Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F27 I0 R1
|
322 |
127.1 |
2757226 |
91.8% |
2531133 |
223.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,485,027 |
T→C |
13.3% |
E309G (GAG→GGG) |
pepA ← |
multifunctional aminopeptidase A: a cyteinylglycinase, transcription regulator and site‑specific recombination factor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,485,027 | 0 | T | C | 13.3%
| 148.7
/ 3.7
| 73 | E309G (GAG→GGG) | pepA | multifunctional aminopeptidase A: a cyteinylglycinase, transcription regulator and site‑specific recombination factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/33); new base C (5/6); total (33/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGACCGACCGCCAGATAGGAATGCATCCC > NC_000913/4484790‑4485259
|
aGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGCCGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCCGTTTGAGCt > 1:1309048/1‑238 (MQ=255)
cgcgATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGAGAAC‑GTTAATCGGCAGTTTTAGCTcc > 1:953386/1‑238 (MQ=255)
aTCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGCCAGTTGAAGCCCCGCGa > 1:884369/1‑238 (MQ=255)
cccggtcaccgcccccgctcaactCACCTCTCCCGCCTCAAAACGCCCCACGTAAGTTAACGCGCC‑CCACAGTACCAGGCGTCTTTCAGCTTGGGTCTTCCGC‑CCTTAA‑ACGTTTTGCCCGGACAGGTTGTTTAA‑CACCTCCCCCGGCCGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTCCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATc < 2:953386/215‑1 (MQ=255)
cgggtccgtgccccaaccacAATCACGGGTGCGGGCTAAAACCTCTCAGCGAAATTTAACGCGTC‑GCACGGTACGAGGCGGCCTTAAGTGTCGGTTTTCAGC‑AATTCA‑ACTGTGTGGCCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGAGGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCTTGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCAc < 2:829607/220‑1 (MQ=255)
cGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTACGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCACGCATGTTTTCTCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATTAC‑GTTAATCGTCAGTTGAACTCCCGCGGCCATCCGCATCACGCCGTaa > 1:1107662/1‑238 (MQ=255)
gTCGCCACTCCAATCCCCGCTCCCGCCTAAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTCCCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CCCGTCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAAc < 2:830860/239‑1 (MQ=255)
tCGCCACGTCAATCCCCGCTTCCGGCCAAAAACGCAAAACGTAAGTTAACCCGGC‑GCACAGTCCCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GC‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAAc < 1:609420/238‑1 (MQ=255)
ccACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTTTAGCTCCGCGACCATCCGCCTCACCCCGTAAACCGc > 1:657399/1‑238 (MQ=255)
ccACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCACGCATGTTTTCACAGCCTGCCAA‑CACGCCG‑TACCAGTTACTCGGCAGTTGTAGCCCCCCGCCCAACCCCCCCACCCCGCaaaacccc > 2:679535/1‑234 (MQ=255)
gTCAATCCCCGCTTCCGGCTCAAACCGCTCAACGGAAGTTAACCCGTC‑GCACAGTCCCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑Gccg < 1:166036/239‑1 (MQ=255)
ccaacacccccTTCCGGCCAAAAAGCCTCAACGGAAGTTAAC‑CGCCACCATAATACCGGGCGGCTTTCAGGGCCGGTG‑TCAGCGCCTTAA‑AGGGTTTGACCGAACAGGGTGGTTAA‑CACCGCCCCGGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATTTTTTCGCAGCCTGCAAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑Gccgc < 2:1143684/229‑1 (MQ=255)
aaTCCCCGCTCCCGTCTAAAACCCCCCAACGTAAGTTAACACGTC‑CACCAGTCCCAGGGGGCCTTACGGGTGGGTGTTCGGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGCCCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCAAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑Gccgcac < 2:413641/239‑1 (MQ=255)
ccccctttCCGGCCCAAACCCCTCAAGGAAATTAAACCGGGC‑CGACGGTCCCAGGCGGCCTTCGGCGTCGGTGTTAGGC‑ACTACA‑GCGGTTTGACCGGACGTGGGGGTTAA‑CAAATCGCCTGGAGGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCCCCCGTCCAC‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑Gccgcaccgc < 2:1235598/233‑1 (MQ=255)
ccccccttccgcgcaaaaaCCCTCAACGTAAGTTACCACGCC‑GCACAGCCCCAGGCGGCCTTCAGCGTGGGTTTTCAGC‑CCTTCA‑CCGGTTTGACGGGACATGGTGTTTAC‑CACACCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCCGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAC‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑Gccgcaccgc < 2:914243/224‑1 (MQ=255)
gCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCCGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACat > 1:797022/1‑239 (MQ=255)
gtagttaaaaccgtcaccacgTACCGGGGGGCCTTCGACGTCGGGTGTCGGC‑CTTTCA‑ACGGTTTGCCCGGACATGGTGTTTAA‑CCACTCGCCCGGGCGATAGGTCC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTACCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGc < 2:1021193/219‑1 (MQ=255)
ggatAACACGCC‑CCAAGGTCCCCGGCGGCGTCCGGCGCGGGTGTTCACG‑CCTTCA‑ACGGTTGGCCCGGAGAGGGTGGTTAA‑CACGTCTCCCGGACGATAGGCTC‑GG‑CCGCCAGGCTTGTTTCCGCGCCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCtt < 2:98721/236‑1 (MQ=255)
cgtcccccaggtccggggcgcCTTCCGGGTGGGTGTTCAGC‑CATTCA‑ACGGTTGGACCGGAACTGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCGGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGc < 2:657399/220‑1 (MQ=255)
c‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCCTCACGCCGTAAAc > 1:607885/1‑184 (MQ=255)
ggcggcCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATTTCGTACTTCATCTCCTCCATCCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATAcc > 1:1321994/1‑238 (MQ=255)
ggcggcCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGAACGAGATAcc > 1:552424/1‑238 (MQ=255)
ccTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAC‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAACTCCGCGACCATCCGCACCCACCCCTAAACCGCT‑GGCCCCCCCCACACACCGTACTTCCCTCCATCCCTACCTTCTGACGGccttgacgaataacccccccg > 2:1242146/1‑219 (MQ=255)
ccTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTTTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGGCAACCGCTCACCGC‑CCGCACATATCCGACTTAACCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGACCGGAATAccg‑cccgg > 2:189064/1‑236 (MQ=255)
ccTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTCAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGc > 1:406987/1‑208 (MQ=255)
ccTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGGGATACCC‑CCGGa > 1:1212176/1‑239 (MQ=255)
ccTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCCCT‑GCCGCACCGCCCATATCGTACTTCATCCCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTgtccggaaaaaccccggg > 2:1159401/1‑222 (MQ=255)
ccTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCCCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCCCCGCCCAACACCGACTTCATCTCATCCCTGCCTTCCAAAAGCCTGAtacaaaaaaccccgga > 2:579589/1‑224 (MQ=255)
cAGCGTGGGTGTTCAGC‑GCTTCA‑ACGGTTTGACCGGAAGTGGTGGTAAA‑CCACGCGCCCGGACGAAGGGCCG‑CG‑CCGCCAGGCTGGTTTCCCGACCCTGCCAA‑AACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCg < 2:567934/239‑1 (MQ=255)
accGGTGTTTAGC‑ACTTTACAGGGTTTGGCCGGGCGGGGGGGTTAACCACA‑CCCCCGGA‑GAGATGGTC‑CTGCCGCAAGGCATTTTGTCCCGGCCGCCCAA‑CCCGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGGCCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGa < 2:709334/235‑1 (MQ=255)
aaaggagcatcccaCGGTTTG‑CCGGGTCTGGGGGCTAA‑CCCATCGCCCCGACCGTTGGCTCTGC‑CCCTCAGCCTGGTTTACGAACCCGGCCAC‑CCCGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCCCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAAc < 2:1357784/226‑1 (MQ=255)
ttCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCCTCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCAAATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTCCTGAAGGCTTGATCGGGCTACCG‑CCGGAGTCGTAAGTTAAACCtccgtc > 1:709334/1‑232 (MQ=255)
ttCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATAACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCCCCGAGCATATCGGACTTCATCTCCTCCCTCCCTTCTTAAGGCATGATCCGGACACCG‑CCCAAGTCAAAGGGTAAACATTTAcaca > 2:276634/1‑239 (MQ=255)
ttCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCACCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGGCCGTCCTCTCATCCCTGCCTTCTGAAGGCTTGGTCGAGATACCG‑CCCGAGGCGAAGGTAAAACCTTTAccc > 2:1278996/1‑238 (MQ=255)
ttCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGGTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGGAAACCGCT‑GCCCCCCCGCCCATATCGTACTTCATCTCATCCCAGCCTTCTGAAGGCCTGATCGAGATACCC‑CCGGAGCCCACGGGTAAACCTTTaacaa > 2:1130707/1‑235 (MQ=255)
ccA‑ACGGTTTGACGGGACATGGTGGTTAA‑CCCATCGCCCGGACGATGGGCCC‑GT‑CCGCCAGGAATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACccac < 1:355827/238‑1 (MQ=255)
ccGGTTTGACCGGACAGGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GC‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAg < 1:385306/238‑1 (MQ=255)
gTTGGACGGGACAGGGTGGTTAA‑ACCACCGCCGGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCGGGCATGTTTCCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGc < 1:24232/237‑1 (MQ=255)
tGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGACGGCTTGATCGGGCTACCG‑CCGGCGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCACCACGAt > 1:612923/1‑239 (MQ=255)
tGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTAATTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTCAACCTTTACccacacccccgat > 1:1163761/1‑230 (MQ=255)
aCCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACCTATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCGTAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGACGGGTCAACCTTTCCccac > 1:1357784/1‑228 (MQ=255)
gACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCCCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATTCCTTCTGCAGGCTTGCTCGAGAAACCG‑CCGGAGTCGAAAGTTAAACCTTTACCCCCCAGCACCATTGGGC‑g > 2:673088/1‑239 (MQ=255)
accacgccccGGACGATAGGCGT‑GG‑CCGACAGGCATTTTTACGCAGCGTGCCAA‑CCAGCAGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTTCTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGAcg < 1:931764/232‑1 (MQ=255)
tccGCCAGGACGATGGCCTC‑GC‑CCGCCAGGCTTGTTTTCGCAGCCTCCCAA‑CCGGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGt < 1:708572/237‑1 (MQ=255)
aTCTCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCTCGACCATCCGCATCCCGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCCGCCATATCGCACCTCCTCTCCTCCATGCCTTCTGAACGCCTGACAGAGATACCGCCCGGCGTCG‑AGGTTAAACCTTTACCCCCCCACACATTTGGGC‑GTggaccctcccgccggt > 2:1121769/1‑224 (MQ=255)
aTCGCCCGGACGATGGGCTC‑GG‑CCGCCCGGCATGTTTGCGCCGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAACCCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGt < 1:668850/239‑1 (MQ=255)
aTCCCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAAACGGCAGTTGTAGCGCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGt < 1:1242146/239‑1 (MQ=255)
ggCCCGGCCGATAGGCTG‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTTCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCCGTTGTAGCTCCGCGCCCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTg < 1:579589/238‑1 (MQ=255)
cGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTCATCCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTTATCGAGATACCG‑CCGGAGTGCAAGGGTAAACCTTTACCCACCACCCCCATTGGGC‑GGGCACT‑TTCCgcccggtg > 2:1266591/1‑231 (MQ=255)
cGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCCCCCATATCGTACTTCATCTCATCCCTGCCTTCTGAAGGCTTGATCGGGATACCG‑CCGGCGTCGAAGGGTAAACCCTTAACCCCCACCACGAtttgtggggacccttccgccccgtt > 2:637901/1‑215 (MQ=255)
cGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCACCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCA‑CCGGAGTCGAAAGTTAAACCTTTACCCCCCAGCCCCCTTGGGC‑GGGGATC‑TTCCGAcgcggt > 2:1002150/1‑236 (MQ=255)
gCCCGGACGTAGGGCTC‑TG‑CCGCCAGGCTTGGTTCCGCGGCCTGCCAA‑CCCGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGt < 1:541854/236‑1 (MQ=255)
gCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCCCCGCGCCCCTCCGCATCACGCCGTAAACCGCA‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCCTGCCCTCTGAAGGCTTGATCGGGATACCT‑CCGGGCTCGAAGGTTTAAACTTTACCCCCCACCACCATTGGGC‑GTGCAtttctccccgcgtc > 2:1295726/1‑224 (MQ=255)
gACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCCCGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCCACCCGTTGCCtttt > 1:410573/1‑238 (MQ=255)
tAGGCTC‑GT‑CCGCC‑GGGGTGTTTTCCCCCCCTGCCAACCCCGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGGAAACCGGT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTc < 2:1321994/239‑1 (MQ=255)
gcggctgcgcgcacAGGCATTTTTGCGACACCCGCCAA‑CACGCGGATACC‑GTTAGTCGGCAGTGGTAGCCCCTGTCCCATCCGAAACACGCCGTAAACCGCT‑GCCGGACCGCACATATCGGGTGTCATCCCATCCAGGCCTTCTGAAGGCTTTATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACAAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACt < 2:1107662/225‑1 (MQ=255)
c‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCCCCGCGACCATCCGCCTCACGCCGGAAACCGCC‑GCCGCACCGCCCAAATCGTACTTCCTCTCATCCCTGCCTTCTGAAGGCCTGATCGCGATACCG‑CCGGAGCCGAAGGTTGAACCTTTACCCACCAGCCCGA‑TGGGT‑CTGCACCTTTCCGCCCCTTTGCCTTTTTACTCAAacac > 2:853866/1‑239 (MQ=255)
t‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGCTAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGTCCATCCGCATCCCGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCCCAAATCGCACTTCATCTCCTGCATGCCTTCTGAAGGCCTGAACGAGAGACCG‑CCCGCATCGAAGGTTAAACCCTTACCCACCCCCCCACTTGGGC‑GTGCCCC‑TTTCAAACCGTTGCAttttaacccaaatcccg > 2:299767/1‑225 (MQ=255)
ccAGGCATTTTTCCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACAt < 1:1159401/239‑1 (MQ=255)
gcgcttttttcCGCCGCCCCCCAA‑CCCACCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCCCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCCCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCa < 2:579313/232‑1 (MQ=255)
accccTGCCCC‑CACCCCGATTCG‑GTTAATCGGCATTTGTATCTCCGCGACCATCCCCATCCCGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATACCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTg < 2:884369/236‑1 (MQ=255)
gCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGCGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCCCCCGCACGAATGGGCGGTGC‑TC‑TTCCCACGCGTGGCCTTTTTACCCAACCACCCACACCAGCGGTTCGTTTTGCCaaa > 2:1071804/1‑237 (MQ=255)
ccGCCGAAAAC‑GTTAAGCGGGAGTTGTAGCTCCGCGACCTTCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCTCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCGgacc < 1:1010038/238‑1 (MQ=255)
acgcgtaTAAC‑GTTAATCGGCCGTTGAAGCTCCACGACCATCCGCAACACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCCACGCACATATCGTACTTCATCGCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTgacc < 1:799495/233‑1 (MQ=255)
tcgttAAC‑GTTATCCGGCGGTTGTAGCTCCGCGCCCATCCGCATCACGCCGTAACCCCCT‑GCCGCCCCCCCCATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTgaccgac < 2:72624/235‑1 (MQ=255)
ccgtaacagTTAATCGGCCGTTGACGCCCCCCCACCACCCCCACCCCGCCGTAACCCGCT‑GCCGCACCGCACATTTCGTACTTCAGCCCGTCCATGCCTTCGGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCGTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTgaccgac < 2:1033229/231‑1 (MQ=255)
cGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGAACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTCCGAACCCTgaccgac > 1:623475/1‑238 (MQ=255)
cGATAAA‑GTTAATCGGCAGTTGTAGTCCCGCGACCCTCCGCATCACGCCGTAAACCGGT‑GCCGCACCGCACATATCGTAATTCATCCCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTgaccgac < 1:1247278/238‑1 (MQ=255)
ggtAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGGT‑GCCGCACCGAACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGaccgaccg < 1:1071804/237‑1 (MQ=255)
gATAAC‑GTTAATCGGCAGTTTTAGCTCCGCGACCATCCGCATCCCGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGaccgaccg < 1:926985/239‑1 (MQ=255)
tAACCGGCAGTTTTACCTCCGGGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCC‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCCGACCGGCCGCCAGATa < 1:1002150/238‑1 (MQ=255)
aatcggccagtgatgCTCCGCGACCACCCGCAGCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATAGCGGACTTCCTCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGACCGACCGCCAGATAgg < 1:276634/225‑1 (MQ=255)
ttgccgCTCCGCAGCCATCCGCCTCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCCCCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGACCGACCGCCAGATAGGAATGCATcc < 2:1212176/234‑1 (MQ=255)
tggaGCCCCCCGACCATCCGCATCACGCCTTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGACCGACCGCCAGATAGGAATGCATccc < 1:801001/236‑1 (MQ=255)
|
AGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGACCGACCGCCAGATAGGAATGCATCCC > NC_000913/4484790‑4485259
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
