Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F9 I0 R1
|
142 |
103.7 |
2603848 |
81.8% |
2129947 |
227.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,499,649 |
G→T |
15.9% |
intergenic (+36/‑259) |
yhfL → / → frlA |
small lipoprotein/putative fructoselysine transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,499,649 | 0 | G | T | 15.9%
| 174.4
/ 2.5
| 85 | intergenic (+36/‑259) | yhfL/frlA | small lipoprotein/putative fructoselysine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/56); new base T (12/3); total (26/59) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.75e-01 |
AGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCCTGTGCGAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATATGTTGTTATATTCATCATGCATTGTCATGTTACCTTTTAAATGACTGCAAACTCTCCCCTACAACGTAT > NC_000913/3499435‑3499885
|
aGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTT‑CGGTCCTACTTCCCCGGAAGTTA‑TCTAC‑CAGAAA‑C‑GGCT‑ACAA‑A‑CCGG‑TTATTTTTCCCCACGCCCCCT‑G‑GATTTTCCg > 2:1143028/1‑239 (MQ=255)
aGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGGCCTACTTCACAGTAAG‑TT‑TCTTA‑CAGAAATC‑GGCG‑A‑AC‑A‑CCGG‑GTTAATTTTCCCACGCCCCCTCG‑GTTTTTcca > 2:163428/1‑238 (MQ=255)
gggAATGTAAATGAACAAATTTAGTAAAGGTGCCCTGGTGGGTGCAGTAATGGCTACGTGAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCGCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCg < 1:1033624/237‑1 (MQ=255)
ggAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGGTT‑CGGGCCTCCTCGACACTTAA‑TC‑TCTTACCAGAAAAC‑GCTA‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTGA‑TGCCCGCCACCCCCC‑C‑GAtttttcccgg > 2:10032/1‑233 (MQ=255)
aaCAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTC‑ACGTCCCACTTCCCCTGCAG‑TC‑TCTTG‑CAGAAAACGGGTT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATT‑CACGACCCCCCCT‑G‑GGTTTTTCGCCGGCCCAATTGttt > 2:1015498/1‑239 (MQ=255)
aaCAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTT‑ACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑TGGGCCCACTGCACCGACAT‑GC‑TCTTT‑CAGAGAAC‑GGGT‑T‑AC‑ACCCGG‑TTTTTTTGCCC‑ACCCCCTCC‑G‑GTGTTTTCCAGGGGGTGTttttttt > 2:1201235/1‑238 (MQ=255)
aTTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTACTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATg < 2:789120/239‑1 (MQ=255)
cACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTGCTACTGCACAGTAAA‑TC‑TCTGA‑CCGAAAAC‑GGCG‑A‑AC‑A‑CCAG‑GTTAATTTTCCGGCGCCCCCT‑G‑GGATTTTCGCGGGGGTATTTGTTTTTATTTTcttc‑ttttccc > 2:316258/1‑233 (MQ=255)
tggttggtGCAATCTTGGCTTCTTTTACTGCATTGACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCcccgcc < 1:163380/239‑1 (MQ=255)
gTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTAATGGACAGGAAA‑TC‑TCTGG‑AAGAAATC‑GGCTCA‑AC‑C‑CCGG‑TTAATTTACCCAACCCCCCCT‑G‑GCTTTT‑CGAGGGCGGATTTGTTTCTTTGTTCTTC‑TT‑‑Tcccccccc > 2:383748/1‑237 (MQ=255)
gTGCAGTACTGGCTACTTTAACTGCATGTGCTCGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCCCCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑aaa < 2:223264/239‑1 (MQ=255)
tccagttttgtttgccttatttccATTTACTTGTCCTATTTGAAACCGTGATAAAAACTGCTCTTTCGACTACCTGCTGCCCCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAAGC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑aaa < 1:662072/215‑1 (MQ=255)
tGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCctc < 2:675011/184‑1 (MQ=255)
tACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑GGGTCCGTCCGCAAAGCAAA‑TA‑TCTCA‑ACGAAAAA‑TGCT‑A‑AC‑A‑CCCG‑CTTTACTGTCCGACCCCCTCC‑T‑GATGTTTCCAGGGGGTGTTTTCTTTTATGGACTTC‑TT‑‑Tccccccccacgcacaatatt > 2:1014137/1‑227 (MQ=255)
tACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCCCACTAAA‑TC‑TCTGA‑CAGAAAAC‑CGCC‑A‑AC‑A‑CCCG‑GTTAATTTCCCGACGCCCCCC‑G‑GGTTTTTCCAGGGGGGATTTTTTTTTTTTTCCTTC‑TT‑‑TCcccccccccccaaaaaatt > 2:582480/1‑228 (MQ=255)
ttggtattttAACTTCATGTGCTGGTCATATTTAACACCCTTAAAAAACCTGTTTTTTCGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTc < 1:109610/231‑1 (MQ=255)
gCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTT‑CGGGCCTACTGCTCCCTAAG‑TA‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑T‑AC‑A‑CCCG‑TTTAATTTTCCCACGCCCTCT‑T‑GATTTTTCTAGGGCGCGTTTGTTTTTATGTCCTTT‑TT‑‑TCCCCCCCCCGC‑CAAAAAAttttt > 2:172454/1‑236 (MQ=255)
gCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTT‑CGGGCCTACTGCCCCATCAA‑TCTTTTGA‑C‑GAAAAT‑GGCT‑A‑ACAA‑CCGG‑TTTATTTTCCCG‑CGGCCTCC‑C‑GGTTTTTTCAGGGCGGATTTTTTTTTTTTTGCCTC‑TT‑‑TTCCCCCCCCCT‑GAAAAAAttttt > 2:1020531/1‑236 (MQ=255)
gCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGGCCTACTGCCCAGTAAG‑TC‑TCTTA‑CAGAAAAC‑GGGT‑A‑AC‑A‑CCGG‑ATTAATTTCCCGACGCACCCT‑T‑GGTTTTCCTAGGGGGTATTTTGTTTTTTGTCCTTC‑TT‑‑TCCCCCGCCCGG‑AAAAATAttttt > 2:209270/1‑236 (MQ=255)
gCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGGCCTACTGCACAGTAAA‑TT‑TCTTA‑AAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑ACGG‑GTTAATTTCTCGACGCCCTCT‑C‑GAGTTTACTGGGGGGTGTTTTTTTTTTTTTCCTTC‑TT‑‑TCcccccccccgcacaaaattttt > 2:109610/1‑223 (MQ=255)
gCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGGTGCCGGCCTTCCTCCACACTAAG‑TA‑TTTGC‑CAAAAAT‑‑ACCT‑T‑AC‑A‑CCGGCTTCAATTGCCTGCCGCCCCCT‑G‑G‑TTTTCCTCGGGGGGACTTTTTTTTATTTGCTTC‑TTTCACCCCCCCCCAT‑AAAAAAAtttaa > 1:716516/1‑237 (MQ=255)
tGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGa < 2:799351/156‑1 (MQ=255)
tGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGGCCTACTGCACAGTAAA‑TC‑TCTGA‑CAGAAAAC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑GTTTATTTCCCGGCGCCCCCT‑G‑GAGTTTTCCAGGGCGTATTTGTTTCTATTTCCTTT‑TT‑‑TCCCCCCCCCCT‑CAAAAAATTTTTACCTTTA‑AATCAAtttt > 2:1075454/1‑238 (MQ=255)
tGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGGCCTAATGCACAATAAA‑AC‑TCTTA‑CAGAAAAA‑GGCT‑A‑AC‑ACCCGG‑TTTATTTTCCCACCCCCCCCT‑G‑GTTTTTCC‑AGGGCGCACTTTTTTTTTTTTCCTTCTTT‑‑TCCCCCCCCCCA‑AAAAAAATTTTCATTTTAA‑TTTAAAttt > 2:1006424/1‑239 (MQ=255)
gtccTGGTTATATTTAAAACCTTGATAAGAACTTGTCTTACGACTACCTGCTTCACCCGGCAATTTCTATTCTTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCTCAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGa < 1:172454/236‑1 (MQ=255)
gTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGCATACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGa < 2:174598/239‑1 (MQ=255)
ttgtggttactttcaaaaACGTGATAAGAACTGCTCTTACGATTTGCTGGTGCACCCGGCAATTTCTAATTCTAGAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CCGAACTC‑GGCG‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCCTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGAt < 1:1014137/225‑1 (MQ=255)
acgggTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGAt < 2:806408/235‑1 (MQ=255)
cTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGCTT‑CTGTCCTCCAGCACAGGAAA‑TC‑TCTTA‑CACAAATG‑CGCG‑A‑AC‑A‑CCCG‑CTTTCTTTCCCTACCCCCCCT‑GCGATTTACTG‑CGGCGTATTTTTGTTTTTTTGCTTT‑TT‑‑TTCCCCCCCCGTCAAAAAATTTTTCACTTTAA‑Ataacatttttaa > 1:517690/1‑228 (MQ=255)
ggTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGCTG‑TGGTCCTCCTGTAAAAGAAG‑AT‑TCTTT‑AAGAAAAC‑CGCG‑C‑AC‑A‑CCGG‑GTTTTTTGTCCGAACCCCTCC‑G‑GGGTTTTTCTGGGGGTGATTGTTTTTTTTGCCTTC‑TT‑‑TCCCCCCCCCCG‑CAAAACATTTTTTATTTAATATTAAAtttttcata > 1:1247859/1‑233 (MQ=255)
tcttttttaaaaCCGTTATAAGAACTGCTTTTTCGGCTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGGGGGTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CATAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTAc < 1:1061076/231‑1 (MQ=255)
tCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTg < 2:13920/231‑1 (MQ=255)
tattatGAAACCCGTTATAAGTACTTCTCTTACGCATACCTTCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCATAAATCATTGGGGGTTG‑CGGTCCTCCGGCACAGTAAT‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑T‑CCGG‑TTTAATTGCCCGTCGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACGTTAA‑ATTCAATTTGATAACTAc < 1:1285787/233‑1 (MQ=255)
cATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTAc < 2:705296/238‑1 (MQ=255)
cATATTGAAAACCGTGAGAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCCCCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTAc < 2:726626/238‑1 (MQ=255)
attttGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTTCCTGCTTCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACAt < 2:984981/236‑1 (MQ=255)
atTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTT‑CGGTCCTACTGCACAGGAAA‑TC‑TCTGA‑CAGAAAAA‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑GTTTATTTCCCGACGCCCCCT‑G‑GATTTTCCCAAGGCGGATTTTTTTTTTTTTCCTTC‑TT‑‑TCCCCCCCCCCC‑AAAAATATTTTTACCTTTA‑ATTTAATTTGTTAACTACATc > 2:1050161/1‑238 (MQ=255)
cttaaaaccttgtttaagtcTGCTTTTACGATTGCCTGCTTCCACCGGAAATTTCTATTTCGAAAATCATTGGCGTTTG‑CGGTCCTACTTCACATTAAG‑TC‑TAGGA‑CAGAAATC‑GGAT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATGTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCa < 1:1089814/220‑1 (MQ=255)
tGAAAACCGTGAAAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCAt < 2:665322/239‑1 (MQ=255)
cctggtttataaCTTCTTTTTCGTCTCCCTTCTTCCCCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCca < 1:582480/229‑1 (MQ=255)
ccGTTATAAGAACTGCTTTTACGACTTCCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCca < 1:1050161/239‑1 (MQ=255)
ccGTGATAAGCACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCca < 2:716516/239‑1 (MQ=255)
ccGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTCCCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCca < 2:411801/239‑1 (MQ=255)
ccGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCca < 2:968427/239‑1 (MQ=255)
tGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGCTT‑CGGGCCTCCCGCACCGTAAT‑TC‑TCTTA‑CAGACATA‑GTCC‑A‑AC‑A‑CCCG‑ATTAATTGTCCGACGCCCCCT‑G‑GGTTTTTCGAGGGGGGATTTTCTTCTTTGTCCTTC‑TT‑‑TCCCCCCACCGT‑CAAAAAATTTTTTATTTTA‑TTTCATTTTTATAACAACAACCAtatcacaaaa > 1:1218877/1‑230 (MQ=255)
ataagatctgattttctgctttccTGATGCACCCTGCAAATTATTGTTATAAAAGCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTTAACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCTGAAGCCCTCT‑G‑GATTTTTCTAGGGAGTTGTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GACCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCCAAgcg < 1:453688/217‑1 (MQ=255)
aTAAGAACCTCTCTTACGGCTTCCTGCTGCCCCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAgcg < 2:573238/239‑1 (MQ=255)
ctccTTCTGCCCCCGGCATTTTTTTTTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑C‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCCTGTGCGAAATTTtg < 1:163428/237‑1 (MQ=255)
aCCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCca < 2:989036/213‑1 (MQ=255)
ctgctgCCCCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑C‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCCTGTGCGAAATTTTGTGa < 2:76138/239‑1 (MQ=255)
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|
AGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTG‑CGGTCCTACTGCACAGTAAG‑TC‑TCTGA‑CAGAAATC‑GGCT‑A‑AC‑A‑CCGG‑TTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑G‑GATTTTCCGAGGGCGTATTTGTTTCTATGTCCTTC‑TT‑‑GCCCCCGCCCGT‑AAAAATATTTTCACTTTAA‑ATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCCTGTGCGAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATATGTTGTTATATTCATCATGCATTGTCATGTTACCTTTTAAATGACTGCAAACTCTCCCCTACAACGTAT > NC_000913/3499435‑3499885
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
