Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F9 I0 R1
|
142 |
103.7 |
2603848 |
81.8% |
2129947 |
227.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
760,032 |
A→C |
17.7% |
T443P (ACC→CCC) |
sucA → |
2‑oxoglutarate decarboxylase, thiamine triphosphate‑binding |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 760,032 | 0 | A | C | 17.7%
| 205.5
/ 2.8
| 88 | T443P (ACC→CCC) | sucA | 2‑oxoglutarate decarboxylase, thiamine triphosphate‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/16); new base C (3/17); total (55/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACAAGCTGGAGCAGGAAAAAGTGGCGACGCTGGAAGATGCCACCGAGATGGTTAACCTGTACCGCGATGCGCTGGATGCTGGCGATTGCGTAGTGGCA > NC_000913/759800‑760268
|
ggTTCAGGAAACCCTGAACATGGCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTa < 2:107948/239‑1 (MQ=255)
aGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGCTATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TGCCCTTTGT‑CCCCGCCGTG‑CGCCCGATTTCCCTAAAACCTTTAAACgg > 1:611772/1‑238 (MQ=255)
accccTGATCATTTCGAACGCGTGTTGTTTGGAATTTGGCGTTCTGGTCCGGATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGGTGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACGGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCCCGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑Tg < 1:644942/237‑1 (MQ=255)
cccTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑Tg > 2:964514/1‑237 (MQ=255)
ccTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCACCAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCAGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCAGGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑GG‑CCTTTGTGACCCGCATGG‑CGCTCGATTTCCGTAACCCCTTTAAACGTGA‑TGGCt > 2:1227438/1‑239 (MQ=255)
ccTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGCCGATCCGGAGGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGC‑CGCTCGTCTTCCGTAACAACTTTCAACGTGC‑TGt > 2:462681/1‑237 (MQ=255)
ccTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGATTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGAACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTCTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGATCCGCCTGG‑CGCCTGATTTCCGTAAAACCTTTAACCGTGA‑TGGCt > 2:48351/1‑239 (MQ=255)
tGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTc > 2:185588/1‑239 (MQ=255)
gAACATGTCGAAAGCGGGTGGTTAAGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCa < 2:1254955/239‑1 (MQ=255)
tacattttgaagtggtgtgtTTTTGAAGTTGGGGTTAACGTACGTGTCGTTACCAACAACCAGGTTGGTTTCACCCCCTCTAAGCCGGTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACCC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCAt < 1:1226440/223‑1 (MQ=255)
tgtagaagtcgtttgTTATGGTGTTGGTGGGTCGGTACGTATGGTTAACAACAACCAGGTTGGTTTCAGCGCTTCTATTCCGGAGGACGGCCGTTGTCCGGCGTACTATACTGTATTCGGTAAGGTGGGTCCGGCCCCGATTTTCCACGTTTACGC‑GGACGATCCTGAAGCAGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAATACATTTAAACGTGA‑TGACGTCATTGaac < 1:311077/225‑3 (MQ=255)
gTCGAAGGGGCGTTGTTATGTGTTGGGGGGTGCGGTCCGATCCGGTCTCAACAACCATGGTGGTTGCACCACCTCTAATCCGCTGGAGCCCCGTTTTACGCCGGACTGTACTGATAGCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCCCGTTAACGC‑GGCCGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGAcc < 1:1172442/239‑1 (MQ=255)
gTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGa > 2:1050367/1‑237 (MQ=255)
gTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑GGTCTTCATCGa > 2:39445/1‑237 (MQ=255)
gTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCAGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCGGGAACACCTTTAAAAGTGA‑TGTGTTCACCgcc > 1:1107273/1‑236 (MQ=255)
gTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGGTAACGC‑GGCCGATCCGGAAGCGGT‑TG‑CCTTTGTGACCCCTCTTG‑CGCCCGATTTCCGTAAACCCTTTaacccgggtggcttaccggacc > 1:1254955/1‑219 (MQ=255)
gcgaaaggcggttgTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCt < 2:384009/226‑1 (MQ=255)
cgTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATACGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCCGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGC‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCCCGATTTCCGAAAAACCTTTAAACGGGA‑TTGCTTCCTCTACCT‑GGTGT‑GCt > 1:706743/1‑238 (MQ=255)
ggCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGCAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTACCACCTTTAAACGGAA‑TGACTTCATAGACCG‑GGTGG‑GCGAcca‑ccgcacaggcc > 1:860857/1‑230 (MQ=255)
ggCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCa > 1:278422/1‑208 (MQ=255)
ggCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCa < 2:278422/208‑1 (MQ=255)
ggCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCca > 2:620793/1‑239 (MQ=255)
ggCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCca > 2:588231/1‑239 (MQ=255)
ggCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCCCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGCGA‑TGGCTTCATCCCCCTCGGTG‑‑GCCACCG‑CCGTCACCGccc > 1:580436/1‑238 (MQ=255)
ggCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CCCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TTTCTTCATCACCCT‑TGTGG‑GCTACCG‑CCGTCCCGcccc > 2:1179044/1‑238 (MQ=255)
cGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCCTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTTACACCTTTAAACTTGA‑TGCCTTCATCGACCT‑GGTGG‑GCTCCCC‑CCGTCCCGGCCACAACGAAACCACcgag > 1:71729/1‑238 (MQ=255)
ccAGGTTGTTTTCACCCCCTCTAACCCGCTGGATGCCCGTTCTCGGCCGTACTGTACTGATACCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAAccc < 2:1048107/239‑1 (MQ=255)
tggttTCACCTCCTTTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGGTGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGCCGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGc < 2:1276766/239‑1 (MQ=255)
ctctAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCCCGATTTCCGTAACACCTTTAAAGTGGA‑TGTCTTCATGCACCT‑GTTGT‑GCTCCGC‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGCCGAGCCGAGGGCAacccacccccgggagtaacaaa > 1:937364/1‑225 (MQ=255)
cTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTCAACCCTTGAAACGTGC‑TGTCCTCATCGACCT‑GTTGT‑GCTACCG‑CCGGCACGTCCACAACGAAGCCGCCCAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCCAGTGTATCAGAAAAGaaaaaa > 1:901165/1‑239 (MQ=255)
cTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCCCAACGAAGCCGCCGAGCCGAGCGCAACCCACCCGCTGATGCATCAGAAAATCaaaaa > 2:710621/1‑239 (MQ=255)
cTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCaaaaa > 2:243504/1‑239 (MQ=255)
cTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGG‑GCTACCG‑CCGTCACGGGCCCAACGAAGCCGACGAGCCGGACGCAACCCACCCGCTGATGTATCCGAAAATCaaaaa > 2:925828/1‑239 (MQ=255)
cTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACAcc > 2:1034062/1‑238 (MQ=255)
tactgtactgATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTa > 1:401417/1‑115 (MQ=255)
tactgtactgATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTa < 2:401417/115‑1 (MQ=255)
tactgtactgATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACCCCGCGCaaaa > 2:510286/1‑238 (MQ=255)
tactgtactgATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCaaaa > 2:856750/1‑238 (MQ=255)
tactgCTATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTACACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACACCGAAGCCGCCGTGCCGAGCGCACCCCAGCCGCTGATGGACAACAAAACCAAAAAAAATcccaacccccaccaaaccccc > 1:799711/1‑219 (MQ=255)
tactgATCGCGGTAAGGTGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAACCCTT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACg < 2:860857/239‑1 (MQ=255)
tactgATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCAAGCGCAACCAAGCCCCTGATGGATCAGAAAATCAACAAACATCCGACACCACGCAAAATCTag > 2:970151/1‑237 (MQ=255)
tactgATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACAAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCAAc > 2:542938/1‑238 (MQ=255)
tactgATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGCGT‑GCTACCG‑CCGTCCCGGCCACAACGAAGCCGCCGAGCCGAGCCGAACCCCACCGCGGTTGCATCCCAAAACCAAAAAACACCCCACCCCCCCCaaaacccac > 1:978120/1‑233 (MQ=255)
agtgttttaaaagggaaggtttCAGGCCCGGTTTTCCCACGTTAAGCG‑GGAGTGCCCGGAAGCTGT‑TG‑CCTTTGGGACCGGCCTGG‑CGCCAGATTTCCGTAACCCCTTAAACCGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGGGG‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACg < 1:617003/219‑1 (MQ=255)
tgATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGCCGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTg > 2:761556/1‑239 (MQ=255)
atatCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGGTGGCTCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCACCCAAAAACTAAGCTAAc > 1:993845/1‑239 (MQ=255)
atatCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGAc > 2:113710/1‑239 (MQ=255)
atatCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCCGATGTATCCGAAAATCAAAAAACAACCGAAACCGCGCAAAAACtcagcggac > 1:244200/1‑231 (MQ=255)
atatCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAACCGCGGATGTATCGGAAAATCAAAAAAAATCCAAAACCGCGAAAAAACCACGcaaaa > 1:247654/1‑235 (MQ=255)
atatCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGA‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTCAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGG‑GCTACCG‑CCTTCACGGCCCAAACGAAACGCACGACCCACACGCCAACCAGCCGCGGATGGATCAGAAAATAAAAAAACAACCCACAACGCCAaaaaaccacatgcaa > 1:755581/1‑228 (MQ=255)
ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGCGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACaa > 2:222320/1‑236 (MQ=255)
ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACaa > 2:370368/1‑236 (MQ=255)
ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCAACGCTgcaaa > 2:916395/1‑232 (MQ=255)
ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGGGT‑GCGACCG‑CCGTCCCGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCCCAACCAAGCCGCGGAGGTATCAAAAAATCAAAAACCATCCAAAACCGCGCAAAAttaaccagaaaaa > 1:805472/1‑224 (MQ=255)
ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTAGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACCAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGAATCAGAACATCAAACAACATCCGACCCCGCCCAAAATCTACGATAACaaccg > 2:1174143/1‑236 (MQ=255)
cggtaGATGTTTCTCGGCCCGATTTTCCCCGTTTACGG‑GGGCAGACCGGGAGCCGTGTC‑CCTTTGGACCCCTTCTGGTCGC‑GGTTTCCCGTAACCCCTGAAAAGGTGT‑TGCCTTCACCGACCG‑GGTGG‑CCTCCCG‑CCGTCAGGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACAAGc < 1:856750/235‑1 (MQ=255)
tGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACAAGCTGGGGCAg > 2:204760/1‑239 (MQ=255)
ggTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCCCAACGAAGCCGACGGGCCGACGGCAAACCAGCCGCTGAGGTATCGCAAAATCAACAACCACCCCACACACCGCCAAACCTCCgaccacaaccggtagaaga > 1:1177108/1‑221 (MQ=255)
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cggtgACGAGCCGGAAGCCGT‑TC‑CCTTTGTGCCCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACCCCTTTAAACGTGA‑GGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCAAAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACAAGCTGGAGCAGGAAAAAGTGGCGACGCTGGAAGATGCCa < 2:926974/235‑1 (MQ=255)
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tCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GTGGT‑GCTACCG‑CCGTCCCGGCCACAACGAAGCCACCGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTCATGTATCAGAAAATCCAACACAATCCGCCACCCCCCAAAACCTACGCTGCCAACCTGGAGACGGACAAAGTGGCGAGCCGGGAAGAAGCAACCGAAATgg > 1:1002315/1‑239 (MQ=255)
tCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCACAATCTACGCTGACAAGCTGGAGCAGGAAAAAGTGGCGACGCTGGAAGATGCCACCGAGATgg > 2:1204204/1‑239 (MQ=255)
gggtaaaagagacagtttttTGACCCGTCTGG‑CCCTCGATTTCCGTAACCCCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACAAGCTGGAGCAGGAAAAAGTGGCGACGCTGGAAGATGCCACCGAGATgg < 2:1126410/223‑1 (MQ=255)
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t‑tG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACAAGCTGGAGCAGGAAAAAGTGGCAACCCTGGAAGATGCCACCGAGATGGTTAACCTGTa > 2:479185/1‑238 (MQ=255)
cccGTCGGG‑CCCTCGATTTCCGTAACCCCTTTAAACGTGG‑TGTTTTCGTCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACAAGCTGGAGCAGGAAAAAGTGGCGACGCTGGAAGATGCCACCGAGATGGTTAACCTGTACCGCGATGCGCt < 2:937364/238‑1 (MQ=255)
gTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGCCAAGCTGGAGAAGGAAAAAGTGGCGACGCGGGAAGATGCCACCGAAATGGTTAACCGGAAcctgtaccttaaaaaa > 1:1126410/1‑225 (MQ=255)
tCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGCAAATCAAAAAACATCCGACACCGCCCAAAATCTACGCTGACAAGCTGGACAAGGAAAAATGGCCGCCCCGGGAAAATGCCACCCAGAAGGTTAACATgaaagcagaagcgccgaggg > 1:391306/1‑220 (MQ=255)
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tGG‑CGCTCGATTTCCGTACCCCTTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCG‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACAAGCTGGAGCAGGAAAAAGTGGCGACGCTGGAAGATGCCACCGAGATGGTTAACCTGTACCGCGATGCGCTGGATGCt < 2:805472/239‑1 (MQ=255)
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ttgttttCCGTAACCCTTTTAACCTTGG‑TG‑CTTCAACGGCCC‑GGTGTGGCTCCCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACAAGCTGGAGCAGGAAAAAGTGGCGACGCTGGAAGATGCCACCGAGATGGTTAACCTGTACCGCGATGCGCTGGATGCTGGCGAt < 1:113710/235‑1 (MQ=255)
gATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACg > 2:64065/1‑148 (MQ=255)
acacCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACAAGCTGGAGCAGGAAAAAGTGGCGACGCTGGAAGAGCCCACCGAGATGGTTAACCTGTACCGCGATGCGCTGGAGGCTGCCGATTGCGTAGTGGCa > 2:687914/1‑239 (MQ=255)
|
GGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGC‑GGACGATCCGGAAGCCGT‑TG‑CCTTTGTGACCCGTCTGG‑CGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGA‑TGTCTTCATCGACCT‑GGTGT‑GCTACCG‑CCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGCAACCCAGCCGCTGATGTATCAGAAAATCAAAAAACATCCGACACCGCGCAAAATCTACGCTGACAAGCTGGAGCAGGAAAAAGTGGCGACGCTGGAAGATGCCACCGAGATGGTTAACCTGTACCGCGATGCGCTGGATGCTGGCGATTGCGTAGTGGCA > NC_000913/759800‑760268
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
