Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I1 R1
|
32 |
52.7 |
1196080 |
90.6% |
1083648 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,063,805 |
+T |
coding (684/1218 nt) |
brpA ← |
LytR family transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,063,804 | 1 | . | T | 98.6%
| 223.4
/ ‑2.9
| 69 | coding (685/1218 nt) | brpA | LytR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (38/30); total (38/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 |
AATTTCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑A‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTAT > CP000730/1063664‑1063938
|
aaTTTCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGa‑a < 1:996582/141‑1 (MQ=255)
aTTTCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑A‑t < 1:960614/141‑1 (MQ=255)
tttGGTAACTACGTTTGTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATGTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCttaat < 1:395093/141‑1 (MQ=255)
tGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCttaatta > 1:472832/1‑141 (MQ=255)
tGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCttaatta > 1:953395/1‑141 (MQ=255)
tttAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCCACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCttaattaa < 1:827094/140‑1 (MQ=255)
gTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATATAATCAACGTCCAGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCttaattaa > 1:219528/1‑141 (MQ=255)
tACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCAt > 1:959561/1‑141 (MQ=255)
cATTCTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCCGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCAttt < 1:1041899/141‑1 (MQ=255)
tGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTTACGtt > 1:504101/1‑141 (MQ=255)
tGCTAAAGCTTTAACTTCAGAGTTAATTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGtt > 1:657593/1‑141 (MQ=255)
gCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTg > 1:273418/1‑141 (MQ=255)
cTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGt < 1:1186489/141‑1 (MQ=255)
tttAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGtt > 1:764295/1‑141 (MQ=255)
tAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTCACTACAATTTGTATCACGTTATCAAGTTTAAAAATTTGATCAACTAACAATTGTGTTTTGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGtttt < 1:1176476/141‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGGTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGTCGTTGTCCACGTTTTa < 1:974000/141‑1 (MQ=255)
aattCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTaa < 1:682153/139‑1 (MQ=255)
tttCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTTGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTCAg > 1:351112/1‑141 (MQ=255)
ttCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACTTTGTCCATGTTTTAGGt > 1:306609/1‑141 (MQ=255)
ttCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGt > 1:321012/1‑141 (MQ=255)
cAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTTCACGTTTTAAGttg > 1:1106325/1‑139 (MQ=255)
agagTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTg > 1:841889/1‑141 (MQ=255)
gagTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGa > 1:1035605/1‑141 (MQ=255)
gttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAATTCTGAAt < 1:746738/141‑1 (MQ=255)
gttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAAt < 1:935721/141‑1 (MQ=255)
ttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCAGGTTTTAAGTCTGAATc > 1:153430/1‑141 (MQ=255)
ttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATc > 1:988107/1‑141 (MQ=255)
ttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATc > 1:410080/1‑141 (MQ=255)
aTGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAg < 1:964711/141‑1 (MQ=255)
tttGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCt < 1:471501/141‑1 (MQ=255)
tttGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCt > 1:673207/1‑141 (MQ=255)
tttGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTGTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCt < 1:1099060/141‑1 (MQ=255)
tttGCATTTTGACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGACTCAACTCCCTGTGCTGTCTGGACT‑TCAATTCTTAATTAATTACATTTCACGTTGGTCACGTTTTAAGTCTCAATTATGATGTCTAGTTCt < 1:891886/141‑1 (MQ=255)
tttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAGAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAAc > 1:457567/1‑141 (MQ=255)
tttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAAc > 1:697110/1‑141 (MQ=255)
ttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACt < 1:830297/141‑1 (MQ=255)
ttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGc < 1:1020793/141‑1 (MQ=255)
aCCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTa > 1:1143090/1‑141 (MQ=255)
aCCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTa > 1:494255/1‑141 (MQ=255)
aCAAGTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGc < 1:228598/141‑1 (MQ=255)
cAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGcc < 1:890611/141‑1 (MQ=255)
aaaTTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGcc < 1:697025/140‑1 (MQ=255)
tGAATCACGTTATCAAGTTTCTAGTTACGGACAGCTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTGGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtcatc > 1:878161/1‑141 (MQ=255)
tGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtcatc > 1:1174373/1‑141 (MQ=255)
tGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtaatc > 1:700717/1‑141 (MQ=255)
tGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCAGTGCGTGTTGGA‑ATTAAAATCTTACTTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtcatc > 1:526234/1‑141 (MQ=255)
aaTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCAc > 1:227249/1‑141 (MQ=255)
aaTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCAc > 1:458125/1‑141 (MQ=255)
aaTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCATCATAAc > 1:637267/1‑141 (MQ=255)
aTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCAcc > 1:72987/1‑141 (MQ=255)
cACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTTTCCACGTTTTAAGTCTGAATTATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCAt < 1:1003191/141‑1 (MQ=255)
gTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTCTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTGGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTa > 1:413565/1‑141 (MQ=255)
aTCAAGTTTATCAATAGAATCAACCTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAAtt < 1:323554/141‑1 (MQ=255)
tCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTTATCACTTAGTTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAAttt < 1:863465/141‑1 (MQ=255)
tCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTCATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAAttt < 1:215552/141‑1 (MQ=255)
tCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAAttt < 1:1195540/141‑1 (MQ=255)
cAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAGGCCTCATCACCATTTCAtttt > 1:239299/1‑141 (MQ=255)
cAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAAtttt > 1:154963/1‑141 (MQ=255)
gTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTgg < 1:805706/141‑1 (MQ=255)
aTCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTATAGTGGCAGCACCATTTAATTTTTGGTAcc < 1:877952/141‑1 (MQ=255)
cAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAAACTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaatt > 1:769911/1‑141 (MQ=255)
aaCTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaattt < 1:685683/141‑1 (MQ=255)
aCTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaatttt < 1:645871/141‑1 (MQ=255)
aCTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaatttt > 1:118008/1‑141 (MQ=255)
aCTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaatttt > 1:376895/1‑141 (MQ=255)
aCTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCAAATGTCTGTGGGTACCCTTttttaatttt < 1:579233/141‑1 (MQ=255)
cTTCCTGTGCTTTTTGGA‑ATTAAAGTCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCCTCACGATTGAATTTTTGGTCCCCTTttttaatttta > 1:1015476/1‑141 (MQ=255)
tgtgCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCtt > 1:1132006/1‑141 (MQ=255)
gCTTTTTGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTAcc < 1:193292/141‑1 (MQ=255)
ttttGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGt < 1:400330/141‑1 (MQ=255)
ttGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTat < 1:269299/141‑1 (MQ=255)
|
AATTTCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCCTGTGCTTTTTGGA‑A‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTAT > CP000730/1063664‑1063938
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
