Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F21 I0 R1
|
44 |
97.4 |
2221552 |
95.8% |
2128246 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,373,506 |
A→T |
7.7% |
N90K (AAT→AAA) |
pbuG ← |
Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,373,506 | 0 | A | T | 7.7%
| 298.6
/ 9.2
| 105 | N90K (AAT→AAA) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/48); new base T (5/3); total (53/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TAAGGAATTGCATTAATAATAACTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCT > USA300TCH1516_ALE/2373366‑2373641
|
tAAGGAATTGCATTAATAATCACGCCCCTAAACCCTCAGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAACCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCa < 1:298637/141‑1 (MQ=255)
aaaGGAATTGCCTTAATAATAACTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCa < 1:242883/140‑1 (MQ=255)
acggAACTGCATTAATAATAGCTTCCCTAACCCCTGTGACCGGTAATATCGCAAAGAACATACCTGAGAATAAAACGCCTGGTAAACCAACTTGCCAAGTAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCAt < 2:306279/139‑1 (MQ=255)
aaGGAATTGCATTAATAATAACTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCAt < 1:976084/141‑1 (MQ=255)
agAATTTCATTAATAATAACTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATAGACCTGAGAATAAAAAGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCAttt < 2:131/140‑1 (MQ=255)
ttGCATTAATAATAACTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATc < 1:958272/141‑1 (MQ=255)
tGCATTAATAATAACTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATcc > 1:111212/1‑141 (MQ=255)
tGCATTAATAATAACTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATcc > 1:841802/1‑141 (MQ=255)
gCATTAATAATAACTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATccc > 2:834360/1‑141 (MQ=255)
cATTAATAATAACTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCACTTAATCCCa < 1:1051692/141‑1 (MQ=255)
ataataaCTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATCTACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAACGCATTTAATCCCATACCt > 2:170222/1‑141 (MQ=255)
ataataaCTTCCCTAAAAACAAAGACAATTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTACCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACACTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATAccc > 2:784354/1‑140 (MQ=255)
aaataaCCTCCCTAAACGCTGTGGCGGTTATGATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATAGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTg < 2:704390/140‑1 (MQ=255)
taaCTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTg > 1:427580/1‑141 (MQ=255)
tCCCGAAACACTGTGACGGTTAATAACGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAAc < 2:247242/141‑1 (MQ=255)
aCCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCACTTg < 2:11900/141‑1 (MQ=255)
aCCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTg < 1:512357/141‑1 (MQ=255)
cccTGTTACAGTTCATATCCCAAAGAATTTAACTGAATATCTGTCGCCTGGTTAGACAACTTGCCAATAAATACCTCTGTATCAC‑ACAACAGTCAATGCAAAGAATGCATTTAATGTCTTCCATTGTGCTAACGCAATTgg < 2:394214/141‑1 (MQ=255)
cccTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGCATAAAACGCCTGTTCAACCAACTTGCCCAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACGGTAAAGGCAAAGAATGCATTTAATCCCGTACGTGGTGCTAACGCAAttcg > 1:131014/1‑139 (MQ=255)
cccTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTgg < 2:707948/141‑1 (MQ=255)
cccTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTgg < 1:720355/141‑1 (MQ=255)
cccTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATCTAATCCCATACCTGGTGCTAACCCAATTgg > 2:432819/1‑141 (MQ=255)
gACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATAttt > 1:425386/1‑141 (MQ=255)
aCGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATACAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATAtttg > 2:13698/1‑140 (MQ=255)
cGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATGAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATACAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTACCGCATTTGGATATTTAg > 1:176349/1‑141 (MQ=255)
cGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAg > 1:372400/1‑141 (MQ=255)
cGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAg > 1:597059/1‑141 (MQ=255)
aaTATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCACGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGAGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTAtt > 1:764759/1‑141 (MQ=255)
aaTATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATATAATCCCATACCTGGTGCGAACGCAATTGGATATTTAGCTAta > 2:8117/1‑140 (MQ=255)
aaTATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATAGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGAGATAACGCAATTGGATATTTAGCTAtt > 2:494478/1‑141 (MQ=255)
tCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGcc < 1:182158/141‑1 (MQ=255)
tCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGcc < 1:380131/141‑1 (MQ=255)
tCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGcc < 1:273304/141‑1 (MQ=255)
cGCAAAGAATATACCTGAGAATAAACCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGccc < 1:359363/141‑1 (MQ=255)
cGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGGATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGCGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGccc < 1:973199/141‑1 (MQ=255)
aaaGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCAt < 1:657275/141‑1 (MQ=255)
aaGAATATACCTGAGAATAAAACGCCGGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATg < 2:892738/141‑1 (MQ=255)
gAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGaa < 2:127307/141‑1 (MQ=255)
atatACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATa > 2:261178/1‑141 (MQ=255)
atatACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATa > 1:1076900/1‑141 (MQ=255)
atatACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATa > 2:92899/1‑141 (MQ=255)
atatACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATa > 1:565334/1‑141 (MQ=255)
tataCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGACTAg > 1:230048/1‑141 (MQ=255)
tataCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAg > 1:614951/1‑141 (MQ=255)
ataCCTGAGACTAAAACGCCTGTTAAACGAAGTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAGC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAAGGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGc > 2:533460/1‑141 (MQ=255)
ataCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCACCTTGCCAAGGAATACCCATGGTTACC‑ACAACAGTAACTGCCAAGAATGCATTTAATCACATACCTGGTGCTCACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGc > 2:337658/1‑141 (MQ=255)
ataCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGc > 2:413299/1‑141 (MQ=255)
ataCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGc > 1:1068123/1‑141 (MQ=255)
ataCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGc > 1:232238/1‑141 (MQ=255)
aCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAGCTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCCTTTCGTTGCTGACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGa > 1:802923/1‑141 (MQ=255)
aaTAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACa > 1:401990/1‑141 (MQ=255)
aaTAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACa > 2:165388/1‑141 (MQ=255)
tAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACaaa < 1:1052658/141‑1 (MQ=255)
aaaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGGAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAAtg > 2:783003/1‑141 (MQ=255)
aCGCCTGTTAAACCAACTTGCNANAGANTACCCATGGTTAACTACAA‑GCTCGATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCGTACAAAtgct < 1:800061/141‑1 (MQ=255)
aCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCTATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCAAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAAtgct < 1:738228/141‑1 (MQ=255)
aCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAAtgct < 1:888520/141‑1 (MQ=255)
aCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAAGGTAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAAtgct < 2:607594/141‑1 (MQ=255)
gTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAAt < 1:964371/141‑1 (MQ=255)
ttAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATg > 1:494401/1‑141 (MQ=255)
aaaCCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCa > 1:470437/1‑141 (MQ=255)
aaCTTGCCAAGGACTACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGc < 1:11405/141‑1 (MQ=255)
aaCTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAAACGTTAATGCGAAGAATGCGTTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGc < 1:1032965/141‑1 (MQ=255)
cTTGCCAAGGAATCCCCAGGGTTAAC‑ACAACGGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTa < 2:496920/141‑1 (MQ=255)
ttGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTTCAAATGCTGATAATGCAGTCGCTAc < 1:554395/141‑1 (MQ=255)
ttccAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCATTAATATACTGCTAATGCAGTCGCTACa < 2:1068840/139‑1 (MQ=255)
tGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCAAACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCGGCTAATGCAGTCGCGACa > 1:665446/1‑141 (MQ=255)
ccAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACaaa < 2:797014/141‑1 (MQ=255)
ggAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAATCGATACAAAAATg > 1:494502/1‑141 (MQ=255)
aaTACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGc < 2:465075/141‑1 (MQ=255)
tACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCAc < 1:165388/141‑1 (MQ=255)
tACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCAc > 2:624913/1‑141 (MQ=255)
tACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCAc < 2:401990/141‑1 (MQ=255)
tACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCAc > 1:954015/1‑141 (MQ=255)
cATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCACTTCATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTg < 2:1093504/141‑1 (MQ=255)
aTGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTgg < 1:894728/141‑1 (MQ=255)
tGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGt < 2:614951/141‑1 (MQ=255)
ac‑acAACAGTAAATGCAAAGATTTCGTTTTATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCAttt > 1:535903/1‑141 (MQ=255)
ac‑acAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCAttt < 1:219593/141‑1 (MQ=255)
ac‑acAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAAGCCCAAACCTGGTGCTAACGCAATTGGATACTTAGCTATTAGCCCCAGGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCAttt < 1:278745/141‑1 (MQ=255)
acaacaGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTc > 1:934777/1‑141 (MQ=255)
acaacaGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTc > 1:612364/1‑141 (MQ=255)
caacaGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCa < 1:92899/141‑1 (MQ=255)
caacaGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCa < 1:261178/141‑1 (MQ=255)
aacaGTAAATGCCAAGAATGCATTTAATCCCATCCCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCat < 2:465601/141‑1 (MQ=255)
aacaGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCat < 1:846962/141‑1 (MQ=255)
acaGTAAATGCAAAGAATGCTGTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCCTTTTCata > 1:569701/1‑141 (MQ=255)
acaGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCata > 1:1089379/1‑141 (MQ=255)
acaGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCata > 1:96141/1‑141 (MQ=255)
tAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATAtctt < 2:874370/141‑1 (MQ=255)
tAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAAACAAAAAAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATAtctt < 2:917226/141‑1 (MQ=255)
aTGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTg < 1:466515/141‑1 (MQ=255)
aTGCAAAGAAGGCATTTAATCCCATGGCGTGGGCTGACGCAATTGGATATTTAGGTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAGTGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTg < 2:719886/141‑1 (MQ=255)
aaaGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTGCATATCTTCTGATAc > 1:413453/1‑141 (MQ=255)
aGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGc < 1:834360/141‑1 (MQ=255)
aGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGc < 1:648069/141‑1 (MQ=255)
aGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGc < 1:962291/141‑1 (MQ=255)
aGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGc < 2:425386/141‑1 (MQ=255)
aaTGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGGTACGCCt > 1:324816/1‑141 (MQ=255)
aaTGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAAGGCAGTCGCTACAAAAATGGCAACTTGGTCGTGTATCATAACTTCTGATACGCCt > 1:197612/1‑141 (MQ=255)
|
TAAGGAATTGCATTAATAATAACTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAAC‑ACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCT > USA300TCH1516_ALE/2373366‑2373641
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
