Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
260 |
102.5 |
2178490 |
93.2% |
2030352 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
830,872 |
A→T |
12.3% |
M1M (ATG→TTG) † |
rhlE → |
ATP‑dependent RNA helicase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 830,872 | 0 | A | T | 12.3%
| 254.9
/ 3.1
| 108 | M1M (ATG→TTG) † | rhlE | ATP‑dependent RNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/44); new base T (12/3); total (61/47) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.45e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
ATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACA‑GCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACG‑CCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTC > NC_000913/830635‑831108
|
attattCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGGTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTTGGGGGGGTTCGGGGTGGTTAt > 2:668024/1‑239 (MQ=255)
cGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTTGGCGTAGTTATGTCTTTCGa > 1:972451/1‑239 (MQ=255)
tCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTTGGttt > 1:558481/1‑239 (MQ=255)
cTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTa < 1:997783/239‑1 (MQ=255)
tAATCAAATGATTGATTGAGATTATGACGCCAGAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATTATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTGTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATTTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTGTGGGTTTAAg < 2:163683/239‑1 (MQ=255)
tAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAAAGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAg < 1:733125/239‑1 (MQ=255)
tAAACAAATGGTTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCG‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAg < 1:748527/239‑1 (MQ=255)
ctCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCCCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACCCCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGGGGGTTTGTCTTTCGT‑TTCTTTTGGGTTaaac > 2:872748/2‑236 (MQ=255)
aTCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGTTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGGGGTTTTTGCTTTTGATTTTTTTGGGTTTaac > 2:671199/1‑237 (MQ=255)
aTCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGc > 1:551984/1‑238 (MQ=255)
aaTGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTTTGCATTTCCA‑TTTTTTGGGTTTAAGCCCTgg > 1:966171/1‑238 (MQ=255)
aTGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGGTTTAGCCCCGat > 1:943671/1‑239 (MQ=255)
tGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTATGTCTTTCGC‑TTCTTTTGGTTTAAGCCCTGAAATCC‑TGCGCGGCCTTg > 1:998814/1‑238 (MQ=255)
tCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAg < 1:186426/239‑1 (MQ=255)
tCCATAGGGGAGTTGACCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAg < 1:145615/239‑1 (MQ=255)
cccATAGGGGAGTTTGCCA‑GTGTGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTAGGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAg < 2:783757/238‑1 (MQ=255)
cATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTTTGACTTTTGA‑TTCTTTGGGTTTTAGCCCTGGTATCC‑Tgccgcccgtttcccgggc > 2:186426/1‑223 (MQ=255)
cATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTATTTCTTTCGC‑TTTTTTTGGGTTAAGCCCCGATATCC‑TGGGCCCCGTTGCCGGGCa > 1:53473/1‑239 (MQ=255)
ggggAGGTGTCCAGGTTGGGATAAGATTTTTAGCAAGGCAGGTACCAGGG‑TAAATTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGt < 1:93138/239‑1 (MQ=255)
ttGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACCCTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCCTTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTTGGGGGAGTTTTTGCTTTTTG‑TTCTTTTGGGTTAAGCCCCGGATTCC‑TCGGGGCCGTTTCCGCAGAGGGTTAcccg > 2:535532/1‑237 (MQ=255)
ttGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCCGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTATGACTTTAGA‑TTCTTTGGGTTTTAACCCTGTGTTCC‑TTCGCGCCGGTTCCCAGCAAGGGTACC‑Gt > 2:306326/1‑239 (MQ=255)
ttGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTTGGGGTAGTTATGTCTTTTGA‑TTCTTTTGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCTCCGTTGCCAAGCAGGGTTatctt > 1:878693/1‑235 (MQ=255)
ttGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTTTTTCTTTTGT‑TTCTTTGGGTTTAAACCCTGTTATCC‑TTCGCCCCGTTGCCGCGCCGGGTTACC‑gg > 2:804504/1‑238 (MQ=255)
ttGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGCTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTTGA‑TTCTTTGGGGTTAAGCCCTGATATCCTTGCG‑GCCGTTTCCGAGCAGGGTTAGC‑Gt > 1:647895/1‑239 (MQ=255)
ttGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTCGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCGGATATCC‑TTCGCGCCGTTGCCGGCCCGGGTTACC‑Gt > 1:365151/1‑239 (MQ=255)
atGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGCGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAACACTACACCGGTAACGGTCGGGGAGGTTCGGGGTAGTTATGTATTTCTA‑TTCTTTTGGGTTAAGCCCCGTTGTTC‑TGCGcccccgctcccgcctgggttaccag > 2:780869/2‑218 (MQ=255)
tggccA‑TTATGGGTAAAGAGTGTAGCAACGCCAGGTCCAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACCCTCCGGTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGGCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑Gt < 1:563388/235‑1 (MQ=255)
tGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑Gt < 1:804504/238‑1 (MQ=255)
tGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCCGATTTCC‑TGAGCGCCGTTGCCGACCAGGGTTACC‑GTg > 1:164584/1‑239 (MQ=255)
gTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGGTTAAGACCTGATATCC‑TGCCCGCCGTTTCCGAGCAGGGGTTCC‑GGGa > 1:680616/1‑239 (MQ=255)
tCCA‑GTAGGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCCCAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAggg < 1:648973/229‑1 (MQ=255)
cA‑GTAGGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAacc < 1:798034/239‑1 (MQ=255)
ccgttttgcttaaaaTTTTAGCCACGCCAGTTCCAGGGATAATTTATGCCGTGCCTCACAAAAACTGCTTCACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAacc < 2:551984/226‑1 (MQ=255)
tATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGGTATCC‑TGCGCGCCGTTTCCGGGCAGGGGTACC‑GTGGacccc > 1:836328/1‑237 (MQ=255)
tGGTTAAGAATTTTAACAACCCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACCCTCCGCCCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAacccaccc < 2:339408/239‑1 (MQ=255)
tGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTTATATCC‑TGCGCGCCGTTTCCCAGCAAGGTTAAC‑GGGAaaccacc > 2:523036/1‑238 (MQ=255)
tGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTAGTTTCTTCGA‑TTCTTTGGGGTTAAAGCCCCATATCC‑TTGGCCCCGTTGCCGCGCAAGGTTACC‑GGGAacccacc > 2:835251/1‑238 (MQ=255)
cTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTTTGTCTTTCGA‑TTCTTTTGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGGCCGCCGTTGCCAGGACGGGTGACC‑GGGAACCCTCTCCtt > 2:648973/1‑238 (MQ=255)
cTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTTTGTCCTTCGA‑TTCTTTTGGTTTAAGCCCTTGTATCC‑TGTCCGCCGTTTCCGCGCAGGGTTACC‑GTGAACCCACCCCTa > 2:36705/1‑239 (MQ=255)
cTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGT‑TTCTTTTGGGTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTTCCGGGCAGGGGTACC‑CTGAACCCAccccct > 1:339408/1‑237 (MQ=255)
cTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGGTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGGaccccaccc > 1:410679/1‑232 (MQ=255)
cTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACCCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTACGGGTACGTTTTTCTTTCGA‑TTCCTTTGGGTTAAGCCCTGCTAACC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGAAGGGGTCAT‑GGGAACCCAcccccc > 2:727127/1‑237 (MQ=255)
tAAAAATTTTAACAACTCCCGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAACCCACCCCTAt < 1:535532/239‑1 (MQ=255)
tAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAg > 2:171932/1‑176 (MQ=255)
tAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAg < 1:171932/176‑1 (MQ=255)
catccgcaggcccaGGGATAATTTATGCTGTGCGTCACAACAACTGCTACACCCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTTAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGc < 1:979033/227‑1 (MQ=255)
aCGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGGTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGGCCTGATATCC‑TTCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAACCCCCCCCTCTTCAGCAACAGGCg > 2:44961/1‑238 (MQ=255)
aCGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATTGCTTTCGG‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTTGTATCC‑TTCCCGCCGTTGCCGACCAGGGTTACC‑GGGAACCCACCCCTTTTCAGCAGCAGGCg > 1:106717/1‑238 (MQ=255)
gTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGC‑TTCTTTGGGGTTTAGCCCTGATATCC‑TGCGGGCCGTTGCCGATCAGGGTTTCC‑GTGAACCCCCCCCACATCCGCCGCAGGCGATcccag > 2:185128/1‑237 (MQ=255)
tcccaGGGGTAATTTATGCGCTGCGTCCCAAAAACTGCTACCCTCCGCCCCCCAATGACATTTTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGc < 2:943671/236‑1 (MQ=255)
tCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCCGAGTAGGTATGTCTTTCGA‑TTCCTTGGGTTTAAGCCCCGCTTACC‑TGCGCCGCGGTGCCCGGCAGGGTTACC‑GTGAACACACACCTATTCAGCCACAGGCGTTCCCGGc > 1:231083/1‑239 (MQ=255)
ctaGGGTTAATTTTTGGCGTGCCTCACAAAACCTGCTACCCTCCCCTTCCTCAGTACATTGTTGTTTTTGTCATTTTCCTTTTAAGTATCTCCCTGAAAACTACGCCGGGAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCgg < 2:828256/237‑1 (MQ=255)
aaTTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTTCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑CGCGCGCCGGTGCCGCGCAGGGTTACCGGAGAACCCACCCCATTTCA‑CAGCACGCGGACCCCGCGGGGCTGGaa > 2:946068/1‑239 (MQ=255)
tGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGGGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTTATATCC‑TTCGCGCCGGTGCCCGACAGGGTTACC‑CTGTAACCACCCCCCTTTCGCCGCAGGGGAccccctcgggcctgggaagccc > 2:157243/1‑220 (MQ=255)
tGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTTGGTTTTAGCCCTGATATCC‑TTCGCGCCGGTGCCGCACCGGGTTTCC‑GTGAACCCCACCCCATTTAGCAACCAGCGGTCCCCGCGGGGCTGGaaaggcgg > 2:1036587/1‑233 (MQ=255)
tGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGGTTAAACCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAACCCACCCCTATTCCACAGCAGGCGATCCCCGCGGCGCTGGAAGAccac > 1:91198/1‑237 (MQ=255)
gcgcTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGATCAGGGTTACC‑GTGAACCCACCCCTATTAAGCACCGGGCGATCCCTGCGGGGCGGGGAGGCcgc > 1:1066626/1‑238 (MQ=255)
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|
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
