Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F9 I0 R1
|
142 |
103.7 |
2603848 |
81.8% |
2129947 |
227.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,809,524 |
A→C |
12.9% |
T49P (ACC→CCC) |
yniC → |
2‑deoxyglucose‑6‑P phosphatase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,809,524 | 0 | A | C | 12.9%
| 161.3
/ 2.4
| 79 | T49P (ACC→CCC) | yniC | 2‑deoxyglucose‑6‑P phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/31); new base C (3/11); total (37/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTG‑CGCGAAGCCGTTGCGTTATGCAAAGAACAAGGTTTATTGGTGGGACTGGCCTCCGCGTCACCA‑CTACATATGCTGGAAAAAGTG > NC_000913/1809297‑1809754
|
cttttttAAAGGCTATATTATTGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATCCCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTa < 1:621891/235‑1 (MQ=255)
aTTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGGAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTa < 2:610939/239‑1 (MQ=255)
aTTCTTTAAAGGCCATATGATAGGCGCTTAATCAAAAGCACGGCTTAATCCCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTa < 2:774393/239‑1 (MQ=255)
ttCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAAGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGGGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATAACTCCCGTCGAAACGAGCTGCCGGAAACATTAGGGTTag > 1:479944/1‑238 (MQ=255)
tCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATTCCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGGAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACg < 2:175638/239‑1 (MQ=255)
atatGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTAGGCATCGTTAtggt > 2:498064/1‑239 (MQ=255)
atatGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATAtggg > 2:858821/1‑238 (MQ=255)
aGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTGGTAACGGGCTGGCGGCCACCTTAGGTTTACGCATGGATAggggggcagga > 1:471096/1‑234 (MQ=255)
aGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCTTCGATATGGGGGCCGag > 2:763384/1‑238 (MQ=255)
aGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGAt > 2:802525/1‑239 (MQ=255)
gcTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGACTGGGGGGGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCttt > 2:1248274/1‑239 (MQ=255)
gcTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCAGCGTCCGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGTTCGAGCCGAACTGGCTGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATACCTCCCGCGGTACCGAGCGGCAGGGCCCCTTAGGTTTAGCCAACGAAAtgggggcagcacttg > 1:135465/1‑230 (MQ=255)
tagcATAAGCCTGGCTTAATTCCTTACCTATAATGTTTTAAAGGAGAGGTTGTATTGTCAACCCTGGTTTCGATTCTGTCTGCAATTTTGGATATGGATGGA‑TTTCTTATCGACTCAGAACCGTTATGGGATCGAGCCGAACGGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCTATATGGTGGTCGATCTTTGGTa < 1:1110865/236‑1 (MQ=255)
cGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGAGGATATCTCCCGGCGTAACGACCTGCCGGACACCTTCGGTTTACGCATCGTTATGCGGGCGGGTTTTTGGTACGCCCGGCac > 1:882355/1‑237 (MQ=255)
ggCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGAGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAAcc > 2:1153054/1‑239 (MQ=255)
cTTAATTCCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCg < 2:765572/238‑1 (MQ=255)
aaTAACTTACACATAATGCTCTAAAGGCTAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTAATTATAGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCAGAACTGAAGGCGATGGCAAGCCTGGAGGTGGATACTTCCGGTGGAACCTAGCAGCCGGAAACCTTTGGTTTAAGCATCTATCTAGGTGTCGATTTTCGGGAAGCCCgggaccaaggga > 1:651221/1‑229 (MQ=255)
cTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACCCCTTAGGTTTACGCATCGTTATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATgg > 2:108164/1‑238 (MQ=255)
tACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGcc > 2:95046/1‑239 (MQ=255)
tACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGGGGAATGGccc > 2:151219/1‑239 (MQ=255)
tccccttatgttttaaagggtgtgTTTTAATTTCAACCCCGCGTCAGTTTCTTGCTGGAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTAACGACTCAAAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTTGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCa < 1:348564/216‑1 (MQ=255)
acacATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGTTCGAGCCGAACTGGATGTGATTGCAAGCCTGGGGGCTGCTATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGTTATGGGGGCCGATCTTTGGTAGACCCGGCAACCGGGGAAGGGGGCa > 1:910480/1‑239 (MQ=255)
aaTGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGCCGATCTTTGGTACGCCCGGCACACGCGGAATGGGCCAAGCAGt > 2:1058577/1‑239 (MQ=255)
aTGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCGCCCGTCGTAACGAGATGCCGGACCCCTTAGGTTTCCGCATCGCAATGGTGGTCGGTCTTTGGGTCACCCGGCACACTGGGAACGGGCCAAACCggc > 1:1007642/1‑237 (MQ=255)
ccttAAAGGATATGTGTTAATGTCAACCCGGCGTCAGATTCTTGCTGAAATTTTTGATAGGGAGGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACGGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACCCCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAgg < 1:1267179/236‑1 (MQ=255)
ggTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGG‑TTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAAc < 2:537820/238‑1 (MQ=255)
ttttttaTGTCAACCCCGGGTACGTTTTTTGCGTCAATTTTTAAAATGGTTGGA‑TTACCTATCGGCCGAGGACCTTTGGTGAAACGAGCCGAACTGGATGGTGTGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACCCCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAAc < 1:646502/232‑1 (MQ=255)
gTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAAATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTAGCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAAc < 2:286011/238‑1 (MQ=255)
ttGTAGTGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTAGCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAAc < 2:204974/237‑1 (MQ=255)
ccaCCCCGGGTTATGTTTTTGGTGAAATTTTTGA‑ATGGGGAGAGTTCCTTAGCGACTCTGAACCTTGATGGGATCGGGCCTAACTGGATGTGATGGCAAGCCTTGGGGTGGATTTCTCCCGGCGTAACGAGCTGCCGGACCACTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGAGCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGcc < 1:1219139/237‑1 (MQ=255)
cAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCCTCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGCAGTAGAACGGGGTATTGc > 2:895712/1‑238 (MQ=255)
cAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCACCCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCCGGAAGTGGAAAAAAGGGTTaggcc > 1:954188/1‑234 (MQ=255)
cAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCTTGGAAGGGGCCAAGCGGTCGGGAGGTAGTAGAACGGGTATTTGc > 2:496657/1‑238 (MQ=255)
cAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGCACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGc > 2:820186/1‑238 (MQ=255)
cAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAACTGCCGGCAACATTAGGTTTACGCATCGCTATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGGGGAATGGGCCAAACCGTCCGGAAGAAGTAGAAAGGGTAATTGc > 1:286011/1‑238 (MQ=255)
aaCCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCCCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTa < 2:782621/180‑1 (MQ=255)
aaCCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCCCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTa > 1:782621/1‑180 (MQ=255)
aCCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTGCTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGGGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCg < 2:1813/239‑1 (MQ=255)
cgcgTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATCTGGTGGTCGGCCTTTTGTACGCCCGGAAACCGGGGAATGGCCAAAGCGGCAAGGAAGTAGAAACAGGGGTAATTGCCCGGGcc > 1:13979/1‑239 (MQ=255)
agtttCTTGCGTCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTAACGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTc < 2:135465/235‑1 (MQ=255)
aTTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTc > 2:1181114/1‑236 (MQ=255)
ttGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGGGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACTCATCGTTTTGGTGGCCGACCTTTGGAACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAACCGCGAGGAATCAATGGAACGGGCTATGACCCGGCCCCTTTccagggtg > 1:1095540/1‑232 (MQ=255)
aTTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGac < 2:845833/239‑1 (MQ=255)
tttGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACg < 2:479944/239‑1 (MQ=255)
tttgattgggtgtgttttcTTATCGCCTCAGAACCTTTAGGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGGAAGTCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACg < 1:858821/221‑1 (MQ=255)
atatGGATGGA‑TTACTTAACGACTCAGAACCTTTAAGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCGGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCa < 2:531255/239‑1 (MQ=255)
tagggatgga‑tTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCa < 2:471096/235‑1 (MQ=255)
a‑tTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAg > 2:813359/1‑239 (MQ=255)
tATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGACTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGCCACCTTAGGATTACGCATAGATATGGAGGTCGATCTTTGGTACGGCCGGCAACCGTGGAACGGTGCAAAACGTCAGGCAGCAGTAGACGGGGTTTTGGCCCGTGCCATTTCACTGGTCGAAGCGACACGACAATTATCACCAggactgg > 1:873980/1‑234 (MQ=255)
cGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTG‑ggcg > 2:871119/1‑239 (MQ=255)
cAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAGGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCAATTTCACTGGTTGAAGAGACACGCCCATTATTACCAGACGTG‑CGCGAGGcc > 2:565998/1‑239 (MQ=255)
agctgtttttggggATTGAGCTGAACTGGTTTGGACGGCAGTCCTGGGGGTGGATATGTCCCTTCGTAACGAGTCGCCGGACACTTTAGGGTTACGAATCGATATGGTGGGCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAGGCCGTCTGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTG‑CGCGAAGCCg < 1:509922/228‑1 (MQ=255)
ttttAGGGGATCGAGCCGAACTGGATGGGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGGGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTG‑CGCGAAGCCGTTGCg < 2:172644/238‑1 (MQ=255)
cttttggggATCGGGCCGAAGTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTG‑CGCGAAGCCGTTGCg < 2:873980/233‑1 (MQ=255)
cTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTG‑CGCGAAGCCGTTGCg < 2:941988/239‑1 (MQ=255)
cTTTAGGGGATCGCGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTG‑CGCGAAGCCGTTGCg < 2:1007642/239‑1 (MQ=255)
ggtgggggTCGGGCCTAACTGGATGTGATGGCACGCGTGGTGGTGGATATCTCCCGTGCAAAGTAGCTGCGGGACCCCTGAGGTTATAGCATCGATCTGGTGGTCGATCTTAGTTCCGCCGGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACCTGGCCATTATTACCAGGCGTG‑CGATAAGCAGTTGCGtt < 1:1058577/235‑1 (MQ=255)
tATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTAACTGGTTGAAGGGAAAAGTCACTTATTACCAGGCGGG‑CGGGAAGCCGtgggggta > 1:420719/1‑232 (MQ=255)
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cgtAACGAGCTGCCGGACCCCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTG‑CGCGAAGCCGTTGCGTTATGCAAAGAACAAGGTTTATTGGTGGGACTGGCCTCCGCGTCACCA‑CTACATATGCt < 2:420719/239‑1 (MQ=255)
cTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGGGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGAGCCAAGCCTTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTTCCACGCGTG‑CGCGAAGCCGTTGCGTTACGCAAATACAAAGGTTTTTTTGGGGGAATGCCCTGCGCGT‑ACCACCTACATATGTAGGAAAAAgt > 1:503987/1‑239 (MQ=255)
gCCGGCCCCCTGAGGTTTACGCATCGTTATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTG‑CGCGAAGCCGTTGCGTTATGCAAAGAACAAGGTTTATTGGTGGGACTGGCCTCCGCGTCACCA‑CTACATATGCTGGAAAAAgtg < 1:871119/238‑1 (MQ=255)
|
ATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTG‑CGCGAAGCCGTTGCGTTATGCAAAGAACAAGGTTTATTGGTGGGACTGGCCTCCGCGTCACCA‑CTACATATGCTGGAAAAAGTG > NC_000913/1809297‑1809754
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
