Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F17 I0 R1
|
155 |
84.1 |
1797446 |
90.9% |
1633878 |
230.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
151,821 |
A→G |
11.1% |
T137T (ACT→ACC) |
yadL ← |
putative fimbrial‑like adhesin protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 151,821 | 0 | A | G | 11.1%
| 327.7
/ 4.2
| 134 | T137T (ACT→ACC) | yadL | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/58); new base G (16/3); total (73/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.28e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑CACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCAAAATCAACAACAGAA > NC_000913/151589‑152058
|
gTGGGGTTCCTATTTAGTTCCTGAAACTGTAAGTCTGTTTATTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGGAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACa < 1:898421/239‑1 (MQ=255)
gTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGGGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TAACCAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGGGTTACa > 2:357200/1‑239 (MQ=255)
gTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGGGGGGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGTGGT‑TTCACAGCTAAAATGGTT‑TGCACTCCCTTTTGCCGGGGTTACa > 1:115259/1‑239 (MQ=255)
gTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTAATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGACGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACAAAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACa > 2:790187/1‑239 (MQ=255)
atatatAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGGATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGGGT‑TAAACAGCTCAATTGGGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACATTG‑CTCCAg > 2:209121/1‑239 (MQ=255)
atatatAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGAAGTGACATTTGTTTCGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCCCTCATCCGCTAATAAACGACCGCATTTGCTGCCGGGGGGGTTTGTACCTTTTGTTATGCTGGGGT‑TACACAGCTCAATTGGGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGGGGTTCAGTG‑CTCCaa > 1:893742/1‑238 (MQ=255)
atataGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGGGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGGGT‑TACCCAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTGCCGTA‑GTCCAg > 2:258654/1‑237 (MQ=255)
ttCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAAc > 2:432540/1‑239 (MQ=255)
ccTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATGATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGGTTGTTACCTCTTGTGGTGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCCGTTGCCGGGGTTAAAGGG‑GTCCAAACTTAAAAgg > 1:783083/1‑239 (MQ=255)
ccTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCCGTGGAGATTGTTAACTCTTTGGATGCAGGGGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCAATCCCTTTTCCCGGGGTTAAAGTG‑CTCCAGAAGTCAACgg > 1:255795/1‑239 (MQ=255)
ccTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTAACCGCAGAGACATTGTTTAAGGTTTTATTTTTTTCCACGCCCATGCGGGCAATCCTCGGATAATAAAAGACCGCATTGGCTGCAGTGGTGATTGTTACCTCTTGTTAGTCTGGTGT‑TACACAGCAAAATTGTGT‑TGCACTCCCCGTTGCCGGGGTTAAAGTG‑CTCCAAACTTAAACgg > 1:765672/1‑239 (MQ=255)
ccTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGAGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCCGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGGTGGTGT‑TACCCAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCCTTTGCCGGAGTTACAGGG‑ATCCAGACTTCAACgg > 2:488251/1‑239 (MQ=255)
tttagggacatttttttttggTTATTTTAAATGGTGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTTTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCa < 1:453203/220‑1 (MQ=255)
tGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTTCCGGAGTTCCAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGc > 2:87912/1‑238 (MQ=255)
tGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGGGCCGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGGTTTATTTTTTTCAACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCCTTGGCTGCAGTGGAGATTGTTAACTCTTGAGGTTCTAGGGT‑TAACAAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCCTTTTCCGGGGGTACAGTG‑ACACAACATTCAACGGCGAccac > 1:676355/1‑235 (MQ=255)
ttAAGGCTGTTAGTTATAGTTTATTTGTAATGTGGCTGGTTCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTAGTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCGGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCGCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCAc < 1:377368/238‑1 (MQ=255)
tAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCAATCCCTGTTTCCGGGGTTACAGGG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCCCt > 2:172246/1‑239 (MQ=255)
tAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTAACCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGCTAATAAACGACCGCATTGGATGCAGTGGCGCTTGTTACCTCTTGTTATGCTGGTGT‑TACACAGCTACATTGTGT‑GTAATTTCCTGTTGACGGGGTTAACGCG‑TTCCTGACGTCAACGGGGACAGCACt > 2:439796/1‑239 (MQ=255)
ttagttaTAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGGG‑CTCCAGACTTCAAAGGCGACAGCACTTGCTTTAt > 2:740786/1‑239 (MQ=255)
ttagttaTAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGGGT‑TTCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACATTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACACCACTTTCTTTAt > 1:830009/1‑239 (MQ=255)
ctaGGTTACTGTAAATGTCGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCCTCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGGGATTGTTAACTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTCAATTGTTT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGACGCCAGCACTTGCgttcttcgcgg > 2:867771/2‑231 (MQ=255)
ataGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTCCCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCgg < 2:115259/239‑1 (MQ=255)
ataGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCCTCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTTGAGATTGTTACCCCTTGTGATGCTGTTTT‑TAAACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCCGAGTTACCATG‑TTCCCAAATTCAACGACGCCAGCCACTGCCTTATCttct > 2:388542/1‑235 (MQ=255)
ataGGTTACTGTAAATGTGGCTGGGGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGGGGAGATTGTTACCTCTTTTGAAGCTGTGGT‑TACCCACCCAAATTTGGT‑TGCACTACCTTTTGCCGGAGTTACAGGG‑CTCCCGACTTCAACGGGGACAGCCCTTGCTTTATTTTCgg > 1:723985/1‑239 (MQ=255)
gTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGTAAACTTACCCGCCGTGACATTGTTTAAGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCAATCATCGGCTAATAAACGACCGCATTGGCTGCCGTTGGGATTTTTACCCCTTGTGTGGCTGGGGT‑TACAAAGACAAATTGGGT‑TTCCCACCCTTTTGCGCGGTTTACACTG‑TCCCAGATTTCACTGGGGACAACACCTGCTTTAttcttggctgt > 1:680269/1‑229 (MQ=255)
gTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAAAGACCGCATTGGCTGCAGTGGCGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGCGT‑TACACAACTAAATTGTGT‑TGAACTCCCTGTTGCCGGAGTTCAAGTG‑CTCCCGACTTTAACGGCGACACAACTTGCTTTACTTTCGGCtgg > 2:860424/1‑238 (MQ=255)
aCTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAATG‑CTCCAGACTTCAACGGCGCAACAACTTACTTTAACTGCggacgggga > 1:207232/1‑232 (MQ=255)
aCTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCCGACAATAAAAGACCGCATTGGGTGCAGGGGAGCTTGTTACCTCTTTTGATGCTTGGGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCAACCCCCGTTTCCCGCGTTACAGGGCCTCCA‑AATTCAACGGCCACACCACTTCTTTTTTCTTTCGCTGTggg > 1:129869/1‑238 (MQ=255)
cTGTAAATGTGGCTGGTGCCGAAAACTTACCCGCAGTGACCTTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCCCGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTTTGTTGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCGGTTGCCGTGGTTTCAGTT‑CTCCCGACTTCCCAGGCGACACCCCTTGCTTTTTCTTCGCCTGTggg > 1:719324/1‑237 (MQ=255)
tGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAAc < 2:821863/239‑1 (MQ=255)
tAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAAc > 2:103992/1‑237 (MQ=255)
gCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATTCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACATTG‑CTCCAGACTTTAACGGGGCAAGCACTTTCTTTATTTGCGGCGGGGGAACCATTTGaaaa > 1:552564/1‑239 (MQ=255)
gCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TCAACAGCTAAATTGGGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTCCAGGG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCAATTGCCTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGcca > 2:32790/1‑236 (MQ=255)
gCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGCCAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCaa > 2:750708/1‑238 (MQ=255)
gCTGGGGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGGGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TAAACAGCTAAATTGGGT‑TGCACTCCCCGTTGCCGGAGGTACATAG‑CTTCCGACTTCCACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTCCGGCTGGGGGACCATTTGGaa > 1:141870/1‑238 (MQ=255)
gCTGGGGCAGAAAACTTAACCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTAATTTTTTCCACGACCAGGCGTGGCCCCATCGGACAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGTGTGTTACCTCTTATGTTGCTCGGGT‑TACACAGCTCACTTGGGT‑TGTACTCCCTGTTGCCGGAGCTACAGAG‑CTACGGACTTCAACGGCGCCAGCACTTTCTTTATCTGCGGGCGTTGGACCAttgcgaa > 1:379129/1‑233 (MQ=255)
cAGAAAACTTTCCCGCAGGTGCATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCa < 2:179537/239‑1 (MQ=255)
aGAAACCTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCa < 2:723985/238‑1 (MQ=255)
aGAAAACTTACCCGCTGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCCCGACCAGGGGTGCCCTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCa < 2:858492/238‑1 (MQ=255)
ttACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGGGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGGGGCAGCCCTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGGACCATTTGCAACCCCCGCAACgcgct > 1:452327/1‑234 (MQ=255)
ccGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATGATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCa < 2:783083/239‑1 (MQ=255)
aGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTCAAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACCGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTTCAAACCCCGAACCGGCATTACCAGtt > 1:215855/1‑238 (MQ=255)
tccATTGTTTACGGTTTTGTTTTTTTCCACGACCATGCTTGCGCTCATCGGATAAGTAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTCTTTCCTCTTGTGATGCTGATGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGATCCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCt < 1:619896/237‑1 (MQ=255)
aCATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑TTCCAGACTTCAACGGCGACCGCCCTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCCCCCCGCCCTTCCCCGTTCCCt > 2:279139/1‑238 (MQ=255)
tttACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATTTCCGCGTGTGGAAACATTTGAAAAACCCCCACCGACATATGCAGTTCCCTCGCAtgg > 1:493626/1‑238 (MQ=255)
ttATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGGACCCTTTGCAAACCACGCACCGGCCTTACCAGTTCCCTCGCCTGGGGcgcc > 1:481497/1‑233 (MQ=255)
ttATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCtt > 2:596674/1‑239 (MQ=255)
tATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGGTTGTTACCTCTTGGGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACAGCGACAGCACTGGCTTTATCTGGGGCGATGGAACAATTTGACAACCCGCCACCGCCATTAGCAGTTcccccccaagtaggcaggcag > 1:747565/1‑221 (MQ=255)
tATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCCCCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTg > 2:257001/1‑239 (MQ=255)
ttCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCCCACCGCAATTAGAAGTTCCCCCGCaatggacccgccgggttaaat > 1:244316/1‑219 (MQ=255)
ccAGGCGTGCACTCTTCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTg < 2:255795/238‑1 (MQ=255)
cccTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGTTGCAGTTGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGG‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTa < 1:368102/237‑1 (MQ=255)
cACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCCTTTGCAAACCCCGCACCGTCATTACCAGTTACCTCGCATTTGGCTGGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTTTCCttttttt > 2:285232/1‑238 (MQ=255)
cACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGATGTGGAACCAATTGCAAACCCCGCAACGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATTTGGCCCCTTTGTGTA‑AAATTTATTTTCGCttttta > 1:215360/1‑238 (MQ=255)
ttCGGTTATTAACCGTCCGCTTTTGCTGTAGTTGTGTTTGTTTCCCGTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCT‑AAGTGTGTGTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTCATTTGCGCTTTTTTATTggg < 1:258654/238‑1 (MQ=255)
tacGGATAATAAACGGCCGTATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑CACACAGCTAAATTGTGT‑ATCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTggg < 2:57572/237‑1 (MQ=255)
aTCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTTGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTggg > 2:355812/1‑239 (MQ=255)
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aaaCGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑ca < 1:103992/239‑1 (MQ=255)
aaCGGCCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTAGCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑cac < 2:662455/239‑1 (MQ=255)
aCGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTGGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑caca < 2:481497/239‑1 (MQ=255)
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aGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTTCGCTTTTTTATTTGGGGTACCCG‑CACAGGCTTTTAATTTGGGtt > 2:884893/1‑239 (MQ=255)
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ggAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CGCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑CACAGTCTTTGAATTTGAGTTTg < 2:93567/238‑1 (MQ=255)
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tACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTTGGGATACCCG‑CCCCGGTTTTGAATTTTGGTTTTAATGTTTTTa > 1:785722/1‑239 (MQ=255)
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tgt‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑CACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGa > 2:403716/1‑239 (MQ=255)
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tACACAGGTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑CACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGAttt < 2:666346/239‑1 (MQ=255)
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cacaGCTAAATTGGGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑CACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCa < 2:481577/239‑1 (MQ=255)
acaTCTAAATTGGGC‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGGT‑CCCCAGGCTTCAACGGCGACAGCACTTGCGTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTGTTTATTGGGGATACCCG‑CACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAg < 2:379129/239‑1 (MQ=255)
cTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑CACAGTCTTTGAATTTGGGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAat > 2:104841/1‑239 (MQ=255)
cTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GGT‑AATTTTATTTTCGCTTTTTTATTTGGGGAACCCG‑CCCAGTCTTTGATTTTGAGTTTGAAGTTTTTTTCTTTTTGCTTGGCAttttttttacaaaa > 1:889660/1‑227 (MQ=255)
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tAAATTGTGG‑TGCACTCCCTTGTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑CACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGaa < 2:893742/236‑1 (MQ=255)
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cACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑CACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCa < 2:362288/239‑1 (MQ=255)
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cccaccTGTTGCCGGAATTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACATCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑CACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATGTCAGAAATATATACATCACCa < 2:696384/234‑1 (MQ=255)
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|
GTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGT‑TACACAGCTAAATTGTGT‑TGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTG‑CTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTG‑GTT‑AATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCG‑CACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCAAAATCAACAACAGAA > NC_000913/151589‑152058
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
