Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I0 R1
|
92 |
125.0 |
2504412 |
98.2% |
2459332 |
226.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,571,097 |
A→G |
14.7% |
L160P (CTC→CCC) |
yjiR ← |
putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,571,097 | 0 | A | G | 14.7%
| 162.3
/ 2.0
| 73 | L160P (CTC→CCC) | yjiR | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/50); new base G (10/2); total (21/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.88e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGTTCCAGCGCCAGTTCCAGCGCTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCG > NC_000913/4570863‑4571322
|
tGTTCCAGCGCCAGTTCCAGCGTTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCAt < 1:117612/239‑1 (MQ=255)
ccAGCGCCAGTTCCAGCGCTCCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAgg < 2:794641/239‑1 (MQ=255)
gcCAGTTCCAGCGCTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCggg < 1:248347/238‑1 (MQ=255)
ttCCAGCGCTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGGGACCACCGAACCCCCGTCTGAGC‑TCAAGCGGGTGATCt > 2:971087/1‑239 (MQ=255)
tCCAGCGCTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTCCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACCCACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTg < 1:1130997/239‑1 (MQ=255)
ccAGCGCTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGc < 1:971087/239‑1 (MQ=255)
gcTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCGTCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGctc < 1:708304/236‑1 (MQ=255)
gcTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGctct < 1:880428/237‑1 (MQ=255)
tCACCGCGGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTCCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACCGGGGGATCCGCCCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCACCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCaa < 1:527408/239‑1 (MQ=255)
gCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGAc < 1:936388/239‑1 (MQ=255)
caaGTTTCTGGATGGGTTGTAATTGCAATCACCGTCAGCCCCATGCGGCGCAGCATCTGCATAGAACCGTAATACCGGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACGCTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGAc < 2:3980/236‑1 (MQ=255)
tCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCGGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTaa < 1:617409/239‑1 (MQ=255)
tCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACCCCCATGCCCCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATACCAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTaa < 1:627659/239‑1 (MQ=255)
cTGGATCGGTTGGATTTTCAATCCCTTTCACCCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATACCAGGGGGATTCGCCCGCGACAATATCGCCGGTTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGCCATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGCCCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAAc < 2:193331/239‑1 (MQ=255)
cGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCa < 1:1087123/239‑1 (MQ=255)
cGGTTGGGATTTCAACCCCTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCa < 2:845431/239‑1 (MQ=255)
tCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCCCCCAGCCGCCGGC‑GGGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCCATACCCGCTGACCGGCTCACAACCCATAACCGCGAACGAGTTGCCG‑a > 2:109078/1‑239 (MQ=255)
tCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑a < 1:530030/239‑1 (MQ=255)
tCACGCCCATGCCACCCAGCATCTGAACCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑a < 2:182407/239‑1 (MQ=255)
cccATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTAtg < 2:198418/239‑1 (MQ=255)
ccagtccGCGCAGCATCTGCATCGAACGGTAATAACAGGGGGATTCGCCGGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTAtg < 1:261147/233‑1 (MQ=255)
gcagcaTCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGcaccac < 1:747423/238‑1 (MQ=255)
tCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GGGCATCAGGCGGGCAAACTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAAAGGGTTTCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCtt > 1:795671/1‑239 (MQ=255)
gAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGCGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCCATACTCGCTGACCCGCTAACAAATCATAAACCAGAACGGGTTGCAG‑ATTATGCTGCCCCACCCGGCTTATCcccc > 1:1100266/1‑238 (MQ=255)
acccgaaaaatgggggggATGCGCCCGCGACAATACCGCCCGTTTTAAACCCTGCCTTTAACGCCGGCGACACCGAGTTAGGGCAGCGGCGGGTGATGAGGATGTAATCGGCGGTGACCACCGGGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAACCGGCTCTCGAAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATACCCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGTTTAGCTCCCGc < 2:402716/226‑1 (MQ=255)
aaCCGTAATAACGGGGGGATCCGCCCGCGACAATATCGCCGGTTTTACACCCGGCCATAACCGCCAGCGCCACCGGGTTATGGCGGCCGCTGGGGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCCCCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGc < 2:495721/239‑1 (MQ=255)
cccGAAAAAACGGGGGGATCGGCCCGGGCAAAAACCGCCGGTTTTCCACCCGGCCATTACCGCAAGCGACTCCGGTTTATGGCAGCCGCGGGTGAGGATGATGTCATCGGCGGTGACCCCCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGcc < 2:124549/238‑1 (MQ=255)
taataaCAGGGGGATTCACCCGCGACAATTCCTCCCGGTTTACACCCTGCCATTAACGCCAGCGACCTGAAGTGAGGGCGGCGGGGGGTGATGAGTATGTCATGGGCGGTGCCCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACCCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAg < 2:625546/239‑1 (MQ=255)
gggggATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGGCCACCGCGCCGCCGTC‑GAGCATCCGGCGGGGCATCTGCTCTCGCACTACTCGCCGACCGGCTAACAAATCATAACCCCGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCCGCTTCGCTCCCGCCCCCG‑C‑GGgtttc > 2:489465/1‑237 (MQ=255)
gggATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCCGGCCGCCGTC‑GGGCATCAGGCGGGGAAACTGCTCTCGCCAAACCCCGTGACCCGCCAAAAAATCATAAACCAGAACCGGTTGCAG‑ATTTTTGTGCACCACCCGGCGTTGGTccccaccacccggggtttga > 2:859060/1‑222 (MQ=255)
gggATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGGGACCACCCCGCCGCCGGC‑GGGCATCAGGCGGGCAAACTCCTCTCGCACTACTCCCTCGCCGGCCAACAAATCATAACCGAGAACGGGTTTCAG‑ATTATGCTGGACCACCCGCCCTAGCCCCCCCCACCG‑C‑GGGTTctgt > 2:5292/1‑236 (MQ=255)
ggATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCCAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGGGGGCAATCTGCTCTCGCCATACTCGCCGACCGGCTAACAAGACATAACCCAGAAAGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCCGCTTAGCCCCCCCCACAG‑C‑GGGTTTAgg > 1:1122433/1‑238 (MQ=255)
tCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCCCCCAGCCGCCCTC‑GAGCATCAGGGGGGCAAACTTCTCTCGCCATACTCCCCCGCCGGCCAACAAATCCTAAACGGCAACGGTTTGCCG‑CATATTCTGCCCCAACCCGCCTAGCTCCCGCCCCCG‑C‑GGTTTCAAGCCggg > 2:639500/1‑239 (MQ=255)
ccGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGGCCAACCAGCCGCCGTC‑GGGCAATAGGCGGGGAACATTCCCTCGCAATACTCCCCGGCCGGCCAAAAAAACATAAACCAGAAAGGGGTGGAGAATTAT‑CTGGACCACCCGGCCTATCCTCCGCCCCAGAC‑GGTTT‑AGGGTGGgcgc > 2:125632/1‑238 (MQ=255)
ccGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGCCCCCCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCGCCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCt < 1:1002972/239‑1 (MQ=255)
ggtggataagagacagacacacTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGCTTCAGGCTGGGCGCTTCGAc < 1:435394/222‑1 (MQ=255)
aaTATCGCCCGGTTTACCCACTGCATTTACCGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACAt < 1:859060/239‑1 (MQ=255)
tccGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCTGCGACACCGAGTTATGGCAGCCGCTGTTGATGATGATGTCACCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCg < 1:976472/237‑1 (MQ=255)
tttACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGct < 1:740758/113‑1 (MQ=255)
tttACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGaa < 1:637221/155‑1 (MQ=255)
cTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTTACCGGCTAAAAAGTCATAAACCAGAACGGGTTTCAG‑ATTATGCTGCACCACCCCGCTTAGCTCCCCCCACAG‑C‑GGGTTTAGGCTGGGGGCTTCGCCATCCGGGGGGCTTTTGCTTAAc > 1:729899/1‑239 (MQ=255)
tGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCCCCCCGCCGCCGTC‑GAGCATCAGGCGGGGAATCTGCTCTCGCACTACTCCCTGACCGGCTAACAAATCATAACCGCGAAAGGTTTTCAG‑ATTATGCTGCACCACCCCGCTTAGCTCCCCCCCCCG‑C‑GGGTTCAGGCTGGGGGCCTCGCCATCCCGTGTGCTTTTTCTTTACg > 2:376436/1‑239 (MQ=255)
tGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGGC‑GGGCATCAGGCGGGGAAACTGCTCTCGCCATACTCGCCGACCGGCTAACAAGTCATAAACCAGAAAGGGTTGCAG‑ATTATTCTGCACCCCCCCGCCTTGCCCCCGCCCACG‑C‑GGGTTCCGGACCGGGGCTTCTACATCCCGTGTGCgtttttgttacg > 2:340887/1‑231 (MQ=255)
tGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCCCCGTC‑GGGCAACCGGGGGGCAATCTGCCTTCTCAATACTCGCTGACCCGCTAAAAAGTCATAACCGAGAACGGGGTGTAG‑AGTATGTTGCGCCCCCCGGCCTTGATCCCGCCCCAG‑C‑GGTTTCCGGCTGTGGGCTTTCACATCCGGGGGGCgttttgttt > 2:461335/1‑231 (MQ=255)
gCCATTAACGCCGGCGACATCGAGTTAGGGCGGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGCCCCCCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACg‑g < 1:1192610/239‑1 (MQ=255)
gCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGGCCACCCCCCCGCTGTT‑GTGCCTCCGGCGGGCCAATTGCTCCTTCCATACTCGCGTCCCCGCTGACAATACAGAAACAGGAACGGTTTTTAA‑ATTATGCAGCCACACCCGGCCTAGCTCCCGCCACAC‑C‑GGGTTCCGGCTGGGTGCTTCGGCATCCGGTGTGCtttttgtttagt > 2:336974/1‑230 (MQ=255)
gCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGGGACCACCGAGGCCCTGTC‑GGGCATCAGGGGGGCAATCCGCCCTCCCCAAACTCCCCGGCCCGCGAACACATCATAAACCAGAACAGGTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCCGCTTTGCTCCCGCCACAC‑C‑GGGTTCCGGCGGGGCGCCGCCCCACCCGGCGTGCTTTTGTTTTACg‑g > 2:21963/1‑239 (MQ=255)
aTTACCGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGCCCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGgcg < 1:1112594/205‑1 (MQ=255)
aCGCCAGCGACATCGATTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATTTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTggg < 1:274380/199‑1 (MQ=255)
gCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCCAGCCCCCGTC‑GCGCATCAGGGGGGCAATCTCTCCTCCCACTACGCGCCTAGCCGCCAACCAGACCTAAACGCGAACGGGTTTCAG‑GTTATGCTGCGCCACCCCGCGTTGCGCCCGCCCCAA‑CGGGTTTAAGCCGGGGCG‑TCCGACCTCCGGGGCGCCTTTTCTTAAAGCG‑AACAACgg > 2:1030559/1‑239 (MQ=255)
ccAGCGACCTCGATTTAGGGCGGCCGTTGGTGATGATGATGTCACCGGCGGGACCCCCCGAGCCGCGGTC‑GAGCATCAGGCGGCCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACGGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGaa < 2:323064/239‑1 (MQ=255)
cAGCGACCTCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGTGGTCATCGGCGGTGACCCCCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAAc < 1:21963/239‑1 (MQ=255)
gCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCCCCCAGCCGCCGTC‑GGGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCCATACTCGCTGACCGGCCAAAAAGTCATAACCGAGAACGGGTTGCAG‑ATTATTCTGCCCCACCCGGCCTTGCTCCCCCCCCAG‑C‑GGGTTCCGGCTGGGCGCTTCTACATc > 2:1112594/1‑205 (MQ=255)
gtgttgggCAGCCGCGGGTGATGATGAGTTCGCCGGCGGGGCCCCCCGGGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATg < 2:119947/232‑1 (MQ=255)
tATGGCAGCCGCGGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGcc < 1:269984/239‑1 (MQ=255)
aggcgcgCCGCGGGTGAGTAAGATGCCATCGCCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAACCTGCCCTCCCAATACTCGCTGCCCGCCTACCAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCt < 2:900013/233‑1 (MQ=255)
aTGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCCGTC‑GGGCATCCAGCGGGCAAAATGCTCTCGCAAAACTCGCTGACCGGCCAACAAATGATAAACCAGGACGGTTTGCCA‑GTTATGTTGCACCACCCGGCTTAACTCCCCCCACCG‑G‑GGCGTTCGGCTGGGGGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTTACG‑GAAACAATGCaatggcgccactcgcc > 2:875365/1‑224 (MQ=255)
ccGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCa < 1:474660/238‑1 (MQ=255)
cGCTGGTGATGATGATGTCAGCGGCGGTGACCCCCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGc < 1:67149/236‑1 (MQ=255)
gTGATGATAATGTCATCGGCGGTGACCCCCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCCCCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCa < 2:795671/238‑1 (MQ=255)
tgatgagaaTGTCATCGGCGGTGACCCCCGGCCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAg < 2:805923/238‑1 (MQ=255)
atgatgatgTCCTCGGCGGTGACCCCCGAGCCGTTGTC‑GGGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCGCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGTTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCa < 1:303067/238‑1 (MQ=255)
tgatgTAATCGGCGGTGACCCCCGAGCCGCTGTC‑GAGCATAAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGa < 2:1100266/239‑1 (MQ=255)
gcttCGGCGGTGACCTCCGAGCCGTGGTG‑GAGCAACAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTAACCGGCTAACAAGTCACAACCGAAAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCa < 1:412499/236‑1 (MQ=255)
ccacgggcggTGCCCACGGACCCGCGGCC‑GACCACCAGGCGGGAAATCTGCTCCCGCAATCCGCGCTGACCGGCTAAAAAGTCATACCCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATccc < 2:1198226/233‑1 (MQ=255)
cagcggcggTGACCCCCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCAc < 1:760871/236‑1 (MQ=255)
cATCGGCGTTGCCCCCCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCa < 1:109078/238‑1 (MQ=255)
tCGGCGGTGACCACCCAGCCCCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCCCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAATCATAAACCAGAACGGGTTGCCG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTTGCTCCCCCCACAG‑C‑GGTTTCCGGCTCGGGGCCTCGACATCCCGTGTGCGTTTTCTTTACG‑G‑AACAATAGAACAGCCCCTATGCGCCCCCCGCATATCCACCACCTGATCCCCCtc > 2:976393/1‑238 (MQ=255)
ggcggTGACCCCCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTgg < 1:340887/238‑1 (MQ=255)
tgcccaccGGGCCGCTGGC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAAt < 2:905308/235‑1 (MQ=255)
cgcgcccGCGGTC‑GGGCATGAGGCGGCCAACCTGCTTCCGAAATCCCCGCTGCCCGGTTAACAAGTCAAAGCCGAGAACGGTTTGCAT‑ATTATGCTGCCCCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCGGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCAcc < 2:788940/234‑1 (MQ=255)
ccGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCCCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATCCTGCACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCAcc < 1:990772/239‑1 (MQ=255)
cGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCg > 2:1061488/1‑239 (MQ=255)
|
TGTTCCAGCGCCAGTTCCAGCGCTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTC‑GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAG‑ATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAG‑C‑GGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACG‑G‑AACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCG > NC_000913/4570863‑4571322
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
