Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F17 I0 R1
|
160 |
98.0 |
2214160 |
89.0% |
1970602 |
222.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
871,336 |
C→G |
19.9% |
R124G (CGT→GGT) |
gsiC → |
glutathione ABC transporter permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 871,336 | 0 | C | G | 19.9%
| 125.3
/ 2.7
| 55 | R124G (CGT→GGT) | gsiC | glutathione ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/33); new base G (10/2); total (20/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGC‑GTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCG > NC_000913/871101‑871570
|
gcAGGTTAAGGAACTGGTGGGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGGGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑Gt < 1:356386/238‑1 (MQ=255)
tGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCCGGGGGATTTTGGCCTGTCGCTGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCGTTGGCTGACCCTACCCCGTATGGGCTGGGCGGGTAGTTTTTGTACTGC‑GGC‑GGGAGTGAACGCCGCCGCCTGGG‑GTATCAG‑CTGGGC‑ggg > 2:465597/1‑237 (MQ=255)
tGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGCCCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGCATTATCGCCCCCCGCTGGG‑GTAACCG‑TTTGcccgg > 1:1056533/1‑235 (MQ=255)
tGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGGATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCC‑TTGGCC‑gggt > 1:645508/1‑237 (MQ=255)
gTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCGGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTCTATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCCCCGCTTGGG‑GTAACCG‑TTGGCC‑gggtgc > 1:606842/1‑235 (MQ=255)
gTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCGGTATGGTCGGCGCGGTTTTATTTGTGATGGCGGGC‑GGGACTTTCCACCCCCGTTCGGG‑GTAAcgtgtgactggtgg > 2:944611/1‑226 (MQ=255)
gTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGG‑GGGGATTTTTGCCCCCGTCTGGG‑GTGAccctgtgcccggccg > 1:1089257/1‑226 (MQ=255)
gTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAAATATTCCCCCCGTCTGGG‑GGAACCGCTTGCCC‑ggtgt > 1:624436/1‑236 (MQ=255)
gCGTCAGGAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGa < 1:219973/238‑1 (MQ=255)
cttccgcagtTGGGGGTGGATCAGCCGCTGTATCTCCATTTCTGGCACTATAT‑CAGCATTGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGTCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGAt < 1:758323/233‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTCTGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGT‑GGGAATTTTAGCCGCCGGCTTGCGGCAACCG‑‑TGGCC‑GGGTCGGtttg > 1:594037/1‑237 (MQ=255)
caggagGTGGGGTTGGATTAGCCGCTGGATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAg < 1:465597/239‑1 (MQ=255)
ttcgtGGGGTTGGATCGGCCGTTTTATCACCCTGTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTGGGCCTGTGGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTAt < 2:722107/235‑1 (MQ=255)
cggcTGGGGTTGGTTCCGCCGCTGTACACCCCGGTCTGGCCTTTTAA‑CAGGATGGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTTTCGATGGTGTCCCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTAt < 2:724327/237‑1 (MQ=255)
gtcTGGGGTTTGGTCGGTCGTTGTTTTCCCTGTTCTGGGACT‑TATGCAGCAAGGCTGTGGAGGGGGATTTGGGGCTGGCGATGGTGGCGGGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTAt < 2:420044/236‑1 (MQ=255)
tGGATCAGCCGCTGTATCACCAGGTCTGGCACTATAG‑CAGCAATGCTGGTCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCTCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCg < 1:1106753/239‑1 (MQ=255)
aGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAAATTTCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGGTCGATTgtggtttggcattgcgggggcg > 1:850822/1‑218 (MQ=255)
cTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCAt < 1:43979/239‑1 (MQ=255)
cTGGCACTAAAA‑CAGGAATGCTGGGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCAt < 1:934649/239‑1 (MQ=255)
aggcagcTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCAt < 1:44828/233‑1 (MQ=255)
gggaagggtggtgaGGGGGATTTTGGCCTGGTGCTGGTGTCGCGGGTTCCGGTTGCCGATGAGATAGCCAGACGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGAt < 2:594037/226‑1 (MQ=255)
aGCAATGCTGGGCAGGGGGATTTTGGCCAGGCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGAt < 1:921970/239‑1 (MQ=255)
tattctttggggggggTTTTTGGCTTGTGGATGGTGCCGGGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCGGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGGCC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGAt < 2:624436/225‑1 (MQ=255)
aTGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGG‑GGGAAATATCGCCGCCGTCTGGG‑GTAACCG‑TTTGCC‑GGGCCGGTTGGGGATGTAC‑CTTTCGGGGGCGGGGGGCTCG‑GTTCCGGCCTTTGTTCTtggggggtg > 2:44828/1‑233 (MQ=255)
aTGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGGCTGGG‑GTAACCC‑TTGGCC‑GGATCGATTGTGGATGTAC‑ATTTGGGGGTCGGGGGTCTCG‑TTTCCGGCCTTTGCTCTGGGGTGGCtt > 1:1099194/1‑239 (MQ=255)
tgtgggacgggggTTTTTGGCCTGTAGGTGGTGTCGGTGTGTCCGGTTGCCGAGGAGATTGCCAGCCGTTTTATGCCAACGCTGGGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCttt < 1:476258/230‑1 (MQ=255)
gCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATTGCCGCCGTCTGGC‑GGAACCG‑GTGGCC‑GGAGCGGTTGGGGATTGCC‑CATGCGGGTTCGGGGGTCTCG‑TTTCCGGGATTTGCTCTTGGGGTGCtttt > 1:582858/1‑239 (MQ=255)
gCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATTGTGTCGCGTCGGCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTCGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAAtt < 1:312666/238‑1 (MQ=255)
ggggATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGCGGGGACTTTTCACCCCGGGCGGGG‑GTAACC‑‑TGTGCC‑GGATCGCTTGCGGATGACCGATTGCGGTG‑CGGGGGGCTCG‑TTTCCGGCATTCGCTCTTGGGGTGGTTTTTATTctagg > 2:1042702/1‑235 (MQ=255)
ggATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGGATTATCGCCGCCGCGTGGC‑GTAACCG‑TTTGCG‑GGGTCGATTGAGGTTGACC‑ATTTCGGGGTCGGGGGGCTTG‑TGTCCGGCCATTGTTCTGGGGGGGGTTTTAttttcgggaa > 2:1007916/1‑232 (MQ=255)
agtttGGCCTGTCGATGGTGTCGGGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTAtt < 1:253466/236‑1 (MQ=255)
tCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATTCCCCCCGTCTCGG‑GGACACA‑TTGGCCGGGTTGGATGTAGATTGACC‑TTTGGGGTG‑CGGGTGTCTCGTTTTCCGCAATTTGC‑CTGTGGGTTCGTTTTATTCACGTGTTTCCCGtttgaag > 2:830924/1‑234 (MQ=255)
acGATGGTGGCGCGTCTGCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCCTAACCAGTAGGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACt < 1:645552/238‑1 (MQ=255)
ggTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGggct < 1:453392/239‑1 (MQ=255)
gttgcgggtggtcCGGTTGCCGATGAGATTGCCGGCCGCTTTATGCCAACGCTGGGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATTTTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGggctg < 2:1056533/229‑1 (MQ=255)
tgtCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGAt < 1:1047785/175‑1 (MQ=255)
cgcgtggaggTTGCCTGCCGTTTTATGCCCACGGTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGGGGTTATGTTGGGTATGGG‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGc < 2:760149/233‑1 (MQ=255)
tGCCAGCCGCTTTGTCCCAACGCTTGGGCTGACCATATCCTGTGTGTGCGGGGCGGTAGTAGTGGGTATGGC‑GGG‑GGGAATTATCGCCGCCGTGTGGG‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATGCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGgc < 2:435746/239‑1 (MQ=255)
ccAGCCGGTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTAGCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGgcag < 1:445497/239‑1 (MQ=255)
gCCGCTTTATGCCAGCGCTGTGGCTGACCATAACCAGGATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAc < 1:59438/239‑1 (MQ=255)
gCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAc < 1:461747/239‑1 (MQ=255)
cGCTTTATGCCAAGCCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGGCTGGGCTGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTTTGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGgcagca < 1:876586/236‑1 (MQ=255)
tGCCAACGCTTGGGCTGACCAAAACCCGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGG‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGgcagca < 2:933085/229‑1 (MQ=255)
aaatcgggggCTGACCATAACCAGTTCGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTAAGGC‑GGC‑GGGAATTATCGGCGCCGTCTGGC‑GTAAGCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTATCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTCccct < 1:699272/231‑1 (MQ=255)
aCGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGGGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCCTTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGGATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGGGGGGGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTAcccc > 1:522839/1‑237 (MQ=255)
gtgGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGGATTATCGCCCCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGGTTGAGTATGACC‑ATTGCGGGGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGGTGCTTTTAATTTAGGGATTTTCCGTTGAAATGGGCTGGCTGCC‑TAACGTGGGGGCAAACCATTGGCGGGACTACAATTTa > 1:933085/1‑229 (MQ=255)
cATAACCAGTTTGGTTTGGGGGGTTATATTTGGTATGGG‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGgcg < 2:645508/239‑1 (MQ=255)
cgtttgtggttGGGGGTTTTTATTTGGTAGGGG‑GGG‑GGGATTTGTCGGCGCCGTCTGGC‑TTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTTTGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAg < 2:582858/229‑1 (MQ=255)
tATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCC‑TTGGCC‑GGGTCGAGTGGGTAATACC‑ATTGCGGGGTCGGGGGGCTCG‑GTTTCGGCCTTTTCTTTGGGGGTGCTTTTAATTCAGGGATTTTCCGTTGAACCGGGGCGGGTGCCGCACACGGGGGGCTG‑CAGGTGTGAGCACCACATTTTACCCCCCCCGACCCTCGCGGCGCCAGTgg > 2:862641/1‑239 (MQ=255)
ggc‑ggc‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGAt > 1:239654/1‑105 (MQ=255)
ggc‑ggc‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGAGCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGAt < 2:239654/105‑1 (MQ=255)
gccgTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGGATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCCGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGGTGGTTTGGC‑ATGtttt > 2:1023356/1‑239 (MQ=255)
gTCTGCC‑GTTCCCG‑TTGGCC‑GGGTCTGTTGGTTTTGCTC‑TTTGGGGTTGCGGGGCTTCTG‑TTTCCGGCTTTTGCTGTGGGGATTCTTTTAATTCAGGTTTTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGCGCAGACAGTTGGTAGCACTTCATTTTCCCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGC‑GTCGTTTGTCGATGTTTTAAg < 2:850822/239‑1 (MQ=255)
tttGGG‑GTTACCT‑TTGGCC‑GGTTTGGTTTATTTTGCCC‑ATTGCGGTTTCGGGGTTTCCG‑TTTCCGGCATTTGCCCTGGGGTTGCTTTTAATTCAGGTTTTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGC‑GTCGTTTGTCGATGTTTTAAGc < 2:522839/237‑1 (MQ=255)
cTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGC‑GTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCg < 1:529862/239‑1 (MQ=255)
tgtc‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGGATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGC‑GTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCg < 1:592839/235‑1 (MQ=255)
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GCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATAT‑CAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGC‑GGC‑GGGAATTATCGCCGCCGTCTGGC‑GTAACCG‑TTGGCC‑GGATCGATTGAGTATGACC‑ATTGCGGTGTCGGGGATCTCG‑TTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCC‑TACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGC‑GTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCG > NC_000913/871101‑871570
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
