Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F17 I0 R1
|
155 |
84.1 |
1797446 |
90.9% |
1633878 |
230.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
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position |
mutation |
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gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
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C→T |
14.4% |
L345F (CTC→TTC) |
lptF → |
lipopolysaccharide export ABC permease |
|
| |
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ref |
new |
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reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,487,251 | 0 | C | T | 14.4%
| 222.3
/ 4.3
| 99 | L345F (CTC→TTC) | lptF | lipopolysaccharide export ABC permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/50); new base T (13/2); total (47/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGATCAGCTGAAAAAAGCCGGGCAGGGGAGTTACGACGCGTTAGGCGCAGGAAT > NC_000913/4487018‑4487479
|
acgggCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCCTTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAAc < 2:250379/236‑1 (MQ=255)
gCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTACAGGG‑AAACCGGACCCGACG‑CTGGGGGTTGGGAACA‑CTA‑ACCAGATTTATTT‑G‑GGT‑TTAG‑GGATTG‑TTGTAAACCctt > 1:360120/1‑239 (MQ=255)
gCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGTTGTGGGCCG‑CTA‑ACCTGGTTTATCT‑T‑GCT‑TTAT‑CGATTG‑GTTTCAACCttt > 2:379361/1‑239 (MQ=255)
tCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGTCGGTAACGGT‑AAGCTGGGCCCGACG‑CTGTGGATGTGGGCCG‑TTA‑ACCTAGTTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTTTCAACCTTTgggg > 2:125886/1‑237 (MQ=255)
tCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACC‑CTGTGGAGTTGGGCCG‑GTA‑ACCTGATTTTTCT‑G‑GCT‑TTTT‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ac > 2:483033/1‑239 (MQ=255)
ttGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGCAAAGGT‑AAGATGGACCCGACG‑CTGTGGAGTGGGAACG‑GTA‑CCCTGATTTTGTA‑G‑GCT‑TTTA‑TCATTG‑TTTTCGAACTTTggggacccg > 1:206077/1‑232 (MQ=255)
tATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGATAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGCCCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGCTTG‑TTTTCAACCTTTGGG‑ACACCggtccc > 2:466433/1‑234 (MQ=255)
aCCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACTCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGTCAGCCATGTTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCCGACCTCCCTCAAATCGA‑A‑CGGCGGTTTCGGTGAAGC‑GGGGCCAACT‑CCGTGGTCAGGGACCG‑GTA‑TCCTGAATTAACT‑G‑GCT‑TTCC‑GTCGTT‑TTCTCATACTTTGGG‑acacacggacggcgc > 1:191190/1‑227 (MQ=255)
aCCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑C‑CGGCGGTAAAGGG‑AAACTGGACCCGGCG‑CTGTGGATGTGGCGCG‑GTA‑AACTGCTTTTTCT‑G‑GCT‑TTAG‑AGATTT‑TTTTCAACCTTTTGG‑CGACccgg‑ccgggcac > 1:194012/1‑235 (MQ=255)
cGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGA‑TAGCTGGACCCGACC‑ACTTGGATGTGGACCG‑TTA‑CACTGATTTATTT‑G‑GGT‑TTGG‑CGATTG‑TTTTCAAACTTTTGT‑AGAACGTG‑CCGGtgccc > 1:779687/1‑234 (MQ=255)
tgtTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGT‑A‑CGGCGGTAAAAGT‑AAACTGGACCCGACC‑CCGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCCGATTTATTT‑G‑GCG‑TTCG‑CGCTTT‑TTTTTAACCTTTGGG‑AAACCGTG‑GCGGGCcggcgc > 1:766119/1‑239 (MQ=255)
tgtTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGTCCCCCCG‑CCGTGGATGTGGACCC‑TTA‑ACCTGATTTATTT‑G‑GAT‑TTAG‑CGCTTG‑TTTTTACCCCTTTGG‑ACACCGTA‑CCGGGgcgccg > 1:516265/1‑238 (MQ=255)
tgtTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGGGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATTT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGgccgccc > 2:87401/1‑237 (MQ=255)
atgGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATTT‑G‑GCT‑TTTG‑GGATTG‑TTTTCAAACTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCCCCCCCTgcg‑cg > 2:370498/1‑238 (MQ=255)
ggCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGG‑AAACCGGACCCCGAG‑CTGTGG‑GGTGGGGCGATTA‑CACGTCTTTATCT‑T‑GCTGTTAG‑GGTTTT‑TTCT‑AACCTTTGGGAACACCGGG‑CCGGCccgagccccgcgccca > 1:812990/1‑226 (MQ=255)
ggCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAAGG‑AAGACGGACCCGCCGCCTGGGGA‑GTGGAGCG‑TTACACTTGATTT‑TCTGG‑GTT‑TTCG‑CGTTTG‑TTTCAAACCTTGGGG‑AC‑CCGGG‑CCgggtcggccccctcgccgcc > 1:71254/1‑221 (MQ=255)
cACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTCAAAGT‑AAACTGGAACCGACC‑CCTTGGATGTGGACCG‑TGA‑AACCGATTTTTCT‑T‑GGT‑TTAGAGGATTG‑TT‑TCACCCTTTTGG‑ACACCGTGCCCGGCCCGCC‑CCCGCG‑CGccggg > 1:279268/1‑236 (MQ=255)
cACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGGTGAGGTGGACCG‑CTA‑ACCTTATTTTTCT‑T‑GCT‑TTGT‑CGATTG‑TTTTCACCCTTTGGG‑GACCCCTG‑CCGGTCCCCCCCCTCCG‑CGCCa > 1:312482/1‑237 (MQ=255)
aTGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCCGGTTTATCT‑G‑GCT‑TTTG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCCTT‑CCGGTCCCCCGCCTTCG‑CGCCCGttttt > 2:389605/1‑238 (MQ=255)
tgacggctgggctgggTTAACCCACTTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCAATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGGCCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTa < 2:349619/224‑1 (MQ=255)
tcccGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCa < 2:344622/184‑1 (MQ=255)
tACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑GTG‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGGG‑CCGGGCCGCCCCCTGCG‑CGCCAGTTTTTTGC‑GGaaa > 2:346943/1‑239 (MQ=255)
tACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAAGT‑GAACTGGACCCGCCC‑CTCTGGATGGTGAACG‑TTA‑ACTTTCATTTTCTAG‑GTT‑TAAG‑CG‑TTG‑TTTTTAACCCTTTGG‑AAACCGGT‑GCGGGCCGCCGGCCGCG‑CGGCCGATTTTTGC‑GGaaa > 1:436852/1‑239 (MQ=255)
aCCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGG‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCCTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑GGCCAGTTTTTCCC‑GTAAAg > 2:236522/1‑239 (MQ=255)
cTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCTC‑GTAAAGGAGc > 2:135373/1‑239 (MQ=255)
ggTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGGAAAGGG‑AACCTGGACCCCACC‑CTGTGGTTGGGGACCG‑GTT‑ACCTGATTTATTT‑G‑GCT‑TTTG‑CGATTGTTTCTCACACTTTGGT‑ACA‑CGTG‑CCCGTTCGCCGCCCGCGCCGCAAGTTTTTGAC‑GTAAgggggggcggggg > 1:768972/1‑229 (MQ=255)
tttACCCCCCGTCAGGGACGGTTATTGTCGATGCTTCCAGCCAGGCTGCTGTTCTTGCTTTTCTTCCTGATCCAGACCCCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTTTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATg < 1:346943/238‑1 (MQ=255)
taccccccttcggggagcgtggcTGTCGAGGCGGCCAGCAATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCGTATCCAGCCCTCCCTGAAATCGA‑C‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCa < 1:858355/217‑1 (MQ=255)
cGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACC‑CTGGGGATTGGGACCG‑CTA‑AACTGATTTTTTT‑G‑GGT‑TTAG‑AGGTTG‑TTTTCAACCTTTGGG‑GCACCCTG‑GCGGGCCCCCGCCCGCG‑CGCCCGTTTTTCTCGGCAAAGGAgggggggagggaacccttt > 1:338302/1‑224 (MQ=255)
ttcagggctctgtctttgcGATGCCCCCAGCCTTGTTGCTGTTTTTATTTTTTTCCCGGACCCAGGCCTCCCTGAAATCGA‑C‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCGGGCCCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTg < 1:519657/221‑1 (MQ=255)
cggttcttttCGTTGTTGCCAGCCTTTCTGTTTTTTCTTTTTTTCTTCCGGATCCAGCCCTCCCGGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGTT‑AAGCTGGCCCCGACG‑CTGTTGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACtt < 1:370498/230‑1 (MQ=255)
gTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGAc < 2:600812/239‑1 (MQ=255)
gggagggtcccagccaTGCTTTTGTTTCTATTTTTCTTCCTGATCCAGCCCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGCCCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCtat < 1:716935/230‑1 (MQ=255)
gctttccccccaggctTGCTTCTTTTTCTTCTTTTCTGACTGACCCAGCCCCTCCTTAAACTGG‑A‑CGGCGGTAATGGT‑ACGCTGGCCCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCtat < 1:711363/230‑1 (MQ=255)
ctgcCAGCCATGCTGCTGTATCTTCTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTg < 2:268165/216‑1 (MQ=255)
cccggcaTGCTGCTTTTACTACTTTTCTTCCGGATCCAGACCTCCCTGAAATCGG‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTaaa < 2:332018/234‑1 (MQ=255)
cagccaTGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTaaaa < 2:875181/239‑1 (MQ=255)
gctttaacgaCTTTTCCTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTcac < 2:61896/230‑1 (MQ=255)
ctgTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCCTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGGAAAA‑CAATTTTcacc > 2:327733/1‑239 (MQ=255)
ttttttcTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAACGGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCGCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCaccacc < 2:809886/233‑1 (MQ=255)
tATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCCGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCCGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGTGGTACTTTACCGCTATATCGGGAAAA‑CCATTTTCaccacc > 2:740825/1‑239 (MQ=255)
tctttttttCTTCCGGAGCCAGACCCCCCAGAAATGGA‑G‑CGGTGGTAAAGGG‑AAGCGGGACCCGTCG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTAGCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCACCCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACcat < 1:591329/234‑1 (MQ=255)
tcttctTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCGGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACcat < 2:83703/239‑1 (MQ=255)
tcttctTTTCTCTCTGCGCCAGACCCCCCT‑‑AATCGACACCGGCGGCAAAGGT‑AATGTGGCCCCGACG‑CTGGGGTGTTGGACCG‑TTA‑ACCGGATTTATCT‑G‑GCT‑GTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTGGGG‑ACGCCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCTCCACcat < 1:455770/239‑1 (MQ=255)
tCTACTTTTCTTCCTGGTCCAGACCCCCCTGAAATCGA‑A‑GGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACcat < 2:204046/239‑1 (MQ=255)
tACTTTTCTCCCTGACCACGACCCCCCGGAAAGCGA‑A‑CGGCGGTAAGGGT‑AAGCTGGCCCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACcatca < 1:112181/239‑1 (MQ=255)
aCTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTTGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTCCG‑CGCCAGTTTTTTGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTTACCGCTATATCGGTAAAA‑CCATTTTtaccccactcat > 2:633978/1‑231 (MQ=255)
tcttcCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACC‑CCGTGGATGTGGACCC‑GTC‑AACTGGTTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑ACATTG‑TTCTTAACCTTTTGG‑ACACCGTG‑CCGGTTCGCCGCCGTCC‑CGCCCGTTTTTTGC‑GTAAAGGGGCCGTGGGGTGGCACCTTTTGGCGGACTTTGCCGCATAATCGGTAAAACCTATTTTcccccaaacaaaatag > 1:745936/1‑227 (MQ=255)
cttcCCGCTCCAGGCCTCCCTAAAAGCGA‑C‑CGGGGGTAAAGGT‑AAGCTGGTCCCGAGT‑CTGTGGAGGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGac < 1:526814/239‑1 (MQ=255)
ttcctcatgcgaccccccgggAAGTCGG‑A‑CGGCGGTAAGCGT‑AAGTGGGCCCCGCCG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTTGCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACGCCGTG‑CCTGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTATGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAT‑CTATTTTCACCACCATCATGATGaca < 1:532496/219‑1 (MQ=255)
ttcCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGTTAAAGGT‑AAGCTGGCCCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTTATTTACCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGaca < 2:812990/239‑1 (MQ=255)
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tGGACCCGACG‑CTGGGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTGTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGAt < 2:537292/238‑1 (MQ=255)
gggACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TGAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGAt < 2:516265/237‑1 (MQ=255)
aCCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAG‑TTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGATCAGCt > 1:4398/1‑239 (MQ=255)
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tgtggaCCG‑TTA‑ACCTGATTTAGCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑GCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGATCAGCTGAAAAAAGCCggg < 2:526978/238‑1 (MQ=255)
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tttataagagacaggtttttttt‑G‑GCT‑TTTG‑GTATTG‑TTCTCAACCTTGGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGATCAGCTGAAAAAAGCCGGGCAg < 1:284154/217‑1 (MQ=255)
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gaCCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGATCAGCTGAAAAAAGACgggggggg > 1:877743/1‑234 (MQ=255)
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aTTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGATCAGCTGAAACAAGCCGGGCAGGGGAGttcgaacgcg > 1:554900/1‑231 (MQ=255)
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t‑G‑GCT‑TTAG‑CGTTTG‑TTCTCACCCTTGGGG‑CCCCCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGATCAGCTGAAAAAAGCCGGGCAGGGGAGTTACGACGCGTTAGgcg < 1:614621/239‑1 (MQ=255)
t‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTT‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACCCCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGATCAGCTGAAAAAAGCCGGGCAGGGGAGTTACGACGCGTTAGgcg < 2:194012/239‑1 (MQ=255)
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|
ACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGA‑A‑CGGCGGTAAAGGT‑AAGCTGGACCCGACG‑CTGTGGATGTGGACCG‑TTA‑ACCTGATTTATCT‑G‑GCT‑TTAG‑CGATTG‑TTCTCAACCTTTGGG‑ACACCGTG‑CCGGTCCGCCGCCTGCG‑CGCCAGTTTTTCGC‑GTAAAGGAGCGGTGTGATGCAACCTTTTGGCGTACTTGACCGCTATATCGGTAAAA‑CTATTTTCACCACCATCATGATGACACTGTTCATGCTGGTGTCGCTGTCGGGCATTATCAAGTTTGTCGATCAGCTGAAAAAAGCCGGGCAGGGGAGTTACGACGCGTTAGGCGCAGGAAT > NC_000913/4487018‑4487479
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
