Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
39 |
94.7 |
2129336 |
96.2% |
2048421 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,352,815 |
G→A |
84.5% |
A92V (GCA→GTA) |
rpsI ← |
30S ribosomal protein S9 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,352,815 | 0 | G | A | 84.5%
| 218.9
/ 30.8
| 100 | A92V (GCA→GTA) | rpsI | 30S ribosomal protein S9 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/7); new base A (51/32); total (61/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.88e-01 |
CGTCCGACAATTAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAATGGTTGGTTTAAGTCTAAA > USA300TCH1516_ALE/2352681‑2352949
|
cGTCCGACAATTATCGTTTTGAGAATTGAGGTGTACGATGAGATGTTTTAAAACCTGGTTTTTTCACTGCTGTCGTTCGTAGGTTAGTAATAGTTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCta < 1:249888/141‑1 (MQ=16)
cGTCCGACAATTAAAGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGCTCACGAGGAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCtt > 1:554817/1‑140 (MQ=255)
tCCGACAATTAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCGGCTTCtaat > 2:1034685/1‑141 (MQ=255)
gACAATTAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTCAAGAACCTCTGTGTTCAGGATCTACTTCTaataat > 2:297347/1‑141 (MQ=255)
aCAATTAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTATTTTTTTTTTTAAGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTaataatt > 2:508762/1‑140 (MQ=37)
aCAATTAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTaataata > 1:11966/1‑140 (MQ=255)
cAATTAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTCAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGc > 2:90696/1‑141 (MQ=255)
ttAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACg > 1:763220/1‑141 (MQ=255)
ttAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTGTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACg > 1:704709/1‑141 (MQ=255)
tAACGTTTTGTGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTTTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGa > 2:718234/1‑141 (MQ=255)
tAACGTTTTGGGAATTGGGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCGTACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCTAGCGTGGTTTAAAGAACCTCTGGTTTCAGGATCGACTTCTAATCATggcagg > 2:496610/1‑136 (MQ=25)
tAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGa > 1:626676/1‑141 (MQ=255)
aaCGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAg < 1:415762/141‑1 (MQ=255)
gTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTACTAATGCACGAGCGa > 1:973049/1‑141 (MQ=255)
gTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGa < 1:1061735/141‑1 (MQ=255)
ttGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCCCGAGGGATTc > 2:773005/1‑141 (MQ=255)
agaATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATACTGCACGAGCGATACCGt > 2:633442/1‑141 (MQ=255)
agaATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGt > 2:799291/1‑141 (MQ=255)
gaATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTg > 2:633760/1‑141 (MQ=255)
ttGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACg < 1:729880/141‑1 (MQ=255)
tGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAGGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTACTCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACgg > 1:775191/1‑141 (MQ=255)
tGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACgg < 2:8420/141‑1 (MQ=255)
ggggTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTGTTACGTACTTTCGTAGTTGGGGCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGa < 2:793389/139‑1 (MQ=255)
gAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGa < 1:908889/141‑1 (MQ=255)
gggTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGAt < 2:843160/140‑1 (MQ=255)
aGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGAt < 1:931104/141‑1 (MQ=255)
gTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTAACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATag > 2:84344/1‑141 (MQ=255)
gacggGCTGATTTAAGACCCGGTTTTTTGCGTTCATTCATACGTGGGTCCCGCCTATGTAACCCACCACGTTTTAAAGAAACTCTGTTAGCATGATGTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATagcttgag < 2:1018353/141‑1 (MQ=255)
acgaGCTGCTTTAAGACCTGTTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATagcttgagc < 1:661655/141‑1 (MQ=255)
acgaGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATagcttgagc > 2:248787/1‑141 (MQ=255)
cgaGCTGCTTGAAGACCTGTTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATagcttgagct < 2:323155/141‑1 (MQ=255)
gctTAAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCa > 1:759124/1‑141 (MQ=255)
tAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGa > 1:482057/1‑141 (MQ=255)
tAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGAAAAACTTGAGATTGTCCAGTGa > 1:571555/1‑141 (MQ=255)
tAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATCCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTAGCCAGTGa > 1:594892/1‑141 (MQ=255)
aaGCCCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGaa < 1:892936/141‑1 (MQ=255)
aaGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGaa < 1:665831/141‑1 (MQ=255)
aaGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGaa < 1:1056280/141‑1 (MQ=255)
aGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTGGTCCATTGaaa > 1:135131/1‑141 (MQ=255)
cTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAaccac > 2:1056980/1‑141 (MQ=255)
cTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATACAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCATGACGGGTAGCTTGAGCTCGTCCAGTGAcaccac > 2:579241/1‑141 (MQ=255)
tGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCAAGCTCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAaccacc < 2:372983/141‑1 (MQ=255)
ggTTTTTTACGTGCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGCGCTTGTTCAGTGAAaccacca < 1:553369/141‑1 (MQ=255)
gTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAaccaccac < 1:861683/141‑1 (MQ=255)
gTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAaccaccac < 2:942096/141‑1 (MQ=255)
gTTTTTTACGTTCTTCCATACGTGGGTCACGAGTAAGCAATCCTGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGCGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCACTGAAacctccac < 1:747702/141‑1 (MQ=255)
tttttACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAAccaccacca > 1:293609/1‑141 (MQ=255)
tttttACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTAAGCTTGTCCAGTGAAAccaccacca > 1:667622/1‑141 (MQ=255)
ttttACGTTCTTTCATACGTGGGTCAAGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCAt > 1:780404/1‑141 (MQ=255)
tttACGTTCTTTCATACGTGGGTTACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATg < 2:419743/141‑1 (MQ=255)
tttACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATg < 1:924844/141‑1 (MQ=255)
tACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTGAGGATCTACTTCTAATAATGCACGCGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCCGTGCAACCGCCCACATGaa > 2:367228/1‑141 (MQ=255)
tACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGaa > 2:977031/1‑141 (MQ=255)
tACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTATCCAGTGAATCCACCACCATGaa > 2:367304/1‑141 (MQ=255)
aCGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAAc > 2:595812/1‑141 (MQ=255)
gTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGt < 2:600369/141‑1 (MQ=255)
ttCTTTCATACGTGGGACAAGAGTAAGTAATCCAGCGCATTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGTGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGtt > 1:593031/1‑141 (MQ=255)
ttCTTTCATACGTGAGTCAGGAGTAGGTAATCCAGCGCGTTTTATAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGCTTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGCCCAATAAAACCACCACCATGAACGtt > 1:582645/1‑141 (MQ=255)
gtCTTTCATACGTGGGCCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGtt < 1:1030076/140‑1 (MQ=255)
cTTTCATACGTGGGTCCCGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTaa > 2:1025423/1‑141 (MQ=255)
cTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTaa < 1:972488/141‑1 (MQ=255)
tttCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAAc < 2:608299/141‑1 (MQ=255)
ttCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCAAGCGCGTGTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCCACATGAACGTTCACt > 1:672474/1‑141 (MQ=255)
tACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGCTCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTaaaa > 1:410163/1‑141 (MQ=255)
tACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAGTGCACGAGCGATTCCGTGACGGATGGCTTGAGCTTGTCCCGTGGAACCACCACCATGAACCGTAACTaaaa > 1:160746/1‑141 (MQ=255)
tACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTaaaa > 1:635457/1‑141 (MQ=255)
tACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTaaaa > 1:15845/1‑141 (MQ=255)
gTGGGACACGAGTCAGTACTCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTACTCAGGATCTGCTTCTAACAATGCACGCGCGATTCCGGGACGGATCGCTTGAGCTTGTCCAGTCAAACCACCACCATGATCTTTAACTAAAAcat < 2:209624/141‑1 (MQ=255)
tGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATACCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAAcatc < 2:459212/141‑1 (MQ=255)
ggTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAAcatcat > 2:271089/1‑141 (MQ=255)
ggTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAAaatcat > 1:953748/1‑141 (MQ=255)
tcaacagtatgtaAGCTAGCGCGTTTTAAAGAATCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAg < 2:389005/136‑1 (MQ=255)
tCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAg < 2:596078/141‑1 (MQ=255)
ccaagAGTTAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAg < 2:1010737/137‑1 (MQ=255)
aCGAGTAAGTAATTCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGtt > 2:912991/1‑141 (MQ=255)
aCGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGtt > 2:865133/1‑141 (MQ=255)
aGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGt < 1:724724/141‑1 (MQ=255)
aGCGCGTTTGAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGTTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGt < 1:204268/141‑1 (MQ=255)
gcgTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAGCCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTAc > 2:410319/1‑141 (MQ=255)
gcgTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTAc > 1:452931/1‑141 (MQ=255)
cgTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACGTTTAGTTTCAGTTACa > 1:871476/1‑141 (MQ=255)
cgTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGAACGAAGGAGTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTATTTTCAGTTACa > 1:253739/1‑141 (MQ=255)
gTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGACACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACAt > 1:293024/1‑141 (MQ=255)
ttAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCCTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCaa < 1:1018309/141‑1 (MQ=255)
tAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGATCGATTCCGTGACGGAGAGCTTGAGCTGGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCCGTTTCAGCaaa > 2:435331/1‑141 (MQ=255)
tAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTAAGTAAATGATAGCTTCAGCCGCTCGAGTGAAACCACCACCATGGACGTTAACTGAAACATCATGGTTACCTTTAGTTTCGGTTTCATCaaa > 1:1046333/1‑141 (MQ=255)
aaaGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTCAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACTTCTAAt > 1:589338/1‑141 (MQ=255)
aaaGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAAt > 2:447349/1‑141 (MQ=255)
aaCCTCTGTATTCAGGATCGACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAAtggtt > 1:563232/1‑141 (MQ=255)
aCCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAAtggttg < 2:989290/141‑1 (MQ=255)
aCCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAAtggttg > 2:433662/1‑141 (MQ=255)
tGTATTCAGGATCTCCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGGTACCTTTAGTTCCAGTTACATCAAATGGTTGGTTTa > 1:588089/1‑141 (MQ=255)
tGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTGGTTTCAGTTACATCAAATGGTTGGTTTa > 2:730614/1‑141 (MQ=255)
tGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAATGGTTGGTTTa < 2:15845/141‑1 (MQ=255)
ttCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATCGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGACCGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAATGGTTGGTTTAAGTc < 2:1045798/141‑1 (MQ=255)
ttCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAATGGTTGGTTTAAGTc < 1:649598/141‑1 (MQ=255)
ttCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTCGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAATGGTTGGTTTAAGTc < 2:657314/141‑1 (MQ=255)
cAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACACCAAACGGTTGGTTTAAGtata > 2:202037/1‑141 (MQ=255)
ggATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATGGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTCACTTTAGTTTCAGTTACATAAAAGCGTGGGATTAAGTATaaa > 2:690323/1‑141 (MQ=255)
ggATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAATGGTTGGTTTAAGTCTaaa > 2:808557/1‑141 (MQ=255)
|
CGTCCGACAATTAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAATGGTTGGTTTAAGTCTAAA > USA300TCH1516_ALE/2352681‑2352949
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
