Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I0 R1
|
92 |
125.0 |
2504412 |
98.2% |
2459332 |
226.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,536,225 |
T→A |
18.2% |
intergenic (+193/+390) |
yjhR → / ← nanS |
pseudogene, helicase family, putative frameshift suppressor/9‑O‑acetyl N‑acetylneuraminic acid esterase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,536,225 | 0 | T | A | 18.2%
| 111.6
/ 2.6
| 44 | intergenic (+193/+390) | yjhR/nanS | pseudogene, helicase family, putative frameshift suppressor/9‑O‑acetyl N‑acetylneuraminic acid esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/28); new base A (6/2); total (14/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.51e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATATATGGTAGTCTGGATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTAAGCAATAACA > NC_000913/4535999‑4536450
|
aaTATATGGTAGTCTGGATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGcc < 1:182233/239‑1 (MQ=255)
atatGGTAGGCTGGATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTaa < 1:856422/239‑1 (MQ=255)
tAGTCTGGATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGGGTTTTTTGGATTAAAGAAAAATGAAAGC‑‑ataatattatttttttctttttat > 2:186957/1‑223 (MQ=255)
tCTGGATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGAGCTTTT‑GGGATGAAAA‑AAAAAGCCAAC‑AATAACATTATAAATGCCTTATTTCttttt > 1:255984/1‑237 (MQ=255)
tCTGGATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGGCTTTTTTTGATGAAAA‑AAAAAACAAGA‑CATAAAAtaataaatttttcttttacatct > 2:883889/1‑222 (MQ=255)
cTGGATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGaa < 2:402605/239‑1 (MQ=255)
tGGATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGTTGGTTTTATTGATTAAAG‑AAAAAGAAAGCAAATATAAAAATAATGGGCAAtttttttttac > 2:1089127/1‑236 (MQ=255)
gATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGGCTTTTTTTGTTGAAAA‑AAAAAGCAACC‑AATAATATAAAAATAGCCTAATttttttttacta > 2:683162/1‑233 (MQ=255)
cAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGGTTTTTTTAATGTAAA‑AAAAATCAAGG‑AAAAAAATAAAAATAGCCTAATTTTTTTTTAcattat > 2:76516/1‑239 (MQ=255)
aaCGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCAtt < 1:683162/239‑1 (MQ=255)
cGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGaa < 1:455772/230‑1 (MQ=255)
cgcAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGGTAAGGCGGCTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATG‑AAg < 2:1232949/237‑1 (MQ=255)
cAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCa < 1:76516/239‑1 (MQ=255)
tttAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCatat < 1:836220/238‑1 (MQ=255)
aaaTGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGGCTTTTTGTTATTTAAA‑AAAATATAAGA‑AATAATATAATAATTGGCTAATTTTTTTTTACATCATT‑aaacccgtttct > 2:455772/1‑229 (MQ=255)
gaGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTAt < 1:254868/239‑1 (MQ=255)
aCAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGt < 1:1096828/239‑1 (MQ=255)
aGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGGTTTTTTGGATTAAAG‑AAAAATAAAAA‑AATAATATAAAAAAAGCCTAATTTTTTTTAACAACATT‑AAAAATATCATTAT‑CATCTATTT‑TCCATAATcactc > 2:294508/1‑234 (MQ=255)
tagtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGGCTTTTTGGAATGAAAA‑AAAAAACAAGC‑AATAAAATAATAAAAGCCTAAATTTTTTTTACAACATT‑AAAAATATCATAAT‑ATTCTATTT‑TCCAGAATCCCTCGACTta > 1:435029/1‑239 (MQ=255)
gggCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGCCGGTTTTAGGAATAAAAG‑AAAATAGAAGC‑AATTATAAAATAATTACCCTCTTTCTTTTAACATCATTCAAACA‑ATTATCCT‑AGTCTATTT‑TCTCGAATCCCTCCACTTCTAAttt > 1:1101114/1‑236 (MQ=255)
gCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGTCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGc < 1:989394/237‑1 (MQ=255)
ttttACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTGTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACg < 1:172538/239‑1 (MQ=255)
tttACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACgg < 2:781996/239‑1 (MQ=255)
tGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGGTTTTTTGAATGAAAA‑AAAAAGCAAAA‑AATAATATAATAATAGCCTAATTTTTTTTAAAATAATT‑AAAAAAATTATCATACTTCT‑TTT‑TCTCGAATACGTCGACCTTTAATCACCACAACGGCATATCac > 1:1085575/1‑238 (MQ=255)
tAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGa < 1:294508/238‑1 (MQ=255)
gACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGtgc < 1:738449/238‑1 (MQ=255)
tttATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCtg < 2:67344/239‑1 (MQ=255)
gATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTTCCAGTaaa < 1:622054/239‑1 (MQ=255)
gATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTGTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTTCCAGTaaa < 1:362747/239‑1 (MQ=255)
aTTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTTTGAATTAAAA‑AAAATGCAAGC‑AATAAAATAAAAATGGGCTAATTTTTTTTTAAATCATT‑AAGAATATTATCAA‑CCTCTATTT‑TCCCGAATCCCTCGACTTTTAATAGCCCAAACAGCATATCAAGCAGGGGCTTGGACCGCTGTGGGCCCAAAAAG‑TCCAGTaaaaaatgtaggtggt > 2:794093/1‑226 (MQ=255)
aTCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTTTGTATGAAAA‑AAAAAACAAAG‑GATAAAATAAAAAATGCCTTATTTTTTTTTACATCATT‑TATCAAATTATCAT‑CTTCTATTT‑TTTAGAATCCCTCCACTTATAAACTCCCAAAAGGCCTTTTAGGACGGGGCGTCGGACCCCTT‑GGGCCCAAACGCTCCCACAAACTGTTTAGACGTTCGTTGAttttc > 2:435695/1‑236 (MQ=255)
aaTTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCa < 1:1079794/196‑1 (MQ=255)
ttCCTTTGAATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTTCCGAGCCAt < 1:794093/239‑1 (MQ=255)
gCAAAAGGCTCCTGGGATTAAGGGC‑GTGGGTTTTTAGGAATAAAAA‑AAAATGAAAGA‑AATAATATAATAATGGCCTATTTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGATTTAAAATCGCCAGAACGGCATAGCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGG‑GGCCAAAAACGTCCAAATAAACGGTGTAGATGTTCGGAGATTTCCGAGCCATAATCGaa < 2:980358/239‑1 (MQ=255)
gcgcCTGGGATTAATGGC‑GGGTGTTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGgcgc < 1:570398/239‑1 (MQ=255)
cgcTTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATTCAAGC‑AATAATATAATAATGGCTTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAAAATCCGTCAACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGAGGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCAAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGgcg < 1:302346/237‑1 (MQ=255)
gcCTGGAATTAATGGA‑GGTTGTTTTAAGAAATAAAAG‑AAAAGCCAAGA‑AATAAAATAATAAGGGCTTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCAACAT‑CGTCATTTT‑GCCAGAATCCGTCGCCTTAAAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCAAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGTTTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCgg < 2:1101114/239‑1 (MQ=255)
gtGGGATAAATGGA‑GGGTGCTTTTAGGAATAAAAA‑AAAATGCAAGA‑AAAAATAAAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCGGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCAAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGAt < 1:854941/238‑1 (MQ=255)
tGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGTAGAAAAT‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAAAATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGATTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCTAACGCTGT‑GGCCAAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATg < 1:240801/239‑1 (MQ=255)
agaaaaa‑aaaaAGAAAGC‑AATAAAAAAAAAAGGGCCTAATTTCTTTAAACATCATA‑AAGCATACCATCAT‑CGTCAATTT‑GCAAGAATCCGTCGACTTAAAATCGCAAGAACGGCATATCAGGAGGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCAAAAACGTTCCAGAAAACTGTGTAGATTTTCGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTa < 2:333381/236‑1 (MQ=255)
tGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTaa > 2:203225/1‑239 (MQ=255)
gtcagatgtgtataagaaacaaatataataATGGCCTAATTTCTTTGACCATCATT‑AAGCATATCATCAG‑CGTTTATTT‑GCCAGAATCCGGCGATTTATAATCGCAAGAACGTAATATGAGGAAGGTGCGGCAAACGCTGT‑GGCCAAAAACGTTCAAGAAAACTGGGAAGATGTTCGAAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTa < 2:556863/218‑1 (MQ=255)
aaag‑aaaagaCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTAAACATCATT‑AAGCAAACCATCAT‑CGTCTTTTG‑GCCAGAATCGGTCGCTTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTGGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTAAGc < 1:110066/239‑1 (MQ=255)
aaaa‑aaaaTGCAAGA‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCACCAT‑CGTCTATTT‑GCAATAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGCCATAGCAGGACGGTGCTGGGAACGCTGT‑GGCCAAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTCCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTAAGc < 2:91214/239‑1 (MQ=255)
aag‑aaaATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTAAGCa > 1:333381/1‑239 (MQ=255)
aTGCAAGC‑AATAATATAATAATGCCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AATCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCTGAGTCCGTCGACTTATAACCGCCAGAACGGCATATCAGGTCGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTTCAAGTAAACTGTGTATATGTTCTTAGATTCCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTAAGCAATaaca < 1:439210/239‑1 (MQ=255)
aaagagaaagtaataaaataATGGCTTAATTTTTTTGAACATCATT‑AAGCATACAATCAT‑‑GTTTATTTGGCAAGACTCCGGCGACTTATAACCGCCAGAACGGCATATCAGGAGGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTCCCAGTAACCTTTGTAGATGTTGGTAGATTCCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTAAGCAATaaca < 2:193256/229‑1 (MQ=255)
atataataATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTTCCAGTaaa > 2:79067/1‑140 (MQ=255)
atataataATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTTCCAGTaaa < 1:79067/140‑1 (MQ=255)
|
AATATATGGTAGTCTGGATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAG‑AAAATGCAAGC‑AATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATT‑AAGCATATCATCAT‑CGTCTATTT‑GCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGT‑GGCCCAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTAAGCAATAACA > NC_000913/4535999‑4536450
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
