Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A19 F57 I1 R1	14	36.1	829726	89.5%	742604	141.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	CP000730	742,735	C→T	intergenic (+572/‑2354)	yetJ → / → sarX	hypothetical membrane protein/possible staphylococcal accessory protein X

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	742,735	0	C	T	100.0%	94.9 / NA	31	intergenic (+572/‑2354)	yetJ/sarX	hypothetical membrane protein/possible staphylococcal accessory protein X
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (15/16); total (15/16)

TTGTAGATGTGGTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACCATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCAAAATCA  >  CP000730/742601‑742871

ttGTAGATGTGGTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATtata                                                                                                                                    <  1:43334/141‑1 (MQ=255)

          ggTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTtttatt                                                                                                                          <  2:363763/141‑1 (MQ=255)

          ggTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTtttatt                                                                                                                          <  2:48076/141‑1 (MQ=255)

               tttAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTatttattt                                                                                                                     <  1:226459/141‑1 (MQ=255)

                          tttGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTa                                                                                                          <  2:135225/141‑1 (MQ=255)

                                        aaaGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTa                                                                                            <  2:75013/141‑1 (MQ=255)

                                             agtGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAAttt                                                                                       <  1:202996/141‑1 (MQ=255)

                                              gtgtgtTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTa                                                                                      >  1:255186/1‑141 (MQ=255)

                                              gtgtgtTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTa                                                                                      >  2:366691/1‑141 (MQ=255)

                                                     ttCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTttaa                                                                               <  1:360967/141‑1 (MQ=255)

                                                          ttGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTaaa                                                                          <  1:175400/141‑1 (MQ=255)

                                                          ttGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTaaa                                                                          <  1:118222/141‑1 (MQ=255)

                                                           tGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAAt                                                                         <  1:300485/141‑1 (MQ=255)

                                                           tGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAAt                                                                         <  2:102850/141‑1 (MQ=255)

                                                           tGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAAt                                                                         <  2:406950/141‑1 (MQ=255)

                                                              aTAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAg                                                                      >  2:165117/1‑141 (MQ=255)

                                                                       ttaaACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTATATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAAtatt                                                             >  2:57066/1‑141 (MQ=255)

                                                                                  aCATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGa                                                  <  2:191591/141‑1 (MQ=255)

                                                                                    aTCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAATTAAGTTAAATATTATTGGGAATGATa                                                >  2:158649/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                      tAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAatat                              <  1:157166/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                         aTGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGa                           >  1:274014/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                               gatATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTTTTTTTTTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATTAGTTATATATTATAGGGAATGATAAATGTGGTATTTAAATATAGAAAGAgg                     >  2:377653/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                               gatATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAgg                     >  2:193588/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     taAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGt               >  1:52972/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     taAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGt               >  1:103962/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     taAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGt               >  1:331697/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             aaaaTTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCaa       >  1:274018/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             aaaaTTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCaa       >  1:241752/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             aaaaTTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCaa       >  1:157609/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             aaaaTTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCaa       >  1:386513/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                  tAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCAAAATCa  <  1:384813/141‑1 (MQ=255)

TTGTAGATGTGGTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACCATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCAAAATCA  >  CP000730/742601‑742871

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A