Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F28 I0 R1
|
140 |
172.9 |
3477528 |
97.9% |
3404499 |
226.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,142,657 |
C→G |
6.9% |
G43G (GGC→GGG) |
frwC → |
putative enzyme IIC component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,142,657 | 0 | C | G | 6.9%
| 499.9
/ 3.5
| 180 | G43G (GGC→GGG) | frwC | putative enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/96); new base G (12/2); total (82/98) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
AAAGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCAGCGTACA‑TCGG‑TTATTC‑CATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGCTTCTTTGGTGCACTGATCGCCGGGATTATCGGCGGCATCGTGGTGCATTACCTGAAGA > NC_000913/4142420‑4142892
|
aaaGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGgcg < 2:265856/239‑1 (MQ=255)
aaaGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGgcg < 2:1033315/239‑1 (MQ=255)
aaaGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGgcg < 2:399250/239‑1 (MQ=255)
aGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCCTGTTGTATGGCAAAGGGGCa > 2:1323262/1‑239 (MQ=255)
aGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCa < 2:1632127/239‑1 (MQ=255)
aGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCa > 2:190530/1‑239 (MQ=255)
gTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAg > 1:916280/1‑239 (MQ=255)
tCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTTCGTCCTTTTGTATGGCAAAGGCGCCGt > 2:554589/1‑239 (MQ=255)
cAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCTTTGTGTGTGGGACAGgcggcgtgt > 1:964314/1‑233 (MQ=255)
ccTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTTTATGGGAAAGGCGCCGTGCCGGGTGCCGt > 2:188937/1‑239 (MQ=255)
ttttATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGc < 1:580195/239‑1 (MQ=255)
cACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGGTGCCGGAACCGGTcct > 2:825551/1‑238 (MQ=255)
cACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCa > 2:1681297/1‑239 (MQ=255)
gTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCCTGTTGTATGGCAAAGGCGCAGAGCCCGGTGCCGTAGCCGATCCaaa > 2:662614/1‑237 (MQ=255)
gTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTTTATGGCAAAGGCGCAGTGGCGGATGCCGGAACCGATCCcaa > 2:761622/1‑237 (MQ=255)
tCCGCCTGCGCTTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGTGCTTTC‑GCAAGCCCGGGCGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGTGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGGTTTCGTCCTGTTTTCTTGCCAAGGCACAGGTCCGGGTCCCCGATCCGATTCAAA‑TCttacag > 1:1297106/1‑234 (MQ=255)
tCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGaaaa < 1:1305118/239‑1 (MQ=255)
tCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGaaaa < 2:1012414/239‑1 (MQ=255)
tCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGaaaa > 2:336112/1‑239 (MQ=255)
tCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGaaa < 2:311044/238‑1 (MQ=255)
cccgccgGCAATTGCCTATTTTTTCCTCCA‑CAAAAAAATGGGAAAGGGGTTTCGGAAAGCCCGGGAGCGGTTTA‑GAAAGAGGTTGGTGCAGATCCGGAAAAATCCCGGCCAGCATTTAATGACGGGCGTTCCACACAGGA‑TCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGaaaa < 1:934516/237‑1 (MQ=255)
cGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGaaaaaa < 1:1397228/239‑1 (MQ=255)
gCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGCGCAGCTTATGAATGT‑GATGGTGCAGACCTTGAAAAATACGCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTACCGGGCGGCATTTTGCTGGCGGTTTCGTTTCTGTTTTATGGCAAAGAAGCAGTGCCCGGTGCCCGAGCCGGTCCAAA‑TCATaaaaag > 1:913760/1‑237 (MQ=255)
gCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCCTGTTTTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGGTGCCGTCGCCGATCCCAA‑TCTTaaaaaaa > 1:1004862/1‑238 (MQ=255)
gCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCCAAGGGGCAGTGGCGGATGGCGTAGGCGGTCCAAA‑TCTGaaaaa > 2:379356/1‑237 (MQ=255)
gcaaTTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGGCATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATACTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGtt < 1:1158204/236‑1 (MQ=255)
ccTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCACTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTTCGCCCTGTTTTATTGCAAAGGCGGAGCGCCCGAGGCCCTAGCCGACCCCAA‑ATTTAAAAAAATGTTTTatttt > 1:491335/1‑236 (MQ=255)
cTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCg < 2:577599/239‑1 (MQ=255)
ttGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGaaaaaa > 2:95465/1‑223 (MQ=255)
tGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCgg < 1:224154/193‑1 (MQ=255)
ttCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTg < 1:390759/238‑1 (MQ=255)
tccATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGc < 2:1609217/239‑1 (MQ=255)
cATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTTCTGTTTTCTTGCCAATGCGGAAGGCCGGATGCCGGAGGCGGTCCAAACTGGGAAAAAAC‑GTTTGGTATCGGCGCTGT‑GGGcgt > 1:991152/1‑237 (MQ=255)
atGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATg < 2:1443759/239‑1 (MQ=255)
ggACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGCTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGt > 2:6028/1‑239 (MQ=255)
cATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGa < 2:354126/232‑1 (MQ=255)
ttC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCg < 2:979665/239‑1 (MQ=255)
ttC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGAATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCg < 2:1710329/239‑1 (MQ=255)
ttC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGACACTGAAAAATTCCCGTCAACATTTAATGGCGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTAATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGGTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCg < 1:1134468/239‑1 (MQ=255)
ttC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCGTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCg < 1:1082177/239‑1 (MQ=255)
ttC‑GCAAGCCCCGGGGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGTTCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCTGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCg < 1:1468375/239‑1 (MQ=255)
tC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGATAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTTCGTCATGTTTTATGGCAAAGGCGCCGTGCCGGGTGCCGGTGCCGATCCAAA‑TCTGGAAAAAATGTTTTATATCGGCGCTGC‑GGGCTTGACGCTGTTGGTG‑CCTTTCCTct > 1:813982/1‑237 (MQ=255)
tC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGc < 1:834251/239‑1 (MQ=255)
c‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTTCCTCCTGTTTTATGGCAAAGGCGCAGTGGCGGGTGCCCGTGCCGGTCCCAA‑TCTTGAAAAACTGGTTTGTTTTGGCGTTTCGGGGCTTGCGGCTGTTGGGG‑CTTTTCCttg > 1:354126/1‑236 (MQ=255)
c‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCa < 1:648545/239‑1 (MQ=255)
c‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGGAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTTCTCCCa > 2:930175/1‑239 (MQ=255)
gCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGGTTCCGTTATGTTGTTTGGCAAAGGCGCCGGGCCGGATGCCGTGGCCGATCCAAA‑TCTTAAAAAACTGTTTGATATTGGCGTTGC‑GGGCTTGGCGGTTCTGGTG‑ACTTTCCTCGCAGCGt > 1:422974/1‑238 (MQ=255)
gcagcTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATCCCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGGTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCAGCGTACA‑TCGG‑t < 1:540449/238‑1 (MQ=255)
gcagcTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCAGCGTACA‑TCGG‑t < 1:1726883/238‑1 (MQ=255)
gcagcTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCAGCGTACA‑TCGG‑t < 2:1462554/238‑1 (MQ=255)
gcagcTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCAGCGTACA‑TCGG‑t < 2:857523/238‑1 (MQ=255)
agcTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCAGCGTACA‑TCGG‑TTa < 1:374273/238‑1 (MQ=255)
agcTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATACTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCAGCGTACA‑TCGG‑TTa < 1:156656/238‑1 (MQ=255)
cTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TATGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGGTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCAGCGTACA‑TCGG‑GTAtt > 2:1549155/1‑238 (MQ=255)
cTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCCTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCAGCGTGCC‑TCGG‑GTAtt > 2:674192/1‑238 (MQ=255)
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tATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTTCGTCATTTTGTTTTGGCAAGGCGCAGGGGCCGGGGCCGTAGCCGCCCCCAA‑TCTGGAAAAAATGGTTGTGATTGGGCGTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTTCTCCACGCGTACACTCGG‑tctttca > 1:857132/1‑233 (MQ=255)
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a‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTTCGTCCTGTTGTATGGCAAAGGGGCCGTGCCGGATGCCCTAACCGCTCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTTC‑GGGCTTGACGCTGGTGGTG‑CCTTTCCTCTCAGCGTACA‑TCGG‑TTATTT‑CATTGCaga > 2:1103811/1‑238 (MQ=255)
a‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTTCGTCCTCCTGTATGGCAAAAGTCCGGGTCCGGGGGCCGTAGGCGGTCCAAA‑TCTGTAAAAAATGTTTTGTATCGGCGTTTT‑GGGCTTTACGCCGATGGTG‑GCTTTCCTCGCCTCGGACA‑CCGG‑TTATTC‑CGTTGAaga > 1:1447615/1‑238 (MQ=255)
a‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTTCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGGAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAAATGTTTGGTATCGGCGGTGC‑GGGGTTGAAGGCGGTGGGGCCCTTTCTTCCCA‑CGGACA‑TCGGTTTTTTC‑CAttccgag > 1:479551/1‑234 (MQ=255)
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tgtATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCAGCGTACA‑TCGG‑TTATTC‑CATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGCTTCTTTGGTGCACTGATCGCCGGGATTATCGGCGGCATCGTGGTGCa < 2:1297106/238‑1 (MQ=255)
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|
AAAGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCAGCGTACA‑TCGG‑TTATTC‑CATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGCTTCTTTGGTGCACTGATCGCCGGGATTATCGGCGGCATCGTGGTGCATTACCTGAAGA > NC_000913/4142420‑4142892
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
