Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F17 I0 R1
|
124 |
155.2 |
3079696 |
98.3% |
3027341 |
226.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
630,710 |
T→G |
15.1% |
W273G (TGG→GGG) |
cstA → |
carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 630,710 | 0 | T | G | 15.1%
| 276.3
/ 2.8
| 115 | W273G (TGG→GGG) | cstA | carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/65); new base G (22/2); total (48/67) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
ACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGCCTGCGCTGA‑CCAAATTTGTCGA‑TGGCACT‑GGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGA > NC_000913/630476‑630947
|
aCCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGtt < 1:471586/239‑1 (MQ=255)
aCCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGt > 1:579114/1‑238 (MQ=255)
aCCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGt < 2:579114/238‑1 (MQ=255)
gTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGtt > 1:480295/1‑236 (MQ=255)
ttGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTAct > 1:1462513/1‑238 (MQ=255)
tGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCTCCGTCCTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGTCCGCGGGGTTGTCGGTGTGGGTTctgt > 2:1206675/1‑238 (MQ=255)
tGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTAct > 1:786309/1‑237 (MQ=255)
tGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGTgggttcttg > 2:71317/1‑232 (MQ=255)
aCCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGCCTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGCTACGGGTTTGTGGCGGGGGGGGTGGCGGTGGGGtgtcttttacacat > 2:1352113/1‑226 (MQ=255)
cATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCcgc < 1:706198/239‑1 (MQ=255)
cATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCcgc < 1:839721/239‑1 (MQ=255)
cGCTTGCGCTGGTTATGGGGATCTATCGGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCTGGCTGGTATTTCTGATTTTCCCCATTATCTCTGGCGGATGGGTGGAAGAAAGTCCGACCTGGGCCCCGTTCTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTGCGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGTCGGTGTAGTTACTGC‑TGGCCTCGCGTGAc < 2:515905/239‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGAc < 1:71317/239‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGAc < 1:903618/239‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGCGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGAc < 1:571401/239‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCGTCCTGCGTTATCTGCGTCCGGGGAGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGGTGACCGGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGAc < 2:1481174/239‑1 (MQ=255)
gCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACt < 2:559994/239‑1 (MQ=255)
tGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGCTGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGGGCTGCCCGTGGGGGTACTGCTTGGcccccggggcta > 1:486472/1‑230 (MQ=255)
tGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGGGGGGGTTCTGC‑TGGGCCCCCGTGTCTa > 2:604580/1‑238 (MQ=255)
gcgcTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGGGGTGCCCGTGTGGTTTCTTT‑TGGCCCCGCGTGCCTTcc > 2:1477981/1‑238 (MQ=255)
cgcTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACct < 1:1285996/238‑1 (MQ=255)
tttATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGGGGCGCCCGGGGGGGTGCTGG‑TGGcccccgcgggctacccctctc > 2:16702/1‑221 (MQ=255)
tCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGGGGTTGCCGTGTGGTTTCTTC‑TGGCCCCGCCTGAATTCCTCcc‑ttcctttccggac > 2:785449/1‑232 (MQ=255)
tCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGGGGTGCCGGGGGGGTTGCTTC‑TGGGCCCGCGGGGCTACCCCTC‑Ttccttcctagaa > 1:1384518/1‑235 (MQ=255)
tCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGGTACGGTTTTGTGGCGGCGGGGCTGGCGGGGTGGTTTCTGC‑TGGCCCCCCGTGACCACCCCTC‑TCCCCTccctcaa > 2:427510/1‑234 (MQ=255)
tACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAAt < 1:763361/239‑1 (MQ=255)
gcgcTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑a < 1:1473580/239‑1 (MQ=255)
gcgcTATCTGCGCCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGCATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGAACTGGATTCTGGTGGGTTACGGGTTTGTGGCGGCGGTGCCGCCCGGGGGGGTATTGC‑AGGTCCCGCCTGCCAACCTCTC‑TACCtcgccggtcacttat > 2:666828/1‑224 (MQ=255)
aTCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCCGTGGGGGTGGTGC‑TGGCCCCGCGGGGGTACCCCCC‑TCCCCTCCCGAAAATCgtggctc > 2:712230/1‑231 (MQ=255)
tCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTCCCTCTC‑TACCTTTCTGAAAATCGGG‑ACCATCGTCgg > 1:1056472/1‑237 (MQ=255)
tCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGGGCTGCCGGTGTGGGTACTGC‑TGGCCCCCCGTGACTTCCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCTGG‑ACTATCGTCgg > 1:104614/1‑237 (MQ=255)
gCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGGGCGGTTGACCGGGAGGGTGGGGGGTTAGGGTTTTGTGGCGGGGGGGCTGGCGGGGGGGGTTCTGT‑GGGCCCCGCGGGGCTACCCCCT‑TACCTTCCGCGAAATCGGG‑GCTCTCGCCGGTCgggg‑gg > 2:1173591/1‑239 (MQ=255)
cGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑gg < 1:957723/238‑1 (MQ=255)
gTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑Ta < 1:812566/239‑1 (MQ=255)
tagtGGCGAAGGGTCGGCCAGCGGGCTGGTATTCCTGATTGTCGCCATTAACTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑Ta < 2:278263/235‑1 (MQ=255)
ggTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGGGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑GAGGGATTTTTGTTATgc > 1:379333/1‑239 (MQ=255)
cATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGcc < 2:1206015/239‑1 (MQ=255)
cATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGcc < 1:1506444/239‑1 (MQ=255)
cATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGcc < 1:1095196/239‑1 (MQ=255)
aTCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TGCCTGCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGcc < 2:657163/238‑1 (MQ=255)
ggTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCCGTGCTGGCGGGGTGGTTTTTGC‑TGGGCCCGCGTTGCCACCTCTC‑TACCTTCCCTACAACCGGG‑ACTGTCGCCGGTGTGGC‑GG‑GTGGCATTTTTTTTAtcatccccaccccg > 2:352059/1‑225 (MQ=255)
tATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGAc < 2:786309/238‑1 (MQ=255)
tATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGGGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGAc < 1:1255331/238‑1 (MQ=255)
ccTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCGGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGc < 1:1421665/239‑1 (MQ=255)
cTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGGTGCCCGGGTGGGTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCCTCCTGAAAAACGGG‑ACCATCGTCGGTCTGGG‑GG‑TAGGCATTTTTATTTTgtcgccgggcctggccctgc > 2:868484/1‑219 (MQ=255)
cTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGGTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGGTCGCGGTGGGGGTTCTGC‑GGGCCCCCCGTGGCTATCTCCCTTCCCTTCCCAAAAATGGGGCACTCTC‑TC‑GTCTGGCGGG‑TGGGCTTTTTTATTTTCCCCCCGC‑CGCTGCCCAtc > 2:67670/1‑237 (MQ=255)
ttttCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGGGCTGGCGGGGGGGGTCATTC‑TGGCCCCGCGTGACTTCCTCTC‑TTCCCTCCTTGAAAACGGG‑GCTCTCGTCCGGCTGGC‑GG‑GAGGCATTTTTATTTTGCCCCCCG‑CGCTGACCACGCCtcg > 2:939674/1‑236 (MQ=255)
tttCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGGGGTGCCGGGGGGGGTTATGCTTGGCCCGCCGGGCCACCCCCTC‑T‑CCTTCCTGGAAAATGGG‑GCTATCGGCGGTCTGGC‑GG‑GGGGCCTTTTTGTTATTCGGCCggccccggtccgtgcttgg > 2:230333/1‑220 (MQ=255)
gCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGTCCTGGGCACCGTACTGTGGCTTGACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGCCTGCGCTGA‑c < 1:633918/239‑1 (MQ=255)
ggcggcTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGCCTGCGCTGA‑CCAAATTTGTCGa < 1:1233403/239‑1 (MQ=255)
gctgcTGGGTGGCAGAAAGTCCGGCGTGGGCACCGTACTTTGCCTTTACCGGCGTTCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGCCTGCGCTGA‑CCAAATTTGTCGa < 2:274047/235‑1 (MQ=255)
gcggcTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGCCTGCGCTGA‑CCAAATTTGTCGa < 2:736507/238‑1 (MQ=255)
tGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTTCTTTGGCTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGCCTGCGCTGA‑CCAAATTTGTCGA‑TGGCa < 1:1173591/238‑1 (MQ=255)
tGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGCCTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGCCTGCGCTGA‑CCAAATTTGTCGA‑TGGcg < 2:160554/238‑2 (MQ=255)
tGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGCCTGCGCTGA‑CCAAATTTGTCGA‑TGGCAc < 1:309006/239‑1 (MQ=255)
gggTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTCCCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTGCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGCCTGCGCTGA‑CCAAATTTGTCGA‑TGGCAc < 1:665965/238‑1 (MQ=255)
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tACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGCCTGCGCTGA‑CCAAATTTGTCGA‑TGGCACT‑GGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTcc < 1:1492773/238‑1 (MQ=255)
tACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGGGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAAGCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGCCTGCGCTGA‑CCAAATTTGTCGA‑TGGCACT‑GGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTcc < 2:924305/238‑1 (MQ=255)
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|
ACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGC‑TGGCCCCGCGTGACTACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGG‑ACTATCGTCGGTCTGGC‑GG‑TAGGCATTTTGATTATGCGCCCGA‑CGCTGACCATGCCTGCGCTGA‑CCAAATTTGTCGA‑TGGCACT‑GGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGA > NC_000913/630476‑630947
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
