Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,487,251 |
C→T |
12.6% |
L345F (CTC→TTC) |
lptF → |
lipopolysaccharide export ABC permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,487,251 | 0 | C | T | 12.6%
| 334.7
/ 6.7
| 134 | L345F (CTC→TTC) | lptF | lipopolysaccharide export ABC permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/66); new base T (14/5); total (62/72) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAACTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGA‑TCAGCTGAAAAAAGCCGGGCAGGGGAGTTACGACGCGTTAGGCGCAGGAATGTATACCTTG > NC_000913/4487014‑4487489
|
ctgaactgGCGTATCACGTTGGTATTCCCCGTGTTTATGATGGCACTTGTGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTtct < 2:927987/239‑1 (MQ=255)
ctgaactgGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGAGGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTtct < 2:596687/239‑1 (MQ=255)
gCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTCCTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGAAAAGGGAAACTGGACCCGAACCTATGGG‑TGTGGACCGCT‑ACACACTTTTATCTTGGTTTAACAGTTGTTTTCT‑Accctg > 1:188293/1‑236 (MQ=255)
ttctcGTTGGTTTTCCCCGTTTTTTGTGTGGCATTTAGGGTCGTGCCGCTGAGCGGGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTCCTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGa < 1:63653/235‑1 (MQ=255)
tCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACACACGTCAGGGACGCGTACTGACGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGCTCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAAGTCAACTGGACCCGCCGCTGATGG‑TGTGGGCCGTTAAACCTG‑GTTATCTGGAGTTAGGGGGGTTTCTCA‑Acccatgtgac > 1:1123465/1‑231 (MQ=255)
cGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGGGATTGTTCTCA‑ACCCTT‑T‑GGGCAACGTGCCGGTcccc > 2:559794/1‑236 (MQ=255)
tgtTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATTCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAAGGAAGCTGGACCCGACGCTGCGGA‑TGTGGGCCGCG‑CACCTGGTTTATCTGGGTTTTGCACTTGTTCTCC‑ACCTTT‑T‑GGACACCGGGCCGGGGcgccgc > 1:1117767/1‑239 (MQ=255)
tgtTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAATCTGGACCCGCCCCTCTGGC‑TGTGGACCGTG‑AACCTGCATTATCTTGCTTTAGCGTTTGTTTTCA‑CACTTT‑G‑GGAAAcccttcgcgtcccccc > 1:702656/1‑224 (MQ=255)
ggCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTCAAGGTAAGCGTGACCCCACGCTGTGGAGTGTGG‑CAGTT‑AACCTGATTTATCTTGCTTTTACGATTGTGTTAC‑ACCTTT‑G‑GGACACCCGGCCCGTCCccggcccgtgggccc > 1:959689/1‑230 (MQ=255)
ggCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGCCGCTGTGGA‑TTTGGACCGGT‑AACCTGATTTATTTGGCTTTAGCGATTGTTTTCA‑ACCTTT‑T‑GGACACCGGGCCGGTCCGCCGCCtcccgcccc > 2:462487/1‑231 (MQ=255)
ttttgggtgtgctggggcgCGTGGTTACCCCCAGTGAGGGTGCGGTACTGTCGATGCTGCCGGCCATGCTTGTGTATCTACTTTGCTACCTGATCCAGACCTCCTGGAAATCGGAGGGCGGTAAGGGTAAGCTGGCCCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTGT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGtttt < 1:342436/221‑1 (MQ=255)
tggtcttccccttgggCGTGGTTAACCAACGTTGGGGCCTGTTCGTGTCGATGCTGCCAGCAATGCGGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTcg < 1:503985/224‑1 (MQ=255)
cGTACGGCTGGGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTa < 2:367416/239‑1 (MQ=255)
aCCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCATGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGGAAAGGGAAGCCGGCACCGACGCTGTCGA‑TGAGGACCGGT‑AGACTTATGTATCTGGGTTTAGCGATGTATATCC‑ACCTTT‑T‑GGACACCGTGACCGTCCCCCGCCCG‑AGCGCCAGattttgtcgacaag > 1:937205/1‑230 (MQ=255)
aCCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGTACCCGACGCTGTGGA‑TGGGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGCTGGTTTTCA‑ACCTTT‑G‑GGGCACCGCTCGGGTCGGCCGCCTG‑CGCGCCCGCTTTTCGCTTAAAg > 2:909375/1‑239 (MQ=255)
aCCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCCGTGGG‑TGTGGGCCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCC‑ACCCTT‑G‑GGACAACGTGCCGGGCCGCCGCCTG‑GTCGCCAGTTTTTCCCGTGAAg > 2:1034277/1‑239 (MQ=255)
ccGCTGAGCGTGGTTACCCACCGTCAGGGACGCGTACTGGCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCGTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAg < 2:319250/238‑1 (MQ=255)
cgatGATCGTTGTTACCCCACTTCGGGGACGCGTACTTTCGATGTTTCACTCAATGCTTCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGGCCTCCCGGAAACCGACCGGCGGTAAAGGTACGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGa < 1:1273939/236‑1 (MQ=255)
gCTGGGCGTGGTTACCCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAg < 2:1287702/239‑1 (MQ=255)
cgtggggggtgTTAACCCACGTTGGGGACGCTGTCTGTCGATGCGGCAGGCCATGTGTCTTGAGTTCCTTGTCTTCCTGATCCAGACCGCCCGGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAg < 1:486673/229‑1 (MQ=255)
aGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTTGACCCGACGCTGTGGC‑TGGGGACCGGT‑AACC‑GATTTTCATGGCTTTACGGGATGTTTTCA‑ACCTTTGG‑GGCCACCG‑CCCGGTGCGCCCCCCGCCGTGCCGGTTTTTCGGCTAAAgagggggg > 1:811961/1‑232 (MQ=255)
gcttGGTTAACCCGCGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTTCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGgt < 2:980179/235‑1 (MQ=255)
gCGTGGCAAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGgt < 2:432502/238‑1 (MQ=255)
acGTGGTTACCCCACGTCAGGGACCGGTACTTGCGAGGCTGCCAGCCATGCTTCTGTAACTACTTTGCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGgtg < 2:282182/238‑1 (MQ=255)
cGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGgtg < 2:54239/238‑1 (MQ=255)
gTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGCAAAAGTAAGCTGGACCCGACGCCCTGGG‑TGTGGACCGTG‑ACACTGATTTATTCGGCTTTAGCGCTTGTT‑TCACACCTTT‑GTGGACCCCG‑GCCGGGCCCCCGCCGC‑CCCGCCTGGTTTTCGCGGaaaacggggggggg > 1:758083/1‑228 (MQ=255)
tGGTTAACCCGCGGCAGGGACGCGTACTGTCGGAGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGACCCAGGCCCTCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGtgtg < 2:190099/238‑1 (MQ=255)
ggTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGCCCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTa < 2:601728/224‑1 (MQ=255)
taccccACGTTAGGGACGGTTTCTGTCGCTGCTGCCCGCCATGCTGCTGATTTGTCTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAGCGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACTCCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCa < 1:840537/236‑1 (MQ=255)
tAACCCACGTTAGGGACGCGTACTGGCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCa < 2:976461/239‑1 (MQ=255)
cGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGGCCCGACCCTGTGGG‑TGGTGACCCTT‑AACCCGGTTTTTCTTGCTTTAGCGACTTTTCTCC‑ACCCTT‑T‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCCGTTTTTCGCGTTAAAGAGCgggggggggccacccttt > 1:285616/1‑223 (MQ=255)
cGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGGAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGGTTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCCGTTTTTTCCGTAAAGGGGCGgtgggggggaaccattt > 2:304303/1‑225 (MQ=255)
cGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAAGTAAACTGGACCCGACGCTGCGGA‑TGTGGACCGCT‑AACACGATTTCTCTGGCTTTAGCGAGTGTTTTCA‑CACTTT‑T‑GGACACCGCGCCGGTCCGCCGCCTC‑CGCGCCCCGTTTTTGCGGAAAGAAGCggggcgggctcctttaca > 1:601728/1‑223 (MQ=255)
cAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACGTTTCTTCCGGATCCAGACCGCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCGGGCTTTAGCGATTGTTCTCa < 2:577852/160‑1 (MQ=255)
ggACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGGGATGCAACCTTTTGGCgga > 2:23485/1‑237 (MQ=255)
tccgtctgtcccttgctgcCGACCATGCTTCTGTATCTACTTTTCCTCCTGCTCCCGCCCTCCCTTAAACCTAACGGCGTTAATGGTAAGCTGGCCCCGACGGTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTTGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACGCCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACtt < 1:1034277/226‑1 (MQ=255)
cgTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCTCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTTGCCGACTTg > 2:94774/1‑238 (MQ=255)
ttttctgccggggcgccagctaTTCTTGTGTATCTTCTTTTCTTCCGGATCCAGCCCCGCCTGAAATAGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGCCCCGGCGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGAc < 1:968731/225‑1 (MQ=255)
tGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGGTTTAGCGATTGGTCTCA‑ACATTT‑G‑GGAAACCGGGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGGTTTTTGCGGAAAGGGGCGGGTGGAGGCAACCTTTTGGCGGACTTGACCGCt > 2:655017/1‑239 (MQ=255)
aTGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTTATCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGGGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGGTTTTCGCGTAAAGGAGCGGGGTGATGCAACCTTTTGGCGGACTTGACCCCCATATc > 2:272117/1‑239 (MQ=255)
tgctgcCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGGAAGATCGACCCCACGCTGTGGA‑TGTGGGCCGTT‑AACATTGTTTATCTGGCTCTAGCGATTTTTTTCA‑ACCTTT‑T‑GGGCCCCGTGCCAGTGCGCCCCCCG‑CGCGCCCGTTTTTCCGGCAAAGGAGGGGGGCGGTGACACCCTTTGGGGTGCTTgggccccttaatg > 1:885146/1‑227 (MQ=255)
tgcCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTa < 2:338020/239‑1 (MQ=255)
ccgcgctgtcgcgttttttttttttCTTCCGCATCCAGTCCCCCCGGAAATCCGACGGGGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTaaa < 1:910192/217‑1 (MQ=255)
caTGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTTATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAACt < 2:891759/237‑1 (MQ=255)
attctgctgTATTTATTTTTCTCCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAACTAtt < 2:1179951/236‑1 (MQ=255)
gctgctGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGGGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTTACCGCTATATCGGTAAAACTAttt > 2:398138/1‑238 (MQ=255)
gctgctGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCCCCGCCCG‑CGCGCCAGGTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGGGATTCAACCTTTTGGCGGACTTGACCGCTATATCGGTAAAACTAttt > 2:332615/1‑238 (MQ=255)
gctgTAGCTACTTTGCTTCCTTGTCCAGGCCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAACTATTTTcac < 2:1123465/239‑1 (MQ=255)
tgTATCTACTTTTCTTCCTGATCAAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGaca < 2:482418/135‑1 (MQ=255)
tCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCC‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTTCCGGTCCGCCGCCTG‑CCGGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGGGGGATTGAACCTTTTGTCGGACTTTACCGCTATATCGGTAAAACTATTTTtaccacac > 2:243856/1‑236 (MQ=255)
tCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCCGTTTTTCCCGTAAAGGAGGGGGGGGATGCAACCTTTTTGCGGACTTTACCGCTATATCGGTAAAACAATTTTCAACCCcat > 2:340828/1‑239 (MQ=255)
tCTACTTTTATTCCTGATCCAGCCCCCCCTGAAAGCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAACTATTTTCACCACcat < 2:528263/239‑1 (MQ=255)
aCTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTTGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTTGCGGACTTGACCGCTATATCGGTAAAACTATTTTCACCACcatcat > 2:1316387/1‑239 (MQ=255)
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ttttCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AAACTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CCCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGGGTGATGCAACCTTTTGGCGGACTTGACCGCTATATCGGTAAAACTATTTTCACCACCATCatga > 2:1114008/1‑239 (MQ=255)
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tCTGGTTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAACTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGA‑TCAGCTGaa < 2:1054451/206‑1 (MQ=255)
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agtcgttGTTTTCA‑ACCTTT‑G‑GGAACCCGTGGCGGGCCGCCGCCGT‑CGCTCCCGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCCTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAACTATTTGCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGA‑TCAGCTGAAAAAAGCCGGGCAGGGGAGTTACGACGCGTTAGGCGCAGGAAt < 1:272117/234‑1 (MQ=255)
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|
CTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGA‑TGTGGACCGTT‑AACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCA‑ACCTTT‑G‑GGACACCGTGCCGGTCCGCCGCCTG‑CGCGCCAGTTTTTCGCGTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAACTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGA‑TCAGCTGAAAAAAGCCGGGCAGGGGAGTTACGACGCGTTAGGCGCAGGAATGTATACCTTG > NC_000913/4487014‑4487489
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
