Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I0 R1
|
106 |
58.2 |
1336546 |
90.2% |
1205564 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,063,804:1 |
+T |
72.3% |
coding (685/1218 nt) |
brpA ← |
LytR family transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,063,804 | 1 | . | T | 72.3%
| 106.4
/ 45.9
| 47 | coding (685/1218 nt) | brpA | LytR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (9/4); new base T (19/15); total (28/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.51e-01 |
ATTTCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTAT > CP000730/1063665‑1063938
|
aTTTCAACATCATTTGTTAAGTACGTTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑t > 1:486446/1‑141 (MQ=255)
catcatTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑Ttaaaatt > 1:96309/1‑138 (MQ=255)
tttGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCttaat < 1:599274/141‑1 (MQ=255)
gTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTATTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACATCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCttaattaa > 2:371175/1‑141 (MQ=255)
tGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGtt > 2:463594/1‑141 (MQ=255)
tGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAACATCTTAATTAATTCCCTTTAACGttt > 1:240103/1‑140 (MQ=255)
aaaGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAAGAGAATCAACTTCC‑CGGGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTcc < 1:140847/141‑1 (MQ=255)
aaaGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCAGTTGTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTcc < 1:621101/141‑1 (MQ=255)
aaGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTcga > 2:231635/1‑139 (MQ=255)
aGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCAc < 2:233026/141‑1 (MQ=255)
cTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGt < 2:141770/141‑1 (MQ=255)
ttAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGCTTTTTTTTTT‑TTTTTTCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTTCACGttt > 2:600471/1‑141 (MQ=255)
ttAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGttt > 2:364813/1‑141 (MQ=255)
ttAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGatt > 2:512932/1‑141 (MQ=255)
tAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGtttt > 2:252133/1‑141 (MQ=255)
tttCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTCATTAATTACATTTGACGTTGTCCACGTTTTCAg > 2:649001/1‑141 (MQ=255)
tttCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTAAAg > 2:442087/1‑141 (MQ=255)
gttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATc > 1:574452/1‑141 (MQ=255)
ttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATc > 2:382579/1‑141 (MQ=255)
gttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCatga > 2:362106/1‑141 (MQ=255)
taAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCatgat < 2:659788/141‑1 (MQ=255)
aaaTTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCatgatg > 1:655419/1‑141 (MQ=255)
aaaTTATGCTTTCCATTGTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATATAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTAGAATTAAAATATTAATTAATTCCACTTTACGTTGTCAACGTTTAACGTCTGCATctagctg > 2:55877/1‑135 (MQ=255)
tttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTACGTCTGAATCATGATGTGTAGTTCTAGCaaa > 2:481214/1‑140 (MQ=255)
tttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACt > 1:364292/1‑141 (MQ=255)
ttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACt > 1:143792/1‑141 (MQ=255)
ttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTg > 2:667076/1‑141 (MQ=255)
tttACCTACAATTTGAATCACGTTATAAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTg > 2:113655/1‑141 (MQ=255)
aTTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtc < 1:115023/141‑1 (MQ=255)
aTTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtc < 1:173533/141‑1 (MQ=255)
tctGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTTC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtca < 1:411691/139‑1 (MQ=255)
aTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTACAATCTTAATTAATTCCATTTGACATTGTCCACGTTTTATGTCCGAATCATGATGTCTCGTTGTGGCAACTGCTCACCACTCATCAcc > 1:169297/1‑141 (MQ=255)
aTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCAcc < 2:284348/141‑1 (MQ=255)
aTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCAcc > 2:56023/1‑141 (MQ=255)
aTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCa < 2:361726/141‑1 (MQ=255)
aGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTgg < 1:83579/141‑1 (MQ=255)
ttATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTa < 2:293885/141‑1 (MQ=255)
ttATCAATAGAAGCAACTTCCTTGTCT‑TTTGTGAAT‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTCTTAAGCCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTa < 2:201609/141‑1 (MQ=255)
tAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTAAATTGGGATGGGTACAACCGTGGTGGTTAAATCATGATGTCTGGTTCTGGCAACGGCTAAAGCCTCATCGCCATGTAATTTTTGGTACCCtttt > 1:657260/1‑141 (MQ=255)
tAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCttttt > 2:595111/1‑141 (MQ=255)
aGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCtttttt < 2:259525/141‑1 (MQ=255)
cAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaatt < 1:252133/141‑1 (MQ=255)
aaCTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaattt < 1:308086/141‑1 (MQ=255)
aCTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaatttta > 2:91031/1‑141 (MQ=255)
tCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaattttact > 2:289717/1‑139 (MQ=255)
cc‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATc > 1:640477/1‑141 (MQ=255)
ttGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTat < 2:650263/141‑1 (MQ=255)
ttGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTat < 2:462950/141‑1 (MQ=255)
|
ATTTCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTAT > CP000730/1063665‑1063938
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
