Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F105 I0 R1
|
1288 |
109.2 |
3547880 |
95.9% |
3402416 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,183,292 |
C→G |
57.7% |
A683G (GCG→GGG) |
rpoB → |
RNA polymerase, beta subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,183,292 | 0 | C | G | 57.7%
| 71.1
/ 156.2
| 125 | A683G (GCG→GGG) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/28); new base G (31/41); total (56/69) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
AACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTA > NC_000913/4183146‑4183438
|
aaCTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTTGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGa < 1:1528071/149‑1 (MQ=255)
cTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAAc < 1:692344/149‑1 (MQ=255)
ccGTAGCAATTGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGc < 2:983452/149‑1 (MQ=255)
cGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGCCGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCa > 2:1111080/1‑149 (MQ=255)
cGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTGCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCa < 1:892192/149‑1 (MQ=255)
gTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCaa > 1:268299/1‑149 (MQ=255)
cAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTc > 1:76898/1‑149 (MQ=255)
aaaGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGCCGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACTTCa > 2:101825/1‑149 (MQ=255)
aaGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAg > 1:1506651/1‑149 (MQ=255)
aaGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAg < 2:183429/149‑1 (MQ=255)
aGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAgg < 1:356495/149‑1 (MQ=255)
aGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGGGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAgg < 2:1724581/149‑1 (MQ=255)
aTCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGGCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTc < 1:1249414/149‑1 (MQ=255)
aGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGAc > 2:1656733/1‑149 (MQ=255)
cTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGCACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGActc > 1:945260/1‑149 (MQ=255)
ttGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGActct < 2:1250082/149‑1 (MQ=255)
gTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTgc < 1:1007226/149‑1 (MQ=255)
gTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTgc > 1:1468171/1‑149 (MQ=255)
cAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTgcgcg > 1:55698/1‑149 (MQ=255)
cAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTgcgcg > 2:461137/1‑149 (MQ=255)
ccGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTg < 2:488396/149‑1 (MQ=255)
cgcgACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGa < 2:671475/149‑1 (MQ=255)
gACCCGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCATCGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATaa < 1:1632385/149‑1 (MQ=255)
gACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATaa < 1:657049/149‑1 (MQ=255)
gACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATaa < 2:1320090/149‑1 (MQ=255)
aCCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAg < 2:1227354/149‑1 (MQ=255)
aGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCg < 1:1042333/149‑1 (MQ=255)
aGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCg < 2:1104673/149‑1 (MQ=255)
ggTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGc < 1:1255249/149‑1 (MQ=255)
tGACTTCCTGGACGGTTCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCtgg < 2:153627/149‑1 (MQ=255)
aCTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGGCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCtggtt < 1:1298285/149‑1 (MQ=255)
tACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCtggttgg > 1:861867/1‑149 (MQ=255)
cATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTa > 2:991675/1‑149 (MQ=255)
aTGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGCCTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTAc > 1:1411062/1‑149 (MQ=255)
ggACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTg > 2:797175/1‑149 (MQ=255)
ggACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGGGCGTCCCTGATCCCGGTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTg < 1:1188515/149‑1 (MQ=255)
gACGAATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTgg < 2:519725/149‑1 (MQ=255)
aCGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGt > 1:1023018/1‑149 (MQ=255)
aCGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGt > 1:1261598/1‑149 (MQ=255)
aTCCACCCCGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATgg < 2:333797/149‑1 (MQ=255)
tCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGATCCTGGAACAAGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGGGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGa < 1:1768217/149‑1 (MQ=255)
ccAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTg > 2:88069/1‑149 (MQ=255)
cagcagGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGc < 2:1208548/149‑1 (MQ=255)
agGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGtt < 2:81849/149‑1 (MQ=255)
gtATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGt < 2:268299/149‑1 (MQ=255)
gtATCCGGCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGt < 2:514193/149‑1 (MQ=255)
tATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGtt < 2:4412/149‑1 (MQ=255)
tCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACTTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGa < 1:1638320/149‑1 (MQ=255)
tCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGa > 2:1286603/1‑149 (MQ=255)
tCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGACGCTGGTTGGTACTGGTATGGAAAGTGCTGTTGCCGTTGa > 1:292251/1‑149 (MQ=255)
cGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACt > 2:60495/1‑149 (MQ=255)
cGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAAAGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGttgactttgact > 1:1040805/1‑149 (MQ=255)
gTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTc > 2:531356/1‑149 (MQ=255)
gTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTc > 2:1288375/1‑149 (MQ=255)
gTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACACGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTc > 1:1355997/1‑149 (MQ=255)
gTCGGTGCGTCCCTGAGCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTc < 2:1298384/149‑1 (MQ=255)
cGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCTGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCg < 1:590380/149‑1 (MQ=255)
cGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCg < 1:1747108/149‑1 (MQ=255)
gTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGgt > 1:1607069/1‑149 (MQ=255)
gTGCGGCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCTACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTGCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGgt < 2:454518/149‑1 (MQ=255)
gCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGgtgt < 1:991675/149‑1 (MQ=255)
gCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGgtgt < 1:224115/149‑1 (MQ=255)
gCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGgtgt < 1:1588987/149‑1 (MQ=255)
gCGTCACTGATCCCTTTCCTGTAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTTCGATCATGCATCGTCAGTGCTTTCCGACTCTGCGCGCTGATCAGCCGCTGGTTGGTAGTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGgtgt < 1:541952/149‑1 (MQ=255)
cGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTa < 2:723160/149‑1 (MQ=255)
gTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGGGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTaa < 2:1029056/149‑1 (MQ=255)
ccTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTg > 1:474161/1‑149 (MQ=255)
ccTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACACCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTCCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTg < 1:227647/149‑1 (MQ=255)
tGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCg < 2:950661/149‑1 (MQ=255)
tGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCg > 2:1519019/1‑149 (MQ=255)
ccGTTCCTGTAACACGATGACGACAACGGTGCATTGATGGGGGCGAACATGCAACGTCAGGCCGGTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCGGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGc < 2:1372029/149‑1 (MQ=255)
ccGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGc < 1:650922/149‑1 (MQ=255)
tCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTaaa > 1:419244/1‑149 (MQ=255)
ccTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGTACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAAc < 1:461181/149‑1 (MQ=255)
tcgAACACGTTGACCCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTGCCGACTCTGCGCGCTGATAATCCGCGGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGAAGCTAAACgt < 1:1348357/147‑1 (MQ=255)
tGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgt > 2:364598/1‑149 (MQ=255)
tGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgt < 1:878255/149‑1 (MQ=255)
ggAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtg > 1:945208/1‑149 (MQ=255)
ggAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtg > 1:890833/1‑149 (MQ=255)
gAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTGGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTATACgtgg > 1:925968/1‑149 (MQ=255)
aaCACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGCCTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtggt > 2:1582588/1‑149 (MQ=255)
acacGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtggtg < 2:790952/149‑1 (MQ=255)
acGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtggtggt < 1:995000/149‑1 (MQ=255)
aagATGACGCCAACCGTGCATTGATGTGTGCGAACATGCAACGTAAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGGCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtggtggt < 2:292251/147‑1 (MQ=255)
gATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGgtgt > 1:1358843/1‑149 (MQ=255)
gATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGgtgt < 1:1188752/149‑1 (MQ=255)
gATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGgtgt > 1:1220022/1‑149 (MQ=255)
ctGAAGCCACCCGTGCTTTGAGGGGTGGGAACATGCAACGGCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGGTTGTTGGTACTGGTATGGATCGTGCGGTTGCCGTTGACTCCGGTTTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTTGTGTc < 1:934334/148‑1 (MQ=255)
aCGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGTTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGtt < 2:1506651/149‑1 (MQ=255)
gCCAACCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCa > 2:585763/1‑149 (MQ=255)
gCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCAGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCa > 2:656477/1‑149 (MQ=255)
aaCCGTGCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCTGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTa < 1:1111080/149‑1 (MQ=255)
aaCCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTTGTGTCGTTCAGTa < 2:1552503/149‑1 (MQ=255)
tGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTgg > 1:1344513/1‑149 (MQ=255)
gCATTGATGGGTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGa < 1:585979/149‑1 (MQ=255)
cagtgctGGTTGCGAACATGGAACGTCAGGCCGTTCCGAATCTGCGCGCTGATAACCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACACCGGTGTAACTGCGGTATCTAAACGTTGAGGTGTCGTTCAGTACTTGGAt < 2:1413328/143‑1 (MQ=255)
gggTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTccc > 2:194503/1‑149 (MQ=255)
gggTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGCCTCCGGTGTACCTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTccc > 1:422158/1‑149 (MQ=255)
gggTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTccc > 1:332028/1‑149 (MQ=255)
gTGGGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGt > 2:422691/1‑149 (MQ=255)
|
AACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTA > NC_000913/4183146‑4183438
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
