Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F27 I0 R1
|
83 |
86.1 |
2053078 |
89.1% |
1829292 |
215.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,169,668 |
A→C |
20.0% |
intergenic (+57/+25) |
yegS → / ← gatR |
phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent/pseudogene, repressor for gat operon, interrupted by IS3, split galactitol utilization operon repressor, fragment 2, split galactitol utilization operon repressor, interrupted |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,169,668 | 0 | A | C | 20.0%
| 149.7
/ 3.6
| 66 | intergenic (+57/+25) | yegS/gatR | phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent/pseudogene, repressor for gat operon, interrupted by IS3, split galactitol utilization operon repressor, fragment 2, split galactitol utilization operon repressor, interrupted |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/22); new base C (2/13); total (29/37) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCTGACGAAGATAACCCGAATATTATCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGAATAACCTTCATTAAAGGT > NC_000913/2169432‑2169902
|
tCTGACGAAGATAACCCGAATATTAGCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGCTGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACAcc < 2:337999/239‑1 (MQ=255)
tGACGAAGATAACCCGAAGATTATCGAAGGCGCTTCGTAGCGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCGGCGTTGCTTTCTCGAGTACACACAGATAGTCCACTGTTGCGCTAGTCAAACTATTCTCTCCTGAACCAGGGAGACTCCCTAATACCGGCAGCGGAGTAAACCCCtt > 1:547952/1‑239 (MQ=255)
cccccGAATTTTTTCGAAGGCGTTTCTTTGTGGTTTGATATTCGGGGACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGACCCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATCCTGCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACCCCTTATCCGGCATa < 1:508155/237‑1 (MQ=255)
aaCCCGAATATTATCGAAGGCTCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATa < 2:786659/239‑1 (MQ=255)
cccGAATATTATCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACa > 2:931663/1‑239 (MQ=255)
gAATTTTTTCGAAGGCGGTTCGTTGTTGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGGGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGaa < 1:650693/239‑1 (MQ=255)
gAATTTTATTGATGGCTGTTCGTGGTGGTTTGATATTCAGTCACCACAAGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTGTTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGaa < 1:836561/239‑1 (MQ=255)
gAATATTATCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGaa < 2:812701/239‑1 (MQ=255)
aaaTTTTTTCGAGGGCCCTTTGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCAAACGACATCACCTTTAATCTTTATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGaa < 1:826174/238‑1 (MQ=255)
tatCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAACTCCTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTCCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCCGGGAGCATCCGTATTCACGGATCCGGGTTAAacac > 2:846798/1‑215 (MQ=255)
atCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGGGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGCGAATCCGAAATGCCGGAGGCGGTGTAAAACCCttcaccgccaaaacaaacaacaag > 1:597678/1‑217 (MQ=255)
gAAGGCGCTTGGTCGGGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTaca < 2:888933/239‑1 (MQ=255)
ttCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGACCAATACTACACCGtaatt > 2:250975/1‑239 (MQ=255)
tgattttccgacccccaacGACCTCCCCTTAAACTGTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCTATTACCACCAGATTCTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGACCCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACCCCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCcgc < 1:934156/222‑1 (MQ=255)
acacGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGCTTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGACCCAGGGAGAATCCGTAATGCGGGATGCGGAGTAAACAACCTATCCGCCATAACAAAAAAACCTTCACCGTAATTAATTTTACACACACCTTCTGccaaccc > 1:956394/1‑233 (MQ=255)
cGACATCCCCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATTCTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGt < 2:861260/239‑1 (MQ=255)
ctccTTTAACCTTGCTGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATcc < 2:737934/237‑1 (MQ=255)
cACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATCCTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATcc < 2:519080/239‑1 (MQ=255)
cACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCCTACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATc > 2:637846/1‑238 (MQ=255)
aTCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATCCAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGCCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGa > 2:202929/1‑239 (MQ=255)
ttttGGCGAACCTTTGGTTTGGCAAAATTTTCATA‑TTTAAATACTTCCGGCGGCGTTGGGTTGTCGATTACCCCCAGATTGCCCACTGTTGCGTTAAACAATCTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACCCCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGAcaca < 1:202929/236‑1 (MQ=255)
gATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCAGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGAcaca > 2:430467/1‑238 (MQ=255)
gATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTAAACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGAcaca > 2:123984/1‑238 (MQ=255)
gAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCtt > 1:633395/1‑151 (MQ=255)
gAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCtt < 2:633395/151‑1 (MQ=255)
tcacttgtgggtggCAAAATTTTCATATTTGATAT‑CTTGCCGGAGCGTTTGTTTGTCGATTTCCCACAGATTTGCCACTGTTGCGTTAACCAAACTATTCCCTTTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTAGCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCatcatc < 1:123984/227‑1 (MQ=255)
aCCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGcatcatag > 2:478204/1‑237 (MQ=255)
gCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATACGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGtaataaaaagt > 1:211558/1‑237 (MQ=255)
aaTACGTCCGGGAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgt < 2:507414/239‑1 (MQ=255)
ggCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGtaa > 2:254142/1‑141 (MQ=255)
ggCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGtaa < 1:254142/141‑1 (MQ=255)
cAGCGTTGCGTTGTCGATTCCCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACCCCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAt < 2:693003/238‑1 (MQ=255)
cgttgcgttgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGcc > 2:166686/1‑165 (MQ=255)
cgttgcgttgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACACCATCATCGGTAATAATAATGTAAATTTTTTCGTTTGGAAGAACCTAATTaaa > 1:896116/1‑239 (MQ=255)
cgttgcgttgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAAGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGcc < 1:166686/165‑1 (MQ=255)
cgttgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAACCACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCAAGTTTATCAACATCGGACACAACCTACTAGGTAATAATAATTTCACATTTTTCGATGGGTAGAACCTGCTTAAAAcacg > 1:490782/1‑236 (MQ=255)
ttGGCCCCTGTCGCGTTAATCAAACTTTCCTCTCTTGCACCAGGGAGAATCCGTAACGCCGGATGCGGTGTAAACCCCGTAACCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCCATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAt < 2:68321/236‑1 (MQ=255)
tCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCg > 2:603544/1‑239 (MQ=255)
gTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGAGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCCAAATTCATTTTACCAGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCCCCTCTGACACCACATCATAGGTAATAAAAATGCCCATTTTTTCGGTTGGTAGCACCTGATTAAAAACGCGAGGGTTAATTTTTGagaaaaagtgtacg > 1:297559/1‑226 (MQ=255)
ttGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCTAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAc > 2:290626/1‑195 (MQ=255)
cGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAg < 2:944460/80‑1 (MQ=255)
cGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAg > 1:944460/1‑80 (MQ=255)
gTTAAACAAATTTTTTCCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAAt < 1:931663/239‑1 (MQ=255)
ttAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAAt < 2:106805/238‑1 (MQ=255)
ttAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAAt < 2:237691/238‑1 (MQ=255)
actaacctttcttctttTTAACCAGGGAATATCCGTAAATCCGGATCGGGGTTAAACTCCTTGTCCGGCATACCGGACAATTCTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGGCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCAACATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACt < 2:620616/227‑1 (MQ=255)
tctTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACCCCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACt < 2:643166/225‑1 (MQ=255)
tctTGAACCAGGAGAAATCCGTAATGCCGGATGCGGTTTAAACCCCTTATCCGGCATACAAAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCtgt < 1:250975/239‑1 (MQ=255)
aaCCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCa > 2:711462/1‑239 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGtaa > 2:118541/1‑69 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGtaa < 1:118541/69‑1 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGt > 2:134814/1‑130 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGt < 1:134814/130‑1 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGAAACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGAAGTACCTGATTAAACCCCCGCCGGTAAAATTTCGTTGAATCGAAAACGCCAATAACTttataacaggcctgttttttaaaa > 1:643166/1‑219 (MQ=255)
aaTCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCt > 2:645856/1‑239 (MQ=255)
tAATGCCGGATGCGGTGTAAACCCCTTAT‑CGGCATACAGAACAATACTACCCCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGaa < 1:613438/239‑1 (MQ=255)
aaTGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGCTTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCAACGGTTAAATTTCGTGGAACCGGGAAGGGAAACAACTTTATTATCGGCTGGTACCactcccccccaaaataaa > 1:960785/1‑222 (MQ=255)
gcGGATGTGGTGTAAACTGCTTAGCCGGCATCCAGAAAAATACTGCCCCGTAATTAATTTTACCCGTGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCCCCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGGCAATTTTTTCGATTGGTAGAAACTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGAATAAc < 2:794091/238‑1 (MQ=255)
cgaaTGCGGTGAAAACCCCTTACACGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCTCCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGAATAAc < 2:956394/235‑1 (MQ=255)
cGGATGCGGTGTAAACCCCTTATACGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGAATAAcc < 2:211558/239‑1 (MQ=255)
cGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAAt < 2:666935/194‑1 (MQ=255)
cGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAAt > 1:666935/1‑194 (MQ=255)
cGGAAGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACACTACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCAACTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGAAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGGTAAATTTCGATGCATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGAACaagcccccgccaataaaaaaa > 1:703381/1‑217 (MQ=255)
aagggacaggtAAACCCCTTAGCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGAATAACCt < 2:887723/230‑1 (MQ=255)
gATGCGGTGTAAACCCCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAc < 2:348009/144‑1 (MQ=255)
gATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAc > 1:348009/1‑144 (MQ=255)
aaaCCCCTTATCCGGATTTCAAAAAAATTTTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACAAAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGAATAACCTTCATTAAAGGt < 1:360851/239‑1 (MQ=255)
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TCTGACGAAGATAACCCGAATATTATCGAAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATA‑TTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACTTTATTAGCGGCTGTGACCATCGCACCGCTAATAGAATAACCTTCATTAAAGGT > NC_000913/2169432‑2169902
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
