Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
260 |
102.5 |
2178490 |
93.2% |
2030352 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
541,102 |
A→T |
14.5% |
M180L (ATG→TTG) |
ybbY → |
putative uracil/xanthine transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 541,102 | 0 | A | T | 14.5%
| 114.4
/ 3.9
| 54 | M180L (ATG→TTG) | ybbY | putative uracil/xanthine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/10); new base T (4/4); total (40/14) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 |
TCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTA > NC_000913/540890‑541334
|
tctcCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGAGGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGAt < 1:158171/214‑1 (MQ=255)
tcCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGGCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGGCCC‑CGCGGGCGGGGGTGTGCCCGGTatcggggaggatatact > 2:488804/1‑222 (MQ=255)
cGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGTTGTGCCTGGAACTGGGGTTGTTTATCTTCCTg > 1:1072995/1‑238 (MQ=255)
tGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCa > 1:17854/1‑238 (MQ=255)
aCGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCTGCCTCT‑CGGGGGCGGGGTGGTGCCTGGGTCTGGGCATGATTATCTTCCTCCCGCAACg > 2:551813/1‑239 (MQ=255)
ttAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGGGATTTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCCACCTTTTTCCCGtttgggc > 2:198878/1‑234 (MQ=255)
aTTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGGGATGTGCCTGGTACTTGCGGTGATTATCTTCCTGCCGCCACGTTTTGCCCGTTATGGCCGGCTgg > 2:868530/1‑239 (MQ=255)
ttAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGTTGTGCCTGGTACTGGCGATGGTTATCTTCCTGCCCCCACGTTTTGCCCGTTAAGGCCCGCTGGt > 2:840131/1‑239 (MQ=255)
cGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGTCGCTGCTTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCCGCTGGTCGGCTCCAt > 1:397360/1‑239 (MQ=255)
ttATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCCCCCTAACCggttggtt > 1:1084296/1‑239 (MQ=255)
gCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGttgttggtgg > 1:127180/1‑235 (MQ=255)
gCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTgg > 1:896022/1‑238 (MQ=255)
gCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGGGGCGGCGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGGTATGGCCGGCTGGTCGGCCCCCTAACCGGCTGGTGGTTGTGGt > 2:346809/1‑239 (MQ=255)
gCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGGGCCGGTGATGTGCCTGGTACTGGGGCTGAATATCTTCCTTGCGCAACGGTTTGCCCGTTATTGCCTCCTGGTCGGGACCCAAAACGCCGGGttgttggtgg > 2:1018450/1‑235 (MQ=255)
cGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGTTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGGGAGGGGCCTGGTCCTGGCGGTGATTTTCTTCCTGCCGCACGGTTTTGTCCGTTATGGCCTCTTGGTGGGCCCCCTAACCgccggggcggttgggact > 2:1013575/1‑222 (MQ=255)
cGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCATTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGAGCCTTGTACTGGCGCTGATTAGCTTCCTGCGGCAACGTTTTGCCCGTTATGTCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGCTTGTTGTGGt > 1:1029973/1‑237 (MQ=255)
cGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGGCTGCTGGTAGGGACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGt > 1:275299/1‑237 (MQ=255)
cGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTACTTGGTAATGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACCTTTTGCCCGTTATGGCCCGCTGGCCGGCACCCTAACCGGGTGgttgtttgggt > 2:83946/1‑232 (MQ=255)
cGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGCGTTGTGCCTGGTACTGGCCATGATTACCTTCCTGCCGCCACGGTTTGCCCGTTATGTCCTGCTGGTCGGCACCATAACCCGCTGGTTGTTTTggg > 2:808499/1‑236 (MQ=255)
tCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGGGGTACtt > 1:301946/1‑239 (MQ=255)
ttgtgcgcgggggccgcAGCCGGACACTTTCTTTTTTAAAGGGTAGGCTGGGGTTGCGGTTGGGCATGGCCG‑CCCGAATTTTAAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCAc < 1:551813/225‑1 (MQ=255)
gTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCggca > 1:351448/1‑235 (MQ=255)
gTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCAc > 1:791179/1‑238 (MQ=255)
gTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCC‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCAc > 1:784595/1‑238 (MQ=255)
aTGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGc > 1:59975/1‑238 (MQ=255)
aTGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGc > 1:112741/1‑238 (MQ=255)
aTGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGGGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGc > 1:1000667/1‑238 (MQ=255)
tgtggggCGCGCAGTTGACCATTATCTTTTTCAAG‑GGTATGCTGGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGCCCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGct < 1:868530/234‑1 (MQ=255)
tGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTCCTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACCCGct > 1:636138/1‑238 (MQ=255)
gggCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCg > 1:101651/1‑239 (MQ=255)
ggCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCCACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTGCCACTCGCTCTCCgg > 1:11696/1‑239 (MQ=255)
gcgcgcAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGACGATTATCTTCCTCCTGCAACGTTTTGCCCGGTTGGGGCTGCGGGTTGGCACCCTAACCGGGTGGTTGTTGTGGGGCTTTGGTTTTCCTTC‑TCTCACTCGcgccgccggg > 2:272589/1‑230 (MQ=255)
cgcAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAAGGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAg > 1:361713/1‑239 (MQ=255)
tgcccattattttttCAAAGGGTATGGTCGGGCTGCGGTTTGGCATGGCCGACCAGATTTTT‑AAATTTCGGTTCCCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGTTGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCa < 1:840131/228‑1 (MQ=255)
tATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTTTGGGACTTTTGCTTTCCTTCTTGGCACCCCCCCTCCGGGGGGTTGAACgggaggg > 2:401240/1‑235 (MQ=255)
tttCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCCATCGCTCTCCGGTGAGTTGCCCTGGCAGTGGTTc > 1:680580/1‑238 (MQ=255)
aaa‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTTTGGCCTGCTGGTCGGCACCATACCCGGCCGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTTCTTCTTCCCACTCGCTCTCCGGTGAGTGGCACTGGCAGGGGGTCCCGcc > 2:513455/1‑238 (MQ=255)
tGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGCACTTTTGCTTTCCTTTTTCGCCCTCGCCCTCCGGTGGGTTGCACTGGCAGGGGTTCCCGCCCGGCAgg > 2:570180/1‑238 (MQ=255)
tGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGGGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGTCGATGGTTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTGTTTTTGGGACTTTTTCTTTGCTTCTTTCCCATCCCTCCCCGGGGAGTTGGCCTGGcgtgggtgccggcctgtccgg > 2:499433/1‑219 (MQ=255)
gCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCCGTGGCgggg > 1:176633/1‑237 (MQ=255)
gCATAGCCGACCTAATTTTT‑AAAATGTGGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGGGGGGATGGGCCTGGTACTGGGGGTGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGcc < 1:957167/238‑1 (MQ=255)
ccGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACAATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCCCTCTCCGGCGAGTGGCTCTGGCAGGGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCggggggtttgtggcccgtgct > 2:637765/1‑220 (MQ=255)
aCCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGcc > 1:976385/1‑57 (MQ=255)
aCCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGcc < 2:976385/57‑1 (MQ=255)
cccGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTg > 1:787365/1‑132 (MQ=255)
ccGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCCTAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCACTCCGGTGGGTTGCCCTGGCAGGGGTTCCCGCTCGGCGCGGGCGGGGGTTTTTTGCCgggggttttttt > 2:887316/1‑230 (MQ=255)
taaaaaTTCGGTTCCCGCCGTTTCCGCTTT‑CGGTGGCGGGGTTGTGCCTGGTACGGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGAcggcg < 1:1013575/237‑1 (MQ=255)
aaaaTTTGGTTCCCGCCGGTCCCG‑TCTCCGGTGGCGGTGTTGTGCCTGGTTCTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGt < 1:401240/239‑1 (MQ=255)
tcccggcgTTCGCTCTCG‑CGGGGGCGGTGTTGTGGCGGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGt < 1:272589/237‑1 (MQ=255)
gcgcTTT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACGGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAatat < 1:778443/239‑1 (MQ=255)
gcgcTCT‑GGGTGGCGGTGATGGTCCTGGTCTTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAatat < 1:942646/239‑1 (MQ=255)
cggcTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAatat < 1:586784/237‑1 (MQ=255)
ccGGTGGGGGGAATGGTCCTGGTACTGGCGTTGATTACCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCaa < 1:808499/238‑1 (MQ=255)
cGGTGATGGTCCTGGTGCGGGCGGTGATTCTCTTCCTGCCGCAGCGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGGTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTa < 1:488804/238‑1 (MQ=255)
|
TCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAA‑GGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTT‑AAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCT‑CGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTA > NC_000913/540890‑541334
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
