Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F17 I0 R1
|
155 |
84.1 |
1797446 |
90.9% |
1633878 |
230.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,851,692 |
T→G |
14.1% |
V278G (GTG→GGG) |
ansA → |
cytoplasmic L‑asparaginase 1 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,851,692 | 0 | T | G | 14.1%
| 248.4
/ 2.1
| 99 | V278G (GTG→GGG) | ansA | cytoplasmic L‑asparaginase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/44); new base G (12/5); total (50/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.08e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACG‑CCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTT > NC_000913/1851456‑1851930
|
aGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGCATTGTGTGGGTAAACCTGAACC‑AATGTATGTCCGGAAAAGGGa > 2:674227/1‑239 (MQ=255)
aTTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAAGTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATg < 2:708055/238‑1 (MQ=255)
aTTAATCGTTCATACAATCCCCCCACAACGAATGCGCGTAGTTACGATTTATCCAGGGAGTTCTGCTAACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGTTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATgg < 2:628590/239‑1 (MQ=255)
ttAATCGTTCATCCAATCCCCCCACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATggg < 2:259877/239‑1 (MQ=255)
ttAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATggg > 2:508138/1‑239 (MQ=255)
ttAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATggg > 2:549350/1‑239 (MQ=255)
ttAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGGGGTCAACCTGACAC‑AATGAATGCCCGGTAAAGTGAACATggg > 1:538183/1‑239 (MQ=255)
ttAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCCCGGTATTTTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGAAAGCCCGGAAAAAGGAACAgggg > 1:462912/1‑239 (MQ=255)
ttAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCCCGGAATTGTGGTGGTAACCCTGAACC‑AATGAATTCCCGGTAAAGGAAAAATggg > 1:229713/1‑239 (MQ=255)
ttAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCCATCGCGGTATTGTGGTGGGCAACCTGACAA‑AATGGATGTCCGGGAAAGGGaaacgggg > 1:586117/1‑233 (MQ=255)
ttAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATACAGGGCTTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAACCAAAGCCTTCCGGCAGGAATTACAAACAGCAAGCGATCGCGGCACTGTGGTGGTCACCCTGAACC‑AATTAAAGTCCGGGAAATGGAAAATggg > 1:297804/1‑239 (MQ=255)
ccccccACAATCAATTGGCGTAGTGGCGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTa < 2:223325/237‑1 (MQ=255)
cccccACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTaa < 2:18598/238‑1 (MQ=255)
cccACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAAAATGGGTGGTTATGCCACCGGTAAc > 2:744780/1‑238 (MQ=255)
cacaACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGcc < 2:710118/239‑1 (MQ=255)
aTTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTTGGTAATGCGCCACCAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTTCAGGAAGCCAACGACCTCGGCATTGGGCGGGGCCACCTTACAC‑AATTCAAGTCCGGAAAAGTGAAAATGGGGGGATAGGCCACCGGTAAGACCCTCGcccc > 1:754012/1‑238 (MQ=255)
aTTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGGATTTGGGTGGTCAACCTGACCC‑AATGTATGTCCGGTAAAGGGAACATGGGTGGTTAGTCCACCGGGAAGACCCTCccccc > 1:861939/1‑238 (MQ=255)
aTTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCAAACCGGTGAAAGCCTTGATTCTGCGCTCCTATGGCGCGGGTACTGCGCCACACAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCACCGATCGAGCAATTGTGGTGGTCAACCTGAGAC‑AATGTTTGTCCGGTAAAGAGAACCTGGGTGGTTATGCACACGGTACAGCCCTCGCCCa > 1:216408/1‑239 (MQ=255)
ggCGTAGTGACGGTTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGc < 2:127315/239‑1 (MQ=255)
ggCGTAGTGACGATTTATCCAGGTATTTCGGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGc < 2:2852/239‑1 (MQ=255)
aGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGCGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGGGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCg > 2:518105/1‑239 (MQ=255)
aTTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACCC‑AATGTATGTCCGGTAAAGGGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGGAATTg > 2:659542/1‑238 (MQ=255)
tttATCCAGGTGTTTCTTTTTCCGTCGGTCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCCCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTgg < 1:150429/238‑1 (MQ=255)
tttaccAGGGTTTTTTGCTGGCGGCGTGCGAAATTTTCGGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCGGCGCTCCTAGGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCg < 1:508138/235‑1 (MQ=255)
taccATGGATTTCCGGTGACGGCGTGCGCAATTTGCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGt < 1:667242/237‑1 (MQ=255)
tCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATTCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGGAATTGTCGGt > 2:151516/1‑238 (MQ=255)
gggATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGGTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGACGGTGCAGa > 2:258447/1‑239 (MQ=255)
ggATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGGGAACATGGGGGGGTATGCCACCGGTAACCCCCCCGCCCATGCCGGGGTAATgggggggggggaa > 1:780240/1‑232 (MQ=255)
ttCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑a < 2:586117/239‑1 (MQ=255)
tCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATAGG‑Ac > 1:645418/1‑239 (MQ=255)
tCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGGGAACATGGGGGGTTATGCCACCGGTAACCCCCCCGCCAATGCCGGCGTAATTGGCGGGGCAGactgc > 1:91363/1‑233 (MQ=255)
gACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAg < 2:538183/238‑1 (MQ=255)
cgtcgtGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGGGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGGGGGGCAGATATA‑ACGGTTGaa > 1:792100/1‑238 (MQ=255)
gggcgcAATTTTCTGCCCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCGGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCAc < 2:219108/237‑1 (MQ=255)
cgcAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGGGCAGAAATA‑ACTGTGGAAGCCACCCt > 2:558213/1‑239 (MQ=255)
tttgCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTTATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCAAAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCa < 2:458819/239‑1 (MQ=255)
ttttTGCGCCAACCGGTGAAACCCTGTAGTCTGCGCCCCTAGGGGGTGGGTAATGGCCCAAAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGGGGTATTGGGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCaa < 1:773657/239‑1 (MQ=255)
tttCTGCGCCAACCGGTAAAAACATTTCTTTCGCGCGCCAATGGCGGGGGTAATGCGCCAAAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGGGATCGCGGTTTGGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCaa < 1:218961/239‑1 (MQ=255)
aCCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGCCAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAAAATGGGGGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGGGTAATTGGCGGTGGCGGTATG‑ACTGTAGAAGCCAccacaaacaaacggccataac > 1:548847/1‑219 (MQ=255)
taaaaGCATGGATTCTGCGTCTCTAGGGCTGTGGTAATGCGTCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGAGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCt < 2:790244/236‑1 (MQ=255)
tGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGGGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCCCGCTAACCAAACTGCCTTACCTGCtt > 2:499413/1‑239 (MQ=255)
aggaTTGATGCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAAGGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGATAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGcc < 2:771461/236‑1 (MQ=255)
aGCATTGATTCTGCGCCCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATGTCAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGcc < 2:417307/239‑1 (MQ=255)
aGCATTGATTCTGCCTTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGcc < 2:548847/239‑1 (MQ=255)
cATTGATTCTGCGCTCCTAGGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAg < 2:732896/239‑1 (MQ=255)
gATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTACTTGGCGGTGCAGATATG‑ACGGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCCGGaaa > 2:354724/1‑238 (MQ=255)
gATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTATAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCCGCTTAGCCAGGa > 2:284752/1‑237 (MQ=255)
tttttGCCCTCCTAGTGCTGGGGTAATGCTCCACAAAAAAAAGCCTGCCTTCATGAATTAAAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGGGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGGCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACt < 1:499413/235‑1 (MQ=255)
cgcTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGa < 2:527322/230‑1 (MQ=255)
cgcTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGGGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCCTTACCTGCTTAGCCCGGAACTGGAt > 2:872139/1‑237 (MQ=255)
gCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGCAATTGGCGGGGCAGAAATG‑ACGGTAGAACCCACCCTAACCCACCTCCCATCACTGCTTAGCCCGGAACTGGaaaatcgcgttctt > 1:527322/1‑226 (MQ=255)
tGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGGAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAAAAACCACGCTAACCAAACTGCATTACCTACTTATCCCGGAACAGGGAACCGAAACCaaacgc > 1:293946/1‑234 (MQ=255)
tGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGGGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCCTGCCGGCGTAATTGGCGCAGCAG‑CATGTACTGGTGATGCAACCCTTACCAAACCCCCTAAACTGATTAGCAAGGAAATGGACACTGAAACCaccccc > 1:254116/1‑234 (MQ=255)
gggtacggggcCAAAAAAAAAACCCTTCCTGGAGGAATGGAAAGAAGCCAGGGAACGGGGTATGGTGGTGGTCAACCTGGCAA‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCCCGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGc < 1:442046/229‑1 (MQ=255)
ggTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCGTGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATA‑ACTGTAGAAGCCCCGCTCACCAAACTGCCTTCACTTCTTAGCCCGGGACGGGATACTGAAACCAATCCCaa > 1:289118/1‑239 (MQ=255)
ggTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGGGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGAACCTTAAACCATTCGCaa > 2:205788/1‑239 (MQ=255)
ggTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGGGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGTCGGTGCAGATATG‑GCTGTAGAAGCCCCGCTAACCCAACTGAATTACCTGCTTAGCCAAGAACGGGAGACTGaaaaacatccaaa > 1:379927/1‑229 (MQ=255)
tcccccaaaaacaaaGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGGGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCAt < 1:343985/232‑1 (MQ=255)
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ccTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACG‑CCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTctcg > 2:564034/1‑234 (MQ=255)
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tgtCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACG‑CCGGATGATTACGGAGACTGTAAGGCCCCCTCGCGcctgtctcttataaccat > 2:808123/1‑222 (MQ=255)
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|
AGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTAGTGACGATTTATCCAGGGATTTCTGCTGACGTCGTGCGCAATTTTCTGCGCCAACCGGTGAAAGCATTGATTCTGCGCTCCTATGGCGTGGGTAATGCGCCACAAAACAAAGCCTTCCTGCAGGAATTACAAGAAGCCAGCGATCGCGGTATTGTGGTGGTCAACCTGACAC‑AATGTATGTCCGGTAAAGTGAACATGGGTGGTTATGCCACCGGTAACGCCCTCGCCCATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATG‑ACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACG‑CCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTT > NC_000913/1851456‑1851930
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
