc < 2:601688/239‑1 (MQ=255)
tGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTAGGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCt < 2:1125571/238‑1 (MQ=255)
gggCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCGGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGGTATATCGCGGCGTGGGCTGTCGGGGGATGGGGGACGGcgggttttgggagcgggcgga > 1:276575/1‑219 (MQ=255)
gggCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCA‑TCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGGGCTGCCGGTGGTTGAGGGCAAGCTGGGTTATATTGCAGCGGTGGCTGTGGGGGCAGGGGGGAGGGCGGGTTG‑GGGGaagggggggga > 1:464958/1‑230 (MQ=255)
cTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGTCGGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCGGGGTTGGATGCCAGAATGGGCTGTCGGGGCGGGGAGGACGGcgggtaggggggaaggagggaaaa > 1:439904/1‑216 (MQ=255)
ttGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGGGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGGGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGTTTGTGCTGCCGGTGGTGGAAGGCAAGCGGGGTTGTATCGCAGCGGTGGCTGGGGGGGCGGGGGGGAGGGGGGGTTG‑TGGGAACAGGGTGAAAAATCTg > 1:75439/1‑239 (MQ=255)
tACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGt < 2:251023/238‑1 (MQ=255)
aggtggCGTTTCCTTTCCGCGGTGGCGTTCCGCGGGGTGTCATTCCTTCCATCAGGGGCGGTTCAGTTGGGGGTGCAGTATCTGCGGGGCTGGGCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAAt < 1:622332/235‑1 (MQ=255)
aGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGGGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAAt < 2:1194989/238‑1 (MQ=255)
ggggCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGGGCTGCCGGCGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGACTGGGCTGTCGGGGCCGTGGGGACGGCGGTTTG‑GTGGAACGTGCGGCAAAGACGGG‑GGGGGAAAAAggg > 1:969326/1‑239 (MQ=255)
aTTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAGGGCACGCTGGGTTTTATTCAAGCAGTGGCTGGGGGGGCAGGGGGGGCGGCGGTGTG‑TGTGTACGTGCTG‑ATAGAATGGTGGCGTAAAAATGGGtgtcg > 1:1288868/1‑235 (MQ=255)
tCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGGTTGGGCTGCCGGGGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGAGGCAGTGGCTGTCGGGGCAGGGGGGAAGGCGGGTTG‑TGTGGACGGGGCGAAAACTGGGG‑CGGGAAAAAAAggggcgttga > 1:662412/1‑232 (MQ=255)
ccTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGAc < 2:1002455/239‑1 (MQ=255)
ttttCGCCGTTGCCGTTCCGTTGCGTGTCGTTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACt < 1:3201/238‑1 (MQ=255)
tCGCCGGTGCCGATCCGCTGCGTGGCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACtgat < 2:276575/239‑1 (MQ=255)
tCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGGGGACTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGTGCAGGGGGGACGGCGGGTTG‑TGGGAACGGGCTGCAAAATCTGG‑CGCGGAAAAAAGGGGCTTCGAGtggt > 1:113632/1‑237 (MQ=255)
cgccgcTGCCGAGCCGCTGCGTGTCATTCCTTACATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTCACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACtgatg < 2:1073885/239‑1 (MQ=255)
cgacacggtGCGTGTCAGTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAGCTGCGGCTCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAaagaag < 2:1135958/231‑1 (MQ=255)
cGCTGCGTGTCACTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGGCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAgacgac < 2:376518/239‑1 (MQ=255)
cctgggggtCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTACGTTGGTGGTCGAGTAACGGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGTTGGGGTGGTCTGTTTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCTTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGAcc < 1:285761/232‑1 (MQ=255)
cTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGGGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAaacga > 2:691775/1‑236 (MQ=255)
gCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGCAACCGACCtgg > 2:337748/1‑239 (MQ=255)
gCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGATGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCtgg > 2:41114/1‑239 (MQ=255)
tttCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCg < 2:199681/209‑1 (MQ=255)
tgtCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGGCGGCGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGGGCGGTGGTGAGGCGGGTTTT‑TGTGAAAGCGCGGGAAAGATGGG‑CGCGGAAAAAGAGGGTTTCGACTGTGGTAAaagaaaagagacggggtt > 1:69819/1‑226 (MQ=255)
tgtCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGAAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGGCTGG‑GGCGTAAAAATGGGTCTTCGGCTGATGAAAAAGAAGACGACCtggatt > 2:582093/1‑239 (MQ=255)
ccATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGGCGGAGCAGTGGGGACGGCTGTTTT‑GGGGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑GGCGTGAAAAAGGGGCTTCGACTGATGAAAAAAAAAAAGAACTGGGTTTGGATTTTGaa > 1:1111544/1‑239 (MQ=255)
catcatGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGCCTTTGACTGTTGAAAAAGAAGACGACCTGGGTTTGGATTTTGaaa > 2:1089333/1‑239 (MQ=255)
catGGTGCGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGATGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGACGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAaatta < 2:686123/239‑1 (MQ=255)
tGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAaattaat < 2:464958/239‑1 (MQ=255)
tGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAaattaat < 2:928590/239‑1 (MQ=255)
tGGACGGTCCAGTTTGGGGCGCAGTAACTGCGGAGCTGGGCGGTGCTCAGTGCTATGCAGGGTGGGGTTGTCTGATTGGGCTGCCGGTGGTTGACGGCAAGCTGGGTTATATCGAAGCAGTGGCTGTTGGAGCAGTGGTGAAGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGTCTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAaattaat < 2:942052/239‑1 (MQ=255)
cGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTGTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTAGATCGCAGCAGTGGCTGTCGGGGCGGTGGGGACGGCTGGTTG‑GTGGCACGTGCTGAAAAGCCTGG‑CGGGGAGAAACGGGGCTTGGTCGTTAGAAAAAGAAGAAAGCCGGGGTTTGGATTTTGAaattaatgaat > 1:37914/1‑239 (MQ=255)
tggtggggCAGTACCTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTTAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑aa < 2:715087/235‑1 (MQ=255)
cAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGGGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGGCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGGGCCATGa > 2:251922/1‑239 (MQ=255)
tAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGGAGTGCTATGCAGGTTGGGATGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTTACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAATAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACg < 2:568836/238‑1 (MQ=255)
aaCTGGGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGTTGGTTTGATTGTGCGGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACg < 2:457508/237‑1 (MQ=255)
aaCTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGaa < 2:969326/239‑1 (MQ=255)
gcggcgCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGCCGGCCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTTAGG‑AACGGGCCATGACGAAAatt > 2:765793/1‑239 (MQ=255)
gcggcgCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAatt > 2:1294485/1‑239 (MQ=255)
gcggcgCTGGGCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGGTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGGGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGCAAAGTCTGG‑CGCGTGAAGATGGGGCTTCGACTGTTGAAAAAGAAACGGACCCGGGATTGGATTTTGAAATTAATTAAATGACG‑AAGGAGCAAAGACGaaaaat > 1:192196/1‑237 (MQ=255)
ggcgCTGGTCGGGGCGGTGTGCTAGGCAGGTTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAattat < 1:1294485/239‑1 (MQ=255)
cgcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAg > 1:155512/1‑99 (MQ=255)
cgcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAg < 2:155512/99‑1 (MQ=255)
gcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGGGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGTTGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACAGGCCATGACGCAAATTATTGc > 2:686799/1‑239 (MQ=255)
tGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGCTTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACAAGCCATGACGAAAATTATTGAAGTAAcccc > 2:659491/1‑237 (MQ=255)
tGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGGGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAAcccc > 2:1194935/1‑237 (MQ=255)
ggcggggCTATGCAGGGTTGGGTGGTCTGACTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCa < 2:206574/232‑1 (MQ=255)
cgcAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCa < 2:1120357/238‑1 (MQ=255)
cAGTGCTGTGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTTAAGGCAAGCTGGGTTAGATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATg < 2:180696/238‑1 (MQ=255)
tGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGGGACGGATGGTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGAATTG‑CGCGTTAAAATGGGGCTTCGGCTGAGGAACAAGAAAACGACCTGGAGTTGAATTTTGCAATTAAATAATTTAGGAAAAAAGCCA‑GACGAAAAATATTgaaagaaaagcaagacat > 1:594569/1‑222 (MQ=255)
tGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGGGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGGGCTGAAAAGTCTGG‑GGCGTAAAAATGGGGCTTCGACTGTTGGAAAAGAAGACGACCTGGGTTTGGGTTTTGAAATTAATTAATTTGGG‑AAAGAGCCATGACGAAAattatttaagaaaacccaatgccttaaag > 1:108505/1‑216 (MQ=255)
ggggtggggtgtttttgtttggctgcGGGTGGTTAGAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGGAGTGGCTGTCGGGGCAGTTGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGgtg < 1:691775/217‑1 (MQ=255)
aGGGTGGGGTGGTCTGTTTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCGGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTTGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGgtg < 2:1012386/238‑1 (MQ=255)
aGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGgtg < 2:178382/238‑1 (MQ=255)
aGGCGGGGGTGGTCTGGTTGGTCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGGAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGGGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGgtg < 2:337202/238‑1 (MQ=255)
gCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGTAAGCTGGGTTATATGGCAGCAGTGGCTGTCGGGGCAGGGGTGAAGGCTGTTTG‑TGTGAACGGTCTGAGAAGTCTGG‑CGGGTGAAAATGGGGTTTCGACTGCGGAAAAACAAGACGACATGGCTGTGGTATTTGAAATTAATTAATTAAGG‑AAAGAGCCCTTACAGAAATTAATGCAGTAAACGCATGTCGttatgggtgac > 1:279052/1‑230 (MQ=255)
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tGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGGACAGGGGGAACGGCTGGTTGTTGTG‑ACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAACATGGGTCTTTGACTGATGGAAAAGACACCGACTTCGGTTTGGTGTTGTGCATTAATTAATTGAGA‑AACGGACACTGACAAAAAGTTTTGCAAGAAAAGCAATTCCTTAAGgtggttac > 1:215286/1‑234 (MQ=255)
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ggggggtttgttgtgtgCGGCGGGTGTTTGAAGGCAAGCTGGGGTATATGGCAGGAGTGGCTGTGGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGGGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGAACTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGcc < 1:1089333/225‑1 (MQ=255)
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gtggtCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCAt < 2:75439/238‑1 (MQ=255)
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ggttggATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATAGCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATAcc < 2:1111544/234‑1 (MQ=255)
ttGAGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGGGCAGTGGTGACGGTGGGTTG‑TGTGAACGTGCGGAAAAGTCTGG‑TCCGTAAAAATGGGACTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGCACTGGTTTTGGATTTTGAAATTAATTAATTTAGT‑AACGAGACGTACAGAAAATTATTACTGCAACCTCTTTGCCTTACGGTGtttcgcaaaactaacagg > 1:1130961/1‑223 (MQ=255)
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cGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCGGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGGCTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCCTGCCGAAAATTATTGCAGTAAACGACTGTCCTTCAGGGGTTGCCCATAACTAAATGGCCGCAGAgg > 1:1110219/1‑239 (MQ=255)
aaGGAAAGCTGGGTTATCTAGCAGAAGAGGCTGTCGGAGGAGTGGTGACGGGTGTTTG‑TTTGACAGGGTTGTAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGAATAATGAAAAAGAAGACGACCTGGAGTTGTGTTTTGAACTTAGTTAATTGAGG‑GACGAGCAAATCCAAAATTTTTTGAGATAACCGCCATTCCTTCACGTTGTGCCCATACCCTAATGgcaagaaagagggtggaaa > 1:618500/1‑223 (MQ=255)
aGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGACAACGACCTGGGTTGGGATTTTGAACTTAATTAATTACGG‑AACAGCCCAAGACGAAAATTATTGCAGAAACCGCCTTGCCTTCAGGGTTTGCCCATCACTATATGgcagcaatgggccgggaaacggccg > 1:879865/1‑220 (MQ=255)
gCTGGGTTATATCGGAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCa < 1:205262/183‑1 (MQ=255)
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ggTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATg < 2:1171454/181‑1 (MQ=255)
tatCGCAGTGGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATACCTATATGGCAGCAGAGGCGCTGGAAAGTGCCgcgaaagcgaa < 2:662412/239‑1 (MQ=255)
tatCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGGCGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATACCTATATGGCAGCAGAGGCGCTGGAAAGTGCCgcgaaagcgaa < 2:879865/239‑1 (MQ=255)
gtccGCAGCAGTGGCGTGCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTGT‑GGTGAACGTGCGTAAAAGTCTGG‑GGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATACCTATATGGCAGCAGAGGCGCTGGAAAGTGCCgcgaaagcgaa < 2:1288868/236‑1 (MQ=255)
cagcagTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATACCTATATGGCAGCAAAGGGGCTGGAAAGTGCCGcgaaagcgaaag > 2:200299/1‑236 (MQ=255)
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gTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGCTTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGCGTTGCCCATACCTATATGTCGCCAGAGGCGCTGGAAAGTGCCGAGAAAGCGACAGGCTGGGaa > 2:748456/1‑239 (MQ=255)
tgtgGGGGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATACCTATATGGCAGCAGAGGCGCTGGAAAGTGCCGCGAAAGCGAAAGGCTGGGAAGTGa < 2:806070/238‑1 (MQ=255)
|
GAGCGCGAAACCGGCAAAGCGGCACTGGTGATGGGCTGTGTTGGCGTTACTGAAGGGGCGATTCCTTTCGCCGCTGCCGATCCGCTGCGTGTCATTCCTTCCATCATGGTCGGTTCAGTTTGTGGTGCAGTAACTGCGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTG‑TGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGG‑CGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGG‑AACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATACCTATATGGCAGCAGAGGCGCTGGAAAGTGCCGCGAAAGCGAAAGGCTGGGAAGTGA > NC_000913/4143261‑4143728
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
