Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
260 |
102.5 |
2178490 |
93.2% |
2030352 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
429,854 |
T→G |
15.0% |
V117G (GTG→GGG) |
secF → |
SecYEG protein translocase auxillary subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 429,854 | 0 | T | G | 15.0%
| 302.4
/ 6.9
| 114 | V117G (GTG→GGG) | secF | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/74); new base G (19/3); total (37/77) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.37e-09 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTCGTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGAT > NC_000913/429618‑430088
|
gtttttttgggggtgtggggtttttAACTGGGGGCGGGAGTTCCCCGGGTGTAAGTTTATTAAATTTCCGCTCGAAAACCCGGCTGAAATTGCCGTAATGTGTGATTCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGa < 2:508538/217‑1 (MQ=255)
tattatGGGCGGTCGCGGCTTTAACGGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTa < 1:829016/239‑1 (MQ=255)
tatGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGCGGAAACAGGCGGACA‑GGTGTTGGGGCGCCAGGTTCT‑GAAGGGGGTTacag > 1:408160/1‑236 (MQ=255)
ggCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAACACGGCGGGCA‑CGGGTGGGGGACCACGGTCTT‑CAAGGGGATTAAAGaaac > 2:371150/1‑237 (MQ=255)
ggCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCC‑GGGGGTGGGCGACCCGGGTCTGGAAGGGGATAAACaaa > 2:280224/1‑238 (MQ=255)
gCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGGGGTGGGCGGCCAGGTTCT‑GAAGGGGGTTAACGaaaac > 2:1087967/1‑236 (MQ=255)
cGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGGGAAACCGGCGGCCAGGGGGTTGGGC‑GCCAGGGTTT‑TAAGGGGATTAACAAAccc > 2:1069892/1‑238 (MQ=255)
gTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAATTTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGGTGTAGGCAGCCGGGTTCT‑GAAGGGGCTTAACCAATccc > 1:292729/1‑237 (MQ=255)
gTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATcca < 1:300407/238‑1 (MQ=255)
gcgaGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGCAATCATGGTCCGTATGCCGCCTGTTGAAGGCGAAACCGGCGGCCA‑GGGGTTGGGGAGCCCGGTTGT‑AAAGGGTATTACAGAaccaacca > 2:150054/1‑239 (MQ=255)
ccgGCTTTAACGGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGTTTATTGAAATTACGGCTGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAAt < 2:343781/238‑1 (MQ=255)
tttAACTGGGGGCTGGATTGCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGaa < 1:899233/239‑1 (MQ=255)
tAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATg < 1:212173/239‑1 (MQ=255)
cTGGGGGTTGGATTTCCCCGGGGGTACGGTTATTTAAAGTTCCCTCGAAAACCCGGCTGAAATTGAAGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGGCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATgcag < 2:782466/239‑1 (MQ=255)
cTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTAATGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACAGCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATgcag < 1:536200/239‑1 (MQ=255)
ggttGGTTTTCCCCGGGGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTGGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGt < 2:286486/235‑1 (MQ=255)
ggCTGGATTTCCCCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGt < 1:102958/238‑1 (MQ=255)
ggCTGGATTTCACCGGTGGGACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGt < 1:603471/238‑1 (MQ=255)
cTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTTAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGa < 1:168980/238‑1 (MQ=255)
tttCAACGGTGTGACGGTTAGTGAAATTACTCGCGAAAAACCGGCGGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATGGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTa < 1:983154/239‑1 (MQ=255)
cACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCC‑GGTGTTGGGCAGCCCGGGTCT‑GAAGGTGATTAACGGATCCACCAATCAGAATGAAGCAGGGAAGCGTATTg > 1:1057614/1‑239 (MQ=255)
cACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGGGTTGGGCAGCCAGGATCT‑GACGGGGATTa > 1:1072141/1‑200 (MQ=255)
cACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGAGTTGGGCAGCCAGGGTCT‑GAAGGGGCTTATAGCACCACCCAATCAGAAGACAGCAGCGAAgacgattg > 1:509255/1‑232 (MQ=255)
cACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGGGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGTCGGTCC‑GGTGTTGGGGAGCCAGGTTCT‑GAAGGGGCGTAACGAATCCACCAATCCGAATGCCGTAGGGaacggatttg > 1:1029138/1‑231 (MQ=255)
tgtACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTtcgt < 1:371150/238‑1 (MQ=255)
ggtTCGGTTTTTGAAATTTCGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTtcgt < 2:880481/239‑1 (MQ=255)
ggtTCGGTTTTTGAAATTCCCCACGAAAAACCGTGTAAAATTGACGGAAAGCGTGTCGCATTGCAAAAAGCCTGTTTGGAAGAGCCTAGGCTGGAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTCAAGCGTATTGAGTtcgt < 2:176857/239‑1 (MQ=255)
gtACGGTTAGTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGGATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTtcgt < 1:354068/238‑1 (MQ=255)
ttatgaaaaTTCCGCCCGAAAACCCGGTGGAAATGGACGTAATGGTGGATTCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg < 2:1077596/233‑1 (MQ=255)
aTTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGGGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑TAAGGGGGTTAACGAATCCCCCAATCAGAATGCCGCAGGGGAGCGGATTGGGTTCGGCGGGcccga > 2:18078/1‑236 (MQ=255)
aTTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGGGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGGGATTAACGGATCCCCCAAACAGAAAGCAGAAGGGAAACGTGTTGAGtttcggggcccgag > 2:484586/1‑227 (MQ=255)
aTTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTAGGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGGGTTTGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGGGATTAACGAATCCACCAATCAGAAAGCAGCAGTGAAGCGAATTGAAGTCCTCGGGccca > 1:513458/1‑236 (MQ=255)
ttaatttccgcgcgAAAACCCCGCTGAAATTGACGAAATGCGTGATCATTTGCAAAAGGCCGGTTTGGAGGGGCCGATCCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCGATGACAGCAAGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTCCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCg < 2:408160/231‑1 (MQ=255)
ttaaaTTTCCCTGGAAAAACCGGTTTAAATTGACGTAATGGGGGAGGCATTTAAAAAAGCCGGTTTTGAAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCg < 2:749494/237‑1 (MQ=255)
ttaaaTTCCGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCg < 1:1000940/237‑1 (MQ=255)
tACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCCGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGGGTTCGTCGGTCCGCGCgggggg > 1:598081/1‑238 (MQ=255)
cGAAAACCCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGAcc < 1:594187/239‑1 (MQ=255)
ccGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGAATTGCAAAAATCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCa < 1:252054/239‑1 (MQ=255)
ccGGCTGAAATTGACGTAAGGCGTGATGCATTGCAAGAAGCAGGTTTGTAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCa < 1:499070/239‑1 (MQ=255)
tgtggtaattgttgttgtcttGGAAAAAGCTGGTTTGGAAGAGCCGATGCTGAAAAACTTGGGTAGCAGCCATGGCATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGa < 2:317995/220‑1 (MQ=255)
gagttaagggggtaTGTATTGCAAAAAGCCGGTTGTGAAGAGCCGATTCTTCAAAACTTTTGGAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTAGGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGAt < 2:287121/226‑1 (MQ=255)
cGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGCGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATg < 1:282941/238‑1 (MQ=255)
atggggttaTGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTTAAGGGCCGGTGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCg < 2:504182/230‑1 (MQ=255)
gCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGGGATTAACAAAACCCCCAATCAGAATGCAGCAGGGAAGGGGTTTTGGTTCGTGGGTCCGGGCCGGGGGGCCGCCCTTGGGCAAACCGGGGGGGTGGGGTTgg > 2:1042559/1‑238 (MQ=255)
tGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATg > 1:253310/1‑238 (MQ=255)
gtggtatggCAAAAAGCGGGTTTGGAGGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGGCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGGTGGGCAGCTAGGTTGT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATgg < 2:619917/230‑1 (MQ=255)
tttctttGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGGGCCGAGGCTTGAAAATTTGGGGAGCAGCCATGACATCAGGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCa < 2:902026/234‑1 (MQ=255)
ttcttttaaaaaaGCCGGTTTTGAAGGGCCGATCCGGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGATATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGCTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAg < 2:295436/231‑1 (MQ=255)
tGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAATCTTTGGTAGCAGCCATGACATCAGGGGCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAg < 1:1042559/239‑1 (MQ=255)
tGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGGCCGAGCGGGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGGTGGCGATgtgggcg > 1:1001531/1‑232 (MQ=255)
agCATTACAAAAGGCCGTTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTCGCCGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAg < 1:969914/238‑1 (MQ=255)
tttaaaaaaGCCGGTTTTGAAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTGGGAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCgct < 2:677775/235‑1 (MQ=255)
ttGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGGTCT‑GAAGGTGATTAACCAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGGCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCggggtgggagggggg > 2:922948/1‑225 (MQ=255)
ttgaaaaaGCCCGTTTTGAAGGGCCGATTGTGCAAAACTTTGGGAGCGGCCATGACATCAGGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCgctg < 2:1001531/236‑1 (MQ=255)
tgaaaaaaGCTGGTTTTGAAGAGCCGATTCTGAAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCAGGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCgctg < 2:1008275/236‑1 (MQ=255)
tgaaaaaaGCCGGTGTGGGACAGCCGTTGCTGCAAAACTTTGGTAGCGGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCTGCgctg < 2:975733/236‑1 (MQ=255)
aaaaGCCGTGTTTGAAGAGCCGATTGTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTTCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCT‑GAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGt < 1:511158/239‑1 (MQ=255)
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|
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
