Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F17 I0 R1
|
52 |
59.5 |
1410130 |
88.0% |
1240914 |
215.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,540,284 |
T→G |
26.7% |
intergenic (‑782/‑674) |
nanC ← / → fimB |
N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,540,284 | 0 | T | G | 26.7%
| 69.3
/ 3.1
| 45 | intergenic (‑782/‑674) | nanC/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/17); new base G (11/2); total (26/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
GTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGCGTAAGCTGACGAATCAGCAGGAATAATCGCTAGGGACCT > NC_000913/4540061‑4540502
|
gtCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTACATTCTGAAGACGATCTGGGGAGGCTTGTTGATTGTGGTGttt > 1:63259/1‑228 (MQ=255)
aaaaaCAAAAGATTTTAGTTTAACTATTTGTTTTAAAAATAATTTATTAAGAGTCAAAACAGGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTTTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGga < 1:603114/228‑1 (MQ=255)
cTTAGTTTAACTATTTGTTTTAAAACTAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGACGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACtt < 2:63259/228‑1 (MQ=255)
ataaataaTTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTTGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTTTTTGCCGTATCg > 2:428837/1‑225 (MQ=255)
ataaataaTTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTTTTGATGTTGGTGGTTTTTGGATGAAGGTTCACTTTGTTTGTTTGcctaattg > 2:247020/1‑219 (MQ=255)
gTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGGGTTTTTATGCTGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATTGCCCTCGGAAT‑GGC‑TGTGGttt > 2:594883/1‑227 (MQ=255)
gTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTAGATCTGGAGCGGCTTGTTTTTGTTTGTGTTTTCTGGATGCTTTTTCCCTTTGTTTGTTTTCCGTATTGCCCGGGGAAA‑GGT‑TGTGtttt > 1:117409/1‑227 (MQ=255)
gggAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGGGTTTTTAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGCTTGTG‑TTGGG‑GAAGGtttt > 2:253898/1‑227 (MQ=255)
gggAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCACATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGGGTTTTCAGGATGATGGTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGGAT‑GGC‑TGTGCTTGTG‑GAAGGgtt > 2:267328/1‑227 (MQ=255)
gCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCAATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGCGAGGCTTGTTGATGTTGGGGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTTTCGACCGGCGAAT‑GGT‑TGGGGTTGAG‑GAAAGGTTAATTc > 2:197909/1‑228 (MQ=255)
ttGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTa < 2:448735/228‑1 (MQ=255)
tGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGTTGATGTTTTACTTAGCTTGTTTGCCGTCTAGCCCGGCGGAT‑GGG‑TGTGATTGGG‑GAACGTTTAAGTCGTAg > 2:502513/1‑228 (MQ=255)
tAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATACTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTTTTGTTGTGGTTTTCTGGGTGGTGTTTCACTTAGGTTGTTTGCCTGTTGGCCCGGTGCAT‑GGC‑GGT‑CTTGTGTGAAGGTTTTATTCGTTGTGAccca > 1:266421/1‑226 (MQ=255)
tGAGCTTGGTGAAAATCAGAGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGATTGTGGCTTGTAACTGTTCACTTCTGAAGTCGATCTGTAGAGTCTTGTTTTGGTTGGTGTTTTCAGGATGATTGTTCACTTTGTTTTTTTGCGGTATTGGCGCGGGAAC‑GGG‑TGTGTTTAGG‑GGATGTTTTATGCGTACAGGCCCAAGCTatat > 1:633654/1‑228 (MQ=255)
cTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCCCTTCTGCAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTTGGGTTTTTCGGGTGGTGTTTTACTTAGGTTGTTTGGCGTATTGCCCGGGGAATGGGC‑TGGGTTTG‑G‑GGAGGTTTTTGTCGTATTGACCAAAGGTATATTTAc > 1:570440/1‑228 (MQ=255)
cTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGGGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTTAG‑GAAGGGTTAAGTCGTAATGACCAAAGCCTTATTTAc > 2:199046/1‑228 (MQ=255)
aGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTTACGTTGGGGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGA‑TTTGATTGTG‑GAAGGGTTTAATCGTTTTAGCCCAGACCATATTTACCAAccgattgaga > 2:679431/1‑219 (MQ=255)
ccATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGGTGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATGTCCCGGCGAAT‑TGC‑TGTGTTTGTG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTGGATGAAAAAatca > 2:656349/1‑227 (MQ=255)
gggtGAGCATAATTCTCATCATGGAATATGTGTCCTGGTTTGTGGATTTTAACTGGGCACTTGGGAAGGTGAGCTGGAGAGGCGTGGTGATGTTGGTGTTTGCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTg < 1:502513/225‑1 (MQ=255)
aGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGTGAGGCTTGTTTATGTTGGGGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGTTTGAG‑GAAGGTTTTAGTCGTATTGGCCAAATCTATATTTACCAACGAATTTAAATGAAAAAAACATTTCCTGCGt > 2:105185/1‑226 (MQ=255)
aGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAg < 1:206262/167‑1 (MQ=255)
aGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAg > 2:206262/1‑167 (MQ=255)
cATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTTACTTAGTTTGTTTGCCGTATTGCCCGGCGAAT‑GGT‑TGTGATTTAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGGAAAAATCGTCTCCTGCGTTccc > 2:645835/1‑228 (MQ=255)
tttCTCATTGTGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTTACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCat < 1:199046/227‑1 (MQ=255)
gaggtgtataagggacaggTTTCCTGGTTTGTGTCTTGTAACTGGTAACTGCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGGTGGTGTTGGGGTTTTCAGGATGATGTTTAACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTTACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGAGGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCat < 2:73554/210‑1 (MQ=255)
atcatGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGGGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTTGG‑GAAGGTTTTAGTCGTATGGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATctct > 2:77730/1‑228 (MQ=255)
tcatGAAATATGTTGCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAatc < 2:160027/202‑1 (MQ=255)
gtGAAATTTGTTTCCTGGTTTGTGGCTGGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTGGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTa < 2:307316/225‑1 (MQ=255)
atGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGGGTTTTCCGGGTGGTGTTTCCCTTCGTTTGTTTGCCCTATCTCTCGGGCAAT‑AGC‑TGTGGTTGGT‑GGAGGTTTATGTCGTATTGACCAAAGCTATATTTAACAAACAATTTATTTGAAAAAATACCTTCCTGAGTTCCCCCATAtcttcatg > 1:561250/1‑223 (MQ=255)
tatGTTTGTGGGTTTGGTGTTTTTAACTGGTCACTTCGGAAGTTGATCTGGAGAGGCTTTTTGAGTTTGGTGTTTTCAGGATTATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATaaaa < 1:645835/228‑1 (MQ=255)
cTGGTTTGTTGCTTGTAACTGGTCACTTCGGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATaaaa < 2:298877/220‑1 (MQ=255)
gTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGATAGGCTTTGGTATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTAACGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGc < 2:297186/228‑1 (MQ=255)
tCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGCGTAAGCt < 2:117409/227‑1 (MQ=255)
gATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTTAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGTTGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGCGTAAACTCACCAAAcacacgaa > 1:95627/1‑222 (MQ=255)
gATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GGAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCg > 2:125380/1‑160 (MQ=255)
aTCTGGAGAGGGTTGTTGATGTTGGTGTTTGCAGGATGATGGTTCACTTAGTTTGTTTGCCGAATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAGAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATaaaa < 2:338345/183‑1 (MQ=255)
aTCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGtt < 2:657159/161‑1 (MQ=255)
aTCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGGTTCACTTAGTTTGTTTGCCGGATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGt < 1:125380/160‑1 (MQ=255)
tCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGCGTAAGCTGACGAATCAGCAGGaat < 2:95627/228‑1 (MQ=255)
ggCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGGTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTTAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAACATCATCTCCTGCGTTTCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAAAGTAAAAATATCATTGCGTAAGCTGTCGAATAAGCAGGAAAAATcacaa > 1:698140/1‑224 (MQ=255)
gCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGGTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCGCGGCGAAT‑GGC‑TGGGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATTATCTCCAGCGTTCCCCCATATCTCTAGGAATAAAAGGAAATTAACACTCCCATTGCGTAAGCTGTCGAATCAACATGGATAATCGCAAg > 1:691955/1‑228 (MQ=255)
gCTTGTTGATGTTGGGGTTTTCAGGATGATGTTTCACGTAGGTTGTTTGCCGTATCGCCCGTCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTTACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGCGTAAGCTGACGAATCAGCAGGAATAATCGCTAg < 1:428837/228‑1 (MQ=255)
gCTTGGTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTATTGACCAAAGCTATATTTACCAACGACTGTAGGTGAAAAAATCATATCCTACGTTGCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAAAAATCTCATTGCGTAAGCTGCCGAATcaaaagggaaaaaagccag > 1:339851/1‑211 (MQ=255)
gATGTGTGTGTTTTCAGGGTTATTTTTCACTTAGTTTGTGTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCCTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGCGTAAGCTGACGAATCAGCAGGAATAATCGCTAGGGACCt < 1:644394/227‑1 (MQ=255)
gTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAAAAATTTCATGGCGTAAGCTGACGACTAAGCAGGAATAATCGCAAGGGAcc > 2:644394/1‑223 (MQ=255)
gtgtTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGc > 2:594825/1‑134 (MQ=255)
tgtTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCg < 1:594825/134‑1 (MQ=255)
|
GTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGCGTAAGCTGACGAATCAGCAGGAATAATCGCTAGGGACCT > NC_000913/4540061‑4540502
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
