Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F17 I0 R1
|
155 |
84.1 |
1797446 |
90.9% |
1633878 |
230.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,280,130 |
A→G |
12.1% |
E51G (GAG→GGG) |
yjcE → |
putative cation/proton antiporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,280,130 | 0 | A | G | 12.1%
| 193.6
/ 3.1
| 82 | E51G (GAG→GGG) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/25); new base G (8/3); total (54/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTTTGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCT > NC_000913/4279898‑4280362
|
ttttGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGG‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTg < 2:645467/238‑1 (MQ=255)
tttGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGGGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGTTGCGCTACTGGCGTGGCCGCGGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGa > 2:188621/1‑238 (MQ=255)
tttggATATTTTGAAAAAAATTAGAATTCAGGCATAACGTTTTTCTCAGATCAAAAAAAAAATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCCCCATACTGATAATGCCCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATc < 1:454589/235‑1 (MQ=255)
ttGCGATATTTGGAAAAAAATGAGAATTCCGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATc < 2:264406/239‑1 (MQ=255)
ttGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GGGTTTGAt > 2:227872/1‑238 (MQ=255)
tGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGTTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGAATGGG‑GAGTTTGAt > 2:520146/1‑237 (MQ=255)
tGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GGGTTTGAt > 2:248045/1‑237 (MQ=255)
tGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGAt > 2:398636/1‑237 (MQ=255)
tatTCTGAAAAAAATTGGAATTCAGGCATAACGGCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCGTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑Ac < 2:570512/239‑1 (MQ=255)
tatTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGa‑a < 2:196928/238‑1 (MQ=255)
tGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCttt < 2:673261/239‑1 (MQ=255)
aaaaaaaTGAGACTTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGCTAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCACGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGTTACTGGCGTGGCCGACGTATGGTTT‑CATGTGTGAGGTTGATCCTGAGACTCtttt > 1:65607/1‑239 (MQ=255)
aaTGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GGGTTTGATCCTGA‑ACTCCTTTTAGTCt > 2:661320/1‑239 (MQ=255)
cacggccttacttttttCTCATTCCATAAAAAACTTCCAAAACGGGGCACGCCTGGACTTCTTCCTCCCCAACCTGATAACGCCCCTCGGGGTCT‑CGTGGC‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGTTTATGAAAATCGCCATGGGTGCGCTACTGGCGTGTCCGACGTTTGGTTGGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTTTTTATcc < 1:364451/225‑1 (MQ=255)
tAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGtt > 2:448976/1‑239 (MQ=255)
tAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGCCCGACGTTTGGTTTGCCTGTG‑GAGTTTGGTCCTGA‑ACCCTTTTTAGTCTTGTTTATCccgcctt > 2:388991/1‑236 (MQ=255)
cGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCt > 2:267374/1‑239 (MQ=255)
tctcAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATc < 2:370945/196‑1 (MQ=255)
aTCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGCCGTTTGGTTTGCATGTG‑GGGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGGCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCttgtgg > 2:826828/1‑234 (MQ=255)
ctcccaacgcgggACCGCAAGGAAACTTTCTTAACCATTTTGATAATGGCCCTGGGGGGTC‑CGGTGT‑CTGGGGGGGTCACG‑CGTGGCATCCCCGGTCAGACCCCGCTGCCGTTTATGCAACTCGCAATCGGTGCGCTACGGGCGTGGCGGACGGTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGcc < 1:730064/229‑1 (MQ=255)
cGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑Ac > 1:109637/1‑182 (MQ=255)
cGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑Ac < 2:109637/182‑1 (MQ=255)
cGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGATGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCCTGTG‑GAGTTTTATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCCCTGATGGCTGGGAAACCCCg > 1:328102/1‑238 (MQ=255)
gAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAAtt > 2:203332/1‑239 (MQ=255)
ccGCATGGAACTCTGCTTCACCATACTGATAGTGCCCCTCGTGGTCT‑CGCTGC‑CCGGGGTGGTCACC‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAAt < 2:43531/235‑1 (MQ=255)
cATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAAAGCCGACCCGTGAATTTCTCg > 2:713438/1‑239 (MQ=255)
tGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GGGTTTGATCCTGG‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGGTGGCTGGAAAACGCCGAACCGGGAAttttcggaa > 2:231852/1‑233 (MQ=255)
aTCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTTTCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGTTGGGTGGAAAACGCCGCCCCCGGAATTtctccacaa > 1:43531/1‑231 (MQ=255)
ttttttccccttatttattaTGCCCCTCG‑GGTCTCCGTTGT‑CGGGGGGGGTCCCT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGTTCCCGCTGCCGTTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTc < 1:398636/220‑1 (MQ=255)
cACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTATCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCgaga > 2:745873/1‑237 (MQ=255)
cATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGCGCGAttt > 2:333723/1‑239 (MQ=255)
aTAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCTGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATTTG‑GCGTTTGTTCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAAGCCCGACCCGTGAATTTTCCGAACATGGGCGGGGGTttttgtg > 1:837886/1‑233 (MQ=255)
aTAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGcc > 2:652648/1‑238 (MQ=255)
aTAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGcc > 2:649776/1‑238 (MQ=255)
aTAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGCCTTGTTTTTCCCGCCGTTGCTGTTCGCCGATGGCGTGAAAACGCCGACCCGGGAAATTTTCAAACATGGTCGAGAGATTTTCGGccc > 1:107869/1‑238 (MQ=255)
aaTGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGGTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTTTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGAACCGTGAATTTTTCGAACATGGTAGGTGGATTTTCGGCCTc > 2:523374/1‑238 (MQ=255)
gACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGGGGGATTTTTGCCCTCtcgc > 2:568097/1‑239 (MQ=255)
gACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGGTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTAACTTTTTGCAACATGGTCGCGGGATTTTTGGCCTccc > 2:568111/1‑235 (MQ=255)
tCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTCCTGGCGTGGCCGCCGTTTGGTTTGCATGTG‑GGGTTTGGTCCTGA‑ACGCTGTTTAGTACTTTTTTTCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGTTAGCCGGAAAACACCGGCGCGTAAAGTTTCCGGAAATGGGGGGGAGAATTTCGGCCTcgcggggggg > 1:751653/1‑233 (MQ=255)
tCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GCGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTTTCGAAAATGGGCGAGAGCTTTTCGGCCACtcgctgtc > 2:344315/1‑236 (MQ=255)
tCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGGAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGGAGGATTTTCGGCCTccgcctggc > 2:892510/1‑230 (MQ=255)
tCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCgcgctggc > 2:250421/1‑238 (MQ=255)
cGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGG‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCCGGAAAACGCCGGCCCGGGAATTTCTTGAAACTGGTGGCGGGATTTTCGGcccccgcctggggc > 1:585258/1‑227 (MQ=255)
cGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGACCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GGGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTTTTTATCCCGCCCTTGCTTTTCGCGGCTGGCCGTAAAACGCCGACCCGTTAATTTCTCGAACATGGTCGCGGGGTTTTTGGCCCCcgcctggcgc > 1:2982/1‑239 (MQ=255)
cgtttct‑cGCTTTCCCGGGGTGGTCCCG‑CGTTTCCGGCCTTTTCAGATCCCGCTTCCGTTTATGCAAATCCCCATCGGTGCTCTCGTGGCGTGGCCGACTTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCgcgctggcgc < 1:713438/235‑1 (MQ=255)
ctgtgttcccttgcccGGGGTGGTCCCT‑GTTTTCTTGCCCTTTCAGATCCCTCTTCCGTTTATGCAAATCGCCTCCGGTCCGTTATGGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTTTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCgcgctggcgc < 1:267374/225‑1 (MQ=255)
t‑cGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGGGATTTTCGGCCTCGCCCTGGGGTtgggggg > 2:582988/1‑238 (MQ=255)
tcgcctgccgggggggGTCTCT‑GGTTTCAATCCTTTCCAGATCCCTCTTCCGCTTAGGCAAATCGCCATGGGTGCGCTATGGGCGTGCCCGACGTTGGTTTGGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTCAGTCTGGTTCATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCtggtg < 1:826828/228‑1 (MQ=255)
gtt‑CCGGGGTTGTTTCTCCGTGTCATGCCTTTTGAGTCCCCGTTTCCGTTTAGGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGGGGCCGACTTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTTTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTggtggtggt < 1:248045/237‑1 (MQ=255)
cGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGGGCTGTGGGGGGGCACCg > 2:454354/1‑239 (MQ=255)
ggtggtCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTTTCGAACATGGGCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGGGGTCACCGTgg > 2:581353/1‑239 (MQ=255)
gtggtCACC‑CGTGTCATGCCCTTTCAAATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTTCTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTgg < 2:140766/238‑1 (MQ=255)
tCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATTTG‑GAGTTTGATCCTGC‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCTCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGTCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGCTCGGGAGATTTTGGGCCCCGCGCTCGGGCggggggtgtgcacgggggcaggc > 1:764042/1‑224 (MQ=255)
tCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTTTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGGGGGGGTTACCGTGGTCg > 2:863371/1‑237 (MQ=255)
cACT‑CGTGTTCTGCCCTTTCAGTTCCCGTTTCCTGTTTTGCAAATCGCCAGCGGTGCGCTACGGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCa < 2:525770/239‑1 (MQ=255)
cACC‑CGTGTCATGCCCTTACAGACCCCCGTTCCGCTTAGGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGTCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCa < 2:220103/239‑1 (MQ=255)
aCT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGGGGTAACCGTGGTCGGCAt > 2:797691/1‑239 (MQ=255)
tttctgccccttctagtcccccCTTCCCTTTATGCAAAGCGCCAGCGGTGGCCCTCTGGCGTGGCTGCCGTTTGGTTTGCTTGGG‑GAGTTTGACCCTGA‑ACTTTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCt < 1:227872/221‑1 (MQ=255)
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tcattcccttccagtctcctgttccgtttATTAAAAGCCCCATCGGTGCTGTACTGGCGGGGCCGATTTTTGTTTTGAATGGG‑GAGTTGGTTCCTGA‑CCTTTTTTAAGTTTTGTTTACCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTc < 1:520146/218‑1 (MQ=255)
tccccTTTCAGGCCCTGTTTCCGGTTATGCAAATCGCCATGGGTGCGCTACGGGGGGGGCCGATTTTTGGTTTGCTTGTG‑GGTTTTGATCCTGA‑ACTTTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCtt < 1:203332/237‑1 (MQ=255)
cctttgctgttcccgttcccgtTTTTGCAATTGGCCTGCGGGGCGCTGTTGGCGTGCCGTACTTTTGTTTGTCTGGGG‑GAGTTTGTTCCTGA‑ACCTTTTTTAGTCTTGTTTCTCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTAt < 1:388991/229‑1 (MQ=255)
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ttccgaaccccGCTTCCGTTTATGCAAATCGCAATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCGGCCGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTa < 2:76797/231‑1 (MQ=255)
aTCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGCCCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGCGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGCTGGCATTGGCTTCCTTTTTTTCTgggg > 2:533/1‑238 (MQ=255)
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cttccgcttATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGGGGTGcc > 2:113685/1‑239 (MQ=255)
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gCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCCACCCGTGAATTTTTCGAACCTGGTCCGGGAATTTTCGCCCTCCCCCCGTGGCAGGGGTGGGGCACCTGGGCCGGCATTGCCTTCCCTCTTTACTGGGTGGGGCCGGGCCTTTCGCCGTTCCCTGCCttgggtcgtgcgcg > 1:240779/1‑227 (MQ=255)
gccggctgttggttggGATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTg < 2:675928/230‑1 (MQ=255)
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aTGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGGGATTTTTGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGGGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTGTTTCCTGGGTGGTGCCGGGCTTTCCGCGGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGGGCCTTCTcctcgcgctatt > 1:31851/1‑229 (MQ=255)
gAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTggtggtggt > 2:62102/1‑134 (MQ=255)
|
TTTTGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCT‑CGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCT > NC_000913/4279898‑4280362
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
