Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F27 I0 R1
|
322 |
127.1 |
2757226 |
91.8% |
2531133 |
223.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
921,692 |
T→G |
14.1% |
V449G (GTG→GGG) |
macB → |
macrolide ABC transporter peremase/ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 921,692 | 0 | T | G | 14.1%
| 244.1
/ 5.8
| 111 | V449G (GTG→GGG) | macB | macrolide ABC transporter peremase/ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/46); new base G (16/3); total (62/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CGTGAGCGGCGATTATTTTAATGTCTATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAGCGCCGAGGCGGAACAGCAACTCACGCGTTTACTTTCACTGCGCCACGGAAAGAAGGATTTCTTTACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGAC > NC_000913/921459‑921923
|
cGTGAGCGGCGATTATTTTAATGTCTATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAACCACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGtgctg < 1:434336/238‑1 (MQ=255)
tGAGCGGCGATTATTTTAAGGTCTATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACCCCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑g < 1:947489/238‑1 (MQ=255)
gAGCGGCGATTATTTTAATGTCTATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACATTCGATGTTTGGTAGCAGAAAAGGACTGC‑gtg > 1:1226526/1‑239 (MQ=255)
ggagATTATTTTAATGTCTATGGCATGACCTTCAGGGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGACCGGTCGTGCGCAGCTCGTGGTTCGCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCt < 1:96293/235‑1 (MQ=255)
gcattattTTAATGTCTATGGCGTGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCTCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGACAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTgg < 1:301640/236‑1 (MQ=255)
tATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCGGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGTTGTTTGGTAGAAGTAAAGtg > 1:180395/1‑210 (MQ=255)
tATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCCTTGGGGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTCGGCGTAAAGTGCTGC‑GGGGCTGGGTACCTTTAAGCACGAt > 2:922886/1‑239 (MQ=255)
aagggacaggTGAAGGAAACCCCTTTAACCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCggg < 1:1088355/230‑1 (MQ=255)
gACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGGGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGc > 1:14203/1‑239 (MQ=255)
gACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGCCGATGTTTGTTAGCAGGAAAAGGCTGC‑GGGGCTGGCTACCTTAAAAAACGGAGTCCgggg > 2:814792/1‑238 (MQ=255)
gACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGAGGAAGA‑AAAACAGTAGATGTTTGGGAGCAGCAAAGGGCTGC‑GTGTCTGGCGACCTTACAGCACGATGTCCAGGc > 1:739983/1‑239 (MQ=255)
aCCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACACCACGATGTCCGGGCg > 1:845582/1‑239 (MQ=255)
ccTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGCAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCCCGATGTCCGGGCgg > 1:1276653/1‑238 (MQ=255)
cAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAACAGTTGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATCTGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGTAGA‑AAAACAGTCAATGTTTGGTGGCAGAAAAGTGTTGA‑GGGGCGGGCCCCCTTACacaccacatttcaggacggtgt > 2:68665/1‑218 (MQ=255)
gagagAAACCCCTTACATCAGGAGCCGCGGACCGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGCTTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACC‑TACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGc < 1:1054241/235‑1 (MQ=255)
aGGAAACCCCTTTAAGCAGGAGCAGGTGAACGGTCGTGCGCAGGTGGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGc < 1:1029913/238‑1 (MQ=255)
gAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTAGGGGATCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGCTCGGCAGTATGCCCGCCAGAGTCATTGGGGTGCCGGAGAA‑AAAACAGTGGGTGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GGGGCGGGCTACATTGCAGAACAATTACCggggggatgaggggcaag > 2:719378/1‑224 (MQ=255)
acCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGCAGC‑AAAACAGCCGATGTTTGGTAGCCGGAAAGGGGTGC‑GGGCCTGGCAACCTTCAATACCGATGTCCggggggggattgggcggcttctt > 2:1088355/1‑219 (MQ=255)
tttaTCAGGGCCTGCTGAAAGGTCGTGCGCGGGGCGTTGTTCGCGACAGTAATACTCGCCGCCAGGTTTTCCCC‑CAGAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCtt < 2:537470/236‑1 (MQ=255)
ttAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑AATAAAGCAGTTGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAAAAGTCGATGTTTGGTAGCAGGAAAGTTCTGG‑CGGTGTGGGTACATTAAAGCCCGTTGTAGGGGCggtgatagggacaaacggggggt > 2:759830/1‑217 (MQ=255)
ttAACCAGGACCAGCTGAACGGTCGGGCGAAGGTCGTGGTTCTCGACGGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCtt < 1:1077800/239‑1 (MQ=255)
tAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGGTGTTTGGGAGCAGTAAAATGCTGC‑GGGTCTGGCTACCTTAACGCACGATGTCCGGGGGAGTTATGGGCCaagcgggggtta > 2:271963/1‑228 (MQ=255)
tAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GGGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGGGGCtt > 1:1069457/1‑238 (MQ=255)
gAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGACGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTCCCTTCCAGCACCATGTCCGGGGGGGTTATGGGCCCGTCGGGGCTTTACAccgc > 2:658451/1‑237 (MQ=255)
gAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGGGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGAAAAGGGCTGC‑GGGTCTGGCTACCTTAACGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGTGTTAACTCCAt > 1:1031422/1‑239 (MQ=255)
ggcggcTGAACGGTGGGGCGCGGGTTGTGGTTTTCCGCGGGAATATCGGCCCGCAGTTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGGGAGGTGATTCTGGTCGGCAATAGGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCAt < 2:1351142/234‑1 (MQ=255)
agcagcGTAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCAt < 1:915902/238‑1 (MQ=255)
gccgtGAACGTTCTTGCCCAGGTCGTGGGTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATAGGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTa < 2:1069457/234‑1 (MQ=255)
cagcTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGACGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAAAAGTCGAGGTTTGGTAGCAGTAAAATGCTGC‑GTGACTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCCGTCATGGCTTAACTCCCtt > 1:75157/1‑237 (MQ=255)
tCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTTCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGAAGGAAATGGCTGC‑GGGTCTGGCACCCTTAAAGCCCGTTGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGCCGGGGCTTaatcccaataacttcaggggga > 2:166468/1‑219 (MQ=255)
tCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTa < 2:579343/172‑1 (MQ=255)
tCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTa > 1:579343/1‑172 (MQ=255)
cgcAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAAAAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGGGGTGC‑GGGTCTGGCTACCTTACAGCCCGATGTCCGGGCGGGTTATGGGCCGGTCGGGGCTTAACACCTTTAC‑TGTCGGGGGGgaagaa > 2:1068688/1‑239 (MQ=255)
cgcAGGACGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGCGGTTGGCGAGGTGCTTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGACAACACA‑TCGATGTTTGGTATCAGTAAAGAGCTGC‑GTGGCGGGCGACCTTACAGCACTATCTCTCGCCGCGTTCTGGGCCAGTTGTGGCTTCAATCCAtacccgcccgggggaaaaaa > 2:698643/1‑220 (MQ=255)
gTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGCTTTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTGCCTTACAGCAACAATCCCGGGGGAGGTATTGGCCGGCTGTGGCTTAAACCCCTTTC‑CGTCAGGGGGAAAAAAGGGtt > 2:315815/1‑239 (MQ=255)
gTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTTGTACCCGTAAAGGGTGGC‑GTGTCTGCGTACCTTACAGCACGAGGTACGGGCGGGGTTTTGGGCAGGCGGGGCTTAACTCCATTAC‑TTTCAGGGGGAAAGAAGGagt > 2:760443/1‑237 (MQ=255)
gTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCt > 2:909576/1‑157 (MQ=255)
gTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCt < 1:909576/157‑1 (MQ=255)
gtgttttctgacgtttaTACTGGCCGCCAGGTTTTCCCCGTATAAGCTAGGTG‑GGTTGGCGGGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGa < 2:399619/223‑1 (MQ=255)
ctcGGCAGTAATTCTGTTCGCCATTTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGGGAGGGGATTCTGGGAGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAgcgc < 2:75157/239‑1 (MQ=255)
cccggaaGTAATCCTGGCCGCTGGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTTGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAgcgc < 1:675526/233‑1 (MQ=255)
tcGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTATGGCACCCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAGCGcc > 1:530996/1‑239 (MQ=255)
tcGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGGGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGGTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGCCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAACGcc > 1:404065/1‑239 (MQ=255)
tcGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCAC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAACCAGTCGATGTTTGGTAGCAGGAAAGGGCTGC‑GGGGCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGGTATGGGCCCGACGTGGCTTACCTCCATTACTTGTCAGGG‑GAAAGGAGGAATTGAAAgggcg > 2:1236596/1‑238 (MQ=255)
tAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTaa < 1:1171149/192‑1 (MQ=255)
tAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCCGGGTGAAAGAAGGATTTGACAGGCCCCAGGCgg > 1:1290523/1‑239 (MQ=255)
tAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAAATCCATTAC‑TGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAGCGCCGAGGCgg > 1:854746/1‑239 (MQ=255)
tccccccccAGCTTTTCCCC‑CTAAAAGCAGTTGGGGTTGGGGGGGTGATTTTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAGCGCCGAGGCGGAACAg < 2:662823/232‑1 (MQ=255)
ctgccgccAGGTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATTTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAGCGCCGAGGCGGAACAGc < 1:8148/237‑1 (MQ=255)
gccgccAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTTGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCCCGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGACGGGGCCTAACTCCATTAC‑TTTCAGGGGGGAAGAAGGATTTGACCACGCCCAGGCGGaaacacca > 2:195035/1‑233 (MQ=255)
cgccAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGCAGA‑AAAACAGTCGCTGTTTGGTAGCGGTAAAAGGCTGC‑GTGGCTGGCTACCTTACACCAGCATGTCCGGGGGAGTTATGGGCCCAGCGGGGCTTAACCCCATACC‑TGTCTGGGCGAAAAATGGATTTTCAAGCGCCGAAGAGGAAAAGAAAc > 2:1259818/1‑238 (MQ=255)
cgccAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTCCAGCACGATGTCCGGGCGAGTTCTGGGACATTCGTGGCTTAACTCCCTTAC‑TGTTCGGGTGAAAAAAGGATTTGCACGCGCCGCGGCGGAACACCAAc > 1:782336/1‑238 (MQ=255)
cgccAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCCCGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGTGGAAGAAGGATTTTCAAGCGCCGAGGCGGAACAGCAAc > 1:775990/1‑238 (MQ=255)
cgccAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGGGAAAGAAGGATTTGACAACGCCCAGCCGGAccaccaca > 1:265729/1‑236 (MQ=255)
cgccAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAAATCCATTAC‑TGTCAGGGGGAAAGAAGGGTTTGAAAGCGCCGGGGGGGacaacaaaac > 2:7666/1‑230 (MQ=255)
ccgggttttCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATTGGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAGCGCCGAGGCGGAACAGCAACTCa < 1:103324/234‑1 (MQ=255)
gCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGGGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCTTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGTGCAAGAAGGATTTGACAGCGCCCAGGCGGAACAgacaatcccgc > 1:388226/1‑229 (MQ=255)
ttttCCCC‑TATAAAGCGGATTTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTGTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTTCCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAGCGCCGAGGCGGAACAGCAACTCAcgcg < 1:670118/238‑1 (MQ=255)
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|
CGTGAGCGGCGATTATTTTAATGTCTATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCC‑CATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGA‑AAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGC‑GTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTAC‑TGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAGCGCCGAGGCGGAACAGCAACTCACGCGTTTACTTTCACTGCGCCACGGAAAGAAGGATTTCTTTACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGAC > NC_000913/921459‑921923
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
