Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F17 I0 R1
|
155 |
84.1 |
1797446 |
90.9% |
1633878 |
230.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
735,298 |
G→A |
13.0% |
pseudogene (1166/1521 nt) |
rhsO → |
pseudogene, Rhs family |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 735,298 | 0 | G | A | 13.0%
| 225.8
/ 5.3
| 93 | pseudogene (1166/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/47); new base A (10/3); total (42/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
TTACAACCGCCACCGCTA‑TTATGACCCGCTGCAGGGGAGGTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑ACACTGTATTGCAG‑GAAGTGGGTAAAACC‑AAATCTGACTTGTACG‑CCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGAT > NC_000913/735062‑735522
|
ttcaaaCCCCCCCCGCTATTTAGGACCCGTTGAGGGGGCGGTATATACCTCAGAAGCGGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTACCAGTATCCGCTAAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACCCTTAAATAATGCCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGa < 1:693694/235‑1 (MQ=37)
caacccccccccgtttttagGACCCGCTGCGGGGGGGGTATATCCCGCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTg < 1:389695/223‑1 (MQ=38)
gCCACCGCTA‑TTATGACCCGCTGCAGGGGAGGTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGCATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAACTATGGCCACTTAAATAATGGCGGAAATGGCGCGAGACCAACCCAAAAGCACAAACCCTCTCCAAGAAAATTACCGGACATCCAG‑AAACCAATAAAACAGCCaaaa > 1:382212/1‑236 (MQ=18)
cggccccgtttttttGACCCGGTGCAGGGGAGGTATATCCCTAGGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATTCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCata < 1:607148/225‑1 (MQ=38)
ccGCTA‑TTATGACCCGTTGCAGGGGAGGTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTa < 2:70230/239‑1 (MQ=255)
ttttgggcccggtggagggggAGGTAT‑TCATGCAGGCCCAGT‑TTGGGGTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATAAGTTACCGCTGAATCCGTTTAAGTATATAG‑ATTCAATGGGACGGGCATCAAAATATGGACACTTAAAGAATGGCGGATATGGGGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGAc < 1:445185/222‑1 (MQ=255)
tttttgccccGCGGGAGGGGAGGTTTTACGCTCAGGAGCGGA‑TTGGGTGTAGGGGGGGGATGAATTTTTACGAGAAGCCTGTGAATCCGGTTGAGTATAAAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAAAATGGACACGTAAATAATGGCGGATATGGACCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCTATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGAc < 1:440236/232‑1 (MQ=255)
tttatcgcccggttggggggggGTTTTTCACCAAGGTTCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTAACAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGAc < 1:237444/223‑1 (MQ=255)
tttatGACCCGCTGCAGGGGAGGTATTTCACTCAGGATCCGA‑TGGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATAAGTAGCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGAc < 2:359605/238‑1 (MQ=255)
ttaaGACCCGCTGCAGGGGAGGTATATCCCTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGcc < 2:273143/225‑1 (MQ=255)
ggcccGCTGGAGGGGAGGTTTTTCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTAACAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGc < 1:203347/237‑1 (MQ=255)
aCCCGCTGCAGGGGAGGTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACACACCCCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑CAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGcc > 2:422917/1‑239 (MQ=255)
cccGCTGCAGGGGAGGTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAAACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCa > 2:44479/1‑239 (MQ=255)
cTGCAGGGGAGGTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGGACGAGACCCAAAAAACCGCCTACTCCCGATCCACGTAAAATGCCGGACATAGAG‑CAACAAATTAAACATCCCAATCCCATTGAACAGGCCaggag > 1:672002/1‑239 (MQ=37)
cTGCAGGGGAGGTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGGGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCAGGACAAAGCG‑AACCAATTAAGACTGCCATACCCATTTTACCAGGCCagaaa > 2:551448/1‑236 (MQ=38)
cTGCAGGGGAGGTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGGAAATTGCCGGGCAAAGCG‑AAACAATTAAAACTGCCAAACCCCATTGACCAGGCCatgag > 2:147265/1‑235 (MQ=38)
cTGCAGGGGAGGTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGAATTGGACGGGGACCCAACAAACCGCCCACGCCCCATCCAAAGAAATTTCCGGAGCAAACG‑AAACAAATAAAACTGCCAAAACCTAtttctgtaccctataa > 1:273143/1‑225 (MQ=25)
tGCAGGGGAGGTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCata < 2:536384/217‑1 (MQ=255)
agCAGGGGAGTTTTATCCCCCGGGATCCGACTTGGGC‑GAAGGGGGGATGAAATTTTTAGCAGGTCCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCagtag < 2:354772/237‑1 (MQ=255)
gTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAACTAATGGCGGCAATGGAGCGGGACCCAACAAACCGCCTACGCCCCATCCAAGTACATTTCCCGACAATGCG‑AAACCATTAAACCCGCCCTAACCCATTCAccctctcccttataaaactctg > 1:536384/1‑218 (MQ=25)
gTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGAAGGGGGCCTAATg > 2:241303/1‑239 (MQ=255)
gTATATCACTCAGGACCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAAt < 2:368932/238‑1 (MQ=255)
atatCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGTCGGATATGGGAGGGGACCCCACAAAACCCCTCCAGCCCAACCAAAAAAATTGACGGACAAAACG‑GAAAAATTAAGACTGCAACATCCTATTAACCCGGCCAGTAATggcacaaaatgt > 1:744773/1‑228 (MQ=21)
cccTCAGGATCCGG‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTATATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCa < 2:335718/237‑1 (MQ=255)
aGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGGGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATTACG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCaaaaaa > 2:88823/1‑237 (MQ=255)
aGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGACGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATAACCTATTGACCAAGCCAGTAGTGGGCCTAATG‑GTTTCaaaaaa > 2:862323/1‑237 (MQ=255)
ccGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAACG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCAATTTACCAGGCCAGAAGTGGGCCTAATA‑TTTTTAAAACAttttt > 2:851929/1‑239 (MQ=255)
gA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCa < 2:465996/239‑1 (MQ=255)
gtttGGGCTGAAGGGGGTTTGGAATTTTTACCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATAGGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGCCCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCa < 1:88823/237‑1 (MQ=255)
a‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAAACGCCCACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATCGCG‑AAACCAATAAGACTGCCATAACCTATTAAACAGGCCAGTAGTGGCGCTAAAG‑TTTTCAAAAAAATCTTCag > 1:278723/1‑239 (MQ=255)
ttGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTACCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCag < 2:84897/238‑1 (MQ=255)
ggCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTTACCAGGCCCGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTTAAAACATTCTTCAGAGCa > 2:529921/1‑239 (MQ=255)
cTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGGGCGCCTAATG‑TTTTCa > 2:702610/1‑220 (MQ=255)
cTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTAAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCa < 1:702610/220‑1 (MQ=255)
gAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTAAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTaa < 1:44479/239‑1 (MQ=255)
gggATGGAATTTTTAACAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCt < 2:316496/238‑1 (MQ=255)
ggaaTGGAATTTTTAACAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCt < 2:672256/235‑1 (MQ=255)
aaTTTTTATCAGGTACCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAGTAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACt < 2:327071/238‑1 (MQ=255)
ttttttcccttATCCCCTTAATCCGGTTCAGTTAATAG‑ATTCAAGGGGACTGGCCACAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTa‑c‑a < 1:365932/229‑1 (MQ=255)
tttttATCAGTTCCCGCTGAATCCGGTTAAGTATTTAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACCCTTAAATAAGGGCGGATAAGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTa‑c‑a < 1:98801/239‑1 (MQ=255)
tttttccttttCCGTTGAATCCGGTTCAGT‑TATAGAATTAAATGGGACTGGCACCAAAATATGGCCCCTTAAATAAGGGCGGATTTGGGGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATACCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTa‑c‑aca < 1:147265/229‑1 (MQ=255)
ttATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAAAAAACCGCCTACGCCCGAACCAAGTAAAATTCCGGACCTAGCG‑AAACAATTAAGACCGCCATATCCTATTGGCCAGGCCACTAGGGCGCCGAATGATTTTAAAAAAACTTTCTAGAGAATTAA‑CCCCTATCACTa‑c‑aca > 1:837014/1‑238 (MQ=255)
aTCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAAAG‑TTTTCAAAAAATTTTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTaaccccct > 2:240784/1‑232 (MQ=255)
tATTCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGAACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATTCAAGTAAATTGGCGGGCATAGCG‑AAACAAATAAAAATGCCATATCCTATTGAACAGGGCAGTAGTGCGCCCAAAG‑ATTTGAAAACACTCTTCTGAGCATAAAAACCTTAAGACTaaaacctgtcatg > 1:543299/1‑227 (MQ=255)
aTCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATAGGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑ACACTGTATTGc < 1:670908/239‑1 (MQ=255)
cTGAACCCGGTTCAATATATAG‑ATTCAATGGGACGGGCACCAAAATAGGGACCATTAAATAAAGGCGGAAAAGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑ACACTGTATTGCAG‑Gaa < 1:422917/239‑1 (MQ=255)
tGAATCCGGTTCAGTAATTAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACCCTTAAATAATGGCTGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑ACACTGTATTGCAG‑GAAg < 2:439878/239‑1 (MQ=255)
ccGGTTTAGTTTATAG‑TTTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACATTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑ACACTGTATTGCAG‑GAAGTGGGt < 1:394247/239‑1 (MQ=255)
ccGGTTCAGTTTTTAG‑ATTCAATGGGACTGGCATAAAAATAGGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGGGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑ACACTGTATTGCAG‑GAAGTGGGt < 1:240784/239‑1 (MQ=255)
tataaaG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATAGGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTa‑c‑a < 2:828392/208‑1 (MQ=255)
aTTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑ACACTGTATTGACG‑GAAGATGGGAAAACC‑AAAACTGACt > 2:26862/1‑239 (MQ=255)
cAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACCCTTAAATAATGTCGGATATGGAGCGAGACCCAACCAACCACCTAAGCCCACTCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAAACTGCCCTATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAAAATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACATCTATC‑AACCTAT‑TTGCCG‑GAAGTGGGTAAAACC‑caacccgcctttt > 2:384996/1‑229 (MQ=255)
cAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCTAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATACCG‑AAAACATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAAAGCATTAAGCCCTTAAGCCTA‑A‑CAACTGTATTGCAG‑GAAGAGGGGGAAAAC‑aaaacataatttt > 1:649313/1‑229 (MQ=255)
cAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTTCCGGACATAACG‑AAAAAATTAAGACTGCCAAATCCTATTGACCAAGCCACGAGAGCGGCTAAAG‑GTTTCAAAACAATCTTTAGAGGCTTAAGCCCTTAAGACTA‑CAAAACTTAATTCCA‑‑GAAATGGGTaaaaaaaaacttagattta > 1:208167/1‑224 (MQ=255)
cAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGAAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCCTATCCTATTGACCAGGCCCATAATGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCCAAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑AACCTGTATTGCAG‑GAAATGGGTAAAACC‑AAAACttcctttt > 2:346920/1‑232 (MQ=255)
tGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑ACACTGTATTTCAG‑GAAGAGGGGAAAACC‑AAATCTGACTTTTaa > 2:203571/1‑237 (MQ=255)
gACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACCATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑ACACTGGATTGCAG‑GAATTGGGTAAAACC‑AAATTTGACTTTTACG‑Cca > 2:809061/1‑239 (MQ=255)
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aGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑ACACTGTATTGCAG‑GAAGTGGGTAAAACC‑AAATCTGACTTGTACG‑CCACAGGATGATTCCCAGGATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCCGCCACAGACAAATTGGCCAAAAAATAAATTACCACAAGGaa > 1:429743/1‑238 (MQ=255)
|
TTACAACCGCCACCGCTA‑TTATGACCCGCTGCAGGGGAGGTATATCACTCAGGATCCGA‑TTGGGCTGAAGGGGGGATGGAATTTTTATCAGTATCCGCTGAATCCGGTTCAGTATATAG‑ATTCAATGGGACTGGCATCAAAATATGGACACTTAAATAATGGCGGATATGGAGCGAGACCCAACAAACCGCCTACGCCCGATCCAAGTAAATTGCCGGACATAGCG‑AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATG‑TTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTA‑C‑ACACTGTATTGCAG‑GAAGTGGGTAAAACC‑AAATCTGACTTGTACG‑CCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGAT > NC_000913/735062‑735522
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
